8p0x

Structure of the human Commander complex Retriever Subcomplex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 189.6 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coiled-coil domain-containing protein 93

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 K； UniProt 1–631	未记录	Coiled-coil domain-containing protein 22 × 1 （O60826） Vacuolar protein sorting-associated protein 29 × 1 （Q9UBQ0） VPS35 endosomal protein-sorting factor-like × 1 （Q7Z3J2） Vacuolar protein sorting-associated protein 26C × 1 （O14972）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8P0X	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8F2U Human CCC complex 提交 2022-11-08	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 N 1–631（631 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2；50 mM HEPES pH7.2, 150 mM NaCl, 2mM beta-mercaptoethanol, 0.01% Triton-X100 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.53 Å
8P0V Structure of the human Commander complex coiled coils, DENND10 and partial Retriever subcomplex 提交 2023-05-10	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 K 1–631（631 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.50 Å
8P0W Structure of the human Commander complex COMMD ring 提交 2023-05-11	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 K 1–631（631 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCD93_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–631； UniProt 1–631

Coiled-coil domain-containing protein 22

物种未注明

UniProt O60826

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 1–627	未记录	Coiled-coil domain-containing protein 93 × 1 （Q567U6） Vacuolar protein sorting-associated protein 29 × 1 （Q9UBQ0） VPS35 endosomal protein-sorting factor-like × 1 （Q7Z3J2） Vacuolar protein sorting-associated protein 26C × 1 （O14972）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8P0X	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8F2U Human CCC complex 提交 2022-11-08	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 T 1–627（627 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2；50 mM HEPES pH7.2, 150 mM NaCl, 2mM beta-mercaptoethanol, 0.01% Triton-X100 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.53 Å
8P0V Structure of the human Commander complex coiled coils, DENND10 and partial Retriever subcomplex 提交 2023-05-10	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 L 1–627（627 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.50 Å
8P0W Structure of the human Commander complex COMMD ring 提交 2023-05-11	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 L 1–627（627 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCD22_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–627； UniProt 1–627

