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8kds

Trimer state of SARS-CoV Spike protein complexed with antibody PW5-535

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 215.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike glycoprotein

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

UniProt P59594

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–1190 链 B； UniProt 1–1190 链 C； UniProt 1–1190 突变：S577A, K968P, V969P PW5-535 heavy chain × 3 PW5-535 light chain × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.05 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8KDS Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1WNC Crystal structure of the SARS-CoV Spike protein fusion core 提交 2004-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 900–948（49 aa） 片段：residues 900-1184
链 A 1144–1185（42 aa） 片段：residues 900-1184
链 B 900–948（49 aa） 片段：residues 900-1184
链 B 1144–1185（42 aa） 片段：residues 900-1184
链 C 900–948（49 aa） 片段：residues 900-1184
链 C 1144–1185（42 aa） 片段：residues 900-1184
链 D 900–948（49 aa） 片段：residues 900-1184
链 D 1144–1185（42 aa） 片段：residues 900-1184
链 E 900–948（49 aa） 片段：residues 900-1184
链 E 1144–1185（42 aa） 片段：residues 900-1184
链 F 900–948（49 aa） 片段：residues 900-1184
链 F 1144–1185（42 aa） 片段：residues 900-1184
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 2.5；291 K；PEG4000, pH 2.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.80 Å R-free 0.273
1WNC Crystal structure of the SARS-CoV Spike protein fusion core 提交 2004-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 900–948（49 aa） 片段：residues 900-1184
链 A 1144–1185（42 aa） 片段：residues 900-1184
链 B 900–948（49 aa） 片段：residues 900-1184
链 B 1144–1185（42 aa） 片段：residues 900-1184
链 C 900–948（49 aa） 片段：residues 900-1184
链 C 1144–1185（42 aa） 片段：residues 900-1184
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 2.5；291 K；PEG4000, pH 2.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.80 Å R-free 0.273
1WNC Crystal structure of the SARS-CoV Spike protein fusion core 提交 2004-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 900–948（49 aa） 片段：residues 900-1184
链 D 1144–1185（42 aa） 片段：residues 900-1184
链 E 900–948（49 aa） 片段：residues 900-1184
链 E 1144–1185（42 aa） 片段：residues 900-1184
链 F 900–948（49 aa） 片段：residues 900-1184
链 F 1144–1185（42 aa） 片段：residues 900-1184
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 2.5；291 K；PEG4000, pH 2.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.80 Å R-free 0.273
1WYY Post-fusion hairpin conformation of the sars coronavirus spike glycoprotein 提交 2005-02-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 885–981（97 aa） 片段：residues 885-1189
链 A 1145–1189（45 aa） 片段：residues 885-1189
未记录 CL CHLORIDE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG 8000, LiSO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.20 Å R-free 0.249
1WYY Post-fusion hairpin conformation of the sars coronavirus spike glycoprotein 提交 2005-02-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 885–981（97 aa） 片段：residues 885-1189
链 B 1145–1189（45 aa） 片段：residues 885-1189
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG 8000, LiSO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.20 Å R-free 0.249
1WYY Post-fusion hairpin conformation of the sars coronavirus spike glycoprotein 提交 2005-02-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 885–981（97 aa） 片段：residues 885-1189
链 B 1145–1189（45 aa） 片段：residues 885-1189
未记录 CL CHLORIDE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG 8000, LiSO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.20 Å R-free 0.249
1ZV7 A structure-based mechanism of SARS virus membrane fusion 提交 2005-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1150–1193（44 aa） 片段：residues 1150-1193
链 B 1150–1193（44 aa） 片段：residues 1150-1193
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEG MME 2000, Nickel chloride, Tris-HCL, pH 8.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.70 Å R-free 0.258
1ZV8 A structure-based mechanism of SARS virus membrane fusion 提交 2005-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 901–950（50 aa） 片段：residues 901-950
链 B 1150–1185（36 aa） 片段：residues 1150-1185
链 C 901–950（50 aa） 片段：residues 901-950
链 D 1150–1185（36 aa） 片段：residues 1150-1185
链 E 901–950（50 aa） 片段：residues 901-950
链 F 1150–1185（36 aa） 片段：residues 1150-1185
未记录 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；PEG 8000, zinc acetate, sodium cacodylate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.94 Å R-free 0.274
1ZV8 A structure-based mechanism of SARS virus membrane fusion 提交 2005-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 G 901–950（50 aa） 片段：residues 901-950
链 H 1150–1185（36 aa） 片段：residues 1150-1185
链 I 901–950（50 aa） 片段：residues 901-950
链 J 1150–1185（36 aa） 片段：residues 1150-1185
链 K 901–950（50 aa） 片段：residues 901-950
链 L 1150–1185（36 aa） 片段：residues 1150-1185
未记录 NA SODIUM ION × 4 CAC CACODYLATE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；PEG 8000, zinc acetate, sodium cacodylate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.94 Å R-free 0.274
