SAXSdb — 8t1w

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

G-protein coupled receptor 6, Soluble cytochrome b562 chimera

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1	1-{2-[4-(2,4-difluorophenoxy)piperidin-1-yl]-3-{[(3R)-oxolan-3-yl]amino}-7,8-dihydropyrido[3,4-b]pyrazin-6(5H)-yl}ethan-1-one × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C562_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 237–342； UniProt 23–128

G-protein coupled receptor 6, Soluble cytochrome b562 chimera

Homo sapiens

UniProt P46095

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1	1-{2-[4-(2,4-difluorophenoxy)piperidin-1-yl]-3-{[(3R)-oxolan-3-yl]amino}-7,8-dihydropyrido[3,4-b]pyrazin-6(5H)-yl}ethan-1-one × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GPR6_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 28–236； UniProt 48–256 作者链 A； PDB构建体 344–436； UniProt 270–362

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8t1w
沉积日期 deposition_date	2023-06-04
结构标题 title	Crystal structure of orphan G protein-coupled receptor 6 with bound CVN424
关键词 keywords	Orphan GPCR, GPR6, BRIL, CVN424, inverse agonist, LCP, synchrotron, APS, membrane protein; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8t1w__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8t1w__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8t1w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.71 Å
Rg（电子密度）	27.40 Å
总 Rg	27.81 Å
原子数	2651
残基数	357
排除体积	47730 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8t1w__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	G-protein coupled receptor 6, Soluble cytochrome b562 chimera
分子量 formula_weight	49715.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2656

MKTIIALSYIFCLVFADYKDDDDAGRAGGANGSLELSSQLSAGPPGLLLPAVNPWDVLLCVSGTVIAGENALVVALIASTPALRTPMFVLVGSLATADLLAGLGLILHFVFQYLVPSETVSLLTVGFLVASFAASVSSLLAITVDRYLSLYNPLTYYSRRTLLGVHLLLAATWTVSLGLGLLPVLGWNCLAERAACSVVRPLARSHVALLSAAFFMVFGIMLHLYVRICQVVWRHAADLEDNWETLNDNLKVIEKADNAAQVKDALTKMRAAALDAQKATPPKLEDKSPDSPEMKDFRHGFDILVGQIDDALKLANEGKVKEAQAAAEQLKTTRNAYIQKYLAHLAATRKGVRTLAVVLGTFGACWLPFAIYCVVGSHEDPAVYTYATLLPATLNSMINPIIYAFRNQEIQRALWLLLDGCFQSKVPFRSRSPSEVEFLEVLFQGPHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1-{2-[4-(2,4-difluorophenoxy)piperidin-1-yl]-3-{[(3R)-oxolan-3-yl]amino}-7,8-dihydropyrido[3,4-b]pyrazin-6(5H)-yl}ethan-1-one
分子量 formula_weight	473.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	63.731 Å
晶胞边长 b length_b	63.731 Å
晶胞边长 c length_c	250.932 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.490 Å
最低分辨率 resolution_low	46.070 Å
R 因子 r_factor	0.2929
R_work r_work	0.2913
R_free r_free	0.3219

Crystal structure of orphan G protein-coupled receptor 6 with bound CVN424

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

G-protein coupled receptor 6, Soluble cytochrome b562 chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

G-protein coupled receptor 6, Soluble cytochrome b562 chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8t1w__assembly_1__model_1

8t1w__assembly_1__model_1 | I(q)

8t1w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of orphan G protein-coupled receptor 6 with bound CVN424

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

G-protein coupled receptor 6, Soluble cytochrome b562 chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

G-protein coupled receptor 6, Soluble cytochrome b562 chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8t1w__assembly_1__model_1

8t1w__assembly_1__model_1 | I(q)

8t1w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

7. 引用文献 (1)