8onz

Chaetomium thermophilum Methionine Aminopeptidase 2 at the 80S ribosome

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 178.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribosomal protein L19

Thermochaetoides thermophila DSM 1495

UniProt G0S9T3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 6 RNA 2 PDB 声明:octameric(8) 与全部聚合物数一致 链 LR; UniProt 1–2898 未记录 60S ribosomal protein L25-like protein × 1 (G0S507) 60S ribosomal protein L26-like protein × 1 (G0RYN9) dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase × 1 (G0S0D7) 60S ribosomal protein L38-like protein × 1 (G0SG89) 28S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 Methionine aminopeptidase 2 × 1 (G0SEA9) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.94 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 21 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 G0S9T3_CHATD
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 LR; PDB构建体 1–2898; UniProt 1–2898

60S ribosomal protein L25-like protein

Thermochaetoides thermophila DSM 1495

UniProt G0S507

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 6 RNA 2 PDB 声明:octameric(8) 与全部聚合物数一致 链 LX; UniProt 1–156 未记录 Ribosomal protein L19 × 1 (G0S9T3) 60S ribosomal protein L26-like protein × 1 (G0RYN9) dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase × 1 (G0S0D7) 60S ribosomal protein L38-like protein × 1 (G0SG89) 28S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 Methionine aminopeptidase 2 × 1 (G0SEA9) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.94 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 25 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 G0S507_CHATD
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 LX; PDB构建体 1–156; UniProt 1–156

60S ribosomal protein L26-like protein

Thermochaetoides thermophila DSM 1495

UniProt G0RYN9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 6 RNA 2 PDB 声明:octameric(8) 与全部聚合物数一致 链 LY; UniProt 1–138 未记录 Ribosomal protein L19 × 1 (G0S9T3) 60S ribosomal protein L25-like protein × 1 (G0S507) dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase × 1 (G0S0D7) 60S ribosomal protein L38-like protein × 1 (G0SG89) 28S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 Methionine aminopeptidase 2 × 1 (G0SEA9) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.94 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 26 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 G0RYN9_CHATD
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 LY; PDB构建体 1–138; UniProt 1–138

dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase

Thermochaetoides thermophila DSM 1495

UniProt G0S0D7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 6 RNA 2 PDB 声明:octameric(8) 与全部聚合物数一致 链 Lh; UniProt 1–935 未记录 Ribosomal protein L19 × 1 (G0S9T3) 60S ribosomal protein L25-like protein × 1 (G0S507) 60S ribosomal protein L26-like protein × 1 (G0RYN9) 60S ribosomal protein L38-like protein × 1 (G0SG89) 28S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 Methionine aminopeptidase 2 × 1 (G0SEA9) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.94 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 26 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 G0S0D7_CHATD
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 Lh; PDB构建体 1–935; UniProt 1–935

60S ribosomal protein L38-like protein

Thermochaetoides thermophila DSM 1495

UniProt G0SG89

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 6 RNA 2 PDB 声明:octameric(8) 与全部聚合物数一致 链 Lk; UniProt 1–94 未记录 Ribosomal protein L19 × 1 (G0S9T3) 60S ribosomal protein L25-like protein × 1 (G0S507) 60S ribosomal protein L26-like protein × 1 (G0RYN9) dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase × 1 (G0S0D7) 28S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 Methionine aminopeptidase 2 × 1 (G0SEA9) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.94 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 G0SG89_CHATD
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 Lk; PDB构建体 1–94; UniProt 1–94

Methionine aminopeptidase 2

Thermochaetoides thermophila DSM 1495

UniProt G0SEA9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 6 RNA 2 PDB 声明:octameric(8) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–444 未记录 Ribosomal protein L19 × 1 (G0S9T3) 60S ribosomal protein L25-like protein × 1 (G0S507) 60S ribosomal protein L26-like protein × 1 (G0RYN9) dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycotransferase × 1 (G0S0D7) 60S ribosomal protein L38-like protein × 1 (G0SG89) 28S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.94 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 G0SEA9_CHATD
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–444; UniProt 1–444

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8onz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8onz
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8onz
沉积日期 deposition_date2023-04-04
最后修订 last_revision2024-02-21
结构标题 titleChaetomium thermophilum Methionine Aminopeptidase 2 at the 80S ribosome
关键词 keywords;Ribosome Associated Factor, Protease, Tunnel exit, Protein Maturation, Proteostasis, NME, p67, MAP, MetAP, MAP2, MetAP2, ES27L, PTE, METAL BINDING PROTEIN ;; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier53.06
回转半径 Rg (电子) rg_electron52.91
零角强度 I(0) i01301790000.00
分子量 molecular_weight219620.0 kDa
排除体积 excluded_volume241960 ų
包络体积 envelope_volume464850 ų
水化壳体积 shell_volume77045 ų
包络直径 envelope_diameter201.6
壳层 Rg shell_rg51.88
包络 Rg envelope_rg52.70
形状 Rg shape_rg52.87
总 Rg total_rg52.97
总原子数 total_atoms14990
残基数 n_residues1320
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax178.0
Rg (实空间) rg_real53.19
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.05
I(0) (实空间) i0_real1.3020e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.6640e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal52.93
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1301000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8140
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary53.4
偏度 Skewness skewness0.372
峰度 Kurtosis kurtosis-0.442
角度范围 angular_range— – 0.1500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha35450000.0000
实空间数据点数 n_real_points31
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.860; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)