1ZVA A structure-based mechanism of SARS virus membrane fusion 提交 2005-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 926–962（37 aa） 片段：residues 926-962 and residues 1150-1183
链 A 1150–1183（34 aa） 片段：residues 926-962 and residues 1150-1183
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；PEG 1500, sodium formate, pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.50 Å R-free 0.246
1ZVB A structure-based mechanism of SARS virus membrane fusion 提交 2005-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 940–973（34 aa） 片段：residues 940-973
链 B 940–973（34 aa） 片段：residues 940-973
链 C 940–973（34 aa） 片段：residues 940-973
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；PEG 4000, isopropanol, sodium citrate, pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.70 Å R-free 0.239
2AJF Structure of SARS coronavirus spike receptor-binding domain complexed with its receptor 提交 2005-08-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 323–502（180 aa） 片段：receptor-binding domain, residues 323-502
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；100 mM Tris pH 8.2, 24% PEG6000, 150 mM NaCl, 10% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 7.5, pH 7.50
分辨率 2.90 Å R-free 0.275
2AJF Structure of SARS coronavirus spike receptor-binding domain complexed with its receptor 提交 2005-08-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 323–502（180 aa） 片段：receptor-binding domain, residues 323-502
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；100 mM Tris pH 8.2, 24% PEG6000, 150 mM NaCl, 10% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 7.5, pH 7.50
分辨率 2.90 Å R-free 0.275
2BEQ Structure of a Proteolytically Resistant Core from the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus S2 Fusion Protein 提交 2004-11-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 914–949（36 aa） 片段：RESIDUES 914-949
链 B 914–949（36 aa） 片段：RESIDUES 914-949
链 C 914–949（36 aa） 片段：RESIDUES 914-949
链 D 1148–1193（46 aa） 片段：RESIDUES 1148-1193
链 E 1148–1193（46 aa） 片段：RESIDUES 1148-1193
链 F 1148–1193（46 aa） 片段：RESIDUES 1148-1193
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；30% PEG8K, PH 7.0 100MM SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 200MM SODIUM ACETATE
分辨率 1.60 Å R-free 0.241
2BEZ Structure of a proteolitically resistant core from the severe acute respiratory syndrome coronavirus S2 fusion protein 提交 2004-12-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 896–972（77 aa） 片段：RESIDUES 896-972
链 F 1142–1183（42 aa） 片段：RESIDUES 1142-1183
未记录 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1M TRIS-HCL, PH 7.0, 1.8M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M NACL
分辨率 1.60 Å R-free 0.244
2DD8 Crystal Structure of SARS-CoV Spike Receptor-Binding Domain Complexed with Neutralizing Antibody 提交 2006-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 S 317–518（202 aa） 片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN, residues 317-518
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；15v/v% Glycerol, 20% PEG 6000, 100mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.261
2DD8 Crystal Structure of SARS-CoV Spike Receptor-Binding Domain Complexed with Neutralizing Antibody 提交 2006-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 S 317–518（202 aa） 片段：RECEPTOR-BINDING DOMAIN, residues 317-518
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；15v/v% Glycerol, 20% PEG 6000, 100mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.261
2FXP Solution Structure of the SARS-Coronavirus HR2 Domain 提交 2006-02-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1140–1193（54 aa） 片段：HR2 domain, residues 1140-1193
链 B 1140–1193（54 aa） 片段：HR2 domain, residues 1140-1193
链 C 1140–1193（54 aa） 片段：HR2 domain, residues 1140-1193
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM monomer, 10 mM PO4, pH 7.0, 30% TFE
分辨率未提供
2GHV Crystal structure of SARS spike protein receptor binding domain 提交 2006-03-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 317–512（196 aa） 片段：RBD of spike protein S1 (318-510)
链 E 317–512（196 aa） 片段：RBD of spike protein S1 (318-510)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；290 K；4% PEG4000, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 2.20 Å R-free 0.213
2GHW Crystal structure of SARS spike protein receptor binding domain in complex with a neutralizing antibody, 80R 提交 2006-03-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 317–510（194 aa） 片段：RBD of spike protein S1 (318-510)
未记录 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；290 K；12.5% PEG4000, 0.1M sodium acetate, 0.2M ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 2.30 Å R-free 0.295
2GHW Crystal structure of SARS spike protein receptor binding domain in complex with a neutralizing antibody, 80R 提交 2006-03-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 317–510（194 aa） 片段：RBD of spike protein S1 (318-510)
