SAXSdb — 8qel

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P20459

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Interferon-induced, double-stranded RNA-activated protein kinase × 1 （P19525） (3~{Z})-3-[(4-methyl-1~{H}-imidazol-5-yl)methylidene]-2-oxidanylidene-1~{H}-indole-5-carboxamide × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IF2A_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–173； UniProt 4–176

Interferon-induced, double-stranded RNA-activated protein kinase

Homo sapiens

UniProt P19525

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha × 1 （P20459） (3~{Z})-3-[(4-methyl-1~{H}-imidazol-5-yl)methylidene]-2-oxidanylidene-1~{H}-indole-5-carboxamide × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	E2AK2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–82； UniProt 258–337 作者链 B； PDB构建体 89–273； UniProt 357–541

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qel
沉积日期 deposition_date	2023-08-31
结构标题 title	PKR kinase domain- eIF2alpha in complex with compound
关键词 keywords	protein synthesis/transferase, antiproliferative and antiviral effects, interferon, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8qel__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8qel__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8qel__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.36 Å
Rg（电子密度）	28.23 Å
总 Rg	28.71 Å
原子数	3498
残基数	427
排除体积	62793 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8qel__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha
分子量 formula_weight	20409.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3498

SHCRFYENKYPEIDDIVMVNVQQIAEMGAYVKLLEYDNIEGMILLSELSRRRIRSIQKLIRVGKNDVAVVLRVDKEKGYIDLSKRRVSSEDIIKCEEKYQKSKTVHSILRYCAEKFQIPLEELYKTIAWPLSRKFGHAYEAFKLSIIDETVWEGIEPPSKDVLDELKNYISKR

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Interferon-induced, double-stranded RNA-activated protein kinase
分子量 formula_weight	31589.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1,2.7.10.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

AHTVDKRFGMDFKEIELIGSGGFGQVFKAKHRIDGKTYVIKRVKYNNEKAEREVKALAKLDHVNIVHYNGCWDGFDYDPETSSKNSSRSKTKCLFIQMEFCDKGTLEQWIEKRRGEKLDKVLALELFEQITKGVDYIHSKKLINRDLKPSNIFLVDTKQVKIGDFGLVTSLKNDGKRTRSKGTLRYMSPEQISSQDYGKEVDLYALGLILAELLHVCDTAFETSKFFTDLRDGIISDIFDKKEKTLLQKLLSKKPEDRPNTSEILRTLTVWKK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(3~{Z})-3-[(4-methyl-1~{H}-imidazol-5-yl)methylidene]-2-oxidanylidene-1~{H}-indole-5-carboxamide
分子量 formula_weight	268.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	8qelA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	8qelA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	190 — Translation initiation factor 2; subunit 1; domain 2

结构域编号 domain_id	8qelB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	8qelB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

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晶胞边长 a length_a	85.028 Å
晶胞边长 b length_b	85.028 Å
晶胞边长 c length_c	168.940 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.451 Å
最低分辨率 resolution_low	73.640 Å
R 因子 r_factor	0.2431
R_work r_work	0.2412
R_free r_free	0.2780

PKR kinase domain- eIF2alpha in complex with compound

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Interferon-induced, double-stranded RNA-activated protein kinase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8qel__assembly_1__model_1

8qel__assembly_1__model_1 | I(q)

8qel__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

PKR kinase domain- eIF2alpha in complex with compound

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Interferon-induced, double-stranded RNA-activated protein kinase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8qel__assembly_1__model_1

8qel__assembly_1__model_1 | I(q)

8qel__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)