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8xcj

Open State of central tail fiber of bacteriophage lambda upon binding to LamB (gpJ713-LamB complex)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 187.4 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltoporin

Shigella sonnei

UniProt A0A0I1R9L6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 25–446 链 B； UniProt 25–446 链 C； UniProt 25–446 未记录 Tip attachment protein J × 3 （P03749） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.98 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A0I1R9L6_SHISO
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–422； UniProt 25–446 作者链 B； PDB构建体 1–422； UniProt 25–446 作者链 C； PDB构建体 1–422； UniProt 25–446

Tip attachment protein J

Escherichia phage Lambda

UniProt P03749

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 F； UniProt 713–1132 链 J； UniProt 713–1132 链 Z； UniProt 713–1132 未记录 Maltoporin × 3 （A0A0I1R9L6） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.98 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8XCJ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8IYK Tail tip conformation 1 of phage lambda tail 提交 2023-04-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric
链 F 1–1132（1132 aa）
链 J 1–1132（1132 aa）
链 Z 1–1132（1132 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 2.95 Å
8IYL Tail tip conformation 2 of phage lambda tail 提交 2023-04-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric
链 E 1–1132（1132 aa）
链 J 1–1132（1132 aa）
链 Y 1–1132（1132 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.00 Å
8JVM AHS-CSF domains of phage lambda tail 提交 2023-06-28 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 830–995（166 aa） 片段：AHS-CSF domains
链 J 830–995（166 aa） 片段：AHS-CSF domains
链 Z 830–995（166 aa） 片段：AHS-CSF domains
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.86 Å
8K35 Structure of the bacteriophage lambda tail tip complex 提交 2023-07-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 A 1–1132（1132 aa）
链 B 1–1132（1132 aa）
链 I 1–1132（1132 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.44 Å
8XCG Tail tip complex of bacteriophage lambda in the open state 提交 2023-12-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 F 1–1132（1132 aa）
链 J 1–1132（1132 aa）
链 Z 1–1132（1132 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.46 Å
8XCI Open state of central tail fiber of bacteriophage lambda upon binding to LamB 提交 2023-12-09 构建体不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 1–1132（1132 aa）
链 J 1–1132（1132 aa）
链 Z 1–1132（1132 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.57 Å
8XCK Closed state of central tail fiber of bacteriophage lambda 提交 2023-12-09 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 713–1132（420 aa）
链 J 713–1132（420 aa）
链 Z 713–1132（420 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.75 Å
9E7M In situ cryoEM structure of bacteriophage Ur-lambda tail tip complex 提交 2024-11-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric
链 Ja 1–835（835 aa）
链 Jb 1–835（835 aa）
链 Jc 1–835（835 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.37 Å
9OIK Structure of S. Typhimurium 14028 Gifsy-1 prophage HepS bound to bacteriophage lambda J Tail Tip 提交 2025-05-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 C 902–933（32 aa）
链 D 902–933（32 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2 M Sodium Acetate, 16% PEG 4000, 0.1 M Tris pH 8.5
分辨率 1.86 Å R-free 0.209

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TIPJ_LAMBD
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 F； PDB构建体 1–420； UniProt 713–1132 作者链 J； PDB构建体 1–420； UniProt 713–1132 作者链 Z； PDB构建体 1–420； UniProt 713–1132

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8xcj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8xcj
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8xcj
沉积日期 deposition_date2023-12-09
结构标题 titleOpen State of central tail fiber of bacteriophage lambda upon binding to LamB (gpJ713-LamB complex)
关键词 keywordsBacteriophage, caudovirales, siphoviridae, phage lambda, host recognition, LamB, cryo-EM, VIRUS; VIRUS
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier61.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron63.58 Å
零角强度 I(0) i01152880000.00
分子量 molecular_weight280450.0 kDa
排除体积 excluded_volume348460 ų
包络体积 envelope_volume531620 ų
水化壳体积 shell_volume75852 ų
包络直径 envelope_diameter197.3 Å
壳层 Rg shell_rg56.04 Å
包络 Rg envelope_rg62.90 Å
形状 Rg shape_rg63.61 Å
总 Rg total_rg63.33 Å
总原子数 total_atoms19809
残基数 n_residues2526
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax187.4 Å
Rg (实空间) rg_real62.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.02 Å
I(0) (实空间) i0_real1.1530e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.7460e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal60.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1149000000.0000
解质量估计 total_estimate0.6806
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary45.0 Å
偏度 Skewness skewness0.495
峰度 Kurtosis kurtosis-0.914
角度范围 angular_range— – 0.1250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha96830000.0000
实空间数据点数 n_real_points26
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.381; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.700; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)