9hei

;Universal Photosystem II Intermediate with Light-Dependent Water-Ferrocyanide Oxydo-reductase activity from Chlamydomonas reinhardtii ;

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 132.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hei
沉积日期 deposition_date	2024-11-14
结构标题 title	;Universal Photosystem II Intermediate with Light-Dependent Water-Ferrocyanide Oxydo-reductase activity from Chlamydomonas reinhardtii ;
关键词 keywords	;Green alga, PSII, Chlamydomonas reinhardtii, membrane protein, Cryo-EM, PHOTOSYNTHESIS, assembly intermediate, water-ferrocyanide oxido-reductase. ;; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.84 Å
零角强度 I(0) i0	1285140000.00
分子量 molecular_weight	347860.0 kDa
排除体积 excluded_volume	454320 Å³
包络体积 envelope_volume	513730 Å³
水化壳体积 shell_volume	95123 Å³
包络直径 envelope_diameter	144.1 Å
壳层 Rg shell_rg	51.70 Å
包络 Rg envelope_rg	41.94 Å
形状 Rg shape_rg	41.84 Å
总 Rg total_rg	42.29 Å
总原子数 total_atoms	24690
残基数 n_residues	2736
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	132.4 Å
Rg (实空间) rg_real	42.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.80 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2850e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3180e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1285000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8873
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	53.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.181
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.409
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	171100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.915; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.964; Smooth: 0.820

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (36)

Entity 1 polymer

描述 description	Photosystem II protein D1
分子量 formula_weight	37058.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.3.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	24697

SSLWARFCEWITSTENRLYIGWFGVIMIPCLLTATSVFIIAFIAAPPVDIDGIREPVSGSLLYGNNIITGAVIPTSNAIGLHFYPIWEAASLDEWLYNGGPYQLIVCHFLLGVYCYMGREWELSFRLGMRPWIAVAYSAPVAAASAVFLVYPIGQGSFSDGMPLGISGTFNFMIVFQAEHNILMHPFHMLGVAGVFGGSLFSAMHGSLVTSSLIRETTENESANEGYRFGQEEETYNIVAAHGYFGRLIFQYASFNNSRSLHFFLAAWPVIGIWFTALGLSTMAFNLNGFNFNQSVVDSQGRVLNTWADIINRANLGMEVMHERNAHNFPLDLA

Entity 2 polymer

描述 description	Photosystem II CP47 reaction center protein
分子量 formula_weight	52938.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GLPWYRVHTVVINDPGRLISVHLMHTALVSGWAGSMALFEISVFDPSDPVLNPMWRQGMFVLPFMTRLGITQSWGGWTISGETATNPGIWSYEGVAAAHIILSGALFLASVWHWTYWDLELFRDPRTGKTALDLPKIFGIHLFLSGLLCFGFGAFHVTGVFGPGIWVSDPYGLTGRVQPVAPSWGADGFDPYNPGGIASHHIAAGILGVLAGLFHLCVRPSIRLYFGLSMGSIETVLSSSIAAVFWAAFVVAGTMWYGSAATPIELFGPTRYQWDQGFFQQEIQKRVQASLAEGASLSDAWSRIPEKLAFYDYIGNNPAKGGLFRTGAMNSGDGIAVGWLGHASFKDQEGRELFVRRMPTFFETFPVLLLDKDGIVRADVPFRKAESKYSIEQVGVSVTFYGGELDGLTFTDPATVKKYARKAQLGEIFEFDRSTLQSDGVFRSSPRGWFTFGHVCFALLFFFGHIWHGARTIFRDVFAG

Entity 3 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein Psb30
分子量 formula_weight	3201.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V

NIELALTLVSLVLVVSAGPLVVVLLSARGGNL

Entity 4 polymer

描述 description	Photosystem II CP43 reaction center protein
分子量 formula_weight	49416.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GRDQETTGFAWWSGNARLINLSGKLLGAHVAHAGLIVFWAGAMNLFEVSHFVPEKPMYEQGLILLPHIATLGYGVGPGGEIIDTFPYFVSGVLHLISSAVLGFGGVYHSLIGPETLEESYPFFGYVWKDKNKMTNILGYHLIMLGLGAWLLVWKAMYFGGVYDTWAPGGGDVRVITNPTTNAAVIFGYLVKSPFGGDGWICSVDNMEDIIGGHIWIGTLEILGGIWHIYTTPWPWARRAFVWSGEAYLSYSLGAIGVMGFIACCMSWFNNTAYPSEFYGPTGPEASQSQAFTFLVRDQRLGANVASAQGPTGLGKYLMRSPTGEIIFGGETMRFWDFRGPWLEPLRGPNGLDLNKLKNDIQPWQERRAAEYMTHAPLGSLNSVGGVATEINAVNFVSPRSWLACSHFCLGFFFFIGHLWHAGRARAAAAGFEKGIDRFDEPVLSMRPLD

Entity 5 polymer

描述 description	Photosystem II D2 protein
分子量 formula_weight	39057.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.3.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

IGTYQEKRTWFDDADDWLRQDRFVFVGWSGLLLFPCAYFALGGWLTGTTFVTSWYTHGLATSYLEGCNFLTAAVSTPANSMAHSLLFVWGPEAQGDFTRWCQLGGLWAFVALHGAFGLIGFMLRQFEIARSVNLRPYNAIAFSAPIAVFVSVFLIYPLGQSGWFFAPSFGVAAIFRFILFFQGFHNWTLNPFHMMGVAGVLGAALLCAIHGATVENTLFEDGDGANTFRAFNPTQAEETYSMVTANRFWSQIFGVAFSNKRWLHFFMLLVPVTGLWMSAIGVVGLALNLRAYDFVSQEIRAAEDPEFETFYTKNILLNEGIRAWMAAQDQPHERLVFPEEVLPRGNAL