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；290 K；12.5% PEG4000, 0.1M sodium acetate, 0.2M ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 2.30 Å R-free 0.295
2RUM Solution structure of Fusion peptide 提交 2014-11-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 770–788（19 aa）
突变：Y2W 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.7；315 K
NMR样品组成 125 mM [U-99% 2H] DPC-1, 0.5 mM Fusion Peptide-2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2RUN Solution Structure of Pre Transmembrane domain 提交 2014-11-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1185–1202（18 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.7；315 K
NMR样品组成 0.5 mM Pre transmembrane domain-1, 125 mM [U-99% 2H] DPC-2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2RUO Solution Structure of Internal Fusion Peptide 提交 2014-11-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 873–888（16 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.7；315 K
NMR样品组成 0.5 mM Internal fusion peptide-1, 125 mM [U-99% 2H] DPC-2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3BGF X-ray crystal structure of the SARS coronavirus spike receptor binding domain in complex with F26G19 Fab 提交 2007-11-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 318–510（193 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.1 M MES, 14% PEG 20000, 10-15% glycerol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.00 Å R-free 0.286
3BGF X-ray crystal structure of the SARS coronavirus spike receptor binding domain in complex with F26G19 Fab 提交 2007-11-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 S 318–510（193 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.1 M MES, 14% PEG 20000, 10-15% glycerol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.00 Å R-free 0.286
3D0G Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from the 2002-2003 SARS coronavirus human strain complexed with human-civet chimeric receptor ACE2 提交 2008-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 324–502（179 aa） 片段：residues 324-502
链 F 324–502（179 aa） 片段：residues 324-502
未记录 NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 5 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；100 mM Tris, 22% PEG6000, 100 mM NaCl, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.279
3D0H Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from the 2002-2003 SARS coronavirus civet strain complexed with human-civet chimeric receptor ACE2 提交 2008-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 324–502（179 aa） 片段：residues 324-502
链 F 324–502（179 aa） 片段：residues 324-502
未记录 NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 5 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；100 mM Tris, 22% PEG6000, 100 mM NaCl, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 298K
分辨率 3.10 Å R-free 0.302
3D0H Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from the 2002-2003 SARS coronavirus civet strain complexed with human-civet chimeric receptor ACE2 提交 2008-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 324–502（179 aa） 片段：residues 324-502
未记录 NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；100 mM Tris, 22% PEG6000, 100 mM NaCl, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 298K
分辨率 3.10 Å R-free 0.302
3D0H Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from the 2002-2003 SARS coronavirus civet strain complexed with human-civet chimeric receptor ACE2 提交 2008-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 324–502（179 aa） 片段：residues 324-502
未记录 NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 4 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；100 mM Tris, 22% PEG6000, 100 mM NaCl, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 298K
分辨率 3.10 Å R-free 0.302
3D0I Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from the 2005-2006 SARS coronavirus civet strain complexed with human-civet chimeric receptor ACE2 提交 2008-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 324–502（179 aa） 片段：residues 324-502
链 F 324–502（179 aa） 片段：residues 324-502
未记录 NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 5 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；100 mM Tris, 22% PEG6000, 100 mM NaCl, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.278
3D0I Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from the 2005-2006 SARS coronavirus civet strain complexed with human-civet chimeric receptor ACE2 提交 2008-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 324–502（179 aa） 片段：residues 324-502
未记录 NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；100 mM Tris, 22% PEG6000, 100 mM NaCl, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.278
3D0I Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from the 2005-2006 SARS coronavirus civet strain complexed with human-civet chimeric receptor ACE2 提交 2008-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 324–502（179 aa） 片段：residues 324-502
