SAXSdb — 8y60

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–890 链 B； UniProt 1–890 链 C； UniProt 1–890 链 D； UniProt 1–890	未记录	CLR CHOLESTEROL × 4 VNZ Ivabradine × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.23 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8Y60	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5U6O Structure of the human HCN1 hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated ion channel 提交 2016-12-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–635（635 aa）片段：UNP residues 1-635,866-890 链 A 866–890（25 aa）片段：UNP residues 1-635,866-890 链 B 1–635（635 aa）片段：UNP residues 1-635,866-890 链 B 866–890（25 aa）片段：UNP residues 1-635,866-890 链 C 1–635（635 aa）片段：UNP residues 1-635,866-890 链 C 866–890（25 aa）片段：UNP residues 1-635,866-890 链 D 1–635（635 aa）片段：UNP residues 1-635,866-890 链 D 866–890（25 aa）片段：UNP residues 1-635,866-890	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
5U6P Structure of the human HCN1 hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated ion channel in complex with cAMP 提交 2016-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–635（635 aa）片段：UNP residues 1-635,866-890 链 A 866–890（25 aa）片段：UNP residues 1-635,866-890 链 B 1–635（635 aa）片段：UNP residues 1-635,866-890 链 B 866–890（25 aa）片段：UNP residues 1-635,866-890 链 C 1–635（635 aa）片段：UNP residues 1-635,866-890 链 C 866–890（25 aa）片段：UNP residues 1-635,866-890 链 D 1–635（635 aa）片段：UNP residues 1-635,866-890 链 D 866–890（25 aa）片段：UNP residues 1-635,866-890	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.51 Å
6UQF Human HCN1 channel in a hyperpolarized conformation 提交 2019-10-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–635（635 aa）链 A 866–890（25 aa）链 B 1–635（635 aa）链 B 866–890（25 aa）链 C 1–635（635 aa）链 C 866–890（25 aa）链 D 1–635（635 aa）链 D 866–890（25 aa）	突变：F186C, S264C 突变：F186C, S264C 突变：F186C, S264C 突变：F186C, S264C 突变：F186C, S264C 突变：F186C, S264C 突变：F186C, S264C 突变：F186C, S264C	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4 HG MERCURY (II) ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.04 Å
6UQG Human HCN1 channel Y289D mutant 提交 2019-10-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–635（635 aa）链 A 866–890（25 aa）链 B 1–635（635 aa）链 B 866–890（25 aa）链 C 1–635（635 aa）链 C 866–890（25 aa）链 D 1–635（635 aa）链 D 866–890（25 aa）	突变：Y289D 突变：Y289D 突变：Y289D 突变：Y289D 突变：Y289D 突变：Y289D 突变：Y289D 突变：Y289D	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.54 Å
8T4M Closed human HCN1 F186C S264C bound to cAMP, reconstituted in LMNG + SPL 提交 2023-06-09	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–890（890 aa）链 B 1–890（890 aa）链 C 1–890（890 aa）链 D 1–890（890 aa）	突变：F186C S264C 突变：F186C S264C 突变：F186C S264C 突变：F186C S264C	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.16 Å
8T4Y Human HCN1 F186C S264C C309A bound to cAMP, reconstituted in LMNG + SPL 提交 2023-06-12	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–890（890 aa）链 B 1–890（890 aa）链 C 1–890（890 aa）链 D 1–890（890 aa）	突变：F186C, S264C, C309A 突变：F186C, S264C, C309A 突变：F186C, S264C, C309A 突变：F186C, S264C, C309A	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.58 Å
8T50 Open human HCN1 F186C S264C bound to cAMP, reconstituted in LMNG + SPL 提交 2023-06-12	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–890（890 aa）链 B 1–890（890 aa）链 C 1–890（890 aa）链 D 1–890（890 aa）	突变：F186C, S264C 突变：F186C, S264C 突变：F186C, S264C 突变：F186C, S264C	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8UC7 HCN1 complex with propofol 提交 2023-09-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–635（635 aa）片段：UNP residues 1-635,866-890 链 A 866–890（25 aa）片段：UNP residues 1-635,866-890 链 B 1–635（635 aa）片段：UNP residues 1-635,866-890 链 B 866–890（25 aa）片段：UNP residues 1-635,866-890 链 C 1–635（635 aa）片段：UNP residues 1-635,866-890 链 C 866–890（25 aa）片段：UNP residues 1-635,866-890 链 D 1–635（635 aa）片段：UNP residues 1-635,866-890 链 D 866–890（25 aa）片段：UNP residues 1-635,866-890	未记录	PFL 2,6-BIS(1-METHYLETHYL)PHENOL × 4 PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8UC8 HCN1 nanodisc 提交 2023-09-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–635（635 aa）片段：UNP residues 1-635,866-890 链 A 866–890（25 aa）片段：UNP residues 1-635,866-890 链 B 1–635（635 aa）片段：UNP residues 1-635,866-890 链 B 866–890（25 aa）片段：UNP residues 1-635,866-890 链 C 1–635（635 aa）片段：UNP residues 1-635,866-890 链 C 866–890（25 aa）片段：UNP residues 1-635,866-890 链 D 1–635（635 aa）片段：UNP residues 1-635,866-890 链 D 866–890（25 aa）片段：UNP residues 1-635,866-890	未记录	PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 16	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9BC6 HCN1 M305L with propofol 提交 2024-04-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–635（635 aa）链 A 866–890（25 aa）链 B 1–635（635 aa）链 B 866–890（25 aa）链 C 1–635（635 aa）链 C 866–890（25 aa）链 D 1–635（635 aa）链 D 866–890（25 aa）	突变：M305L 突变：M305L 突变：M305L 突变：M305L 突变：M305L 突变：M305L 突变：M305L 突变：M305L	PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 8 PFL 2,6-BIS(1-METHYLETHYL)PHENOL × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å
9BC7 HCN1 M305L holo 提交 2024-04-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–635（635 aa）链 A 866–890（25 aa）链 B 1–635（635 aa）链 B 866–890（25 aa）链 C 1–635（635 aa）链 C 866–890（25 aa）链 D 1–635（635 aa）链 D 866–890（25 aa）	突变：M305L 突变：M305L 突变：M305L 突变：M305L 突变：M305L 突变：M305L 突变：M305L 突变：M305L	PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 12 CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9PXN Human apo HCN1 nanodisc 提交 2025-08-06	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–635（634 aa）链 B 2–635（634 aa）链 C 2–635（634 aa）链 D 2–635（634 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å
9R1T Structure of the human chimera HCN112 hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated ion channel in complex with cAMP. 提交 2025-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–401（401 aa）链 B 1–401（401 aa）链 C 1–401（401 aa）链 D 1–401（401 aa）	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.34 Å
9R1U Structure of the human HCN1dC hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated ion channel. 提交 2025-04-28	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–401（401 aa）链 B 1–401（401 aa）链 C 1–401（401 aa）链 D 1–401（401 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.92 Å
9R1V Structure of the human chimera HCN112 hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated ion channel. 提交 2025-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–401（401 aa）链 B 1–401（401 aa）链 C 1–401（401 aa）链 D 1–401（401 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.53 Å
9Z6T Human HCN1 in complex with cAMP in nanodisc 提交 2025-11-14	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–635（634 aa）链 B 2–635（634 aa）链 C 2–635（634 aa）链 D 2–635（634 aa）	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å

