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8u8x

crystal structure of the receptor tyrosine kinase Human HER2 (ERBB2) YVMA mutant kinase domain in complex with inhibitor compound 27

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 67.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2

Homo sapiens

UniProt P04626

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 694–1029 片段：kinase domain 突变：YVMA inserted after residue 84 W9N 1-{(1R,3r,5S)-3-[(3M)-4-methyl-3-{3-methyl-4-[(1-methyl-1H-benzimidazol-5-yl)oxy]phenyl}-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-1-yl]-8-azabicyclo[3.2.1]octan-8-yl}propan-1-one × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；8% PEG 3350, 0.1M Tris pH8.5, 0.5M NaCl 分辨率 1.69 Å R-free 0.203

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8U8X Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1MW4 Solution structure of the human Grb7-SH2 domain in complex with a 10 amino acid peptide pY1139 提交 2002-09-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1135–1144（10 aa） 片段：SH2 domain binding site
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1
NMR样品组成 0.7mM Grb7 SH2 U-15N, 13C, 50mM acetate | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
1N8Z Crystal structure of extracellular domain of human HER2 complexed with Herceptin Fab 提交 2002-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 23–629（607 aa） 片段：extracellular domain
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；20-30% PEG 5000 MME, 0.1M MES pH6.5, 0.2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.52 Å R-free 0.284
1QR1 POOR BINDING OF A HER-2/NEU EPITOPE (GP2) TO HLA-A2.1 IS DUE TO A LACK OF INTERACTIONS IN THE CENTER OF THE PEPTIDE 提交 1999-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 654–662（9 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；14% PEG 6000, 25 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K
分辨率 2.40 Å R-free 0.284
1QR1 POOR BINDING OF A HER-2/NEU EPITOPE (GP2) TO HLA-A2.1 IS DUE TO A LACK OF INTERACTIONS IN THE CENTER OF THE PEPTIDE 提交 1999-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 654–662（9 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；14% PEG 6000, 25 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K
分辨率 2.40 Å R-free 0.284
1S78 Insights into ErbB signaling from the structure of the ErbB2-pertuzumab complex 提交 2004-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–646（624 aa） 片段：extracellular domain (residues 23-646)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG 3350, ammonium formate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.25 Å R-free 0.268
1S78 Insights into ErbB signaling from the structure of the ErbB2-pertuzumab complex 提交 2004-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 23–646（624 aa） 片段：extracellular domain (residues 23-646)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG 3350, ammonium formate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.25 Å R-free 0.268
2A91 Crystal structure of ErbB2 domains 1-3 提交 2005-07-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–530（509 aa） 片段：residues 1-510 + FLAG peptide
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；PEG 1500, glycerol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.50 Å R-free 0.264
2JWA ErbB2 transmembrane segment dimer spatial structure 提交 2007-10-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 641–684（44 aa） 片段：UNP residues 641-684
链 B 641–684（44 aa） 片段：UNP residues 641-684
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5；313 K；压力 ambient
NMR样品组成 2.0mM [U-15N] ErbB2, 64mM [U-2H] DHPC, 16mM [U-2H] DMPC, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 2.0mM [U-13C; U-15N] ErbB2, 64mM [U-2H] DHPC, 16mM [U-2H] DMPC, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1.0mM [U-13C; U-15N] ErbB2, 64mM [U-2H] DHPC, 16mM [U-2H] DMPC, 1.0mM ErbB2, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
2KS1 Heterodimeric association of Transmembrane domains of ErbB1 and ErbB2 receptors Enabling Kinase Activation 提交 2009-12-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 641–684（44 aa） 片段：ErbB2TM domain, UNP residues 641-684
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.5；313 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] ErbB1TM-1, 1 mM [U-100% 15N] ErbB2TM-2, 12 mM DMPC-3, 48 mM DHPC-4, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ErbB1TM-5, 1 mM ErbB2TM-6, 12 mM [U-2H] DMPC-7, 48 mM [U-2H] DHPC-8, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 1 mM ErbB1TM-9, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ErbB2TM-10, 12 mM [U-2H] DMPC-11, 48 mM [U-2H] DHPC-12, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ErbB1TM-13, 1 mM ErbB2TM-14, 12 mM [U-2H] DMPC-15, 48 mM [U-2H] DHPC-16, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