未记录 NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 4 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；100 mM Tris, 22% PEG6000, 100 mM NaCl, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.278
3SCI Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from a predicted SARS coronavirus human strain complexed with human receptor ACE2 提交 2011-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 306–527（222 aa） 片段：receptor binding domain (UNP residues 306-527)
未记录 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；295 K；100 mM Tris, pH 8.5, 20% PEG6000, 100 mM sodium chloride, EVAPORATION, temperature 295K
分辨率 2.90 Å R-free 0.283
3SCI Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from a predicted SARS coronavirus human strain complexed with human receptor ACE2 提交 2011-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 306–527（222 aa） 片段：receptor binding domain (UNP residues 306-527)
未记录 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；295 K；100 mM Tris, pH 8.5, 20% PEG6000, 100 mM sodium chloride, EVAPORATION, temperature 295K
分辨率 2.90 Å R-free 0.283
3SCJ Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from a predicted SARS coronavirus civet strain complexed with human receptor ACE2 提交 2011-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 323–502（180 aa） 片段：receptor binding domain (UNP residues 323-502)
未记录 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；295 K；100 mM Tris, pH 8.5, 20% PEG6000, 100 mM sodium chloride, EVAPORATION, temperature 295K
分辨率 3.00 Å R-free 0.278
3SCJ Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from a predicted SARS coronavirus civet strain complexed with human receptor ACE2 提交 2011-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 323–502（180 aa） 片段：receptor binding domain (UNP residues 323-502)
未记录 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；295 K；100 mM Tris, pH 8.5, 20% PEG6000, 100 mM sodium chloride, EVAPORATION, temperature 295K
分辨率 3.00 Å R-free 0.278
3SCK Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from a predicted SARS coronavirus civet strain complexed with human-civet chimeric receptor ACE2 提交 2011-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 324–502（179 aa） 片段：receptor binding domain (UNP residues 324-502)
未记录 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；295 K；20 mM Tris, pH 8.5, 20% PEG6000, 100 mM sodium chloride, EVAPORATION, temperature 295K
分辨率 3.00 Å R-free 0.285
3SCK Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from a predicted SARS coronavirus civet strain complexed with human-civet chimeric receptor ACE2 提交 2011-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 324–502（179 aa） 片段：receptor binding domain (UNP residues 324-502)
未记录 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；295 K；20 mM Tris, pH 8.5, 20% PEG6000, 100 mM sodium chloride, EVAPORATION, temperature 295K
分辨率 3.00 Å R-free 0.285
3SCL Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from SARS coronavirus epidemic strain complexed with human-civet chimeric receptor ACE2 提交 2011-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 324–502（179 aa） 片段：receptor binding domain (UNP residues 324-502)
未记录 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；295 K；100 mM Tris, pH 8.5, 20% PEG6000, 100 mM sodium chloride, EVAPORATION, temperature 295K
分辨率 3.00 Å R-free 0.292
3SCL Crystal structure of spike protein receptor-binding domain from SARS coronavirus epidemic strain complexed with human-civet chimeric receptor ACE2 提交 2011-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 324–502（179 aa） 片段：receptor binding domain (UNP residues 324-502)
未记录 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.5；295 K；100 mM Tris, pH 8.5, 20% PEG6000, 100 mM sodium chloride, EVAPORATION, temperature 295K
分辨率 3.00 Å R-free 0.292
5WRG SARS-CoV spike glycoprotein 提交 2016-12-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1196（1196 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-1196
链 B 1–1196（1196 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-1196
链 C 1–1196（1196 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-1196
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
5X4S Structure of the N-terminal domain (NTD)of SARS-CoV spike protein 提交 2017-02-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–292（279 aa） 片段：UNP residues 14-292
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；1.3 M Na/K hydrogen phosphate
分辨率 2.20 Å R-free 0.282
5XJK NMR Structure and Localization of a Large Fragment of the SARS-CoV Fusion Protein: Implications in Viral Cell Fusion 提交 2017-05-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 758–821（64 aa） 片段：UNP RESIDUES 758-821
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR样品组成 0.2 M [U-13C; U-15N] Large Fragment of the SARS-CoV Fusion Protein, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
5XLR Structure of SARS-CoV spike glycoprotein 提交 2017-05-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1196（1196 aa）
链 B 1–1196（1196 aa）
链 C 1–1196（1196 aa）
