8rok

Human cohesin SMC3-HD(EQ)/RAD21-N complex - ATP-Mg-bound conformation - Form 1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 146.6 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Structural maintenance of chromosomes protein 3

Homo sapiens

UniProt Q9UQE7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–211 链 A; UniProt 979–1217 突变:E1144Q Double-strand-break repair protein rad21 homolog × 1 (O60216) AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.3 M NaCl; 0.05 M L-Arginine; 0.1 M Tris pH7.5; 22.5 % v/v PEG Smear Broad; 0.05 M L-Glutamic acid monosodium salt hydrate 分辨率 2.25 Å R-free 0.253
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–211 链 C; UniProt 979–1217 突变:E1144Q Double-strand-break repair protein rad21 homolog × 1 (O60216) AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.3 M NaCl; 0.05 M L-Arginine; 0.1 M Tris pH7.5; 22.5 % v/v PEG Smear Broad; 0.05 M L-Glutamic acid monosodium salt hydrate 分辨率 2.25 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SMC3_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–211; UniProt 1–211 作者链 A; PDB构建体 224–462; UniProt 979–1217 作者链 C; PDB构建体 1–211; UniProt 1–211 作者链 C; PDB构建体 224–462; UniProt 979–1217

Double-strand-break repair protein rad21 homolog

Homo sapiens

UniProt O60216

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–102 未记录 Structural maintenance of chromosomes protein 3 × 1 (Q9UQE7) AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.3 M NaCl; 0.05 M L-Arginine; 0.1 M Tris pH7.5; 22.5 % v/v PEG Smear Broad; 0.05 M L-Glutamic acid monosodium salt hydrate 分辨率 2.25 Å R-free 0.253
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–102 未记录 Structural maintenance of chromosomes protein 3 × 1 (Q9UQE7) AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.3 M NaCl; 0.05 M L-Arginine; 0.1 M Tris pH7.5; 22.5 % v/v PEG Smear Broad; 0.05 M L-Glutamic acid monosodium salt hydrate 分辨率 2.25 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 35 个其他 PDB 条目、40 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAD21_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–102; UniProt 1–102 作者链 D; PDB构建体 1–102; UniProt 1–102

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8rok

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8rok
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8rok
沉积日期 deposition_date2024-01-11
结构标题 titleHuman cohesin SMC3-HD(EQ)/RAD21-N complex - ATP-Mg-bound conformation - Form 1
关键词 keywords3D genome organization, Chromatin, Cohesin, ATPase activity, ATPase cycle, NUCLEAR PROTEIN; NUCLEAR PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.55
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.07
零角强度 I(0) i0173797000.00
分子量 molecular_weight108010.0 kDa
排除体积 excluded_volume136270 ų
包络体积 envelope_volume177710 ų
水化壳体积 shell_volume42378 ų
包络直径 envelope_diameter154.8
壳层 Rg shell_rg40.24
包络 Rg envelope_rg37.76
形状 Rg shape_rg37.05
总 Rg total_rg37.35
总原子数 total_atoms7587
残基数 n_residues932
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax146.6
Rg (实空间) rg_real36.99
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.13
I(0) (实空间) i0_real1.7380e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.5950e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.71
I(0) (倒空间) i0_reciprocal173800000.0000
解质量估计 total_estimate0.7442
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary37.5
偏度 Skewness skewness0.681
峰度 Kurtosis kurtosis0.181
角度范围 angular_range— – 0.2150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha23780000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.439; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.368; Smooth: 0.985

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)