8vhu

;Crystal structure of dATP bound E. coli class Ia ribonucleotide reductase alpha construct fused with the C-terminal tail of E. coli class Ia beta subunit ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 125.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vhu
沉积日期 deposition_date	2024-01-02
结构标题 title	;Crystal structure of dATP bound E. coli class Ia ribonucleotide reductase alpha construct fused with the C-terminal tail of E. coli class Ia beta subunit ;
关键词 keywords	Ribonucleotide reductase, allosteric regulation, nucleotide binding, subunit interaction, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.43 Å
零角强度 I(0) i0	423943000.00
分子量 molecular_weight	167250.0 kDa
排除体积 excluded_volume	208710 Å³
包络体积 envelope_volume	263290 Å³
水化壳体积 shell_volume	56451 Å³
包络直径 envelope_diameter	134.1 Å
壳层 Rg shell_rg	44.97 Å
包络 Rg envelope_rg	38.25 Å
形状 Rg shape_rg	38.48 Å
总 Rg total_rg	38.61 Å
总原子数 total_atoms	11765
残基数 n_residues	1462
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	125.8 Å
Rg (实空间) rg_real	38.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.99 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.2390e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.1240e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	423900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8957
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	43.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.308
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.554
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	73150000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.909; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.916

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Fusion protein of Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunits alpha and beta
分子量 formula_weight	90940.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.17.4.1
突变 mutation	Truncated final 8 residues of alpha,fused C-terminal 35 residues of beta
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	13172

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSMNQNLLVTKRDGSTERINLDKIHRVLDWAAEGLHNVSISQVELRSHIQFYDGIKTSDIHETIIKAAADLISRDAPDYQYLAARLAIFHLRKKAYGQFEPPALYDHVVKMVEMGKYDNHLLEDYTEEEFKQMDTFIDHDRDMTFSYAAVKQLEGKYLVQNRVTGEIYESAQFLYILVAACLFSNYPRETRLQYVKRFYDAVSTFKISLPTPIMSGVRTPTRQFSSCVLIECGDSLDSINATSSAIVKYVSQRAGIGINAGRIRALGSPIRGGEAFHTGCIPFYKHFQTAVKSCSQGGVRGGAATLFYPMWHLEVESLLVLKNNRGVEGNRVRHMDYGVQINKLMYTRLLKGEDITLFSPSDVPGLYDAFFADQEEFERLYTKYEKDDSIRKQRVKAVELFSLMMQERASTGRIYIQNVDHCNTHSPFDPAIAPVRQSNLCLEIALPTKPLNDVNDENGEIALCTLSAFNLGAINNLDELEELAILAVRALDALLDYQDYPIPAAKRGAMGRRTLGIGVINFAYYLAKHGKRYSDGSANNLTHKTFEAIQYYLLKASNELAKEQGACPWFNETTYAKGILPIDTYKKDLDTIANEPLHYDWEALRESIKTHGLRNSTLSALMPSETSSQISNATNGIEPPRGYVSIKASKDGILRQVVPDYEHLHDAYELLWEMPGNDGYLQLVGIMQKFIDQSISANTNYDPSRFPSGKVPMQQLLKDLLTAYKFGVKTLYYQNTRDGAEDAQDDLVPSIQDDGSDNVQVAPQEVEVSSYLVGQIDSEVDTDDLSNFQL

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	;2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE ;
分子量 formula_weight	491.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1357

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	88.214 Å
晶胞边长 b length_b	111.207 Å
晶胞边长 c length_c	209.701 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	49.150 Å
R 因子 r_factor	0.1600
R_work r_work	0.1590
R_free r_free	0.1920

fit	/app/data/saxs_computation/vh/8vhu/8vhu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vh/8vhu/8vhu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vh/8vhu/8vhu.dat