突变：R667A 突变：R667A 突变：R667A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
5ZVM Crystal Structure of the Human Coronavirus SARS HR1 motif in complex with pan-CoVs inhibitor EK1 提交 2018-05-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 892–970（79 aa） 片段：UNP residues 892-970
链 B 892–970（79 aa） 片段：UNP residues 892-970
链 C 892–970（79 aa） 片段：UNP residues 892-970
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；293 K；0.2M Li2SO4, 0.1M BIS-Tris, pH 5.5, 25% PEG3350
分辨率 3.30 Å R-free 0.301
6ACC Trypsin-cleaved and low pH-treated SARS-CoV spike glycoprotein and ACE2 complex, ACE2-free conformation with three RBD in down conformation 提交 2018-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1196（1196 aa）
链 B 1–1196（1196 aa）
链 C 1–1196（1196 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
6ACD Trypsin-cleaved and low pH-treated SARS-CoV spike glycoprotein and ACE2 complex, ACE2-free conformation with one RBD in up conformation 提交 2018-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1196（1196 aa）
链 B 1–1196（1196 aa）
链 C 1–1196（1196 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6ACG Trypsin-cleaved and low pH-treated SARS-CoV spike glycoprotein and ACE2 complex, ACE2-bound conformation 1 提交 2018-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1196（1196 aa）
链 B 1–1196（1196 aa）
链 C 1–1196（1196 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.40 Å
6ACJ Trypsin-cleaved and low pH-treated SARS-CoV spike glycoprotein and ACE2 complex, ACE2-bound conformation 2 提交 2018-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1196（1196 aa）
链 B 1–1196（1196 aa）
链 C 1–1196（1196 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
6ACK Trypsin-cleaved and low pH-treated SARS-CoV spike glycoprotein and ACE2 complex, ACE2-bound conformation 3 提交 2018-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1196（1196 aa）
链 B 1–1196（1196 aa）
链 C 1–1196（1196 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
6CRV SARS Spike Glycoprotein, Stabilized variant, C3 symmetry 提交 2018-03-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 14–1190（1177 aa）
链 B 14–1190（1177 aa）
链 C 14–1190（1177 aa）
突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
6CRW SARS Spike Glycoprotein, Stabilized variant, single upwards S1 CTD conformation 提交 2018-03-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 14–1190（1177 aa）
链 B 14–1190（1177 aa）
链 C 14–1190（1177 aa）
突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6CRX SARS Spike Glycoprotein, Stabilized variant, two S1 CTDs in the upwards conformation 提交 2018-03-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 14–1190（1177 aa）
链 B 14–1190（1177 aa）
链 C 14–1190（1177 aa）
突变：K968P, V968P 突变：K968P, V968P 突变：K968P, V968P NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6CRZ SARS Spike Glycoprotein, Trypsin-cleaved, Stabilized variant, C3 symmetry 提交 2018-03-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 14–1190（1177 aa）
链 B 14–1190（1177 aa）
链 C 14–1190（1177 aa）
突变：K968P, V968P 突变：K968P, V968P 突变：K968P, V968P NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
6CS0 SARS Spike Glycoprotein, Trypsin-cleaved, Stabilized variant, one S1 CTD in an upwards conformation 提交 2018-03-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 14–1190（1177 aa）
链 B 14–1190（1177 aa）
链 C 14–1190（1177 aa）
突变：K968P, V968P 突变：K968P, V968P 突变：K968P, V968P NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6CS1 SARS Spike Glycoprotein, Trypsin-cleaved, Stabilized variant, two S1 CTDs in an upwards conformation 提交 2018-03-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 14–1190（1177 aa）
链 B 14–1190（1177 aa）
链 C 14–1190（1177 aa）
突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
6CS2 SARS Spike Glycoprotein - human ACE2 complex, Stabilized variant, all ACE2-bound particles 提交 2018-03-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 14–1190（1177 aa）
链 B 14–1190（1177 aa）
链 C 14–1190（1177 aa）
突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
6M3W Post-fusion structure of SARS-CoV spike glycoprotein 提交 2020-03-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 688–1178（491 aa）
链 B 688–1178（491 aa）
链 C 688–1178（491 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6NB6 SARS-CoV complex with human neutralizing S230 antibody Fab fragment (state 1) 提交 2018-12-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 14–1193（1180 aa）
链 B 14–1193（1180 aa）
链 C 14–1193（1180 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
6NB7 SARS-CoV complex with human neutralizing S230 antibody Fab fragment (state 2) 提交 2018-12-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 14–1193（1180 aa）
链 B 14–1193（1180 aa）
链 C 14–1193（1180 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
6VW1 Structure of SARS-CoV-2 chimeric receptor-binding domain complexed with its receptor human ACE2 提交 2020-02-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 306–441（136 aa）
链 E 505–521（17 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Tris, PEG 6000, and 100 mM NaCl.
