SAXSdb — 8yat

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yat
沉积日期 deposition_date	2024-02-10
结构标题 title	SOD1, Nanobody1, Nanobody2 and Nanobody3 complex
关键词 keywords	antibody complex, OXIDOREDUCTASE, OXIDOREDUCTASE/IMMUNE SYSTEM, OXIDOREDUCTASE-IMMUNE SYSTEM complex; OXIDOREDUCTASE/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	56.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	57.38 Å
零角强度 I(0) i0	793420000.00
分子量 molecular_weight	222060.0 kDa
排除体积 excluded_volume	272770 Å³
包络体积 envelope_volume	412440 Å³
水化壳体积 shell_volume	66303 Å³
包络直径 envelope_diameter	222.0 Å
壳层 Rg shell_rg	51.55 Å
包络 Rg envelope_rg	56.11 Å
形状 Rg shape_rg	57.37 Å
总 Rg total_rg	57.21 Å
总原子数 total_atoms	15601
残基数 n_residues	2084
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	203.3 Å
Rg (实空间) rg_real	57.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	3.00 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.9340e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8390e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	55.90 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	792000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7950
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	50.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.602
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.174
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	29270000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.665; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.824; Smooth: 0.511

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Superoxide dismutase [Cu-Zn]
分子量 formula_weight	15827.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.15.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,I,M
原子数 atom_count	15601

ATKAVCVLKGDGPVQGIINFEQKESNGPVKVWGSIKGLTEGLHGFHVHEFGDNTAGCTSAGPHFNPLSRKHGGPKDEERHVGDLGNVTADKDGVADVSIEDSVISLSGDHCIIGRTLVVHEKADDLGKGGNEESTKTGNAGSRLACGVIGIAQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	NB1
分子量 formula_weight	12562.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,J,N

QVQLQESGGGLVQPGGSLRLSCRASETLFSLYAMGWYRQAPGKQPELIATISGGGEGTGNYADPVKGRFTISRNNADNMVFLQMNNLKPEDTAVYYCNVYGTNLAPWGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	NB2
分子量 formula_weight	13997.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,K,O

QVQLQESGGGSVQAGGSLRLACVASGGDTRPYITYWMGWYRQAPGKEREGVATIYTGGSGTYYSDSVEGRFTISQDKAQRTVYLQMNDLKPEDTAMYYCAAGNGALPPGRRLSPQNMDTWGPGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Camelus dromedarius
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9838
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	NB3
分子量 formula_weight	13853.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,L,P

QVQLQESGGGLVQAGGSLRLSCAASGLPYRTVFMGWFRQGPGKEREGVAVINADGVSTYYADSVKGRFTISQDNAKNTVYLQMNSLKPEDTAIYHCAANHFFDYSRDPLATAEYNYWGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Camelus dromedarius
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9838
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	377.129 Å
晶胞边长 b length_b	46.672 Å
晶胞边长 c length_c	156.949 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.940 Å
最低分辨率 resolution_low	80.820 Å
R 因子 r_factor	0.3082
R_work r_work	0.3028
R_free r_free	0.3677

fit	/app/data/saxs_computation/ya/8yat/8yat.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ya/8yat/8yat.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ya/8yat/8yat.dat

SOD1, Nanobody1, Nanobody2 and Nanobody3 complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)