Vacuolar protein sorting-associated protein 29

物种未注明

UniProt Q9UBQ0

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 N； UniProt 1–182	未记录	Coiled-coil domain-containing protein 93 × 1 （Q567U6） Coiled-coil domain-containing protein 22 × 1 （O60826） VPS35 endosomal protein-sorting factor-like × 1 （Q7Z3J2） Vacuolar protein sorting-associated protein 26C × 1 （O14972）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8P0X	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1W24 Crystal Structure Of human Vps29 提交 2004-06-26	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–182（182 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；25%PEG4000, 10%ETHYENE GLYCOL, 100MM HEPES PH7.5, pH 7.50	分辨率 2.10 Å R-free 0.244
2R17 Functional architecture of the retromer cargo-recognition complex 提交 2007-08-22	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–182（182 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 8；291 K；20% PEG 3350, 1M NaCl,50mM Tris, pH 8.0, hanging drop, temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.268
2R17 Functional architecture of the retromer cargo-recognition complex 提交 2007-08-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–182（182 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 8；291 K；20% PEG 3350, 1M NaCl,50mM Tris, pH 8.0, hanging drop, temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.268
5GTU Structural and mechanistic insights into regulation of the retromer coat by TBC1d5 提交 2016-08-23	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–182（181 aa）片段：UNP residues 2-182	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6；289 K；0.1M Bis-Tris, pH6.0, 2% Tacsimate, pH 6.0, 15~20% PEG3350	分辨率 1.50 Å R-free 0.186
5OSH Structure of retromer VPS29-VPS35C subunits complexed with RidL N-terminal domain (1-236) 提交 2017-08-17	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–182（182 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；0.1 M sodium chloride 0.1 M Tris pH 8.0 4-8% PEG6000.	分辨率 4.30 Å R-free 0.311
5OSH Structure of retromer VPS29-VPS35C subunits complexed with RidL N-terminal domain (1-236) 提交 2017-08-17	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–182（182 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；0.1 M sodium chloride 0.1 M Tris pH 8.0 4-8% PEG6000.	分辨率 4.30 Å R-free 0.311
5OSH Structure of retromer VPS29-VPS35C subunits complexed with RidL N-terminal domain (1-236) 提交 2017-08-17	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 1–182（182 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；0.1 M sodium chloride 0.1 M Tris pH 8.0 4-8% PEG6000.	分辨率 4.30 Å R-free 0.311
5OSH Structure of retromer VPS29-VPS35C subunits complexed with RidL N-terminal domain (1-236) 提交 2017-08-17	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 1–182（182 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；0.1 M sodium chloride 0.1 M Tris pH 8.0 4-8% PEG6000.	分辨率 4.30 Å R-free 0.311
5OSI Structure of retromer VPS29-VPS35C subunits complexed with RidL harpin loop (163-176) 提交 2017-08-17	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–182（182 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M NaCl, 20% PEG3350 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 2.52 Å R-free 0.267
5OSI Structure of retromer VPS29-VPS35C subunits complexed with RidL harpin loop (163-176) 提交 2017-08-17	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–182（182 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M NaCl, 20% PEG3350 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 2.52 Å R-free 0.267
5OSI Structure of retromer VPS29-VPS35C subunits complexed with RidL harpin loop (163-176) 提交 2017-08-17	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 1–182（182 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M NaCl, 20% PEG3350 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 2.52 Å R-free 0.267
5OSI Structure of retromer VPS29-VPS35C subunits complexed with RidL harpin loop (163-176) 提交 2017-08-17	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 1–182（182 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M NaCl, 20% PEG3350 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 2.52 Å R-free 0.267
5WYH Crystal structure of RidL(1-200) complexed with VPS29 提交 2017-01-13	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–182（181 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris pH8.0, 20% PEG 8000	分辨率 2.46 Å R-free 0.225
5WYH Crystal structure of RidL(1-200) complexed with VPS29 提交 2017-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–182（181 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris pH8.0, 20% PEG 8000	分辨率 2.46 Å R-free 0.225
6XS5 Crystal structure of human Vps29 complexed with RaPID-derived cyclic peptide RT-D1 提交 2020-07-15	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–182（182 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 FMT FORMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；3.5 M Sodium Formate	分辨率 2.01 Å R-free 0.225
6XS7 Crystal structure of human Vps29 complexed with RaPID-derived cyclic peptide RT-D2 提交 2020-07-15	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–182（182 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 FMT FORMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Potassium thiocyanate, 30% PEG2000 MME	分辨率 1.58 Å R-free 0.191
6XS9 Crystal structure of human Vps29 complexed with RaPID-derived cyclic peptide RT-L1 提交 2020-07-15	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–182（182 aa）	未记录	MLI MALONATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.4 M sodium malonate	分辨率 2.69 Å R-free 0.282
6XS9 Crystal structure of human Vps29 complexed with RaPID-derived cyclic peptide RT-L1 提交 2020-07-15	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–182（182 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 1 O4B 1,4,7,10,13,16-HEXAOXACYCLOOCTADECANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.4 M sodium malonate	分辨率 2.69 Å R-free 0.282
6XSA Crystal structure of human Vps29 complexed with RaPID-derived cyclic peptide RT-L2 提交 2020-07-15	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–182（182 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M HEPES, 1 M succinic and 1% PEG2000 MME	分辨率 1.83 Å R-free 0.227
7BLN VPS35/VPS29 arch of metazoan membrane-assembled retromer:SNX3 complex modelled with human proteins 提交 2021-01-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–182（182 aa）链 D 1–182（182 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.90 Å
8ESE Crystal structure of human Vps29 bound to a peptide from Vps35L 提交 2022-10-13	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Z 1–182（182 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-tris pH 5.5 and 25% (w/v) PEG3350	分辨率 1.35 Å R-free 0.241
8P0V Structure of the human Commander complex coiled coils, DENND10 and partial Retriever subcomplex 提交 2023-05-10	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 N 1–182（182 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.50 Å
8R02 Crystal structure of the retromer complex VPS29/VPS35 with the ligand bis-1,3-phenyl guanylhydrazone, 2a 提交 2023-10-30	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–182（182 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；20% PEG 3350, 150 mM NaK tartrate, 100 mM NaCl, pH 7.4	分辨率 2.50 Å R-free 0.264
8R02 Crystal structure of the retromer complex VPS29/VPS35 with the ligand bis-1,3-phenyl guanylhydrazone, 2a 提交 2023-10-30	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–182（182 aa）	未记录	XFZ Bis-1,3-phenyl guanylhydrazon × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；20% PEG 3350, 150 mM NaK tartrate, 100 mM NaCl, pH 7.4	分辨率 2.50 Å R-free 0.264
8R0J Crystal structure of the retromer complex VPS29/VPS35 with the ligand bis-1,3-phenyl guanylhydrazone, 2a 提交 2023-10-31	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–182（182 aa）	未记录	XFZ Bis-1,3-phenyl guanylhydrazon × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；18% PEG 3350, 150 mM NaK tartrate, pH 7.4;	分辨率 2.40 Å R-free 0.250
8R0J Crystal structure of the retromer complex VPS29/VPS35 with the ligand bis-1,3-phenyl guanylhydrazone, 2a 提交 2023-10-31	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–182（182 aa）	未记录	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；18% PEG 3350, 150 mM NaK tartrate, pH 7.4;	分辨率 2.40 Å R-free 0.250
8RKS Structure of VPS29-VPS35 bound to the LFa motif R21 of Fam21. 提交 2023-12-30	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–182（182 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M NaCl, 20% PEG3350 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 3.10 Å R-free 0.288
8RKS Structure of VPS29-VPS35 bound to the LFa motif R21 of Fam21. 提交 2023-12-30	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–182（182 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M NaCl, 20% PEG3350 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 3.10 Å R-free 0.288
8RKS Structure of VPS29-VPS35 bound to the LFa motif R21 of Fam21. 提交 2023-12-30	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1–182（182 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M NaCl, 20% PEG3350 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 3.10 Å R-free 0.288
8RKS Structure of VPS29-VPS35 bound to the LFa motif R21 of Fam21. 提交 2023-12-30	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 1–182（182 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M NaCl, 20% PEG3350 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 3.10 Å R-free 0.288
8SYM Human VPS29/VPS35L Complex (Locally refined map) 提交 2023-05-25	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–186（186 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；10 mM HEPES (pH 7.0), 150 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, and 5% (v/v) glycerol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8SYN Human VPS35L/VPS29/VPS26C Complex 提交 2023-05-25	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–186（186 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；10 mM HEPES (pH 7.0), 150 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, and 5% (v/v) glycerol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å
8SYO Human Retriever VPS35L/VPS29/VPS26C Complex (Composite Map) 提交 2023-05-25	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–186（186 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；10 mM HEPES (pH 7.0), 150 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, and 5% (v/v) glycerol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å
9AU7 Human Retriever VPS35L/VPS29/VPS26C complex bound to SNX17 peptide (Composite Map) 提交 2024-02-28	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–186（186 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

