8ol1

cGAS-Nucleosome in complex with SPSB3-ELOBC (composite structure)

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3.2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H4 × 2 （P62805） Histone H2A type 1-H × 1 （Q96KK5） Histone H2B type 1-H × 1 （Q93079） Histone H2A type 1-J × 1 （Q99878） Histone H2B type 1-N × 1 （Q99877） DNA (145-MER) × 1 DNA (145-MER) × 1 Cyclic GMP-AMP synthase × 1 （Q8N884） SPRY domain-containing SOCS box protein 3 × 1 （Q6PJ21） Elongin-C × 1 （Q15369） Elongin-B × 1 （Q15370） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H32_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–98； UniProt 38–135 作者链 E； PDB构建体 1–98； UniProt 38–135

Histone H4

Homo sapiens

UniProt P62805

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H3.2 × 2 （Q71DI3） Histone H2A type 1-H × 1 （Q96KK5） Histone H2B type 1-H × 1 （Q93079） Histone H2A type 1-J × 1 （Q99878） Histone H2B type 1-N × 1 （Q99877） DNA (145-MER) × 1 DNA (145-MER) × 1 Cyclic GMP-AMP synthase × 1 （Q8N884） SPRY domain-containing SOCS box protein 3 × 1 （Q6PJ21） Elongin-C × 1 （Q15369） Elongin-B × 1 （Q15370） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–81； UniProt 23–103 作者链 F； PDB构建体 1–81； UniProt 23–103

Histone H2A type 1-H

Homo sapiens

UniProt Q96KK5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H3.2 × 2 （Q71DI3） Histone H4 × 2 （P62805） Histone H2B type 1-H × 1 （Q93079） Histone H2A type 1-J × 1 （Q99878） Histone H2B type 1-N × 1 （Q99877） DNA (145-MER) × 1 DNA (145-MER) × 1 Cyclic GMP-AMP synthase × 1 （Q8N884） SPRY domain-containing SOCS box protein 3 × 1 （Q6PJ21） Elongin-C × 1 （Q15369） Elongin-B × 1 （Q15370） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2A1H_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–108； UniProt 11–118

Histone H2B type 1-H

Homo sapiens

UniProt Q93079

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H3.2 × 2 （Q71DI3） Histone H4 × 2 （P62805） Histone H2A type 1-H × 1 （Q96KK5） Histone H2A type 1-J × 1 （Q99878） Histone H2B type 1-N × 1 （Q99877） DNA (145-MER) × 1 DNA (145-MER) × 1 Cyclic GMP-AMP synthase × 1 （Q8N884） SPRY domain-containing SOCS box protein 3 × 1 （Q6PJ21） Elongin-C × 1 （Q15369） Elongin-B × 1 （Q15370） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2B1H_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–95； UniProt 31–125

Histone H2A type 1-J

Homo sapiens

UniProt Q99878

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H3.2 × 2 （Q71DI3） Histone H4 × 2 （P62805） Histone H2A type 1-H × 1 （Q96KK5） Histone H2B type 1-H × 1 （Q93079） Histone H2B type 1-N × 1 （Q99877） DNA (145-MER) × 1 DNA (145-MER) × 1 Cyclic GMP-AMP synthase × 1 （Q8N884） SPRY domain-containing SOCS box protein 3 × 1 （Q6PJ21） Elongin-C × 1 （Q15369） Elongin-B × 1 （Q15370） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2A1J_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–107； UniProt 11–117

Histone H2B type 1-N

Homo sapiens

UniProt Q99877

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H3.2 × 2 （Q71DI3） Histone H4 × 2 （P62805） Histone H2A type 1-H × 1 （Q96KK5） Histone H2B type 1-H × 1 （Q93079） Histone H2A type 1-J × 1 （Q99878） DNA (145-MER) × 1 DNA (145-MER) × 1 Cyclic GMP-AMP synthase × 1 （Q8N884） SPRY domain-containing SOCS box protein 3 × 1 （Q6PJ21） Elongin-C × 1 （Q15369） Elongin-B × 1 （Q15370） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2B1N_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–94； UniProt 32–125

Cyclic GMP-AMP synthase

Homo sapiens

UniProt Q8N884

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H3.2 × 2 （Q71DI3） Histone H4 × 2 （P62805） Histone H2A type 1-H × 1 （Q96KK5） Histone H2B type 1-H × 1 （Q93079） Histone H2A type 1-J × 1 （Q99878） Histone H2B type 1-N × 1 （Q99877） DNA (145-MER) × 1 DNA (145-MER) × 1 SPRY domain-containing SOCS box protein 3 × 1 （Q6PJ21） Elongin-C × 1 （Q15369） Elongin-B × 1 （Q15370） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CGAS_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–362； UniProt 161–522

SPRY domain-containing SOCS box protein 3

Homo sapiens

UniProt Q6PJ21

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H3.2 × 2 （Q71DI3） Histone H4 × 2 （P62805） Histone H2A type 1-H × 1 （Q96KK5） Histone H2B type 1-H × 1 （Q93079） Histone H2A type 1-J × 1 （Q99878） Histone H2B type 1-N × 1 （Q99877） DNA (145-MER) × 1 DNA (145-MER) × 1 Cyclic GMP-AMP synthase × 1 （Q8N884） Elongin-C × 1 （Q15369） Elongin-B × 1 （Q15370） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPSB3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–244； UniProt 83–326

