8wk1

Bovine trypsin in complex with Durio zibethinus trypsin inhibitor DzTI-4

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 98.6 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cationic trypsin

物种未注明

UniProt P00760

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 24–246 链 C; UniProt 24–246 未记录 21 kDa seed protein-like × 2 (A0A6P5Y0F4) SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 11 ACT ACETATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.5;289 K;100 mM sodium acetate, 200 mM ammonium sulfate, 25% PEG 4,000 分辨率 2.00 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 608 个其他 PDB 条目、770 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRY1_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–223; UniProt 24–246 作者链 C; PDB构建体 1–223; UniProt 24–246

21 kDa seed protein-like

Durio zibethinus

UniProt A0A6P5Y0F4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 27–220 链 D; UniProt 27–220 未记录 Cationic trypsin × 2 (P00760) SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 11 ACT ACETATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.5;289 K;100 mM sodium acetate, 200 mM ammonium sulfate, 25% PEG 4,000 分辨率 2.00 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6P5Y0F4_DURZI
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–194; UniProt 27–220 作者链 D; PDB构建体 1–194; UniProt 27–220

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8wk1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8wk1
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8wk1
沉积日期 deposition_date2023-09-26
结构标题 titleBovine trypsin in complex with Durio zibethinus trypsin inhibitor DzTI-4
关键词 keywordsKunitz-type trypsin inhibitor, seed protein, Durio zibethinus, bovine trypsin, PLANT PROTEIN; PLANT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.02
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.28
零角强度 I(0) i0133197000.00
分子量 molecular_weight89002.0 kDa
排除体积 excluded_volume110290 ų
包络体积 envelope_volume136520 ų
水化壳体积 shell_volume37350 ų
包络直径 envelope_diameter97.0
壳层 Rg shell_rg37.74
包络 Rg envelope_rg29.88
形状 Rg shape_rg30.22
总 Rg total_rg31.13
总原子数 total_atoms6234
残基数 n_residues811
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax98.6
Rg (实空间) rg_real30.95
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.66
I(0) (实空间) i0_real1.3320e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9510e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.99
I(0) (倒空间) i0_reciprocal133200000.0000
解质量估计 total_estimate0.9053
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary34.8
偏度 Skewness skewness0.209
峰度 Kurtosis kurtosis-0.615
角度范围 angular_range— – 0.2550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha56060000.0000
实空间数据点数 n_real_points52
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.941; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.957

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)