共 20 个其他 PDB 条目、34 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VPS29_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182

VPS35 endosomal protein-sorting factor-like

物种未注明

UniProt Q7Z3J2

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 O； UniProt 1–963	未记录	Coiled-coil domain-containing protein 93 × 1 （Q567U6） Coiled-coil domain-containing protein 22 × 1 （O60826） Vacuolar protein sorting-associated protein 29 × 1 （Q9UBQ0） Vacuolar protein sorting-associated protein 26C × 1 （O14972）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8P0X	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8P0V Structure of the human Commander complex coiled coils, DENND10 and partial Retriever subcomplex 提交 2023-05-10	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 O 1–963（963 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.50 Å
8SYM Human VPS29/VPS35L Complex (Locally refined map) 提交 2023-05-25	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–963（963 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；10 mM HEPES (pH 7.0), 150 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, and 5% (v/v) glycerol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8SYN Human VPS35L/VPS29/VPS26C Complex 提交 2023-05-25	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–963（963 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；10 mM HEPES (pH 7.0), 150 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, and 5% (v/v) glycerol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å
8SYO Human Retriever VPS35L/VPS29/VPS26C Complex (Composite Map) 提交 2023-05-25	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–963（963 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；10 mM HEPES (pH 7.0), 150 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, and 5% (v/v) glycerol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å
9AU7 Human Retriever VPS35L/VPS29/VPS26C complex bound to SNX17 peptide (Composite Map) 提交 2024-02-28	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–963（963 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VP35L_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 O； PDB构建体 1–963； UniProt 1–963