分辨率 2.68 Å R-free 0.229
6VW1 Structure of SARS-CoV-2 chimeric receptor-binding domain complexed with its receptor human ACE2 提交 2020-02-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 306–441（136 aa）
链 F 505–521（17 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Tris, PEG 6000, and 100 mM NaCl.
分辨率 2.68 Å R-free 0.229
6WAQ Crystal structure of the SARS-CoV-1 RBD bound by the cross-reactive single-domain antibody SARS VHH-72 提交 2020-03-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 320–502（183 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M LiSO4, 0.1 M LiCl, 8% PEG 8000
分辨率 2.20 Å R-free 0.236
6WAQ Crystal structure of the SARS-CoV-1 RBD bound by the cross-reactive single-domain antibody SARS VHH-72 提交 2020-03-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 320–502（183 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M LiSO4, 0.1 M LiCl, 8% PEG 8000
分辨率 2.20 Å R-free 0.236
7FC6 Crystal structure of SARS-CoV RBD and horse ACE2 提交 2021-07-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 S 321–512（192 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.03M Citric acid/0.07M BIS-TRIS propane pH7.6, 20% w/v polyethylene glycol 3350
分辨率 2.65 Å R-free 0.235
7RKS Structure of the SARS-CoV receptor binding domain in complex with the human neutralizing antibody Fab fragment, C118 提交 2021-07-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 R 321–510（190 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2M sodium fluoride, 20% PEG 3,350
分辨率 2.70 Å R-free 0.247
7RKS Structure of the SARS-CoV receptor binding domain in complex with the human neutralizing antibody Fab fragment, C118 提交 2021-07-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 S 321–510（190 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2M sodium fluoride, 20% PEG 3,350
分辨率 2.70 Å R-free 0.247
7SG4 Structure of SARS-CoV S protein in complex with Receptor Binding Domain antibody DH1047 提交 2021-10-04 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1190（1190 aa）
链 B 1–1190（1190 aa）
链 C 1–1190（1190 aa）
突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 47 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.43 Å
7WR9 Local CryoEM structure of the SARS-CoV S2P in complex with BD55-3152 Fab 提交 2022-01-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 323–502（180 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.24 Å
7WSF Cryo-EM structure of SARS-CoV spike receptor-binding domain in complex with minke whale ACE2 提交 2022-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 321–502（182 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.87 Å
7WSG Cryo-EM structure of SARS-CoV spike receptor-binding domain in complex with sea lion ACE2 提交 2022-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 321–502（182 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.03 Å
7X2J Crystal structure of nanobody Nb70 with SARS-CoV RBD 提交 2022-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 S 306–516（211 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.4；291.15 K；0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 4.4, 21% w/v Polyethylene glycol 3350
分辨率 2.40 Å R-free 0.235
7X7V Cryo-EM structure of SARS-CoV spike protein in complex with three nAbs X01, X10 and X17 提交 2022-03-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 E 320–508（189 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.83 Å
7Y3N Crystal structure of SARS-CoV receptor binding domain in complex with human antibody BIOLS56 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 306–527（222 aa） 片段：receptor binding domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；291 K；20% v/v 2-Propanol, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.9, 20% w/v Polyethylene glycol 4000
分辨率 2.97 Å R-free 0.263
7Y3N Crystal structure of SARS-CoV receptor binding domain in complex with human antibody BIOLS56 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 306–527（222 aa） 片段：receptor binding domain
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；291 K；20% v/v 2-Propanol, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.9, 20% w/v Polyethylene glycol 4000
分辨率 2.97 Å R-free 0.263
7Y3N Crystal structure of SARS-CoV receptor binding domain in complex with human antibody BIOLS56 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 306–527（222 aa） 片段：receptor binding domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；291 K；20% v/v 2-Propanol, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.9, 20% w/v Polyethylene glycol 4000
分辨率 2.97 Å R-free 0.263
