8vvo

Structure of FabS1CE2-EPR1-1 in complex with the erythropoietin receptor

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 116.4 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Erythropoietin receptor

Homo sapiens

UniProt P19235

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 25–250	突变：residues 22-250	S1CE2 VARIANT OF FAB-EPR-1 heavy chain × 1 S1CE2 VARIANT OF FAB-EPR-1 light chain × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；0.1 M MMT buffer pH 6.0, 25% PEG1500	分辨率 3.09 Å R-free 0.289

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8VVO	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CN4 ERYTHROPOIETIN COMPLEXED WITH EXTRACELLULAR DOMAINS OF ERYTHROPOIETIN RECEPTOR 提交 1999-05-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–249（225 aa）片段：EXTRACELLULAR LIGAND BINDING DOMAINS 链 B 25–249（225 aa）片段：EXTRACELLULAR LIGAND BINDING DOMAINS	突变：N52Q, N164Q, A211E 突变：N52Q, N164Q, A211E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.80 Å R-free 0.336
1EBA COMPLEX BETWEEN THE EXTRACELLULAR DOMAIN OF ERYTHROPOIETIN (EPO) RECEPTOR [EBP] AND AN INACTIVE PEPTIDE [EMP33] CONTAINS 3,5-DIBROMOTYROSINE IN POSITION 4 (DENOTED DBY) 提交 1998-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 34–248（215 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN 链 B 34–248（215 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 2.70 Å R-free 0.299
1EBA COMPLEX BETWEEN THE EXTRACELLULAR DOMAIN OF ERYTHROPOIETIN (EPO) RECEPTOR [EBP] AND AN INACTIVE PEPTIDE [EMP33] CONTAINS 3,5-DIBROMOTYROSINE IN POSITION 4 (DENOTED DBY) 提交 1998-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 34–248（215 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN 链 B 34–248（215 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 2.70 Å R-free 0.299
1EBA COMPLEX BETWEEN THE EXTRACELLULAR DOMAIN OF ERYTHROPOIETIN (EPO) RECEPTOR [EBP] AND AN INACTIVE PEPTIDE [EMP33] CONTAINS 3,5-DIBROMOTYROSINE IN POSITION 4 (DENOTED DBY) 提交 1998-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 34–248（215 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN 链 B 34–248（215 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 2.70 Å R-free 0.299
1EBP COMPLEX BETWEEN THE EXTRACELLULAR DOMAIN OF ERYTHROPOIETIN (EPO) RECEPTOR [EBP] AND AN AGONIST PEPTIDE [EMP1] 提交 1996-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 34–244（211 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN 链 B 34–244（211 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å R-free 0.334
1EER CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ERYTHROPOIETIN COMPLEXED TO ITS RECEPTOR AT 1.9 ANGSTROMS 提交 1998-07-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 31–250（220 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN 链 C 31–250（220 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN	突变：N52Q, N164Q, A211E 突变：N52Q, N164Q, A211E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 1.90 Å R-free 0.318
1ERN NATIVE STRUCTURE OF THE EXTRACELLULAR DOMAIN OF ERYTHROPOIETIN (EPO) RECEPTOR [EBP] 提交 1999-01-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 34–246（213 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN 链 B 34–246（213 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；pH 7.7	分辨率 2.40 Å R-free 0.295
2JIX Crystal structure of ABT-007 FAB fragment with the soluble domain of EPO receptor 提交 2007-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 25–249（225 aa）片段：EPO RECEPTOR SOLUBLE DOMAIN, RESIDUES 25-249	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.20 Å R-free 0.323
2JIX Crystal structure of ABT-007 FAB fragment with the soluble domain of EPO receptor 提交 2007-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 25–249（225 aa）片段：EPO RECEPTOR SOLUBLE DOMAIN, RESIDUES 25-249	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.20 Å R-free 0.323
2JIX Crystal structure of ABT-007 FAB fragment with the soluble domain of EPO receptor 提交 2007-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 25–249（225 aa）片段：EPO RECEPTOR SOLUBLE DOMAIN, RESIDUES 25-249	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.20 Å R-free 0.323
2MV6 Solution structure of the transmembrane domain and the juxta-membrane domain of the Erythropoietin Receptor in micelles 提交 2014-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 237–284（48 aa）片段：UNP residues 237-284	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；313 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient NMR样品组成 20 mM sodium phosphate, 10 v/v D2O, 250 mM DPC, 0.5 mM [U-99% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5-1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 10 % D2O, 20 mM sodium phosphate, 200-400 mM DPC, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
4Y5V Diabody 305 complex with EpoR 提交 2015-02-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 32–249（218 aa）链 F 32–249（218 aa）	突变：N52Q, N164Q 突变：N52Q, N164Q	GOL GLYCEROL × 10 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；HEPES, PEG 4000	分辨率 2.60 Å R-free 0.229
4Y5V Diabody 305 complex with EpoR 提交 2015-02-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 I 32–249（218 aa）	突变：N52Q, N164Q	GOL GLYCEROL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；HEPES, PEG 4000	分辨率 2.60 Å R-free 0.229
