8pkw

Kelch domain of KEAP1 in complex with a ortho-dimethylbenzene linked cyclic peptide 5 (ortho-WRCDPETaEC).

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 92.3 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kelch-like ECH-associated protein 1

Homo sapiens

UniProt Q14145

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 312–623 未记录 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;100 mM Bis-Tris pH 6.5, 1.5 M NH4SO4, 0.2 % PEG 550 分辨率 1.54 Å R-free 0.199
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 312–623 未记录 CP5 × 1 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 1 ZK2 (2-methylphenyl)methanol × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;100 mM Bis-Tris pH 6.5, 1.5 M NH4SO4, 0.2 % PEG 550 分辨率 1.54 Å R-free 0.199

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 119 个其他 PDB 条目、193 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KEAP1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–315; UniProt 312–623 作者链 B; PDB构建体 4–315; UniProt 312–623

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8pkw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8pkw
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8pkw
沉积日期 deposition_date2023-06-27
结构标题 titleKelch domain of KEAP1 in complex with a ortho-dimethylbenzene linked cyclic peptide 5 (ortho-WRCDPETaEC).
关键词 keywordsPeptide inhibitor, Inhibitor complex, cyclic peptide, Ubiquitin ligase, NRF2, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.95
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.90
零角强度 I(0) i073024500.00
分子量 molecular_weight63103.0 kDa
排除体积 excluded_volume77142 ų
包络体积 envelope_volume94814 ų
水化壳体积 shell_volume29565 ų
包络直径 envelope_diameter94.8
壳层 Rg shell_rg34.10
包络 Rg envelope_rg26.65
形状 Rg shape_rg26.89
总 Rg total_rg27.62
总原子数 total_atoms4425
残基数 n_residues588
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax92.3
Rg (实空间) rg_real27.99
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.75
I(0) (实空间) i0_real7.3020e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1670e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.98
I(0) (倒空间) i0_reciprocal73020000.0000
解质量估计 total_estimate0.6923
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.2
偏度 Skewness skewness0.323
峰度 Kurtosis kurtosis-0.593
角度范围 angular_range— – 0.2850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha13790000.0000
实空间数据点数 n_real_points58
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.847; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.177; Positv: 1.000; Valcen: 0.951; Smooth: 0.974

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)