2L4K Water refined solution structure of the human Grb7-SH2 domain in complex with the 10 amino acid peptide pY1139 提交 2010-10-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1135–1144（10 aa） 片段：unp residues 1135-1144
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.6；298 K；压力 ambient
NMR样品组成 0.6-0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Grb7-SH2 domain-1, 0.6-0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] pY1139 peptide-2, 52.2 mM acetic acid-3, 100 mM sodium chloride-4, 5 mM DTT-5, 1 mM EDTA-6, 0.9 mM sodium azide-7, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2N2A Spatial structure of HER2/ErbB2 dimeric transmembrane domain in the presence of cytoplasmic juxtamembrane domains 提交 2015-05-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 644–700（57 aa） 片段：transmembrane domain (UNP residues 644-700)
链 B 644–700（57 aa） 片段：transmembrane domain (UNP residues 644-700)
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 3.5；318 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient
NMR样品组成 4 mM [U-100% 2H] DPC, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] labeled protein, 1 mM unlabeled protein, 50 mM sodium acetate, 0.1 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 4 mM [U-100% 2H] DPC, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] labeled protein, 50 mM sodium acetate, 0.1 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 4 mM [U-100% 2H] DPC, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] labeled protein, 50 mM sodium acetate, 0.1 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3BE1 Dual specific bH1 Fab in complex with the extracellular domain of HER2/ErbB-2 提交 2007-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–646（624 aa） 片段：sequence database residues 23-646
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；292 K；Crystals of the Fab/HER2 complex were obtained by mixing protein solution (11 mg/ml protein, 25 mM Tris-HCl pH 8 and 150 mM sodium chloride) with crystallization buffer containing 25% w/v PEG2000, 0.1M MES pH 6.5. Before data collection the crystals were flash frozen in liquid nitrogen with 20% Ethylene Glycol as cryo-protectant, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.90 Å R-free 0.277
3H3B Crystal structure of the single-chain Fv (scFv) fragment of an anti-ErbB2 antibody chA21 in complex with residues 1-192 of ErbB2 extracellular domain 提交 2009-04-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 23–214（192 aa） 片段：extracellular domain, UNP residues 23-214
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；15% polyethylene glycol 4000, 100mM 3-(1-pyridino)-1-propane sulfonate, 100mM Na cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.45 Å R-free 0.255
3H3B Crystal structure of the single-chain Fv (scFv) fragment of an anti-ErbB2 antibody chA21 in complex with residues 1-192 of ErbB2 extracellular domain 提交 2009-04-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 23–214（192 aa） 片段：extracellular domain, UNP residues 23-214
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；15% polyethylene glycol 4000, 100mM 3-(1-pyridino)-1-propane sulfonate, 100mM Na cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.45 Å R-free 0.255
3MZW HER2 extracelluar region with affinity matured 3-helix affibody ZHER2:342 提交 2010-05-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 23–646（624 aa） 片段：Extracellular domain residues 23-646
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；279 K；0.05M sodium chloride, 7.5% PEG3350, 0.1M ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
分辨率 2.90 Å R-free 0.278
3N85 Crystallographic trimer of HER2 extracellular regions in complex with tryptophan-rich antibody fragment 提交 2010-05-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 23–646（624 aa） 片段：UNP residues 23-646
未记录 CL CHLORIDE ION × 3 SO4 SULFATE ION × 48 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；293 K；NaCl, Na/K-phosphate, Li-sulfate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.20 Å R-free 0.230
3PP0 Crystal Structure of the Kinase domain of Human HER2 (erbB2). 提交 2010-11-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 706–1009（304 aa） 片段：kinase domain, residues 706-1009
突变：M706A, Q711L, M712L 03Q 2-{2-[4-({5-chloro-6-[3-(trifluoromethyl)phenoxy]pyridin-3-yl}amino)-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-5-yl]ethoxy}ethanol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；20% PEG 3550, 200mM di-Ammonium Tartrate, 100 mM PIPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.25 Å R-free 0.260
