8wqe

Cryo-EM structure of CUL2-RBX1-ELOB-ELOC-FEM1B bound with the C-degron of CUX1 (conformation 1)

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cullin-2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Protein fem-1 homolog B × 2 （Q9UK73） Elongin-C × 2 （Q15369） Elongin-B × 2 （Q15370） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed × 2 （P62877） Protein CASP × 2 （Q13948） ZINC ION × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CUL2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 22–750； UniProt 2–745 作者链 C； PDB构建体 22–750； UniProt 2–745

Protein fem-1 homolog B

Homo sapiens

UniProt Q9UK73

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Cullin-2 × 2 （Q13617） Elongin-C × 2 （Q15369） Elongin-B × 2 （Q15370） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed × 2 （P62877） Protein CASP × 2 （Q13948） ZINC ION × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FEM1B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–627； UniProt 1–627 作者链 D； PDB构建体 1–627； UniProt 1–627

Elongin-C

Homo sapiens

UniProt Q15369

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Cullin-2 × 2 （Q13617） Protein fem-1 homolog B × 2 （Q9UK73） Elongin-B × 2 （Q15370） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed × 2 （P62877） Protein CASP × 2 （Q13948） ZINC ION × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ELOC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–96； UniProt 17–112 作者链 G； PDB构建体 1–96； UniProt 17–112

Elongin-B

Homo sapiens

UniProt Q15370

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Cullin-2 × 2 （Q13617） Protein fem-1 homolog B × 2 （Q9UK73） Elongin-C × 2 （Q15369） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed × 2 （P62877） Protein CASP × 2 （Q13948） ZINC ION × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ELOB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118 作者链 H； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118

E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed

Homo sapiens

UniProt P62877

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Cullin-2 × 2 （Q13617） Protein fem-1 homolog B × 2 （Q9UK73） Elongin-C × 2 （Q15369） Elongin-B × 2 （Q15370） Protein CASP × 2 （Q13948） ZINC ION × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBX1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 4–96； UniProt 16–108 作者链 J； PDB构建体 4–96； UniProt 16–108

Protein CASP

Homo sapiens

UniProt Q13948

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Cullin-2 × 2 （Q13617） Protein fem-1 homolog B × 2 （Q9UK73） Elongin-C × 2 （Q15369） Elongin-B × 2 （Q15370） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed × 2 （P62877） ZINC ION × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CASP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 9–31； UniProt 656–678 作者链 L； PDB构建体 9–31； UniProt 656–678

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wqe
沉积日期 deposition_date	2023-10-11
结构标题 title	Cryo-EM structure of CUL2-RBX1-ELOB-ELOC-FEM1B bound with the C-degron of CUX1 (conformation 1)
关键词 keywords	E3 ubiquitin ligase, Pro/C-degron, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8wqe__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8wqe__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8wqe__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	56.92 Å
Rg（电子密度）	57.01 Å
总 Rg	56.97 Å
原子数	26301
残基数	3275
排除体积	468610 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8wqe__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cullin-2
分子量 formula_weight	87114.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,A
原子数 atom_count	26301

SASWSHPQFEKGGGSGGGSGTSLKPRVVDFDETWNKLLTTIKAVVMLEYVERATWNDRFSDIYALCVAYPEPLGERLYTETKIFLENHVRHLHKRVLESEEQVLVMYHRYWEEYSKGADYMDCLYRYLNTQFIKKNGGGPLMEIGELALDMWRKLMVEPLQAILIRMLLREIKNDRGGEDPNQKVIHGVINSFVHVEQYKKKFPLKFYQEIFESPFLTETGEYYKQEASNLLQESNCSQYMEKVLGRLKDEEIRCRKYLHPSSYTKVIHECQQRMVADHLQFLHAECHNIIRQEKKNDMANMYVLLRAVSTGLPHMIQELQNHIHDEGLRATSNLTQENMPTLFVESVLEVHGKFVQLINTVLNGDQHFMSALDKALTSVVNYREPKSVCKAPELLAKYCDNLLKKSAKGMTENEVEDRLTSFITVFKYIDDKDVFQKFYARMLAKRLIHGLSMSMDSEEAMINKLKQACGYEFTSKLHRMYTDMSVSADLNNKFNNFIKNQDTVIDLGISFQIYVLQAGAWPLTQAPSSTFAIPQELEKSVQMFELFYSQHFSGRKLTWLHYLCTGEVKMNYLGKPYVAMVTTYQMAVLLAFNNSETVSYKELQDSTQMNEKELTKTIKSLLDVKMINHDSEKEDIDAESSFSLNMNFSSKRTKFKITTSMQKDTPQEMEQTRSAVDEDRKMYLQAAIVRIMKARKVLRHNALIQEVISQSRARFNPSISMIKKCIEVLIDKQYIERSQASADEYSYVA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein fem-1 homolog B
分子量 formula_weight	70355.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,B

MEGLAGYVYKAASEGKVLTLAALLLNRSESDIRYLLGYVSQQGGQRSTPLIIAARNGHAKVVRLLLEHYRVQTQQTGTVRFDGYVIDGATALWCAAGAGHFEVVKLLVSHGANVNHTTVTNSTPLRAACFDGRLDIVKYLVENNANISIANKYDNTCLMIAAYKGHTDVVRYLLEQRADPNAKAHCGATALHFAAEAGHIDIVKELIKWRAAIVVNGHGMTPLKVAAESCKADVVELLLSHADCDRRSRIEALELLGASFANDRENYDIIKTYHYLYLAMLERFQDGDNILEKEVLPPIHAYGNRTECRNPQELESIRQDRDALHMEGLIVRERILGADNIDVSHPIIYRGAVYADNMEFEQCIKLWLHALHLRQKGNRNTHKDLLRFAQVFSQMIHLNETVKAPDIECVLRCSVLEIEQSMNRVKNISDADVHNAMDNYECNLYTFLYLVCISTKTQCSEEDQCKINKQIYNLIHLDPRTREGFTLLHLAVNSNTPVDDFHTNDVCSFPNALVTKLLLDCGAEVNAVDNEGNSALHIIVQYNRPISDFLTLHSIIISLVEAGAHTDMTNKQNKTPLDKSTTGVSEILLKTQMKMSLKCLAARAVRANDINYQDQIPRTLEEFVGFH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Elongin-C
分子量 formula_weight	10843.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,G

MYVKLISSDGHEFIVKREHALTSGTIKAMLSGPGQFAENETNEVNFREIPSHVLSKVCMYFTYKVRYTNSSTEIPEFPIAPEIALELLMAANFLDC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Elongin-B
分子量 formula_weight	13147.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,H

MDVFLMIRRHKTTIFTDAKESSTVFELKRIVEGILKRPPDEQRLYKDDQLLDDGKTLGECGFTSQTARPQAPATVGLAFRADDTFEALCIEPFSSPPELPDVMKPQDSGSSANEQAVQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed
分子量 formula_weight	11196.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,I

SHMGAGKKRFEVKKWNAVALWAWDIVVDNCAICRNHIMDLCIECQANQASATSEECTVAWGVCNHAFHFHCISRWLKTRQVCPLDNREWEFQKYGH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Protein CASP
分子量 formula_weight	3143.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,L

GGGSGGGSKFADHLHKFHENDNGAAAGDLWQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.38 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	252311

Cryo-EM structure of CUL2-RBX1-ELOB-ELOC-FEM1B bound with the C-degron of CUX1 (conformation 1)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cullin-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein fem-1 homolog B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Elongin-C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Elongin-B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein CASP

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8wqe__assembly_1__model_1

8wqe__assembly_1__model_1 | I(q)

8wqe__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)