Ribosomal protein L19
Thermochaetoides thermophila DSM 1495
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 6 RNA 2 PDB 声明:octameric(8) 与全部聚合物数一致 | 链 LR; UniProt 1–2898 | 未记录 | 60S ribosomal protein L25-like protein × 1 (G0S507) 60S ribosomal protein L26-like protein × 1 (G0RYN9) dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase × 1 (G0S0D7) 60S ribosomal protein L38-like protein × 1 (G0SG89) 28S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 Methionine aminopeptidase 2 × 1 (G0SEA9) | ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE | 分辨率 2.94 Å |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 8ONZ | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7OLC Thermophilic eukaryotic 80S ribosome at idle POST state 提交 2021-05-19 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 80 PDB 声明:84-meric |
链 LR
2707–2898(192 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 571 ZN ZINC ION × 8 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7OLD Thermophilic eukaryotic 80S ribosome at pe/E (TI)-POST state 提交 2021-05-19 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 80 PDB 声明:85-meric |
链 LR
2707–2898(192 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 8 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7Z3N Cryo-EM structure of the ribosome-associated RAC complex on the 80S ribosome - RAC-1 conformation 提交 2022-03-02 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 82 PDB 声明:86-meric |
链 LR
2707–2898(192 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 455 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 8 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7Z3O Cryo-EM structure of the ribosome-associated RAC complex on the 80S ribosome - RAC-2 conformation 提交 2022-03-02 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 82 PDB 声明:86-meric |
链 LR
2707–2898(192 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 472 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 8 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8I9X Cryo-EM structure of a Chaetomium thermophilum pre-60S ribosomal subunit - Ytm1-1 提交 2023-02-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 58 PDB 声明:60-meric |
链 LR
1–2898(2898 aa)
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8I9Y Cryo-EM structure of a Chaetomium thermophilum pre-60S ribosomal subunit - Ytm1-2 提交 2023-02-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 57 PDB 声明:59-meric |
链 LR
1–2898(2898 aa)
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8I9Z Cryo-EM structure of a Chaetomium thermophilum pre-60S ribosomal subunit - State Spb4 提交 2023-02-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 58 PDB 声明:60-meric |
链 LR
1–2898(2898 aa)
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8IA0 Cryo-EM structure of a Chaetomium thermophilum pre-60S ribosomal subunit - State Puf6 提交 2023-02-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 62 PDB 声明:64-meric |
链 LR
1–2898(2898 aa)
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8OO0 Chaetomium thermophilum Methionine Aminopeptidase 2 autoproteolysis product at the 80S ribosome 提交 2023-04-04 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 81 PDB 声明:85-meric |
链 LR
2707–2898(192 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8PV1 Chaetomium thermophilum pre-60S State 6 - pre-5S rotation - L1 intermediate - composite structure 提交 2023-07-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 55 PDB 声明:59-meric |
链 LR
1–2898(2898 aa)
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.56 Å |
| 8PV2 Chaetomium thermophilum pre-60S State 10 - pre-5S rotation with Ytm1-Erb1 提交 2023-07-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 54 PDB 声明:57-meric |
链 LR
1–2898(2898 aa)
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.63 Å |
| 8PV3 Chaetomium thermophilum pre-60S State 9 - pre-5S rotation - immature H68/H69 - composite structure 提交 2023-07-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 55 PDB 声明:59-meric |
链 LR
1–2898(2898 aa)
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8PV4 Chaetomium thermophilum pre-60S State 2 - pre-5S rotation with Rix1 complex - composite structure 提交 2023-07-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 62 PDB 声明:66-meric |
链 LR
1–2898(2898 aa)
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8PV5 Chaetomium thermophilum pre-60S State 8 - pre-5S rotation without Foot - composite structure 提交 2023-07-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 50 PDB 声明:53-meric |
链 LR
1–2898(2898 aa)
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.86 Å |
| 8PV6 Chaetomium thermophilum pre-60S State 3 - post-5S rotation with Rix1 complex with Foot - composite structure 提交 2023-07-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 60 PDB 声明:64-meric |
链 LR
1–2898(2898 aa)
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.94 Å |
| 8PV7 Chaetomium thermophilum pre-60S State 1 - pre-5S rotation (Arx1/Nog2 state) - Composite structure 提交 2023-07-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 55 PDB 声明:59-meric |
链 LR
1–2898(2898 aa)
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.12 Å |
| 8PV8 Chaetomium thermophilum pre-60S State 4 - post-5S rotation with Rix1 complex without Foot - composite structure 提交 2023-07-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 57 PDB 声明:60-meric |
链 LR
1–2898(2898 aa)
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.91 Å |
| 8PVK Chaetomium thermophilum pre-60S State 5 - pre-5S rotation - L1 inward - composite structure 提交 2023-07-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 56 PDB 声明:60-meric |
链 LR
1–2898(2898 aa)
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.55 Å |
| 8PVL Chaetomium thermophilum pre-60S State 7 - pre-5S rotation lacking Utp30/ITS2 - composite structure 提交 2023-07-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 54 PDB 声明:58-meric |
链 LR
1–2898(2898 aa)
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.19 Å |
| 9I1W High resolution structure of the thermophilic 60S ribosomal subunit of Chaetomium thermophilum 提交 2025-01-17 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 47 PDB 声明:51-meric |
链 LR
2707–2898(192 aa)
|
未记录 | SPD SPERMIDINE × 2 SPM SPERMINE × 2 MG MAGNESIUM ION × 239 K POTASSIUM ION × 188 ZN ZINC ION × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.38 Å |
| 9I78 Cryo-EM structure of Chaetomium thermophilum ribosome-bound SND3 translocon 提交 2025-01-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 47 PDB 声明:50-meric |
链 LR
2707–2898(192 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 379 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;waiting time: 15 s
blot force: 0
|
分辨率 2.20 Å |
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| UniProt名称 | G0S9T3_CHATD |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 LR; PDB构建体 1–2898; UniProt 1–2898 |