共 16 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HCN1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–890； UniProt 1–890 作者链 B； PDB构建体 1–890； UniProt 1–890 作者链 C； PDB构建体 1–890； UniProt 1–890 作者链 D； PDB构建体 1–890； UniProt 1–890

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8y60
沉积日期 deposition_date	2024-02-01
最后修订 last_revision	2025-10-29
结构标题 title	Structural mechanism of human HCN1 hyperpolarization-activated channel inhibition by ivabradine
关键词 keywords	Hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated (HCN) channels, Ivabradine, complex, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.70 Å
零角强度 I(0) i0	582698000.00
分子量 molecular_weight	208360.0 kDa
排除体积 excluded_volume	264520 Å³
包络体积 envelope_volume	350990 Å³
水化壳体积 shell_volume	71659 Å³
包络直径 envelope_diameter	121.4 Å
壳层 Rg shell_rg	47.64 Å
包络 Rg envelope_rg	38.31 Å
形状 Rg shape_rg	38.75 Å
总 Rg total_rg	39.02 Å
总原子数 total_atoms	14712
残基数 n_residues	1892
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	119.4 Å
Rg (实空间) rg_real	39.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.8270e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.2140e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	582800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8932
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	50.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.056
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.487
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	42900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.911; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.962; Smooth: 0.912

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 1
分子量 formula_weight	98899.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	14712

MEGGGKPNSSSNSRDDGNSVFPAKASATGAGPAAAEKRLGTPPGGGGAGAKEHGNSVCFKVDGGGGGGGGGGGGEEPAGGFEDAEGPRRQYGFMQRQFTSMLQPGVNKFSLRMFGSQKAVEKEQERVKTAGFWIIHPYSDFRFYWDLIMLIMMVGNLVIIPVGITFFTEQTTTPWIIFNVASDTVFLLDLIMNFRTGTVNEDSSEIILDPKVIKMNYLKSWFVVDFISSIPVDYIFLIVEKGMDSEVYKTARALRIVRFTKILSLLRLLRLSRLIRYIHQWEEIFHMTYDLASAVVRIFNLIGMMLLLCHWDGCLQFLVPLLQDFPPDCWVSLNEMVNDSWGKQYSYALFKAMSHMLCIGYGAQAPVSMSDLWITMLSMIVGATCYAMFVGHATALIQSLDSSRRQYQEKYKQVEQYMSFHKLPADMRQKIHDYYEHRYQGKIFDEENILNELNDPLREEIVNFNCRKLVATMPLFANADPNFVTAMLSKLRFEVFQPGDYIIREGAVGKKMYFIQHGVAGVITKSSKEMKLTDGSYFGEICLLTKGRRTASVRADTYCRLYSLSVDNFNEVLEEYPMMRRAFETVAIDRLDRIGKKNSILLQKFQKDLNTGVFNNQENEILKQIVKHDREMVQAIAPINYPQMTTLNSTSSTTTPTSRMRTQSPPVYTATSLSHSNLHSPSPSTQTPQPSAILSPCSYTTAVCSPPVQSPLAARTFHYASPTASQLSLMQQQPQQQVQQSQPPQTQPQQPSPQPQTPGSSTPKNEVHKSTQALHNTNLTREVRPLSASQPSLPHEVSTLISRPHPTVGESLASIPQPVTAVPGTGLQAGGRSTVPQRVTLFRQMSSGAIPPNRGVPPAPPPPAAALPRESSSVLNTDPDAEKPRFASNL

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL
分子量 formula_weight	386.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	Ivabradine
分子量 formula_weight	468.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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8. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.23 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	128643

fit	/app/data/saxs_computation/y6/8y60/8y60.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y6/8y60/8y60.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y6/8y60/8y60.dat

Structural mechanism of human HCN1 hyperpolarization-activated channel inhibition by ivabradine