8r2i

Cryo-EM Structure of native Photosystem II assembly intermediate from Chlamydomonas reinhardtii

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Photosystem II protein D1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 11	Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （P37255） Photosystem II CP43 reaction center protein × 1 （P10898） Photosystem II D2 protein × 1 （P06007） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P48268） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （Q08363） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P22666） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P59763） Photosystem II reaction center protein K × 1 （P18263） Chain U, Predicted protein × 1 （A8I5A0） Photosystem II reaction center protein Ycf12 × 1 （P50370） FE (II) ION × 1 CHLOROPHYLL A × 35 PHEOPHYTIN A × 2 BETA-CAROTENE × 8 octyl beta-D-glucopyranoside × 3 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 BICARBONATE ION × 1 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSBA_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–327； UniProt 11–337

Photosystem II CP47 reaction center protein

物种未注明

UniProt P37255

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 11	Photosystem II protein D1 × 1 （P07753） Photosystem II CP43 reaction center protein × 1 （P10898） Photosystem II D2 protein × 1 （P06007） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P48268） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （Q08363） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P22666） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P59763） Photosystem II reaction center protein K × 1 （P18263） Chain U, Predicted protein × 1 （A8I5A0） Photosystem II reaction center protein Ycf12 × 1 （P50370） FE (II) ION × 1 CHLOROPHYLL A × 35 PHEOPHYTIN A × 2 BETA-CAROTENE × 8 octyl beta-D-glucopyranoside × 3 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 BICARBONATE ION × 1 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSBB_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–487； UniProt 2–488

Photosystem II CP43 reaction center protein

物种未注明

UniProt P10898

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 11	Photosystem II protein D1 × 1 （P07753） Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （P37255） Photosystem II D2 protein × 1 （P06007） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P48268） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （Q08363） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P22666） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P59763） Photosystem II reaction center protein K × 1 （P18263） Chain U, Predicted protein × 1 （A8I5A0） Photosystem II reaction center protein Ycf12 × 1 （P50370） FE (II) ION × 1 CHLOROPHYLL A × 35 PHEOPHYTIN A × 2 BETA-CAROTENE × 8 octyl beta-D-glucopyranoside × 3 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 BICARBONATE ION × 1 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSBC_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–423； UniProt 21–443

Photosystem II D2 protein

物种未注明

UniProt P06007

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 11	Photosystem II protein D1 × 1 （P07753） Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （P37255） Photosystem II CP43 reaction center protein × 1 （P10898） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P48268） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （Q08363） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P22666） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P59763） Photosystem II reaction center protein K × 1 （P18263） Chain U, Predicted protein × 1 （A8I5A0） Photosystem II reaction center protein Ycf12 × 1 （P50370） FE (II) ION × 1 CHLOROPHYLL A × 35 PHEOPHYTIN A × 2 BETA-CAROTENE × 8 octyl beta-D-glucopyranoside × 3 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 BICARBONATE ION × 1 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSBD_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–350； UniProt 3–352

Cytochrome b559 subunit alpha

物种未注明

UniProt P48268

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 11	Photosystem II protein D1 × 1 （P07753） Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （P37255） Photosystem II CP43 reaction center protein × 1 （P10898） Photosystem II D2 protein × 1 （P06007） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （Q08363） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P22666） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P59763） Photosystem II reaction center protein K × 1 （P18263） Chain U, Predicted protein × 1 （A8I5A0） Photosystem II reaction center protein Ycf12 × 1 （P50370） FE (II) ION × 1 CHLOROPHYLL A × 35 PHEOPHYTIN A × 2 BETA-CAROTENE × 8 octyl beta-D-glucopyranoside × 3 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 BICARBONATE ION × 1 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSBE_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–76； UniProt 7–82

Cytochrome b559 subunit beta

物种未注明

UniProt Q08363

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 11	Photosystem II protein D1 × 1 （P07753） Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （P37255） Photosystem II CP43 reaction center protein × 1 （P10898） Photosystem II D2 protein × 1 （P06007） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P48268） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P22666） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P59763） Photosystem II reaction center protein K × 1 （P18263） Chain U, Predicted protein × 1 （A8I5A0） Photosystem II reaction center protein Ycf12 × 1 （P50370） FE (II) ION × 1 CHLOROPHYLL A × 35 PHEOPHYTIN A × 2 BETA-CAROTENE × 8 octyl beta-D-glucopyranoside × 3 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 BICARBONATE ION × 1 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSBF_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–33； UniProt 12–44

Photosystem II reaction center protein H

物种未注明

UniProt P22666

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 11	Photosystem II protein D1 × 1 （P07753） Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （P37255） Photosystem II CP43 reaction center protein × 1 （P10898） Photosystem II D2 protein × 1 （P06007） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P48268） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （Q08363） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P59763） Photosystem II reaction center protein K × 1 （P18263） Chain U, Predicted protein × 1 （A8I5A0） Photosystem II reaction center protein Ycf12 × 1 （P50370） FE (II) ION × 1 CHLOROPHYLL A × 35 PHEOPHYTIN A × 2 BETA-CAROTENE × 8 octyl beta-D-glucopyranoside × 3 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 BICARBONATE ION × 1 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSBH_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–65； UniProt 19–83