3PP0 Crystal Structure of the Kinase domain of Human HER2 (erbB2). 提交 2010-11-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 706–1009（304 aa） 片段：kinase domain, residues 706-1009
突变：M706A, Q711L, M712L 03Q 2-{2-[4-({5-chloro-6-[3-(trifluoromethyl)phenoxy]pyridin-3-yl}amino)-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-5-yl]ethoxy}ethanol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；20% PEG 3550, 200mM di-Ammonium Tartrate, 100 mM PIPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.25 Å R-free 0.260
3RCD HER2 Kinase Domain Complexed with TAK-285 提交 2011-03-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 713–1028（316 aa） 片段：UNP residues 713-1028
未记录 03P N-{2-[4-({3-chloro-4-[3-(trifluoromethyl)phenoxy]phenyl}amino)-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-5-yl]ethyl}-3-hydroxy-3-methylbutanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；20% PEG 3550, 200MM DI-AMMONIUM TARTRATE, 100 MM PIPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 3.21 Å R-free 0.294
3RCD HER2 Kinase Domain Complexed with TAK-285 提交 2011-03-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 713–1028（316 aa） 片段：UNP residues 713-1028
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；20% PEG 3550, 200MM DI-AMMONIUM TARTRATE, 100 MM PIPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 3.21 Å R-free 0.294
3RCD HER2 Kinase Domain Complexed with TAK-285 提交 2011-03-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 713–1028（316 aa） 片段：UNP residues 713-1028
未记录 03P N-{2-[4-({3-chloro-4-[3-(trifluoromethyl)phenoxy]phenyl}amino)-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-5-yl]ethyl}-3-hydroxy-3-methylbutanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；20% PEG 3550, 200MM DI-AMMONIUM TARTRATE, 100 MM PIPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 3.21 Å R-free 0.294
3RCD HER2 Kinase Domain Complexed with TAK-285 提交 2011-03-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 713–1028（316 aa） 片段：UNP residues 713-1028
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；20% PEG 3550, 200MM DI-AMMONIUM TARTRATE, 100 MM PIPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 3.21 Å R-free 0.294
3RCD HER2 Kinase Domain Complexed with TAK-285 提交 2011-03-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 713–1028（316 aa） 片段：UNP residues 713-1028
链 B 713–1028（316 aa） 片段：UNP residues 713-1028
未记录 03P N-{2-[4-({3-chloro-4-[3-(trifluoromethyl)phenoxy]phenyl}amino)-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-5-yl]ethyl}-3-hydroxy-3-methylbutanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；20% PEG 3550, 200MM DI-AMMONIUM TARTRATE, 100 MM PIPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 3.21 Å R-free 0.294
3RCD HER2 Kinase Domain Complexed with TAK-285 提交 2011-03-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 713–1028（316 aa） 片段：UNP residues 713-1028
链 D 713–1028（316 aa） 片段：UNP residues 713-1028
未记录 03P N-{2-[4-({3-chloro-4-[3-(trifluoromethyl)phenoxy]phenyl}amino)-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-5-yl]ethyl}-3-hydroxy-3-methylbutanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；20% PEG 3550, 200MM DI-AMMONIUM TARTRATE, 100 MM PIPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 3.21 Å R-free 0.294
3WLW Molecular Architecture of the ErbB2 Extracellular Domain Homodimer 提交 2013-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–586（564 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；291 K；0.1M Ammonium acetate, 0.1M BIS-TRIS pH 5.7, 13% w/v Polyethylene glycol 10000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K
分辨率 3.09 Å R-free 0.269
3WLW Molecular Architecture of the ErbB2 Extracellular Domain Homodimer 提交 2013-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 23–586（564 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；291 K；0.1M Ammonium acetate, 0.1M BIS-TRIS pH 5.7, 13% w/v Polyethylene glycol 10000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K
分辨率 3.09 Å R-free 0.269
3WSQ Structure of HER2 with an Fab 提交 2014-03-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–586（564 aa） 片段：UNP residues 23-586
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；1.1M sodium malonate pH 7.0, 0.1M HEPES 7.0, 0.5% v/v Jeffamine ED-2001, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 3.50 Å R-free 0.258
4HRL Structural Basis for Eliciting a Cytotoxic Effect in HER2-Overexpressing Cancer Cells via Binding to the Extracellular Domain of HER2 提交 2012-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 24–219（196 aa） 片段：N-terminal extracellular domain I, UNP RESIDUES 24-219