4Y5X Diabody 305 complex with EpoR 提交 2015-02-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 32–249（218 aa）链 L 32–249（218 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 12 FLC CITRATE ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；sodium citrate, PEG 8000	分辨率 3.15 Å R-free 0.241
4Y5X Diabody 305 complex with EpoR 提交 2015-02-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 F 32–249（218 aa）链 I 32–249（218 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；sodium citrate, PEG 8000	分辨率 3.15 Å R-free 0.241
4Y5Y Diabody 330 complex with EpoR 提交 2015-02-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 32–249（218 aa）链 F 32–249（218 aa）	突变：N76Q, N188Q, D247L, and L248D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：N76Q, N188Q, D247L, and L248D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；Magnesium chloride, Tris, PEG 8000	分辨率 2.85 Å R-free 0.241
6E2Q Structure of human JAK2 FERM/SH2 in complex with Erythropoietin Receptor 提交 2018-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 N 273–338（66 aa）片段：UNP residues 273-338	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277.15 K；100 mM Tris, pH 7.6, 2-4% PEG8000	分辨率 2.65 Å R-free 0.263
6E2Q Structure of human JAK2 FERM/SH2 in complex with Erythropoietin Receptor 提交 2018-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 O 273–338（66 aa）片段：UNP residues 273-338	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277.15 K；100 mM Tris, pH 7.6, 2-4% PEG8000	分辨率 2.65 Å R-free 0.263
6E2Q Structure of human JAK2 FERM/SH2 in complex with Erythropoietin Receptor 提交 2018-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 273–338（66 aa）片段：UNP residues 273-338	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277.15 K；100 mM Tris, pH 7.6, 2-4% PEG8000	分辨率 2.65 Å R-free 0.263
6E2Q Structure of human JAK2 FERM/SH2 in complex with Erythropoietin Receptor 提交 2018-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 273–338（66 aa）片段：UNP residues 273-338	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277.15 K；100 mM Tris, pH 7.6, 2-4% PEG8000	分辨率 2.65 Å R-free 0.263
6MOE Monomeric DARPin E2 complex with EpoR 提交 2018-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 32–249（218 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；295 K；1 M sodium potassium phosphate pH 5.6 Cryoprotected in 25% ethylene glycol	分辨率 2.09 Å R-free 0.230
6MOE Monomeric DARPin E2 complex with EpoR 提交 2018-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 32–249（218 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；295 K；1 M sodium potassium phosphate pH 5.6 Cryoprotected in 25% ethylene glycol	分辨率 2.09 Å R-free 0.230
6MOF Monomeric DARPin G2 complex with EpoR 提交 2018-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 32–249（218 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；295 K；0.2 M Magnesium chloride, 0.1 M Tris pH 7.0, 10% PEG 8000, 25% ethylene glycol as cryoprotectant	分辨率 2.89 Å R-free 0.266
6MOH Dimeric DARPin C_R3 complex with EpoR 提交 2018-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 32–249（218 aa）链 D 32–249（218 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 7 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；295 K；0.1 M HEPES pH 7.3, 1.4 M sodium potassium phosphate, 24% glycerol cryoprotectant	分辨率 3.20 Å R-free 0.277
6MOI Dimeric DARPin C_angle_R5 complex with EpoR 提交 2018-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 32–249（218 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 20 MG MAGNESIUM ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；0.3 M magnesium sulfate, 0.1 M bis-tris propane pH 7, 22.5% PurePEGs cocktail (Anatrace), 30% ethylene glycol cryoprotectant	分辨率 2.06 Å R-free 0.251
6MOJ Dimeric DARPin A_angle_R5 complex with EpoR 提交 2018-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 32–249（218 aa）	未记录	TAR D(-)-TARTARIC ACID × 6 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；0.2 M sodium potassium tartrate, 0.1 M bis-tris propane pH 8.5, 20% PEG 3350, 30% glycerol as cryoprotectant	分辨率 2.43 Å R-free 0.250
6MOK Dimeric DARPin A_distance_R7 complex with EpoR 提交 2018-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 32–249（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；0.2 M NaCl, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG 3350	分辨率 5.10 Å R-free 0.299
6MOL Monoextended DARPin M_R12 complex with EpoR 提交 2018-10-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 32–249（218 aa）链 C 32–249（218 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；Seeded from 0.2 M NaCl, 0.1 M CAPS pH 10.5, 20% PEG 8000 into 0.2 M ammonium tartrate and 20% PEG 3350, with 10% glycerol, 10% ethylene glycol as cryoprotectant	分辨率 3.16 Å R-free 0.260
8VUI Structure of FabS1CE-EPR-1, an elbow-locked Fab, in complex with the erythropoeitin receptor 提交 2024-01-29	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 25–250（226 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 NA SODIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CIT CITRIC ACID × 1 NH4 AMMONIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.2；298 K；0.2 M Ammonium Citrate dibasic, 20% PEG2000 monomethyl ether, pH 5.2	分辨率 2.10 Å R-free 0.240
8VVM Structure of FabS1CE1-EPR1-1 in complex with the erythropoietin receptor 提交 2024-01-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 25–250（226 aa）	突变：residues 22-250	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；298 K；0.1 M MMT buffer pH 5.0, 25% PEG1500	分辨率 2.90 Å R-free 0.273

