SAXSdb — 8szk

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Elongin-B

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Elongin-C × 1 （Q15369） Core-binding factor subunit beta × 1 （Q13951） Virion infectivity factor × 1 （P12504） Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit alpha isoform × 1 （Q15172）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ELOB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118

Elongin-C

Homo sapiens

UniProt Q15369

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Elongin-B × 1 （Q15370） Core-binding factor subunit beta × 1 （Q13951） Virion infectivity factor × 1 （P12504） Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit alpha isoform × 1 （Q15172）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ELOC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–96； UniProt 17–112

Core-binding factor subunit beta

Homo sapiens

UniProt Q13951

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Elongin-B × 1 （Q15370） Elongin-C × 1 （Q15369） Virion infectivity factor × 1 （P12504） Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit alpha isoform × 1 （Q15172）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PEBB_HUMAN
Isoform	Q13951-2
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 15–201； UniProt 1–187

Virion infectivity factor

Human immunodeficiency virus type 1 (NEW YORK-5 ISOLATE)

UniProt P12504

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Elongin-B × 1 （Q15370） Elongin-C × 1 （Q15369） Core-binding factor subunit beta × 1 （Q13951） Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit alpha isoform × 1 （Q15172）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VIF_HV1N5
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176

Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit alpha isoform

Homo sapiens

UniProt Q15172

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Elongin-B × 1 （Q15370） Elongin-C × 1 （Q15369） Core-binding factor subunit beta × 1 （Q13951） Virion infectivity factor × 1 （P12504）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	2A5A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–486； UniProt 1–486

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8szk
沉积日期 deposition_date	2023-05-30
结构标题 title	The cryo-EM structure of PPP2R5A/HIV-1 Vif/CBFb/EloB/EloC complex
关键词 keywords	HIV Vif, Cul5 E3 ligase, PPP2R5A, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8szk__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8szk__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8szk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.30 Å
Rg（电子密度）	34.67 Å
总 Rg	35.28 Å
原子数	7392
残基数	904
排除体积	132150 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8szk__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Elongin-B
分子量 formula_weight	13147.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7392

MDVFLMIRRHKTTIFTDAKESSTVFELKRIVEGILKRPPDEQRLYKDDQLLDDGKTLGECGFTSQTARPQAPATVGLAFRADDTFEALCIEPFSSPPELPDVMKPQDSGSSANEQAVQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Elongin-C
分子量 formula_weight	10843.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MYVKLISSDGHEFIVKREHALTSGTIKAMLSGPGQFAENETNEVNFREIPSHVLSKVCMYFTYKVRYTNSSTEIPEFPIAPEIALELLMAANFLDC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Core-binding factor subunit beta
分子量 formula_weight	23644.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MGSSHHHHHHSQDPMPRVVPDQRSKFENEEFFRKLSRECEIKYTGFRDRPHEERQARFQNACRDGRSEIAFVATGTNLSLQFFPASWQGEQRQTPSREYVDLEREAGKVYLKAPMILNGVCVIWKGWIDLQRLDGMGCLEFDEERAQQEDALAQQAFEEARRRTREFEDRDRSHREEMEARRQQDPSPGSNLGGGDDLKLR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Virion infectivity factor
分子量 formula_weight	20982.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MENRWQVMIVWQVDRMRINTWKRLVKHHMYISRKAKDWFYRHHYESTNPKISSEVHIPLGDAKLVITTYWGLHTGERDWHLGQGVSIEWRKKRYSTQVDPDLADQLIHLHYFDCFSESAIRNTILGRIVSPRCEYQAGHNKVGSLQYLALAALIKPKQIKPPLPSVRKLTEDRWNK

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus type 1 (NEW YORK-5 ISOLATE)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11698
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit alpha isoform
分子量 formula_weight	56266.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MSSSSPPAGAASAAISASEKVDGFTRKSVRKAQRQKRSQGSSQFRSQGSQAELHPLPQLKDATSNEQQELFCQKLQQCCILFDFMDSVSDLKSKEIKRATLNELVEYVSTNRGVIVESAYSDIVKMISANIFRTLPPSDNPDFDPEEDEPTLEASWPHIQLVYEFFLRFLESPDFQPSIAKRYIDQKFVQQLLELFDSEDPRERDFLKTVLHRIYGKFLGLRAFIRKQINNIFLRFIYETEHFNGVAELLEILGSIINGFALPLKAEHKQFLMKVLIPMHTAKGLALFHAQLAYCVVQFLEKDTTLTEPVIRGLLKFWPKTCSQKEVMFLGEIEEILDVIEPTQFKKIEEPLFKQISKCVSSSHFQVAERALYFWNNEYILSLIEENIDKILPIMFASLYKISKEHWNPTIVALVYNVLKTLMEMNGKLFDDLTSSYKAERQREKKKELEREELWKKLEELKLKKALEKQNSAYNMHSILSNTSAE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.58 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	500511

The cryo-EM structure of PPP2R5A/HIV-1 Vif/CBFb/EloB/EloC complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Elongin-B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Elongin-C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Core-binding factor subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Virion infectivity factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit alpha isoform

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8szk__assembly_1__model_1

8szk__assembly_1__model_1 | I(q)

8szk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)