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8sm0

Crystal structure of human complement receptor 2 (CD21) in complex with Epstein-Barr virus major glycoprotein gp350

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 97.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Complement receptor type 2

Homo sapiens

UniProt P20023

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 21–149 片段：first two amino-terminal domains Envelope glycoprotein gp350 × 1 （P03200） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.60M AMMONIUM SULFATE, 2% PEG 400, 0.5% GLYCEROL, 0.1M SODIUM ACETATE PH5.5 分辨率 1.68 Å R-free 0.241

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8SM0 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1GHQ CR2-C3D COMPLEX STRUCTURE 提交 2001-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 21–153（133 aa） 片段：SEQUENCE DATABASE RESIDUES 21-153
链 C 21–153（133 aa） 片段：SEQUENCE DATABASE RESIDUES 21-153
未记录 ZN ZINC ION × 2 NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0
分辨率 2.04 Å R-free 0.239
1LY2 Crystal structure of unliganded human CD21 SCR1-SCR2 (Complement receptor type 2) 提交 2002-06-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 20–149（130 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K, temperature 298.0K
分辨率 1.80 Å R-free 0.234
1W2R Solution structure of CR2 SCR 1-2 by X-ray scattering 提交 2004-07-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 21–153（133 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION SCATTERING mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1W2S Solution structure of CR2 SCR 1-2 in its complex with C3d by X-ray scattering 提交 2004-07-08 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 21–153（133 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION SCATTERING mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
2ATY Complement receptor chimaeric conjugate CR2-Ig 提交 2005-08-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 21–153（133 aa）
链 B 21–153（133 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION SCATTERING mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
2GSX Complement Receptor Type 2 提交 2006-04-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 21–971（951 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION SCATTERING mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
3OED The structure of the complex between complement receptor CR2 and its ligand complement fragment C3d 提交 2010-08-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 20–153（134 aa） 片段：CR2 (unp residues 20-153)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；100 mM HEPES, 20% Poly Ethylene Glycol 6000, 200 mM CaCl2, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.16 Å R-free 0.259
3OED The structure of the complex between complement receptor CR2 and its ligand complement fragment C3d 提交 2010-08-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 20–153（134 aa） 片段：CR2 (unp residues 20-153)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；100 mM HEPES, 20% Poly Ethylene Glycol 6000, 200 mM CaCl2, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 3.16 Å R-free 0.259
8ZNI Structure of Epstein-Barr virus major glycoprotein gp350 in complex with the receptor CR2 提交 2024-05-27 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–971（971 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.3
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.29 Å

共 8 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CR2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–129； UniProt 21–149

Envelope glycoprotein gp350

Human herpesvirus 4

UniProt P03200

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 G； UniProt 1–425 未记录 Complement receptor type 2 × 1 （P20023） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.60M AMMONIUM SULFATE, 2% PEG 400, 0.5% GLYCEROL, 0.1M SODIUM ACETATE PH5.5 分辨率 1.68 Å R-free 0.241

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8SM0 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8SGN Crystal structure of Epstein-Barr virus glycoprotein 350 (gp350) in complex with Cy651H02, a monoclonal antibody isolated from macaques immunized with a gp350 nanoparticle vaccine 提交 2023-04-12 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–425（425 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 23 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.72M ammonium sulfate, 0.1M Tris pH 8.0
分辨率 2.20 Å R-free 0.237
8SIC Crystal structure of Epstein-Barr virus glycoprotein 350 (gp350) in complex with Cy137C02, a monoclonal antibody isolated from macaques immunized with a gp350 nanoparticle vaccine 提交 2023-04-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–425（425 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；18% PEG 8000, 0.22 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5
分辨率 2.76 Å R-free 0.295
8SIC Crystal structure of Epstein-Barr virus glycoprotein 350 (gp350) in complex with Cy137C02, a monoclonal antibody isolated from macaques immunized with a gp350 nanoparticle vaccine 提交 2023-04-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–425（425 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；18% PEG 8000, 0.22 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5
分辨率 2.76 Å R-free 0.295
8SM1 CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ANTIBODY 769A9 IN COMPLEX WITH EPSTEIN-BARR VIRUS MAJOR GLYCOPROTEIN GP350 提交 2023-04-25 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–425（425 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.60M AMMONIUM SULFATE, 2% PEG 400, 0.5% GLYCEROL, 0.1M SODIUM ACETATE PH5.5
分辨率 3.29 Å R-free 0.298
9MA0 Cryo-EM structure of EBV gp350 D123 in complex with neutralizing antibody 4A11 提交 2025-03-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–470（470 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.33 Å
9MA7 Cryo-EM structure of EBV gp350 D123 in complex with neutralizing antibody 1A12 and 1H5 and non-neutralizing antibody 2E9 提交 2025-03-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 1–470（470 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.14 Å

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GP350_EBVB9
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 G； PDB构建体 1–425； UniProt 1–425

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8sm0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8sm0
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8sm0
沉积日期 deposition_date2023-04-25
结构标题 titleCrystal structure of human complement receptor 2 (CD21) in complex with Epstein-Barr virus major glycoprotein gp350
关键词 keywordsVIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.68 Å
零角强度 I(0) i060977400.00
分子量 molecular_weight60259.0 kDa
排除体积 excluded_volume75057 ų
包络体积 envelope_volume96903 ų
水化壳体积 shell_volume30104 ų
包络直径 envelope_diameter103.3 Å
壳层 Rg shell_rg33.94 Å
包络 Rg envelope_rg27.89 Å
形状 Rg shape_rg27.66 Å
总 Rg total_rg28.38 Å
总原子数 total_atoms8289
残基数 n_residues529
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax97.6 Å
Rg (实空间) rg_real28.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real6.0980e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.6760e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal60980000.0000
解质量估计 total_estimate0.8704
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.6 Å
偏度 Skewness skewness0.424
峰度 Kurtosis kurtosis-0.282
角度范围 angular_range— – 0.2800 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha13420000.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.813; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.915; Smooth: 0.957
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)