Photosystem II reaction center protein I

物种未注明

UniProt P59763

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 11	Photosystem II protein D1 × 1 （P07753） Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （P37255） Photosystem II CP43 reaction center protein × 1 （P10898） Photosystem II D2 protein × 1 （P06007） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P48268） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （Q08363） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P22666） Photosystem II reaction center protein K × 1 （P18263） Chain U, Predicted protein × 1 （A8I5A0） Photosystem II reaction center protein Ycf12 × 1 （P50370） FE (II) ION × 1 CHLOROPHYLL A × 35 PHEOPHYTIN A × 2 BETA-CAROTENE × 8 octyl beta-D-glucopyranoside × 3 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 BICARBONATE ION × 1 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSBI_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–28； UniProt 1–28

Photosystem II reaction center protein K

物种未注明

UniProt P18263

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 11	Photosystem II protein D1 × 1 （P07753） Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （P37255） Photosystem II CP43 reaction center protein × 1 （P10898） Photosystem II D2 protein × 1 （P06007） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P48268） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （Q08363） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P22666） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P59763） Chain U, Predicted protein × 1 （A8I5A0） Photosystem II reaction center protein Ycf12 × 1 （P50370） FE (II) ION × 1 CHLOROPHYLL A × 35 PHEOPHYTIN A × 2 BETA-CAROTENE × 8 octyl beta-D-glucopyranoside × 3 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 BICARBONATE ION × 1 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PSBK_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–37； UniProt 10–46

Chain U, Predicted protein

物种未注明

UniProt A8I5A0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 11	Photosystem II protein D1 × 1 （P07753） Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （P37255） Photosystem II CP43 reaction center protein × 1 （P10898） Photosystem II D2 protein × 1 （P06007） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P48268） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （Q08363） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P22666） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P59763） Photosystem II reaction center protein K × 1 （P18263） Photosystem II reaction center protein Ycf12 × 1 （P50370） FE (II) ION × 1 CHLOROPHYLL A × 35 PHEOPHYTIN A × 2 BETA-CAROTENE × 8 octyl beta-D-glucopyranoside × 3 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 BICARBONATE ION × 1 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A8I5A0_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 2； PDB构建体 1–101； UniProt 75–175

Photosystem II reaction center protein Ycf12

物种未注明

UniProt P50370

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 11	Photosystem II protein D1 × 1 （P07753） Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （P37255） Photosystem II CP43 reaction center protein × 1 （P10898） Photosystem II D2 protein × 1 （P06007） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P48268） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （Q08363） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P22666） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P59763） Photosystem II reaction center protein K × 1 （P18263） Chain U, Predicted protein × 1 （A8I5A0） FE (II) ION × 1 CHLOROPHYLL A × 35 PHEOPHYTIN A × 2 BETA-CAROTENE × 8 octyl beta-D-glucopyranoside × 3 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 2 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 1 BICARBONATE ION × 1 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	YCF12_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–32； UniProt 1–32

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8r2i
沉积日期 deposition_date	2023-11-06
结构标题 title	Cryo-EM Structure of native Photosystem II assembly intermediate from Chlamydomonas reinhardtii
关键词 keywords	Photosystem II, photosynthesis, biogenesis of PSII, assembly intermediate, CryoEM, assembly factor, Chlamydomonas reinhardtii; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8r2i__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8r2i__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8r2i__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	41.45 Å
Rg（电子密度）	40.77 Å
总 Rg	41.25 Å
原子数	18049
残基数	1923
排除体积	332740 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8r2i__assembly_1__model_1`	undecameric （11）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (24)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Photosystem II protein D1
分子量 formula_weight	36287.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.3.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	18054

SSLWARFCEWITSTENRLYIGWFGVIMIPCLLTATSVFIIAFIAAPPVDIDGIREPVSGSLLYGNNIITGAVIPTSNAIGLHFYPIWEAASLDEWLYNGGPYQLIVCHFLLGVYCYMGREWELSFRLGMRPWIAVAYSAPVAAASAVFLVYPIGQGSFSDGMPLGISGTFNFMIVFQAEHNILMHPFHMLGVAGVFGGSLFSAMHGSLVTSSLIRETTENESANEGYRFGQEEETYNIVAAHGYFGRLIFQYASFNNSRSLHFFLAAWPVIGIWFTALGLSTMAFNLNGFNFNQSVVDSQGRVLNTWADIINRANLGMEVMHERNAH

