8tfl

Ricin in complex with Fab SylH3

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 138.9 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8tfl
沉积日期 deposition_date	2023-07-11
结构标题 title	Ricin in complex with Fab SylH3
关键词 keywords	Ricin toxin, monoclonal antibody, TOXIN; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.84 Å
零角强度 I(0) i0	171092000.00
分子量 molecular_weight	104800.0 kDa
排除体积 excluded_volume	130450 Å³
包络体积 envelope_volume	173240 Å³
水化壳体积 shell_volume	38137 Å³
包络直径 envelope_diameter	139.0 Å
壳层 Rg shell_rg	42.48 Å
包络 Rg envelope_rg	39.84 Å
形状 Rg shape_rg	39.83 Å
总 Rg total_rg	40.05 Å
总原子数 total_atoms	7382
残基数 n_residues	938
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	138.9 Å
Rg (实空间) rg_real	40.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7110e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9380e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	171000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7316
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	31.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.522
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.502
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19870000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.653; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.547; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	SylH3 Fab light chain
分子量 formula_weight	23327.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	7443

DIVMTQSPSSLSASLGGRVTITCKASQDIKKYIGWYQHRPGKGPRLLIHYTSTLQPGIPSRFSGGGSGRDYSFNISNLEPEDIATYYCLQYDHLWTFGGGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNR

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 polymer

描述 description	SylH3 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	23288.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLQQSGAELMKPGASVKISCKSTGYTFSSYWIEWIKQRPGHGLEWIGEIFPGSGSINYNEKFKGKATFTADTSSNTAYMQLSSLTFEDSAVYYCARWDGNDFHNTMDYWGQGTSVTVSSAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSPRPSETVTCNVAHPASSTKVDK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 3 polymer

描述 description	Ricin A chain
分子量 formula_weight	29087.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.2.22
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

QYPIINFTTAGATVQSYTNFIRAVRGRLTTGADVRHEIPVLPNRVGLPINQRFILVELSNHAELSVTLALDVTNAYVVGYRAGNSAYFFHPDNQEDAEAITHLFTDVQNRYTFAFGGNYDRLEQLAGNLRENIELGNGPLEEAISALYYYSTGGTQLPTLARSFIICIQMISEAARFQYIEGEMRTRIRYNRRSAPDPSVITLENSWGRLSTAIQESNQGAFASPIQLQRRNGSKFSVYDVSILIPIIALMVYRCAPPPS

Entity 4 polymer

描述 description	Ricin B chain
分子量 formula_weight	28918.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

DVCMDPEPIVRIVGRNGLCVDVRDGRFHNGNAIQLWPCKSNTDANQLWTLKRDNTIRSNGKCLTTYGYSPGVYVMIYDCNTAATDATRWQIWDNGTIINPRSSLVLAATSGNSGTTLTVQTNIYAVSQGWLPTNNTQPFVTTIVGLYGLCLQANSGQVWIEDCSSEKAEQQWALYADGSIRPQQNRDNCLTSDSNIRETVVKILSCGPASSGQRWMFKNDGTILNLYSGLVLDVRASDPSLKQIILYPLHGDPNQIWLPLF

Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	NONAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	414.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	44

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	49.420 Å
晶胞边长 b length_b	126.927 Å
晶胞边长 c length_c	102.027 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.74 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.890 Å
最低分辨率 resolution_low	43.620 Å
R 因子 r_factor	0.2361
R_work r_work	0.2334
R_free r_free	0.2873

fit	/app/data/saxs_computation/tf/8tfl/8tfl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tf/8tfl/8tfl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tf/8tfl/8tfl.dat

Ricin in complex with Fab SylH3

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 branched

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)