8twb

Cryo-EM structure of S. cerevisiae Ctf18-RFC-PCNA-DNA complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 131.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replication factor C subunit 4

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P40339

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明:decameric(10) 与全部聚合物数一致 链 4; UniProt 4–322 未记录 Replication factor C subunit 3 × 1 (P38629) Replication factor C subunit 2 × 1 (P40348) Replication factor C subunit 5 × 1 (P38251) Chromosome transmission fidelity protein 18 × 1 (P49956) Proliferating cell nuclear antigen × 3 (P15873) Template DNA × 1 Primer DNA × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 49 个其他 PDB 条目、49 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RFC4_YEAST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 4; PDB构建体 1–319; UniProt 4–322

Replication factor C subunit 3

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P38629

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明:decameric(10) 与全部聚合物数一致 链 3; UniProt 9–335 未记录 Replication factor C subunit 4 × 1 (P40339) Replication factor C subunit 2 × 1 (P40348) Replication factor C subunit 5 × 1 (P38251) Chromosome transmission fidelity protein 18 × 1 (P49956) Proliferating cell nuclear antigen × 3 (P15873) Template DNA × 1 Primer DNA × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 49 个其他 PDB 条目、49 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 RFC3_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 3; PDB构建体 1–327; UniProt 9–335

Replication factor C subunit 2

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P40348

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明:decameric(10) 与全部聚合物数一致 链 2; UniProt 14–353 未记录 Replication factor C subunit 4 × 1 (P40339) Replication factor C subunit 3 × 1 (P38629) Replication factor C subunit 5 × 1 (P38251) Chromosome transmission fidelity protein 18 × 1 (P49956) Proliferating cell nuclear antigen × 3 (P15873) Template DNA × 1 Primer DNA × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 49 个其他 PDB 条目、49 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 RFC2_YEAST
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 2; PDB构建体 1–340; UniProt 14–353

Replication factor C subunit 5

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P38251

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明:decameric(10) 与全部聚合物数一致 链 5; UniProt 4–353 未记录 Replication factor C subunit 4 × 1 (P40339) Replication factor C subunit 3 × 1 (P38629) Replication factor C subunit 2 × 1 (P40348) Chromosome transmission fidelity protein 18 × 1 (P49956) Proliferating cell nuclear antigen × 3 (P15873) Template DNA × 1 Primer DNA × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 49 个其他 PDB 条目、49 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RFC5_YEAST
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 5; PDB构建体 4–353; UniProt 4–353

Chromosome transmission fidelity protein 18

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P49956

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明:decameric(10) 与全部聚合物数一致 链 1; UniProt 386–643 未记录 Replication factor C subunit 4 × 1 (P40339) Replication factor C subunit 3 × 1 (P38629) Replication factor C subunit 2 × 1 (P40348) Replication factor C subunit 5 × 1 (P38251) Proliferating cell nuclear antigen × 3 (P15873) Template DNA × 1 Primer DNA × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CTF18_YEAST
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 1; PDB构建体 1–258; UniProt 386–643

Proliferating cell nuclear antigen

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P15873

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明:decameric(10) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–258 链 B; UniProt 1–258 链 C; UniProt 1–258 未记录 Replication factor C subunit 4 × 1 (P40339) Replication factor C subunit 3 × 1 (P38629) Replication factor C subunit 2 × 1 (P40348) Replication factor C subunit 5 × 1 (P38251) Chromosome transmission fidelity protein 18 × 1 (P49956) Template DNA × 1 Primer DNA × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 55 个其他 PDB 条目、61 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PCNA_YEAST
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–258; UniProt 1–258 作者链 B; PDB构建体 1–258; UniProt 1–258 作者链 C; PDB构建体 1–258; UniProt 1–258

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8twb

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8twb
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8twb
沉积日期 deposition_date2023-08-20
结构标题 titleCryo-EM structure of S. cerevisiae Ctf18-RFC-PCNA-DNA complex
关键词 keywordsCtf18, RFC2-5, PCNA, DNA, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier42.29
回转半径 Rg (电子) rg_electron41.98
零角强度 I(0) i01147580000.00
分子量 molecular_weight273600.0 kDa
排除体积 excluded_volume340090 ų
包络体积 envelope_volume472450 ų
水化壳体积 shell_volume88815 ų
包络直径 envelope_diameter134.3
壳层 Rg shell_rg51.16
包络 Rg envelope_rg41.14
形状 Rg shape_rg42.00
总 Rg total_rg42.32
总原子数 total_atoms19167
残基数 n_residues2387
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax131.2
Rg (实空间) rg_real42.05
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.69
I(0) (实空间) i0_real1.1480e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8180e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal42.29
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1148000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8247
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary53.2
偏度 Skewness skewness0.106
峰度 Kurtosis kurtosis-0.540
角度范围 angular_range— – 0.1850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha242200000.0000
实空间数据点数 n_real_points38
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.918; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.962; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)