8otm

;structure of InhA from mycobacterium tuberculosis in complex with N-((1-(3-hydroxy-4-phenoxybenzyl)-1H-1,2,3-triazol-4-yl)methyl)-2-oxo-2H-chromene-3-carboxamide ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 89.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8otm
沉积日期 deposition_date	2023-04-21
最后修订 last_revision	2023-08-16
结构标题 title	;structure of InhA from mycobacterium tuberculosis in complex with N-((1-(3-hydroxy-4-phenoxybenzyl)-1H-1,2,3-triazol-4-yl)methyl)-2-oxo-2H-chromene-3-carboxamide ;
关键词 keywords	enoyl-ACP-reductase type II fatty acid synthase mycolic acids tuberculosis therapeutic target, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.49 Å
零角强度 I(0) i0	214019000.00
分子量 molecular_weight	117010.0 kDa
排除体积 excluded_volume	146410 Å³
包络体积 envelope_volume	166790 Å³
水化壳体积 shell_volume	46220 Å³
包络直径 envelope_diameter	93.3 Å
壳层 Rg shell_rg	37.83 Å
包络 Rg envelope_rg	28.71 Å
形状 Rg shape_rg	28.48 Å
总 Rg total_rg	29.29 Å
总原子数 total_atoms	8222
残基数 n_residues	1069
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.0 Å
Rg (实空间) rg_real	29.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1400e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8490e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	214000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8935
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.177
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.414
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	90010000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.929; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.853

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
分子量 formula_weight	28698.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.3.1.9
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	9655

GSMTGLLDGKRILVSGIITDSSIAFHIARVAQEQGAQLVLTGFDRLRLIQRITDRLPAKAPLLELDVQNEEHLASLAGRVTEAIGAGNKLDGVVHSIGFMPQTGMGINPFFDAPYADVSKGIHISAYSYASMAKALLPIMNPGGSIVGMDFDPSRAMPAYNWMTVAKSALESVNRFVAREAGKYGVRSNLVAAGPIRTLAMSAIVGGALGEEAGAQIQLLEEGWDQRAPIGWNMKDATPVAKTVCALLSDWLPATTGDIIYADGGAHTQLL

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	663.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-oxidanylidene-~{N}-[[1-[(3-oxidanyl-4-phenoxy-phenyl)methyl]-1,2,3-triazol-4-yl]methyl]chromene-3-carboxamide
分子量 formula_weight	468.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 6 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1088

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	90.588 Å
晶胞边长 b length_b	92.784 Å
晶胞边长 c length_c	90.751 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	119.20 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	79.070 Å
R 因子 r_factor	0.1596
R_work r_work	0.1586
R_free r_free	0.1775

fit	/app/data/saxs_computation/ot/8otm/8otm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ot/8otm/8otm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ot/8otm/8otm.dat