Elongin-C

Homo sapiens

UniProt Q15369

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H3.2 × 2 （Q71DI3） Histone H4 × 2 （P62805） Histone H2A type 1-H × 1 （Q96KK5） Histone H2B type 1-H × 1 （Q93079） Histone H2A type 1-J × 1 （Q99878） Histone H2B type 1-N × 1 （Q99877） DNA (145-MER) × 1 DNA (145-MER) × 1 Cyclic GMP-AMP synthase × 1 （Q8N884） SPRY domain-containing SOCS box protein 3 × 1 （Q6PJ21） Elongin-B × 1 （Q15370） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ELOC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–112； UniProt 1–112

Elongin-B

Homo sapiens

UniProt Q15370

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 12 DNA 2	Histone H3.2 × 2 （Q71DI3） Histone H4 × 2 （P62805） Histone H2A type 1-H × 1 （Q96KK5） Histone H2B type 1-H × 1 （Q93079） Histone H2A type 1-J × 1 （Q99878） Histone H2B type 1-N × 1 （Q99877） DNA (145-MER) × 1 DNA (145-MER) × 1 Cyclic GMP-AMP synthase × 1 （Q8N884） SPRY domain-containing SOCS box protein 3 × 1 （Q6PJ21） Elongin-C × 1 （Q15369） ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	ELOB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	12
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ol1
沉积日期 deposition_date	2023-03-29
结构标题 title	cGAS-Nucleosome in complex with SPSB3-ELOBC (composite structure)
关键词 keywords	cGAS, degradation, UPS, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8ol1__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8ol1__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8ol1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	54.50 Å
Rg（电子密度）	55.28 Å
总 Rg	55.24 Å
原子数	18376
残基数	1850
排除体积	308780 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8ol1__assembly_1__model_1`	tetradecameric （14）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3.2
分子量 formula_weight	11546.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	18376

KPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGER

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	9180.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

LRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2A type 1-H
分子量 formula_weight	11763.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

ARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B type 1-H
分子量 formula_weight	10623.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

KRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Histone H2A type 1-J
分子量 formula_weight	11666.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

ARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Histone H2B type 1-N
分子量 formula_weight	10494.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

RSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	DNA (145-MER)
分子量 formula_weight	44552.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

TGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTG

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	DNA (145-MER)
分子量 formula_weight	44961.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

CAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCCA

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Cyclic GMP-AMP synthase
分子量 formula_weight	42202.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.86
突变 mutation	K285A R300A K428A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

GASKLRAVLEKLKLSRDDISTAAGMVKGVVDHLLLRLKCDSAFRGVGLLNTGSYYEHVKISAPNEFDVMFKLEVPRIQLEEYSNTRAYYFVKFKRNPKENPLSQFLEGEILSASKMLSKFRKIIAEEINDIKDTDVIMKAKRGGSPAVTLLISEKISVDITLALESKSSWPASTQEGLRIQNWLSAKVRKQLRLKPFYLVPKHAKEGNGFQEETWRLSFSHIEKEILNNHGKSKTCCENKEEKCCRKDCLKLMKYLLEQLKERFKDKAHLDKFSSYHVKTAFFHVCTQNPQDSQWDRKDLGLCFDNCVTYFLQCLRTEKLENYFIPEFNLFSSNLIDKRSKEFLTKQIEYERNNEFPVFDEF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	SPRY domain-containing SOCS box protein 3
分子量 formula_weight	27415.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

SSLHSAHRGRDCRCGEEDEYFDWVWDDLNKSSATLLSCDNRKVSFHMEYSCGTAAIRGTKELGEGQHFWEIKMTSPVYGTDMMVGIGTSDVDLDKYRHTFCSLLGRDEDSWGLSYTGLLHHKGDKTSFSSRFGQGSIIGVHLDTWHGTLTFFKNRKCIGVAATKLQNKRFYPMVCSTAARSSMKVTRSCASATSLQYLCCHRLRQLRPDSGDTLEGLPLPPGLKQVLHNKLGWVLSMSCSRRKA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	Elongin-C
分子量 formula_weight	12485.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MDGEEKTYGGCEGPDAMYVKLISSDGHEFIVKREHALTSGTIKAMLSGPGQFAENETNEVNFREIPSHVLSKVCMYFTYKVRYTNSSTEIPEFPIAPEIALELLMAANFLDC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	Elongin-B
分子量 formula_weight	13147.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MDVFLMIRRHKTTIFTDAKESSTVFELKRIVEGILKRPPDEQRLYKDDQLLDDGKTLGECGFTSQTARPQAPATVGLAFRADDTFEALCIEPFSSPPELPDVMKPQDSGSSANEQAVQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	592494

cGAS-Nucleosome in complex with SPSB3-ELOBC (composite structure)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3.2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2A type 1-H

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2B type 1-H

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2A type 1-J

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2B type 1-N

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cyclic GMP-AMP synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

SPRY domain-containing SOCS box protein 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Elongin-C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Elongin-B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体