8zee

;Cryo-EM structure of an intermediate-state PSII-PRF2' complex during the process of photosystem II repair ;

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 130.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8zee
沉积日期 deposition_date	2024-05-06
结构标题 title	;Cryo-EM structure of an intermediate-state PSII-PRF2' complex during the process of photosystem II repair ;
关键词 keywords	PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.61 Å
零角强度 I(0) i0	773467000.00
分子量 molecular_weight	284340.0 kDa
排除体积 excluded_volume	377130 Å³
包络体积 envelope_volume	452360 Å³
水化壳体积 shell_volume	87121 Å³
包络直径 envelope_diameter	135.7 Å
壳层 Rg shell_rg	49.74 Å
包络 Rg envelope_rg	40.57 Å
形状 Rg shape_rg	40.60 Å
总 Rg total_rg	41.14 Å
总原子数 total_atoms	20218
残基数 n_residues	2101
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	130.1 Å
Rg (实空间) rg_real	41.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.7350e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1910e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	773600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8831
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	51.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.176
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.401
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	85540000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.900; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.965; Smooth: 0.812

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (28)

Entity 1 polymer

描述 description	Photosystem II CP47 reaction center protein
分子量 formula_weight	56089.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	20218

MGLPWYRVHTVVINDPGRLISVHLMHTALVSGWAGSMALFEISVFDPSDPVLNPMWRQGMFVLPFMTRLGITQSWGGWTISGETATNPGIWSYEGVAAAHIILSGALFLASVWHWTYWDLELFRDPRTGKTALDLPKIFGIHLFLSGLLCFGFGAFHVTGVFGPGIWVSDPYGLTGSVQPVAPSWGADGFDPYNPGGIASHHIAAGILGVLAGLFHLCVRPSIRLYFGLSMGSIETVLSSSIAAVFWAAFVVAGTMWYGSAATPIELFGPTRYQWDQGFFQQEIQKRVQASLAEGASLSDAWSRIPEKLAFYDYIGNNPAKGGLFRTGAMNSGDGIAVGWLGHASFKDQEGRELFVRRMPTFFETFPVLLLDKDGIVRADVPFRKAESKYSIEQVGVSVTFYGGELDGLTFTDPATVKKYARKAQLGEIFEFDRSTLQSDGVFRSSPRGWFTFGHVCFALLFFFGHIWHGARTIFRDVFAGIDDDINDQVEFGKYKKLGDTSSLREAF

Entity 2 polymer

描述 description	Photosystem II D2 protein
分子量 formula_weight	39474.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.3.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MTIAIGTYQEKRTWFDDADDWLRQDRFVFVGWSGLLLFPCAYFALGGWLTGTTFVTSWYTHGLATSYLEGCNFLTAAVSTPANSMAHSLLFVWGPEAQGDFTRWCQLGGLWAFVALHGAFGLIGFMLRQFEIARSVNLRPYNAIAFSAPIAVFVSVFLIYPLGQSGWFFAPSFGVAAIFRFILFFQGFHNWTLNPFHMMGVAGVLGAALLCAIHGATVENTLFEDGDGANTFRAFNPTQAEETYSMVTANRFWSQIFGVAFSNKRWLHFFMLLVPVTGLWMSAIGVVGLALNLRAYDFVSQEIRAAEDPEFETFYTKNILLNEGIRAWMAAQDQPHERLVFPEEVLPRGNAL

Entity 3 polymer

描述 description	Cytochrome b559 subunit alpha
分子量 formula_weight	9312.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MAGKPVERPFSDILTSIRYWVIHSITVPALFIAGWLFVSTGLAYDVFGTPRPNEYFTEDRQEAPLITDRFNALEQVKKLSGN

Entity 4 polymer

描述 description	Cytochrome b559 subunit beta
分子量 formula_weight	4986.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MTTKKSAEVLVYPIFTVRWLAIHGIAVPTIFFLGAITAMQFIQR

Entity 5 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein H
分子量 formula_weight	9445.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MATGTSKAKPSKVNSDFQEPGLVTPLGTLLRPLNSEAGKVLPGWGTTVLMAVFILLFAAFLLIILEIYNSSLILDDVSMSWETLAKVS

Entity 6 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein I
分子量 formula_weight	4245.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MLTLKIFVYTVVTFFVCLFIFGFLSNDPARNPGKNLD

Entity 7 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein K
分子量 formula_weight	5062.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MTTLALVLAKLPEAYAPFAPIVDVLPVIPVFFILLAFVWQAAVSFR

Entity 8 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein L
分子量 formula_weight	4431.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MARPNPNKQVVELNRTSLYWGLLLIFVLAVLFSSYIFN

