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8xow

Mature virion portal of bacteriophage lambda

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 205.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Head-tail connector protein FII

物种未注明

UniProt P03714

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric（36） 与蛋白拷贝数一致 链 f； UniProt 1–117 链 f1； UniProt 1–117 链 f2； UniProt 1–117 链 f3； UniProt 1–117 链 f4； UniProt 1–117 链 f5； UniProt 1–117 未记录 Head completion protein × 12 （P68660） Tail tube terminator protein × 6 （P03732） Portal protein B × 12 （P03710） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 NITROGEN 分辨率 3.32 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8XOW Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1K0H Solution structure of bacteriophage lambda gpFII 提交 2001-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–117（117 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）200mM NaCl；压力 ambient
NMR样品组成 1.3mM gpFII U-15N, 13C; 10MM PHOSPHATE BUFFER NA, 200MM NACL | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2KX4 Solution structure of Bacteriophage Lambda gpFII 提交 2010-04-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–117（117 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient
NMR样品组成 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] gpFII, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
8K37 Structure of the bacteriophage lambda neck 提交 2023-07-14 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 M 1–117（117 aa）
链 N 1–117（117 aa）
链 O 1–117（117 aa）
链 P 1–117（117 aa）
链 Q 1–117（117 aa）
链 R 1–117（117 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8XPM Mature virion portal of phage lambda with DNA 提交 2024-01-04 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 66 PDB 声明：68-meric
链 f 1–117（117 aa）
链 f1 1–117（117 aa）
链 f2 1–117（117 aa）
链 f3 1–117（117 aa）
链 f4 1–117（117 aa）
链 f5 1–117（117 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.90 Å
8XQB Mature virion portal vertex of bacteriophage lambda 提交 2024-01-05 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 71 PDB 声明：71-meric
链 f 1–117（117 aa）
链 f1 1–117（117 aa）
链 f2 1–117（117 aa）
链 f3 1–117（117 aa）
链 f4 1–117（117 aa）
链 f5 1–117（117 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 4.07 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FII_LAMBD
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 f； PDB构建体 1–117； UniProt 1–117 作者链 f1； PDB构建体 1–117； UniProt 1–117 作者链 f2； PDB构建体 1–117； UniProt 1–117 作者链 f3； PDB构建体 1–117； UniProt 1–117 作者链 f4； PDB构建体 1–117； UniProt 1–117 作者链 f5； PDB构建体 1–117； UniProt 1–117

Head completion protein

物种未注明

UniProt P68660

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric（36） 与蛋白拷贝数一致 链 W； UniProt 1–68 链 W1； UniProt 1–68 链 W2； UniProt 1–68 链 W3； UniProt 1–68 链 W4； UniProt 1–68 链 W5； UniProt 1–68 链 w； UniProt 1–68 链 w1； UniProt 1–68 链 w2； UniProt 1–68 链 w3； UniProt 1–68 链 w4； UniProt 1–68 链 w5； UniProt 1–68 未记录 Head-tail connector protein FII × 6 （P03714） Tail tube terminator protein × 6 （P03732） Portal protein B × 12 （P03710） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 NITROGEN 分辨率 3.32 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8XOW Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1HYW SOLUTION STRUCTURE OF BACTERIOPHAGE LAMBDA GPW 提交 2001-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–68（68 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）200mM NaCl；压力 ambient
NMR样品组成 1.5mM gpW U-15N, 13C; 10mM phosphate buffer NA, 200mM NaCl,90% H2O,10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
8K38 The structure of bacteriophage lambda portal-adaptor 提交 2023-07-14 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 M 1–68（68 aa）
链 N 1–68（68 aa）
链 O 1–68（68 aa）
链 P 1–68（68 aa）
链 Q 1–68（68 aa）
链 R 1–68（68 aa）
链 S 1–68（68 aa）
链 T 1–68（68 aa）
链 U 1–68（68 aa）
链 V 1–68（68 aa）
链 W 1–68（68 aa）
链 X 1–68（68 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8XPM Mature virion portal of phage lambda with DNA 提交 2024-01-04 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 66 PDB 声明：68-meric
链 W 1–68（68 aa）
链 W1 1–68（68 aa）
链 W2 1–68（68 aa）
链 W3 1–68（68 aa）
链 W4 1–68（68 aa）
链 W5 1–68（68 aa）
链 w 1–68（68 aa）
链 w1 1–68（68 aa）
链 w2 1–68（68 aa）
链 w3 1–68（68 aa）
链 w4 1–68（68 aa）
链 w5 1–68（68 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.90 Å
8XQB Mature virion portal vertex of bacteriophage lambda 提交 2024-01-05 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 71 PDB 声明：71-meric
链 W 1–68（68 aa）
链 W1 1–68（68 aa）
链 W2 1–68（68 aa）
链 W3 1–68（68 aa）
链 W4 1–68（68 aa）
链 W5 1–68（68 aa）
链 w 1–68（68 aa）
链 w1 1–68（68 aa）
链 w2 1–68（68 aa）
链 w3 1–68（68 aa）
链 w4 1–68（68 aa）
链 w5 1–68（68 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 4.07 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HCP_LAMBD
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 W； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68 作者链 W1； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68 作者链 W2； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68 作者链 W3； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68 作者链 W4； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68 作者链 W5； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68 作者链 w； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68 作者链 w1； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68 作者链 w2； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68 作者链 w3； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68 作者链 w4； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68 作者链 w5； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68