Vacuolar protein sorting-associated protein 26C

物种未注明

UniProt O14972

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 P； UniProt 1–297	未记录	Coiled-coil domain-containing protein 93 × 1 （Q567U6） Coiled-coil domain-containing protein 22 × 1 （O60826） Vacuolar protein sorting-associated protein 29 × 1 （Q9UBQ0） VPS35 endosomal protein-sorting factor-like × 1 （Q7Z3J2）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8P0X	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8SYN Human VPS35L/VPS29/VPS26C Complex 提交 2023-05-25	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–297（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；10 mM HEPES (pH 7.0), 150 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, and 5% (v/v) glycerol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å
8SYO Human Retriever VPS35L/VPS29/VPS26C Complex (Composite Map) 提交 2023-05-25	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–297（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；10 mM HEPES (pH 7.0), 150 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, and 5% (v/v) glycerol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å
9AU7 Human Retriever VPS35L/VPS29/VPS26C complex bound to SNX17 peptide (Composite Map) 提交 2024-02-28	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–297（297 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VP26C_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–297； UniProt 1–297

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8p0x
沉积日期 deposition_date	2023-05-11
结构标题 title	Structure of the human Commander complex Retriever Subcomplex
关键词 keywords	alpha solenoid, arrestin fold, phosphoesterase fold, complex, UNKNOWN FUNCTION; UNKNOWN FUNCTION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	54.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	54.79 Å
零角强度 I(0) i0	355735000.00
分子量 molecular_weight	130450.0 kDa
排除体积 excluded_volume	151750 Å³
包络体积 envelope_volume	351890 Å³
水化壳体积 shell_volume	56688 Å³
包络直径 envelope_diameter	184.6 Å
壳层 Rg shell_rg	54.70 Å
包络 Rg envelope_rg	51.66 Å
形状 Rg shape_rg	54.77 Å
总 Rg total_rg	54.82 Å
总原子数 total_atoms	9322
残基数 n_residues	1850
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	189.6 Å
Rg (实空间) rg_real	54.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5570e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.7360e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	54.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	355500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8650
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	45.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.273
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.702
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	36180000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.824; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.899; Smooth: 0.868

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Coiled-coil domain-containing protein 93
分子量 formula_weight	73319.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K
原子数 atom_count	9322

MGLPRGPEGQGLPEVETREDEEQNVKLTEILELLVAAGYFRARIKGLSPFDKVVGGMTWCITTCNFDVDVDLLFQENSTIGQKIALSEKIVSVLPRMKCPHQLEPHQIQGMDFIHIFPVVQWLVKRAIETKEEMGDYIRSYSVSQFQKTYSLPEDDDFIKRKEKAIKTVVDLSEVYKPRRKYKRHQGAEELLDEESRIHATLLEYGRRYGFSRQSKMEKAEDKKTALPAGLSATEKADAHEEDELRAAEEQRIQSLMTKMTAMANEESRLTASSVGQIVGLCSAEIKQIVSEYAEKQSELSAEESPEKLGTSQLHRRKVISLNKQIAQKTKHLEELRASHTSLQARYNEAKKTLTELKTYSEKLDKEQAALEKIESKADPSILQNLRALVAMNENLKSQEQEFKAHCREEMTRLQQEIENLKAERAPRGDEKTLSSGEPPGTLTSAMTHDEDLDRRYNMEKEKLYKIRLLQARRNREIAILHRKIDEVPSRAELIQYQKRFIELYRQISAVHKETKQFFTLYNTLDDKKVYLEKEISLLNSIHENFSQAMASPAARDQFLRQMEQIVEGIKQSRMKMEKKKQENKMRRDQLNDQYLELLEKQRLYFKTVKEFKEEGRKNEMLLSKVKAKAS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Coiled-coil domain-containing protein 22
分子量 formula_weight	70856.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MEEADRILIHSLRQAGTAVPPDVQTLRAFTTELVVEAVVRCLRVINPAVGSGLSPLLPLAMSARFRLAMSLAQACMDLGYPLELGYQNFLYPSEPDLRDLLLFLAERLPTDASEDADQPAGDSAILLRAIGSQIRDQLALPWVPPHLRTPKLQHLQGSALQKPFHASRLVVPELSSRGEPREFQASPLLLPVPTQVPQPVGRVASLLEHHALQLCQQTGRDRPGDEDWVHRTSRLPPQEDTRAQRQRLQKQLTEHLRQSWGLLGAPIQARDLGELLQAWGAGAKTGAPKGSRFTHSEKFTFHLEPQAQATQVSDVPATSRRPEQVTWAAQEQELESLREQLEGVNRSIEEVEADMKTLGVSFVQAESECRHSKLSTAEREQALRLKSRAVELLPDGTANLAKLQLVVENSAQRVIHLAGQWEKHRVPLLAEYRHLRKLQDCRELESSRRLAEIQELHQSVRAAAEEARRKEEVYKQLMSELETLPRDVSRLAYTQRILEIVGNIRKQKEEITKILSDTKELQKEINSLSGKLDRTFAVTDELVFKDAKKDDAVRKAYKYLAALHENCSQLIQTIEDTGTIMREVRDLEEQIETELGKKTLSNLEKIREDYRALRQENAGLLGRVREA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Vacuolar protein sorting-associated protein 29
分子量 formula_weight	20531.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MLVLVLGDLHIPHRCNSLPAKFKKLLVPGKIQHILCTGNLCTKESYDYLKTLAGDVHIVRGDFDENLNYPEQKVVTVGQFKIGLIHGHQVIPWGDMASLALLQRQFDVDILISGHTHKFEAFEHENKFYINPGSATGAYNALETNIIPSFVLMDIQASTVVTYVYQLIGDDVKVERIEYKKP

