8rdx

PGGtase I in complex with probe BAY-6092

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta × 1 （P53610） ZINC ION × 1 CHLORIDE ION × 1 DIPHOSPHATE × 1 (5~{R})-5-(2-methoxyphenyl)-9-[(2~{R})-3,3,3-tris(fluoranyl)-2-methoxy-2-phenyl-propanoyl]-3,9-diazaspiro[5.5]undecan-2-one × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta × 1 （P53610） ZINC ION × 1 CHLORIDE ION × 1 DIPHOSPHATE × 1 (5~{R})-5-(2-methoxyphenyl)-9-[(2~{R})-3,3,3-tris(fluoranyl)-2-methoxy-2-phenyl-propanoyl]-3,9-diazaspiro[5.5]undecan-2-one × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta × 1 （P53610） ZINC ION × 1 CHLORIDE ION × 1 DIPHOSPHATE × 1 (5~{R})-5-(2-methoxyphenyl)-9-[(2~{R})-3,3,3-tris(fluoranyl)-2-methoxy-2-phenyl-propanoyl]-3,9-diazaspiro[5.5]undecan-2-one × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta × 1 （P53610） ZINC ION × 1 CHLORIDE ION × 1 DIPHOSPHATE × 1 (5~{R})-5-(2-methoxyphenyl)-9-[(2~{R})-3,3,3-tris(fluoranyl)-2-methoxy-2-phenyl-propanoyl]-3,9-diazaspiro[5.5]undecan-2-one × 1 water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta × 1 （P53610） ZINC ION × 1 CHLORIDE ION × 1 DIPHOSPHATE × 1 (5~{R})-5-(2-methoxyphenyl)-9-[(2~{R})-3,3,3-tris(fluoranyl)-2-methoxy-2-phenyl-propanoyl]-3,9-diazaspiro[5.5]undecan-2-one × 1 water × 1	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta × 1 （P53610） ZINC ION × 1 CHLORIDE ION × 1 DIPHOSPHATE × 1 (5~{R})-5-(2-methoxyphenyl)-9-[(2~{R})-3,3,3-tris(fluoranyl)-2-methoxy-2-phenyl-propanoyl]-3,9-diazaspiro[5.5]undecan-2-one × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FNTA_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–314； UniProt 55–368 作者链 C； PDB构建体 1–314； UniProt 55–368 作者链 E； PDB构建体 1–314； UniProt 55–368 作者链 G； PDB构建体 1–314； UniProt 55–368 作者链 I； PDB构建体 1–314； UniProt 55–368 作者链 K； PDB构建体 1–314； UniProt 55–368

Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta

Rattus norvegicus

UniProt P53610

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha × 1 （Q04631） ZINC ION × 1 CHLORIDE ION × 1 DIPHOSPHATE × 1 (5~{R})-5-(2-methoxyphenyl)-9-[(2~{R})-3,3,3-tris(fluoranyl)-2-methoxy-2-phenyl-propanoyl]-3,9-diazaspiro[5.5]undecan-2-one × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha × 1 （Q04631） ZINC ION × 1 CHLORIDE ION × 1 DIPHOSPHATE × 1 (5~{R})-5-(2-methoxyphenyl)-9-[(2~{R})-3,3,3-tris(fluoranyl)-2-methoxy-2-phenyl-propanoyl]-3,9-diazaspiro[5.5]undecan-2-one × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha × 1 （Q04631） ZINC ION × 1 CHLORIDE ION × 1 DIPHOSPHATE × 1 (5~{R})-5-(2-methoxyphenyl)-9-[(2~{R})-3,3,3-tris(fluoranyl)-2-methoxy-2-phenyl-propanoyl]-3,9-diazaspiro[5.5]undecan-2-one × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha × 1 （Q04631） ZINC ION × 1 CHLORIDE ION × 1 DIPHOSPHATE × 1 (5~{R})-5-(2-methoxyphenyl)-9-[(2~{R})-3,3,3-tris(fluoranyl)-2-methoxy-2-phenyl-propanoyl]-3,9-diazaspiro[5.5]undecan-2-one × 1 water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha × 1 （Q04631） ZINC ION × 1 CHLORIDE ION × 1 DIPHOSPHATE × 1 (5~{R})-5-(2-methoxyphenyl)-9-[(2~{R})-3,3,3-tris(fluoranyl)-2-methoxy-2-phenyl-propanoyl]-3,9-diazaspiro[5.5]undecan-2-one × 1 water × 1	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha × 1 （Q04631） ZINC ION × 1 CHLORIDE ION × 1 DIPHOSPHATE × 1 (5~{R})-5-(2-methoxyphenyl)-9-[(2~{R})-3,3,3-tris(fluoranyl)-2-methoxy-2-phenyl-propanoyl]-3,9-diazaspiro[5.5]undecan-2-one × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PGTB1_RAT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–346； UniProt 18–363 作者链 D； PDB构建体 1–346； UniProt 18–363 作者链 F； PDB构建体 1–346； UniProt 18–363 作者链 H； PDB构建体 1–346； UniProt 18–363 作者链 J； PDB构建体 1–346； UniProt 18–363 作者链 L； PDB构建体 1–346； UniProt 18–363