Entity 6 polymer

描述 description	Cytochrome b559 subunit alpha
分子量 formula_weight	8598.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

RPFSDILTSIRYWVIHSITVPALFIAGWLFVSTGLAYDVFGTPRPNEYFTEDRQEAPLITDRFNALEQVKKLSGN

Entity 7 polymer

描述 description	Cytochrome b559 subunit beta
分子量 formula_weight	3535.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

IFTVRWLAIHGIAVPTIFFLGAITAMQFIQR

Entity 8 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein H
分子量 formula_weight	7118.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

PGLVTPLGTLLRPLNSEAGKVLPGWGTTVLMAVFILLFAAFLLIILEIYNSSLILDDVSMSWETLA

Entity 9 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein I
分子量 formula_weight	3902.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MLTLKIFVYTVVTFFVCLFIFGFLSNDPARNPGK

Entity 10 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein J
分子量 formula_weight	3699.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

TGRIPLWLVGTVVGTLAIGLLAVFFYGSYVGLGSSL

Entity 11 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein K
分子量 formula_weight	4148.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

KLPEAYAPFAPIVDVLPVIPVFFILLAFVWQAAVSFR

Entity 12 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein L
分子量 formula_weight	4071.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

PNPNKQVVELNRTSLYWGLLLIFVLAVLFSSYIFN

Entity 13 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein M
分子量 formula_weight	3157.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

VNIYGLTATALFIIIPTSFLLILYVKTAS

Entity 14 polymer

描述 description	Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic
分子量 formula_weight	25704.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

LTFDEIQGLTYLQVKGSGIANTCPVLESGTTNLKELKAGSYKLENFCIEPTSFTVKEESQFKGGETEFVKTKLMTRLTYTLDAMSGSFKVGSDGSAELKEDDGIDYAATTVQLPGGERVAFLFTIKQFDGKGTLDGIKGDFLVPSYRGSSFLDPKGRGGSTGYDNAVALPARADAEELLKENVKITKALKGSAVFSVAKVDPVTGEIAGVFESIQPSDTDLGAKPPKDIKVTGLWYAQLK

Entity 15 polymer

描述 description	Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic
分子量 formula_weight	20440.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

AYGDSANVFGKVTNKSGFVPYAGDGFALLLPAKWNPSKENDFPGVILRYEDNFDAVNNLVVIAQDTDKKAIADFGSQDKFLESVSYLLGKQAYSGETQSEGGFAPNRVSAASLLDVSTTTDKKGKTYYKYELLVRSADGDEGGRHQLIGATVGSDNKLYIIKIQIGDKRWFKGAKKEAMGAFDSFTVV

Entity 16 polymer

描述 description	Oxygen-evolving enhancer protein 3, chloroplastic
分子量 formula_weight	16943.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q

LTPVDLFDDRSVRDRGFDLIYEARDLDLPQNVREGFTQARASLDETKKRVKESEARIDADLDVFIQKSYWTEAREQLRRQVGTLRFDLNTLASTKEKEAKKAALGLRKEFIQAVEDLDFALREKDQASAAKKLEITKAKLDSVLAAVL

Entity 17 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein T
分子量 formula_weight	3510.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T

MEALVYTFLLVGTLGIIFFSIFFRDPPRMI

Entity 18 polymer

描述 description	4.1 kDa photosystem II subunit
分子量 formula_weight	3132.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

VTPSLKNFLGSLIAGATVLGGIALAITAVSKF

Entity 19 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein Z
分子量 formula_weight	6466.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z

MTSILQVALLALIFVSFALVVGVPVVFATPNGWTDNKGAVFSGLSLWLLLVFVVGILNSFV

Entity 20 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein U
分子量 formula_weight	2531.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

VTLALDKDDPAKEDSVKGLRKDI

Entity 21 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	4881.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W

LVDERMNGDGTGRPFGVNDPVLGWVLLGVFGTMWAIWFIGQKDL

Entity 22 non-polymer

描述 description	CA-MN4-O5 CLUSTER
分子量 formula_weight	339.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 23 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 24 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 25 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	35

Entity 26 non-polymer

描述 description	PHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	871.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 27 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 28 non-polymer

描述 description	1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
分子量 formula_weight	795.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 29 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 30 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 31 non-polymer

描述 description	DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 32 non-polymer

描述 description	DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 33 non-polymer

描述 description	BICARBONATE ION
分子量 formula_weight	61.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 34 non-polymer

描述 description	;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ;
分子量 formula_weight	749.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 35 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 36 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	7

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.92 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	361852

fit	/app/data/saxs_computation/he/9hei/9hei.fit
pddf	/app/data/pr_computation/he/9hei/9hei.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/he/9hei/9hei.dat

;Universal Photosystem II Intermediate with Light-Dependent Water-Ferrocyanide Oxydo-reductase activity from Chlamydomonas reinhardtii ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (36)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

Entity 15 polymer

聚合体 Polymer

Entity 16 polymer

聚合体 Polymer

Entity 17 polymer

聚合体 Polymer

Entity 18 polymer

聚合体 Polymer

Entity 19 polymer

聚合体 Polymer

Entity 20 polymer

聚合体 Polymer

Entity 21 polymer

聚合体 Polymer

Entity 22 non-polymer

Entity 23 non-polymer

Entity 24 non-polymer

Entity 25 non-polymer

Entity 26 non-polymer

Entity 27 non-polymer

Entity 28 non-polymer

Entity 29 non-polymer

Entity 30 non-polymer

Entity 31 non-polymer

Entity 32 non-polymer

Entity 33 non-polymer

Entity 34 non-polymer

Entity 35 non-polymer

Entity 36 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)