Tail tube terminator protein

物种未注明

UniProt P03732

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric（36） 与蛋白拷贝数一致 链 U； UniProt 1–131 链 U1； UniProt 1–131 链 U2； UniProt 1–131 链 U3； UniProt 1–131 链 U4； UniProt 1–131 链 U5； UniProt 1–131 未记录 Head-tail connector protein FII × 6 （P03714） Head completion protein × 12 （P68660） Portal protein B × 12 （P03710） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 NITROGEN 分辨率 3.32 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8XOW Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1Z1Z NMR structure of the gpu tail protein from lambda bacteriophage 提交 2005-03-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–131（131 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.8；293 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM KCl；压力 1
NMR样品组成 0.9 mM gpU, U-15N,13C, 10 mM Tris-d11, pH 7.8, 50 mM potassium chloride, 0.02% sodium azide, 10% D2O, 90% H2O | 10% D2O, 90% H2O
分辨率未提供
3FZ2 Crystal structure of the tail terminator protein from phage lambda (gpU-D74A) 提交 2009-01-23 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–131（131 aa）
链 B 1–131（131 aa）
链 E 1–131（131 aa）
链 F 1–131（131 aa）
链 I 1–131（131 aa）
链 K 1–131（131 aa）
突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M Di-ammonium tartrate, 2.2M Ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å R-free 0.283
3FZ2 Crystal structure of the tail terminator protein from phage lambda (gpU-D74A) 提交 2009-01-23 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 1–131（131 aa）
链 D 1–131（131 aa）
链 G 1–131（131 aa）
链 H 1–131（131 aa）
链 J 1–131（131 aa）
链 L 1–131（131 aa）
突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M Di-ammonium tartrate, 2.2M Ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å R-free 0.283
3FZ2 Crystal structure of the tail terminator protein from phage lambda (gpU-D74A) 提交 2009-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–131（131 aa）
链 B 1–131（131 aa）
链 C 1–131（131 aa）
链 D 1–131（131 aa）
链 E 1–131（131 aa）
链 F 1–131（131 aa）
链 G 1–131（131 aa）
链 H 1–131（131 aa）
链 I 1–131（131 aa）
链 J 1–131（131 aa）
链 K 1–131（131 aa）
链 L 1–131（131 aa）
突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：D74A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 13 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M Di-ammonium tartrate, 2.2M Ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å R-free 0.283
3FZB Crystal structure of the tail terminator protein from phage lambda (gpU-WT) 提交 2009-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–131（131 aa）
链 B 1–131（131 aa）
链 F 1–131（131 aa）
链 H 1–131（131 aa）
链 I 1–131（131 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M Tri-sodium citrate, 2.2M Ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.309
3FZB Crystal structure of the tail terminator protein from phage lambda (gpU-WT) 提交 2009-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 1–131（131 aa）
链 D 1–131（131 aa）
链 E 1–131（131 aa）
链 G 1–131（131 aa）
链 J 1–131（131 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M Tri-sodium citrate, 2.2M Ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.309
8IYD Tail cap of phage lambda tail 提交 2023-04-04 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 G 1–131（131 aa）
链 K 1–131（131 aa）
链 Q 1–131（131 aa）
链 U 1–131（131 aa）
链 W 1–131（131 aa）
链 u 1–131（131 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.10 Å
8K37 Structure of the bacteriophage lambda neck 提交 2023-07-14 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 A 1–131（131 aa）
链 B 1–131（131 aa）
链 C 1–131（131 aa）
链 D 1–131（131 aa）
链 E 1–131（131 aa）
链 F 1–131（131 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8XPM Mature virion portal of phage lambda with DNA 提交 2024-01-04 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 66 PDB 声明：68-meric
链 U 1–131（131 aa）
链 U1 1–131（131 aa）
链 U2 1–131（131 aa）
链 U3 1–131（131 aa）
链 U4 1–131（131 aa）
链 U5 1–131（131 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.90 Å
8XQB Mature virion portal vertex of bacteriophage lambda 提交 2024-01-05 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 71 PDB 声明：71-meric
链 U 1–131（131 aa）
链 U1 1–131（131 aa）
链 U2 1–131（131 aa）
链 U3 1–131（131 aa）
链 U4 1–131（131 aa）
链 U5 1–131（131 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 4.07 Å

共 7 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TTTP_LAMBD
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 U； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131 作者链 U1； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131 作者链 U2； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131 作者链 U3； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131 作者链 U4； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131 作者链 U5； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131