突变：N46D, N102D, N165D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；293 K；0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium citrate, 30% PEG 4000, pH 5.6, vapor diffusion, temperature 293K
分辨率 2.55 Å R-free 0.253
4HRM Structural Basis for Eliciting a Cytotoxic Effect in HER2-Overexpressing Cancer Cells via Binding to the Extracellular Domain of HER2 提交 2012-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 24–219（196 aa） 片段：N-terminal extracellular domain I, UNP RESIDUES 24-219
链 C 24–219（196 aa） 片段：N-terminal extracellular domain I, UNP RESIDUES 24-219
突变：N46D, N102D, N165D 突变：N46D, N102D, N165D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.2；293 K；0.2 M sodium chloride, 0.1 M phosphate citrate, 20% PEG 8000, pH 4.2, vapor diffusion, temperature 293K
分辨率 3.20 Å R-free 0.339
4HRN Structural Basis for Eliciting a Cytotoxic Effect in HER2-Overexpressing Cancer Cells via Binding to the Extracellular Domain of HER2 提交 2012-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 529–625（97 aa） 片段：Domain IV, UNP RESIDUES 529-625
链 D 529–625（97 aa） 片段：Domain IV, UNP RESIDUES 529-625
突变：N8D, N49D 突变：N8D, N49D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4；293 K；0.05M succinic acid, 29% ammonium sulfate, pH 4.0, vapor diffusion, temperature 293K
分辨率 2.65 Å R-free 0.249
4HRN Structural Basis for Eliciting a Cytotoxic Effect in HER2-Overexpressing Cancer Cells via Binding to the Extracellular Domain of HER2 提交 2012-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 529–625（97 aa） 片段：Domain IV, UNP RESIDUES 529-625
突变：N8D, N49D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4；293 K；0.05M succinic acid, 29% ammonium sulfate, pH 4.0, vapor diffusion, temperature 293K
分辨率 2.65 Å R-free 0.249
4HRN Structural Basis for Eliciting a Cytotoxic Effect in HER2-Overexpressing Cancer Cells via Binding to the Extracellular Domain of HER2 提交 2012-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 529–625（97 aa） 片段：Domain IV, UNP RESIDUES 529-625
突变：N8D, N49D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4；293 K；0.05M succinic acid, 29% ammonium sulfate, pH 4.0, vapor diffusion, temperature 293K
分辨率 2.65 Å R-free 0.249
4NND Structural basis of PTPN18 fingerprint on distinct HER2 tyrosine phosphorylation sites 提交 2013-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1109–1114（6 aa） 片段：phosphorylated peptide (UNP residues 1109-1114)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；0.1 M HEPES, 25% PEG3350, 6% Jeffamine M-600, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.291
4NND Structural basis of PTPN18 fingerprint on distinct HER2 tyrosine phosphorylation sites 提交 2013-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1109–1114（6 aa） 片段：phosphorylated peptide (UNP residues 1109-1114)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；0.1 M HEPES, 25% PEG3350, 6% Jeffamine M-600, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.291
4NND Structural basis of PTPN18 fingerprint on distinct HER2 tyrosine phosphorylation sites 提交 2013-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1109–1114（6 aa） 片段：phosphorylated peptide (UNP residues 1109-1114)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；0.1 M HEPES, 25% PEG3350, 6% Jeffamine M-600, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.291
4NND Structural basis of PTPN18 fingerprint on distinct HER2 tyrosine phosphorylation sites 提交 2013-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1109–1114（6 aa） 片段：phosphorylated peptide (UNP residues 1109-1114)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；0.1 M HEPES, 25% PEG3350, 6% Jeffamine M-600, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.291
5K33 Crystal structure of extracellular domain of HER2 in complex with Fcab STAB19 提交 2016-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 23–629（607 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；0.05 M MES, 10% w/v PEG3350
分辨率 3.30 Å R-free 0.271
5KWG Crystal structure of extracellular domain of HER2 in complex with Fcab H10-03-6 提交 2016-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 23–653（631 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；50 mM Citric acid, 18% (w/v) PEG 3350
分辨率 4.30 Å R-free 0.369
5MY6 Crystal structure of a HER2-Nb complex 提交 2017-01-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 24–645（622 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.25；293.15 K；100 mM HEPES pH 7.25, 10% 2-propanol, 22% PEG 4000
分辨率 2.25 Å R-free 0.220
5O4G HER2 in complex with Fab MF3958 提交 2017-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 23–628（606 aa） 片段：UNP residues 23-628
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.1 M MES pH 6.0, 15% PEG 6000
分辨率 3.00 Å R-free 0.271