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Photosystem II CP47 reaction center protein
分子量 formula_weight	53739.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GLPWYRVHTVVINDPGRLISVHLMHTALVSGWAGSMALFEISVFDPSDPVLNPMWRQGMFVLPFMTRLGITQSWGGWTISGETATNPGIWSYEGVAAAHIILSGALFLASVWHWTYWDLELFRDPRTGKTALDLPKIFGIHLFLSGLLCFGFGAFHVTGVFGPGIWVSDPYGLTGRVQPVAPSWGADGFDPYNPGGIASHHIAAGILGVLAGLFHLCVRPSIRLYFGLSMGSIETVLSSSIAAVFWAAFVVAGTMWYGSAATPIELFGPTRYQWDQGFFQQEIQKRVQASLAEGASLSDAWSRIPEKLAFYDYIGNNPAKGGLFRTGAMNSGDGIAVGWLGHASFKDQEGRELFVRRMPTFFETFPVLLLDKDGIVRADVPFRKAESKYSIEQVGVSVTFYGGELDGLTFTDPATVKKYARKAQLGEIFEFDRSTLQSDGVFRSSPRGWFTFGHVCFALLFFFGHIWHGARTIFRDVFAGIDDDIND

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Photosystem II CP43 reaction center protein
分子量 formula_weight	46468.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

FAWWSGNARLINLSGKLLGAHVAHAGLIVFWAGAMNLFEVSHFVPEKPMYEQGLILLPHIATLGYGVGPGGEIIDTFPYFVSGVLHLISSAVLGFGGVYHSLIGPETLEESYPFFGYVWKDKNKMTNILGYHLIMLGLGAWLLVWKAMYFGGVYDTWAPGGGDVRVITNPTTNAAVIFGYLVKSPFGGDGWICSVDNMEDIIGGHIWIGTLEILGGIWHIYTTPWPWARRAFVWSGEAYLSYSLGAIGVMGFIACCMSWFNNTAYPSEFYGPTGPEASQSQAFTFLVRDQRLGANVASAQGPTGLGKYLMRSPTGEIIFGGETMRFWDFRGPWLEPLRGPNGLDLNKLKNDIQPWQERRAAEYMTHAPLGSLNSVGGVATEINAVNFVSPRSWLACSHFCLGFFFFIGHLWHAGRARAAAAGF

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Photosystem II D2 protein
分子量 formula_weight	39241.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.3.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

IAIGTYQEKRTWFDDADDWLRQDRFVFVGWSGLLLFPCAYFALGGWLTGTTFVTSWYTHGLATSYLEGCNFLTAAVSTPANSMAHSLLFVWGPEAQGDFTRWCQLGGLWAFVALHGAFGLIGFMLRQFEIARSVNLRPYNAIAFSAPIAVFVSVFLIYPLGQSGWFFAPSFGVAAIFRFILFFQGFHNWTLNPFHMMGVAGVLGAALLCAIHGATVENTLFEDGDGANTFRAFNPTQAEETYSMVTANRFWSQIFGVAFSNKRWLHFFMLLVPVTGLWMSAIGVVGLALNLRAYDFVSQEIRAAEDPEFETFYTKNILLNEGIRAWMAAQDQPHERLVFPEEVLPRGNAL

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Cytochrome b559 subunit alpha
分子量 formula_weight	8727.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

ERPFSDILTSIRYWVIHSITVPALFIAGWLFVSTGLAYDVFGTPRPNEYFTEDRQEAPLITDRFNALEQVKKLSGN

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Cytochrome b559 subunit beta
分子量 formula_weight	3795.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

YPIFTVRWLAIHGIAVPTIFFLGAITAMQFIQR

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein H
分子量 formula_weight	7063.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EPGLVTPLGTLLRPLNSEAGKVLPGWGTTVLMAVFILLFAAFLLIILEIYNSSLILDDVSMSWET

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein I
分子量 formula_weight	3277.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MLTLKIFVYTVVTFFVCLFIFGFLSNDP

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein K
分子量 formula_weight	4148.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

KLPEAYAPFAPIVDVLPVIPVFFILLAFVWQAAVSFR

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	Chain U, Predicted protein
分子量 formula_weight	11213.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

FDTYTAETSAILDKVKVTLALDKDDPAKEDSVKGLRKDINNWVAKYRREPKVSGKPSFGNTYSALNALAGHFNSFGATAPIPKKRLERLQKELDDATLLLT

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein Ycf12
分子量 formula_weight	3219.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1

MNIELALTLVSLVLVVSAGPLVVVLLSARGGN

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	35

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	PHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	871.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 15 Entity 15 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 16 Entity 16 non-polymer

描述 description	octyl beta-D-glucopyranoside
分子量 formula_weight	292.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 17 Entity 17 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 18 Entity 18 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 19 Entity 19 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 20 Entity 20 non-polymer

描述 description	DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 21 Entity 21 non-polymer

描述 description	BICARBONATE ION
分子量 formula_weight	61.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 22 Entity 22 non-polymer

描述 description	;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ;
分子量 formula_weight	749.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 23 Entity 23 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 24 Entity 24 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	327737

Cryo-EM Structure of native Photosystem II assembly intermediate from Chlamydomonas reinhardtii

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Photosystem II protein D1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem II CP47 reaction center protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem II CP43 reaction center protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem II D2 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b559 subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b559 subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem II reaction center protein H

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem II reaction center protein I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem II reaction center protein K

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Chain U, Predicted protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体