8roi

Human cohesin SMC3-HD(EQ)/RAD21-N complex - ADP-bound conformation

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 107.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Structural maintenance of chromosomes protein 3

Homo sapiens

UniProt Q9UQE7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–211 链 A; UniProt 979–1217 突变:E1144Q Double-strand-break repair protein rad21 homolog × 1 (O60216) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.1 M Na/K phosphate pH 7.5; 0.1 M HEPES pH 7.5; 15% v/v PEG Smear High; 10% v/v ethylene glycol 分辨率 2.45 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SMC3_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–211; UniProt 1–211 作者链 A; PDB构建体 224–462; UniProt 979–1217

Double-strand-break repair protein rad21 homolog

Homo sapiens

UniProt O60216

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–102 未记录 Structural maintenance of chromosomes protein 3 × 1 (Q9UQE7) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.1 M Na/K phosphate pH 7.5; 0.1 M HEPES pH 7.5; 15% v/v PEG Smear High; 10% v/v ethylene glycol 分辨率 2.45 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 35 个其他 PDB 条目、41 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAD21_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–102; UniProt 1–102

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8roi

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8roi
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8roi
沉积日期 deposition_date2024-01-11
结构标题 titleHuman cohesin SMC3-HD(EQ)/RAD21-N complex - ADP-bound conformation
关键词 keywords3D genome organization, Chromatin, Cohesin, ATPase activity, ATPase cycle, NUCLEAR PROTEIN; NUCLEAR PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.33
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.99
零角强度 I(0) i049314400.00
分子量 molecular_weight56010.0 kDa
排除体积 excluded_volume70781 ų
包络体积 envelope_volume88910 ų
水化壳体积 shell_volume27652 ų
包络直径 envelope_diameter111.5
壳层 Rg shell_rg33.29
包络 Rg envelope_rg29.64
形状 Rg shape_rg28.99
总 Rg total_rg29.45
总原子数 total_atoms3938
残基数 n_residues484
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax107.9
Rg (实空间) rg_real29.68
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.02
I(0) (实空间) i0_real4.9310e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.3760e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.53
I(0) (倒空间) i0_reciprocal49310000.0000
解质量估计 total_estimate0.8010
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.0
偏度 Skewness skewness0.701
峰度 Kurtosis kurtosis0.154
角度范围 angular_range— – 0.2700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11070000.0000
实空间数据点数 n_real_points55
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.595; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.698; Smooth: 0.926

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)