5OB4 NMR spatial structure of HER2 TM domain dimer in DPC micelles. 提交 2017-06-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–74（44 aa） 片段：UNP residues 31-74
链 B 31–74（44 aa） 片段：UNP residues 31-74
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；313 K；离子强度（mmCIF原始值）30；压力 AMBIENT
NMR样品组成 2.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HER2TM, 2.5 mM HER2TM, 200 mM [U-99% 2H] DPC, 20 mM potassium phosphate, 0.01 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
6ATT 39S Fab bound to HER2 ecd 提交 2017-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–652（630 aa） 片段：UNP residues 23-652
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；295 K；PEG8000, ethylene glycol, MES buffer
分辨率 3.77 Å R-free 0.289
6BGT Structure of Trastuzumab Fab mutant in complex with Her2 extracellular domain 提交 2017-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–652（652 aa） 片段：UNP residues 1-652
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；100 mM MES, pH 6.5, 18% PEG3350, 10% glycerol
分辨率 2.70 Å R-free 0.247
6J71 HuA21-scFv in complex with the extracellular domain(ECD) of HER2 提交 2019-01-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 22–639（618 aa）
未记录 BMA beta-D-mannopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 12% (w/v) PEG 20,000
分辨率 2.92 Å R-free 0.267
6LBX Crystal structure of HER2 Domain IV and Rb-H2 提交 2019-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 531–626（96 aa） 片段：Domain IV
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；290 K；0.1M Sodium Citrate/Citric Acid (pH 5.5), 20% PEG 3000
分辨率 2.03 Å R-free 0.228
6OGE Cryo-EM structure of Her2 extracellular domain-Trastuzumab Fab-Pertuzumab Fab complex 提交 2019-04-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 23–644（622 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.36 Å
7JXH HER2 in complex with JBJ-08-178-01 提交 2020-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 703–1024（322 aa） 片段：kinase domain
未记录 VOY (2E)-N-[3-cyano-7-ethoxy-4-({3-methyl-4-[([1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-7-yl)oxy]phenyl}amino)quinolin-6-yl]-4-(dimethylamino)but-2-enamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M PIPES pH 6.5, 0.3 M ammonium tartrate, 25% (w/v) PEG 3350
分辨率 3.27 Å R-free 0.285
7JXH HER2 in complex with JBJ-08-178-01 提交 2020-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 703–1024（322 aa） 片段：kinase domain
未记录 VOY (2E)-N-[3-cyano-7-ethoxy-4-({3-methyl-4-[([1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-7-yl)oxy]phenyl}amino)quinolin-6-yl]-4-(dimethylamino)but-2-enamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M PIPES pH 6.5, 0.3 M ammonium tartrate, 25% (w/v) PEG 3350
分辨率 3.27 Å R-free 0.285
7JXH HER2 in complex with JBJ-08-178-01 提交 2020-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 703–1024（322 aa） 片段：kinase domain
未记录 VOY (2E)-N-[3-cyano-7-ethoxy-4-({3-methyl-4-[([1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-7-yl)oxy]phenyl}amino)quinolin-6-yl]-4-(dimethylamino)but-2-enamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M PIPES pH 6.5, 0.3 M ammonium tartrate, 25% (w/v) PEG 3350
分辨率 3.27 Å R-free 0.285
7JXH HER2 in complex with JBJ-08-178-01 提交 2020-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 703–1024（322 aa） 片段：kinase domain
未记录 VOY (2E)-N-[3-cyano-7-ethoxy-4-({3-methyl-4-[([1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-7-yl)oxy]phenyl}amino)quinolin-6-yl]-4-(dimethylamino)but-2-enamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M PIPES pH 6.5, 0.3 M ammonium tartrate, 25% (w/v) PEG 3350
分辨率 3.27 Å R-free 0.285
7JXH HER2 in complex with JBJ-08-178-01 提交 2020-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 703–1024（322 aa） 片段：kinase domain
未记录 VOY (2E)-N-[3-cyano-7-ethoxy-4-({3-methyl-4-[([1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-7-yl)oxy]phenyl}amino)quinolin-6-yl]-4-(dimethylamino)but-2-enamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M PIPES pH 6.5, 0.3 M ammonium tartrate, 25% (w/v) PEG 3350
分辨率 3.27 Å R-free 0.285
7JXH HER2 in complex with JBJ-08-178-01 提交 2020-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 F 703–1024（322 aa） 片段：kinase domain
未记录 VOY (2E)-N-[3-cyano-7-ethoxy-4-({3-methyl-4-[([1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-7-yl)oxy]phenyl}amino)quinolin-6-yl]-4-(dimethylamino)but-2-enamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M PIPES pH 6.5, 0.3 M ammonium tartrate, 25% (w/v) PEG 3350
分辨率 3.27 Å R-free 0.285
7JXH HER2 in complex with JBJ-08-178-01 提交 2020-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 G 703–1024（322 aa） 片段：kinase domain