Entity 9 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein M
分子量 formula_weight	3762.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MEVNIYGLTATALFIIIPTSFLLILYVKTASTQD

Entity 10 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein T
分子量 formula_weight	3639.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T

MEALVYTFLLVGTLGIIFFSIFFRDPPRMIK

Entity 11 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein Psb30
分子量 formula_weight	3333.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V

MNIELALTLVSLVLVVSAGPLVVVLLSARGGNL

Entity 12 polymer

描述 description	4.1 kDa photosystem II subunit
分子量 formula_weight	9894.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

MAAVCVSSKAVAVRPATRVASRPAARMVVRASAKPAQISEKAIAAGVSAAAAASLALAPIAEAAVTPSLKNFLGSLIAGATVLGGIALAITAVSKFDKTIR

Entity 13 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein Z
分子量 formula_weight	6565.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z

MTSILQVALLALIFVSFALVVGVPVVFATPNGWTDNKGAVFSGLSLWLLLVFVVGILNSFVV

Entity 14 polymer

描述 description	Photosystem II CP43 reaction center protein
分子量 formula_weight	50680.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

METLFNGTLTVGGRDQETTGFAWWSGNARLINLSGKLLGAHVAHAGLIVFWAGAMNLFEVSHFVPEKPMYEQGLILLPHIATLGYGVGPGGEIIDTFPYFVSGVLHLISSAVLGFGGVYHSLIGPETLEESYPFFGYVWKDKNKMTNILGYHLIMLGLGAWLLVWKAMYFGGVYDTWAPGGGDVRVITNPTTNAAVIFGYLVKSPFGGDGWICSVDNMEDIIGGHIWIGTLEILGGIWHIYTTPWPWARRAFVWSGEAYLSYSLGAIGVMGFIACCMSWFNNTAYPSEFYGPTGPEASQSQAFTFLVRDQRLGANVASAQGPTGLGKYLMRSPTGEIIFGGETMRFWDFRGPWLEPLRGPNGLDLNKLKNDIQPWQERRAAEYMTHAPLGSLNSVGGVATEINAVNFVSPRSWLACSHFCLGFFFFIGHLWHAGRARAAAAGFEKGIDRFDEPVLSMRPLD

Entity 15 polymer

描述 description	Photosystem II protein D1
分子量 formula_weight	36515.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.3.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

NSSLWARFCEWITSTENRLYIGWFGVIMIPCLLTATSVFIIAFIAAPPVDIDGIREPVSGSLLYGNNIITGAVIPTSNAIGLHFYPIWEAASLDEWLYNGGPYQLIVCHFLLGVYCYMGREWELSFRLGMRPWIAVAYSAPVAAASAVFLVYPIGQGSFSDGMPLGISGTFNFMIVFQAEHNILMHPFHMLGVAGVFGGSLFSAMHGSLVTSSLIRETTENESANEGYRFGQEEETYNIVAAHGYFGRLIFQYASFNNSRSLHFFLAAWPVIGIWFTALGLSTMAFNLNGFNFNQSVVDSQGRVLNTWADIINRANLGMEVMHERNAHN

Entity 16 polymer

描述 description	Chains: 1
分子量 formula_weight	10153.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1

MALTTLASRKAAAFSSVSSRKVALAPTPAKRMVSTRAVGDVNAPIEYAVGAAILVSLVATAIIPIVLNPGQQAADKIFNAKQKAPLDKPTTPGKNSGKK

Entity 17 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	35

Entity 18 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 19 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 20 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 21 non-polymer

描述 description	BICARBONATE ION
分子量 formula_weight	61.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 22 non-polymer

描述 description	;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ;
分子量 formula_weight	749.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 23 non-polymer

描述 description	PHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	871.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 24 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 25 non-polymer

描述 description	RRR-ALPHA-TOCOPHERYLQUINONE
分子量 formula_weight	446.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 26 non-polymer

描述 description	DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 27 non-polymer

描述 description	1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
分子量 formula_weight	795.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 28 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	159928

fit	/app/data/saxs_computation/ze/8zee/8zee.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ze/8zee/8zee.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ze/8zee/8zee.dat

;Cryo-EM structure of an intermediate-state PSII-PRF2' complex during the process of photosystem II repair ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (28)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

Entity 15 polymer

聚合体 Polymer

Entity 16 polymer

聚合体 Polymer

Entity 17 non-polymer

Entity 18 non-polymer

Entity 19 non-polymer

Entity 20 non-polymer

Entity 21 non-polymer

Entity 22 non-polymer

Entity 23 non-polymer

Entity 24 non-polymer

Entity 25 non-polymer

Entity 26 non-polymer

Entity 27 non-polymer

Entity 28 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)