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	VPS35 endosomal protein-sorting factor-like
分子量 formula_weight	109700.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

MAVFPWHSRNRNYKAEFASCRLEAVPLEFGDYHPLKPITVTESKTKKVNRKGSTSSTSSSSSSSVVDPLSSVLDGTDPLSMFAATADPAALAAAMDSSRRKRDRDDNSVVGSDFEPWTNKRGEILARYTTTEKLSINLFMGSEKGKAGTATLAMSEKVRTRLEELDDFEEGSQKELLNLTQQDYVNRIEELNQSLKDAWASDQKVKALKIVIQCSKLLSDTSVIQFYPSKFVLITDILDTFGKLVYERIFSMCVDSRSVLPDHFSPENANDTAKETCLNWFFKIASIRELIPRFYVEASILKCNKFLSKTGISECLPRLTCMIRGIGDPLVSVYARAYLCRVGMEVAPHLKETLNKNFFDFLLTFKQIHGDTVQNQLVVQGVELPSYLPLYPPAMDWIFQCISYHAPEALLTEMMERCKKLGNNALLLNSVMSAFRAEFIATRSMDFIGMIKECDESGFPKHLLFRSLGLNLALADPPESDRLQILNEAWKVITKLKNPQDYINCAEVWVEYTCKHFTKREVNTVLADVIKHMTPDRAFEDSYPQLQLIIKKVIAHFHDFSVLFSVEKFLPFLDMFQKESVRVEVCKCIMDAFIKHQQEPTKDPVILNALLHVCKTMHDSVNALTLEDEKRMLSYLINGFIKMVSFGRDFEQQLSFYVESRSMFCNLEPVLVQLIHSVNRLAMETRKVMKGNHSRKTAAFVRACVAYCFITIPSLAGIFTRLNLYLHSGQVALANQCLSQADAFFKAAISLVPEVPKMINIDGKMRPSESFLLEFLCNFFSTLLIVPDHPEHGVLFLVRELLNVIQDYTWEDNSDEKIRIYTCVLHLLSAMSQETYLYHIDKVDSNDSLYGGDSKFLAENNKLCETVMAQILEHLKTLAKDEALKRQSSLGLSFFNSILAHGDLRNNKLNQLSVNLWHLAQRHGCADTRTMVKTLEYIKKQSKQPDMTHLTELALRLPLQTRT

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Vacuolar protein sorting-associated protein 26C
分子量 formula_weight	33049.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MGTALDIKIKRANKVYHAGEVLSGVVVISSKDSVQHQGVSLTMEGTVNLQLSAKSVGVFEAFYNSVKPIQIINSTIEMVKPGKFPSGKTEIPFEFPLHLKGNKVLYETYHGVFVNIQYTLRCDMKRSLLAKDLTKTCEFIVHSAPQKGKFTPSPVDFTITPETLQNVKERALLPKFLLRGHLNSTNCVITQPLTGELVVESSEAAIRSVELQLVRVETCGCAEGYARDATEIQNIQIADGDVCRGLSVPIYMVFPRLFTCPTLETTNFKVEFEVNIVVLLHPDHLITENFPLKLCRI

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	7.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	13000

fit	/app/data/saxs_computation/p0/8p0x/8p0x.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p0/8p0x/8p0x.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p0/8p0x/8p0x.dat

Structure of the human Commander complex Retriever Subcomplex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coiled-coil domain-containing protein 93

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Coiled-coil domain-containing protein 22

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Vacuolar protein sorting-associated protein 29

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

VPS35 endosomal protein-sorting factor-like

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Vacuolar protein sorting-associated protein 26C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)