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8rdx
沉积日期 deposition_date	2023-12-08
结构标题 title	PGGtase I in complex with probe BAY-6092
关键词 keywords	inhibitor, transferase; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8rdx__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8rdx__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8rdx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.01 Å
Rg（电子密度）	26.16 Å
总 Rg	26.91 Å
原子数	5372
残基数	660
排除体积	95033 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8rdx__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`8rdx__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`8rdx__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`8rdx__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`8rdx__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`8rdx__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
分子量 formula_weight	37871.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K
原子数 atom_count	32241

FLSLDSPTYVLYRDRAEWADIDPVPQNDGPSPVVQIIYSEKFRDVYDYFRAVLQRDERSERAFKLTRDAIELNAANYTVWHFRRVLLRSLQKDLQEEMNYIIAIIEEQPKNYQVWHHRRVLVEWLKDPSQELEFIADILNQDAKNYHAWQHRQWVIQEFRLWDNELQYVDQLLKEDVRNNSVWNQRHFVISNTTGYSDRAVLEREVQYTLEMIKLVPHNESAWNYLKGILQDRGLSRYPNLLNQLLDLQPSHSSPYLIAFLVDIYEDMLENQCDNKEDILNKALELCEILAKEKDTIRKEYWRYIGRSLQSKHS

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Spodoptera

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta
分子量 formula_weight	39184.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L

LDFLRDRHVRFFQRCLQVLPERYSSLETSRLTIAFFALSGLDMLDSLDVVNKDDIIEWIYSLQVLPTEDRSNLDRCGFRGSSYLGIPFNPSKNPGTAHPYDSGHIAMTYTGLSCLIILGDDLSRVDKEACLAGLRALQLEDGSFCAVPEGSENDMRFVYCASCICYMLNNWSGMDMKKAISYIRRSMSYDNGLAQGAGLESHGGSTFCGIASLCLMGKLEEVFSEKELNRIKRWCIMRQQNGYHGRPNKPVDTCYSFWVGATLKLLKIFQYTNFEKNRNYILSTQDRLVGGFAKWPDSHPDALHAYFGICGLSLMEESGICKVHPALNVSTRTSERLRDLHQSWKT

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Spodoptera

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	173.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	(5~{R})-5-(2-methoxyphenyl)-9-[(2~{R})-3,3,3-tris(fluoranyl)-2-methoxy-2-phenyl-propanoyl]-3,9-diazaspiro[5.5]undecan-2-one
分子量 formula_weight	490.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

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晶胞边长 a length_a	270.891 Å
晶胞边长 b length_b	269.263 Å
晶胞边长 c length_c	185.248 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	131.77 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.670 Å
最低分辨率 resolution_low	48.210 Å
R 因子 r_factor	0.1382
R_work r_work	0.1371
R_free r_free	0.1891

PGGtase I in complex with probe BAY-6092

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8rdx__assembly_1__model_1

8rdx__assembly_1__model_1 | I(q)

8rdx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (2)

PGGtase I in complex with probe BAY-6092

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8rdx__assembly_1__model_1

8rdx__assembly_1__model_1 | I(q)

8rdx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (2)