未记录 VOY (2E)-N-[3-cyano-7-ethoxy-4-({3-methyl-4-[([1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-7-yl)oxy]phenyl}amino)quinolin-6-yl]-4-(dimethylamino)but-2-enamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M PIPES pH 6.5, 0.3 M ammonium tartrate, 25% (w/v) PEG 3350
分辨率 3.27 Å R-free 0.285
7JXH HER2 in complex with JBJ-08-178-01 提交 2020-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 H 703–1024（322 aa） 片段：kinase domain
未记录 VOY (2E)-N-[3-cyano-7-ethoxy-4-({3-methyl-4-[([1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-7-yl)oxy]phenyl}amino)quinolin-6-yl]-4-(dimethylamino)but-2-enamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M PIPES pH 6.5, 0.3 M ammonium tartrate, 25% (w/v) PEG 3350
分辨率 3.27 Å R-free 0.285
7MN5 Structure of the HER2/HER3/NRG1b Heterodimer Extracellular Domain 提交 2021-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–1029（1029 aa） 片段：Extracellular Domain
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.93 Å
7MN6 Structure of the HER2 S310F/HER3/NRG1b Heterodimer Extracellular Domain 提交 2021-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–1029（1029 aa） 片段：Extracellular Domain
突变：S310F NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å
7MN8 Structure of the HER2/HER3/NRG1b Heterodimer Extracellular Domain bound to Trastuzumab Fab 提交 2021-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 1–1029（1029 aa）
突变：S310F NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.45 Å
7PCD HER2 IN COMPLEX WITH A COVALENT INHIBITOR 提交 2021-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 703–1029（327 aa） 片段：NONE
未记录 70I 1-[4-[4-[[3,5-bis(chloranyl)-4-([1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-7-yloxy)phenyl]amino]pyrimido[5,4-d]pyrimidin-6-yl]piperazin-1-yl]-4-(3-fluoranylazetidin-1-yl)butan-1-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.75；293 K；18% PEG3350, 50mM ammonium tartrate, 150mM sodium tartrate and 100mM BIS-TRIS
分辨率 1.77 Å R-free 0.241
7QVK NM-02 in complex with HER2-ECD 提交 2022-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 AAA 23–646（624 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；13% PEG6000 (w/v), 0.1 M MES pH 6.5, 7% 2-methyl-2,4-pentanediol
分辨率 3.10 Å R-free 0.330
8FFJ Structure of Zanidatamab bound to HER2 提交 2022-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 X 23–644（622 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.50 Å
8HGO The EGF-bound EGFR/HER2 ectodomain complex 提交 2022-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–693（693 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25mM Hepes, 150mM NaCl, 0.02%DDM-0.002%CHS
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.31 Å
8HGP The EREG-bound EGFR/HER2 ectodomain complex 提交 2022-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–693（693 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.53 Å
8JYR Crystal structure of anti-HER2 antibody H2Mab-119 in complex with HER2 domain I 提交 2023-07-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–216（194 aa） 片段：domain I
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Sodium citrate pH5.5, 20% w/v PEG3000
分辨率 1.69 Å R-free 0.209
8PWH Atomic structure and conformational variability of the HER2-Trastuzumab-Pertuzumab complex 提交 2023-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 23–646（624 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.17 Å
8Q6J Atomic structure and conformational variability of the HER2-Trastuzumab-Pertuzumab complex 提交 2023-08-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 23–646（624 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8U4K Structure of the HER2/HER4/BTC Heterodimer Extracellular Domain 提交 2023-09-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 24–629（606 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.27 Å
8U4L Structure of the HER2/HER4/NRG1b Heterodimer Extracellular Domain 提交 2023-09-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 24–629（606 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.31 Å
8VB5 Crystal structure of kinase domain of HER2 Exon 20 insertion mutant in complex with tucatinib 提交 2023-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 703–1029（327 aa）
未记录 A1AAC Tucatinib × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 CL CHLORIDE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bicine pH 8.5, 11% w/v PEG 1500, 0.5mM Tucatinib
分辨率 1.48 Å R-free 0.187
8VQD HER2 S310F in complex with TL1 Fab 提交 2024-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–652（630 aa）
突变：S310F 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM Tris, 150mM NaCl, 0.7mM fluorinated octyl maltoside
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out with blot force 5, blot time 4 s
分辨率 2.61 Å
8VQE Homodimeric structure of HER2 S310F extracellular region 提交 2024-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 23–652（630 aa）