Portal protein B

物种未注明

UniProt P03710

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric（36） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–533 链 B1； UniProt 1–533 链 B2； UniProt 1–533 链 B3； UniProt 1–533 链 B4； UniProt 1–533 链 B5； UniProt 1–533 链 b； UniProt 1–533 链 b1； UniProt 1–533 链 b2； UniProt 1–533 链 b3； UniProt 1–533 链 b4； UniProt 1–533 链 b5； UniProt 1–533 未记录 Head-tail connector protein FII × 6 （P03714） Head completion protein × 12 （P68660） Tail tube terminator protein × 6 （P03732） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 NITROGEN 分辨率 3.32 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8XOW Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8K38 The structure of bacteriophage lambda portal-adaptor 提交 2023-07-14 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 A 1–533（533 aa）
链 B 1–533（533 aa）
链 C 1–533（533 aa）
链 D 1–533（533 aa）
链 E 1–533（533 aa）
链 F 1–533（533 aa）
链 G 1–533（533 aa）
链 H 1–533（533 aa）
链 I 1–533（533 aa）
链 J 1–533（533 aa）
链 K 1–533（533 aa）
链 L 1–533（533 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8K39 Structure of the bacteriophage lambda portal vertex 提交 2023-07-14 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric
链 U 1–533（533 aa）
链 V 1–533（533 aa）
链 W 1–533（533 aa）
链 X 1–533（533 aa）
链 Y 1–533（533 aa）
链 Z 1–533（533 aa）
链 a 1–533（533 aa）
链 b 1–533（533 aa）
链 c 1–533（533 aa）
链 d 1–533（533 aa）
链 e 1–533（533 aa）
链 f 1–533（533 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
8XOT Prohead portal of bacteriophage lambda 提交 2024-01-02 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 B 1–533（533 aa）
链 B1 1–533（533 aa）
链 B2 1–533（533 aa）
链 B3 1–533（533 aa）
链 B4 1–533（533 aa）
链 B5 1–533（533 aa）
链 b 1–533（533 aa）
链 b1 1–533（533 aa）
链 b2 1–533（533 aa）
链 b3 1–533（533 aa）
链 b4 1–533（533 aa）
链 b5 1–533（533 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.51 Å
8XOU Prohead portal vertex of bacteriophage lambda 提交 2024-01-02 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric
链 B 1–533（533 aa）
链 B1 1–533（533 aa）
链 B2 1–533（533 aa）
链 B3 1–533（533 aa）
链 B4 1–533（533 aa）
链 B5 1–533（533 aa）
链 b 1–533（533 aa）
链 b1 1–533（533 aa）
链 b2 1–533（533 aa）
链 b3 1–533（533 aa）
链 b4 1–533（533 aa）
链 b5 1–533（533 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 5.58 Å
8XPM Mature virion portal of phage lambda with DNA 提交 2024-01-04 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 66 PDB 声明：68-meric
链 B 1–533（533 aa）
链 B1 1–533（533 aa）
链 B2 1–533（533 aa）
链 B3 1–533（533 aa）
链 B4 1–533（533 aa）
链 B5 1–533（533 aa）
链 b 1–533（533 aa）
链 b1 1–533（533 aa）
链 b2 1–533（533 aa）
链 b3 1–533（533 aa）
链 b4 1–533（533 aa）
链 b5 1–533（533 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.90 Å
8XQB Mature virion portal vertex of bacteriophage lambda 提交 2024-01-05 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 71 PDB 声明：71-meric
链 B 1–533（533 aa）
链 B1 1–533（533 aa）
链 B2 1–533（533 aa）
链 B3 1–533（533 aa）
链 B4 1–533（533 aa）
链 B5 1–533（533 aa）
链 b 1–533（533 aa）
链 b1 1–533（533 aa）
链 b2 1–533（533 aa）
链 b3 1–533（533 aa）
链 b4 1–533（533 aa）
链 b5 1–533（533 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 4.07 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PORTL_LAMBD
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 B1； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 B2； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 B3； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 B4； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 B5； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 b； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 b1； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 b2； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 b3； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 b4； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533 作者链 b5； PDB构建体 1–533； UniProt 1–533

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8xow

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8xow
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8xow
沉积日期 deposition_date2024-01-02
结构标题 titleMature virion portal of bacteriophage lambda
关键词 keywords;caudovirales, siphoviridae, portal vertex, portal, capsid, connector/neck, tail, delivery device, B-DNA, phage lambda, VIRAL PROTEIN ;; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier68.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron68.49 Å
零角强度 I(0) i011871400000.00
分子量 molecular_weight886080.0 kDa
排除体积 excluded_volume1092500 ų
包络体积 envelope_volume1544400 ų
水化壳体积 shell_volume185350 ų
包络直径 envelope_diameter223.5 Å
壳层 Rg shell_rg71.88 Å
包络 Rg envelope_rg67.43 Å
形状 Rg shape_rg68.53 Å
总 Rg total_rg68.38 Å
总原子数 total_atoms62334
残基数 n_residues7962
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax205.1 Å
Rg (实空间) rg_real68.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.20 Å
I(0) (实空间) i0_real1.1870e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3040e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal68.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal11870000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8364
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary80.3 Å
偏度 Skewness skewness0.390
峰度 Kurtosis kurtosis-0.359
角度范围 angular_range— – 0.1150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0004
最高正则化参数 α highest_alpha1845000000.0000
实空间数据点数 n_real_points24
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.958; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.010
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)