7ZH1 SARS CoV Spike protein, Closed C3 conformation 提交 2022-04-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 14–1193（1180 aa）
链 B 14–1193（1180 aa）
链 C 14–1193（1180 aa）
未记录 EIC LINOLEIC ACID × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.48 Å
7ZH2 SARS CoV Spike protein, Closed C1 conformation 提交 2022-04-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 14–1193（1180 aa）
链 B 14–1193（1180 aa）
链 C 14–1193（1180 aa）
未记录 EIC LINOLEIC ACID × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.71 Å
7ZH5 SARS CoV Spike protein, Open conformation 提交 2022-04-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 14–1193（1180 aa）
链 B 14–1193（1180 aa）
链 C 14–1193（1180 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.30 Å
8H0X Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein with Engineered x1 Disulfide (S370C and D967C), Locked-1 Conformation 提交 2022-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 15–1193（1179 aa）
链 B 15–1193（1179 aa）
链 C 15–1193（1179 aa）
突变：S370C, D967C 突变：S370C, D967C 突变：S370C, D967C EIC LINOLEIC ACID × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 42 BLA BILIVERDINE IX ALPHA × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；Gibco PBS C10010
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.57 Å
8H0Y Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein with Engineered x1 Disulfide (S370C and D967C), Locked-112 Conformation 提交 2022-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 15–1193（1179 aa）
链 B 15–1193（1179 aa）
链 C 15–1193（1179 aa）
未记录 EIC LINOLEIC ACID × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 46 BLA BILIVERDINE IX ALPHA × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；Gibco PBS C10010
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.85 Å
8H0Z Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein with Engineered x1 Disulfide (S370C and D967C), Locked-122 Conformation 提交 2022-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 15–1193（1179 aa）
链 B 15–1193（1179 aa）
链 C 15–1193（1179 aa）
突变：S370C, D967C 突变：S370C, D967C 突变：S370C, D967C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 BLA BILIVERDINE IX ALPHA × 3 EIC LINOLEIC ACID × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；Gibco PBS C10010
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.99 Å
8H10 Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein with Engineered x1 Disulfide (S370C and D967C), Locked-2 Conformation 提交 2022-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 15–1193（1179 aa）
链 B 15–1193（1179 aa）
链 C 15–1193（1179 aa）
突变：S370C, D967C 突变：S370C, D967C 突变：S370C, D967C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 42 BLA BILIVERDINE IX ALPHA × 3 EIC LINOLEIC ACID × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；Gibco PBS C10010
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.99 Å
8H11 Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein with Engineered x1 Disulfide (S370C and D967C), Closed Conformation 提交 2022-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 15–1193（1179 aa）
链 B 15–1193（1179 aa）
链 C 15–1193（1179 aa）
突变：S370C, D967C 突变：S370C, D967C 突变：S370C, D967C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 37 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；Gibco PBS C10010
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.72 Å
8H12 Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein with Engineered x2 Disulfide (G400C and V969C), Locked-2 Conformation 提交 2022-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 15–1193（1179 aa）
链 B 15–1193（1179 aa）
链 C 15–1193（1179 aa）
突变：G400C, V969C 突变：G400C, V969C 突变：G400C, V969C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；Gibco PBS C10010
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.45 Å
8H13 Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein with Engineered x2 Disulfide (G400C and V969C), Closed Conformation 提交 2022-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 15–1193（1179 aa）
链 B 15–1193（1179 aa）
链 C 15–1193（1179 aa）
突变：G400C, V969C 突变：G400C, V969C 突变：G400C, V969C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；Gibco PBS C10010
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.05 Å
8H14 Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein with Engineered x3 Disulfide (D414C and V969C), Locked-1 Conformation 提交 2022-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 15–1193（1179 aa）
链 B 15–1193（1179 aa）
链 C 15–1193（1179 aa）
突变：D414C and V969C 突变：D414C and V969C 突变：D414C and V969C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 42 EIC LINOLEIC ACID × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；Gibco PBS C10010