链 B 23–652（630 aa）
突变：S310F 突变：S310F 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM Tris, 150mM NaCl, 0.7mM Fluorinated octyl maltoside
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Vitrified
分辨率 2.67 Å
9IUT Crystal structure of cancer-specific anti-HER2 antibody H2Mab-250 in complex with epitope peptide 提交 2024-07-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 611–618（8 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M MgCl2, 0.1 M Bis-Tris pH 5.7, 25% w/v PEG 3350
分辨率 2.09 Å R-free 0.236
9IUT Crystal structure of cancer-specific anti-HER2 antibody H2Mab-250 in complex with epitope peptide 提交 2024-07-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 611–618（8 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M MgCl2, 0.1 M Bis-Tris pH 5.7, 25% w/v PEG 3350
分辨率 2.09 Å R-free 0.236
9L1S Structure of the HER2 (S310F) - pertuzumab (T30S/D31A) complex 提交 2024-12-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–652（630 aa）
突变：S310F 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9MTE CryoEM structure of extracellular domain of human HER2 complexed with two nano-bodies 27A05 and 47D05 提交 2025-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 23–652（630 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM Hepes pH7.5, 150 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；BF4 Bt4
分辨率 2.66 Å
9MTX CryoEM structure of extracellular domain of human HER2 complexed with nano-bodies 29E09 提交 2025-01-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 23–652（630 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM Hepes pH7.5, 150 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.06 Å
9QBF HER2/ErbB2 extracellular domain (ECD) in compact conformation in complex with trastuzumab (TZB) antibody 提交 2025-03-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 23–1029（1007 aa）
突变：Del1-22,Del1030-1255,C789S,C805S,C965S. 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9QBG HER2/ErbB2 extracellular domain (ECD) in extended conformation in complex with trastuzumab (TZB) antibody 提交 2025-03-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 23–1029（1007 aa）
突变：Del1-22,Del1030-1255,C789S,C805S,C965S. 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9QBH HER2/ErbB2 extracellular domain (ECD) from a near full-length construct solubilized in amphipols. 提交 2025-03-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 23–1029（1007 aa）
突变：Del1-22,Del1030-1255,C789S,C805S,C965S. 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.77 Å
9T3R Structure of human HER2 in complex with EPS232 Fab 提交 2025-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–652（630 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
9T3S Structure of human HER2 in complex with EPS226 Fab 提交 2025-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–652（630 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å

共 57 个其他 PDB 条目、80 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ERBB2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–342； UniProt 694–1029

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8u8x

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8u8x
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8u8x
沉积日期 deposition_date2023-09-18
结构标题 titlecrystal structure of the receptor tyrosine kinase Human HER2 (ERBB2) YVMA mutant kinase domain in complex with inhibitor compound 27
关键词 keywordsPROTO-ONCOGENE C-ERBB-2, TYROSINE KINASE-TYPE CELL SURFACE, SIGNALING PROTEIN, TRANSFERASE-INHIBITOR complex; SIGNALING PROTEIN,TRANSFERASE/INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.93 Å
零角强度 I(0) i021755400.00
分子量 molecular_weight35880.0 kDa
排除体积 excluded_volume45107 ų
包络体积 envelope_volume53311 ų
水化壳体积 shell_volume22044 ų
包络直径 envelope_diameter70.0 Å
壳层 Rg shell_rg26.94 Å
包络 Rg envelope_rg20.32 Å
形状 Rg shape_rg19.90 Å
总 Rg total_rg20.98 Å
总原子数 total_atoms2517
残基数 n_residues308
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax67.3 Å
Rg (实空间) rg_real21.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real2.1760e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.7860e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.06 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal21760000.0000
解质量估计 total_estimate0.8989
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary65.3 Å
偏度 Skewness skewness0.233
峰度 Kurtosis kurtosis-0.403
角度范围 angular_range— – 0.3750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7096000.0000
实空间数据点数 n_real_points69
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.896; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.994
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)