8pku

Kelch domain of KEAP1 in complex with ortho-dimethylbenzene linked cyclic peptide 3 (ortho-WRCDEETGEC).

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 91.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kelch-like ECH-associated protein 1

Homo sapiens

UniProt Q14145

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 312–623 未记录 SO4 SULFATE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;100 mM Bis-Tris pH 6.5, 1.5 M NH4SO4, 0.2 % PEG 550 分辨率 1.73 Å R-free 0.206
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 312–623 未记录 CP3 × 1 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 ZK2 (2-methylphenyl)methanol × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;100 mM Bis-Tris pH 6.5, 1.5 M NH4SO4, 0.2 % PEG 550 分辨率 1.73 Å R-free 0.206

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 119 个其他 PDB 条目、193 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KEAP1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–315; UniProt 312–623 作者链 B; PDB构建体 4–315; UniProt 312–623

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8pku

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8pku
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8pku
沉积日期 deposition_date2023-06-27
结构标题 titleKelch domain of KEAP1 in complex with ortho-dimethylbenzene linked cyclic peptide 3 (ortho-WRCDEETGEC).
关键词 keywordsPeptide inhibitor, Inhibitor complex, cyclic peptide, Ubiquitin ligase, NRF2, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.92
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.83
零角强度 I(0) i076145300.00
分子量 molecular_weight64029.0 kDa
排除体积 excluded_volume78138 ų
包络体积 envelope_volume95516 ų
水化壳体积 shell_volume29844 ų
包络直径 envelope_diameter95.0
壳层 Rg shell_rg34.11
包络 Rg envelope_rg26.64
形状 Rg shape_rg26.82
总 Rg total_rg27.55
总原子数 total_atoms4486
残基数 n_residues588
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax91.4
Rg (实空间) rg_real27.96
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.61
I(0) (实空间) i0_real7.6150e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1320e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.95
I(0) (倒空间) i0_reciprocal76140000.0000
解质量估计 total_estimate0.8843
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.9
偏度 Skewness skewness0.328
峰度 Kurtosis kurtosis-0.581
角度范围 angular_range— – 0.2850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha14650000.0000
实空间数据点数 n_real_points58
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.859; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.959; Smooth: 0.956

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)