共 20 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EPOR_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–226； UniProt 25–250

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8vvo
沉积日期 deposition_date	2024-01-31
结构标题 title	Structure of FabS1CE2-EPR1-1 in complex with the erythropoietin receptor
关键词 keywords	proliferation, engineered antibody, high-affinity binding, enhanced crystallization, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.02 Å
零角强度 I(0) i0	199720000.00
分子量 molecular_weight	111870.0 kDa
排除体积 excluded_volume	139150 Å³
包络体积 envelope_volume	187220 Å³
水化壳体积 shell_volume	45935 Å³
包络直径 envelope_diameter	123.5 Å
壳层 Rg shell_rg	40.30 Å
包络 Rg envelope_rg	34.65 Å
形状 Rg shape_rg	35.00 Å
总 Rg total_rg	35.48 Å
总原子数 total_atoms	7881
残基数 n_residues	1055
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	116.4 Å
Rg (实空间) rg_real	35.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9970e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7360e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	199700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8850
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	41.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.339
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.319
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.880; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.860

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	S1CE2 VARIANT OF FAB-EPR-1 heavy chain
分子量 formula_weight	24022.9 kDa
突变 mutation	K131Q, E162G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7889

EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNLRSYYMHWVRQAPGKGLEWVASISPYYSYTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARHGYGAMDYWGQGTLVTVFNQIQGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPGPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	S1CE2 VARIANT OF FAB-EPR-1 light chain
分子量 formula_weight	23049.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,C

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSSYSLITFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVSWYVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTQGTTSVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Erythropoietin receptor
分子量 formula_weight	25680.0 kDa
突变 mutation	residues 22-250
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

APPPNLPDPKFESKAALLAARGPEELLCFTERLEDLVCFWEEAASAGVGPGNYSFSYQLEDEPWKLCRLHQAPTARGAVRFWCSLPTADTSSFVPLELRVTAASGAPRYHRVIHINEVVLLDAPVGLVARLADESGHVVLRWLPPPETPMTSHIRYEVDVSAGNGAGSVQRVEILEGRTECVLSNLRGRTRYTFAVRARMAEPSFGGFWSAWSEPVSLLTPSDLDPHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	71.246 Å
晶胞边长 b length_b	90.576 Å
晶胞边长 c length_c	214.850 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	3.090 Å
最低分辨率 resolution_low	83.460 Å
R 因子 r_factor	0.2547
R_work r_work	0.2529
R_free r_free	0.2890

fit	/app/data/saxs_computation/vv/8vvo/8vvo.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vv/8vvo/8vvo.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vv/8vvo/8vvo.dat

Structure of FabS1CE2-EPR1-1 in complex with the erythropoietin receptor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Erythropoietin receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)