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.39 Å
8H15 Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein (S/native) at pH 5.5, Closed Conformation 提交 2022-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 15–1193（1179 aa）
链 B 15–1193（1179 aa）
链 C 15–1193（1179 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.54；Gibco PBS C10010
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.14 Å
8H16 Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein (S/native) at pH 5.5, Open Conformation 提交 2022-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 15–1193（1179 aa）
链 B 15–1193（1179 aa）
链 C 15–1193（1179 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 32 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.54；Gibco PBS C10010
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.36 Å
8JAG Cryo-EM structure of SARS-CoV-1 RBD in complex with W328-6H2 (local refinement) 提交 2023-05-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1255（1255 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.55 Å
8KDM Structure of SARS-CoV Spike protein complexed with antibody PW5-5 提交 2023-08-09 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 1–1190（1190 aa）
链 B 1–1190（1190 aa）
链 C 1–1190（1190 aa）
突变：S577A, K968P, V969P 突变：S577A, K968P, V969P 突变：S577A, K968P, V969P 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.87 Å
8KDT The local refined map of SARS-CoV Spike protein complexed with antibody PW5-5 提交 2023-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1190（1190 aa）
突变：S577A, K968P, V969P 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.04 Å
8KEK Monomer state of SARS-CoV Spike protein complexed with antibody PW5-535 提交 2023-08-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1190（1190 aa）
突变：K968P, V969P, S577A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
8VPF Structure of SARS-CoV spike in complex with CoV1-65 Fab (NTD-bound) 提交 2024-01-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 1–1190（1190 aa）
链 B 1–1190（1190 aa）
链 C 1–1190（1190 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；1X TBS
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8WCG Crystal structure of SARS-CoV-1 RBD in complex with nanobody aSR29 and aSR347 提交 2023-09-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 320–516（197 aa）
链 B 320–516（197 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；20% w/v PEG4000, 0.1 M Tris 8.0
分辨率 2.60 Å R-free 0.279
8WOZ Cryo-EM structure of SARS-CoV RBD in complex with rabbit ACE2 提交 2023-10-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 306–527（222 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.25 Å
8XZB The structure of fox ACE2 and SARS-CoV RBD complex 提交 2024-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 306–527（222 aa） 片段：RBD
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.12 Å

共 76 个其他 PDB 条目、98 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPIKE_SARS
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–1190； UniProt 1–1190 作者链 B； PDB构建体 1–1190； UniProt 1–1190 作者链 C； PDB构建体 1–1190； UniProt 1–1190

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8kds

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8kds
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8kds
沉积日期 deposition_date2023-08-10
结构标题 titleTrimer state of SARS-CoV Spike protein complexed with antibody PW5-535
关键词 keywordsAntibody, VIRAL PROTEIN, IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex; IMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier63.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron63.52 Å
零角强度 I(0) i03315420000.00
分子量 molecular_weight487610.0 kDa
排除体积 excluded_volume610790 ų
包络体积 envelope_volume998600 ų
水化壳体积 shell_volume132860 ų
包络直径 envelope_diameter211.0 Å
壳层 Rg shell_rg64.13 Å
包络 Rg envelope_rg61.59 Å
形状 Rg shape_rg63.54 Å
总 Rg total_rg63.44 Å
总原子数 total_atoms34353
残基数 n_residues4440
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax215.7 Å
Rg (实空间) rg_real63.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.19 Å
I(0) (实空间) i0_real3.3150e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.5940e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal63.90 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3317000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8186
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary77.6 Å
偏度 Skewness skewness0.156
峰度 Kurtosis kurtosis-0.563
角度范围 angular_range— – 0.1250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha230000000.0000
实空间数据点数 n_real_points26
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.886; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)