8ygj

SpCas9-MMLV RT-pegRNA-target DNA complex (elongation 28-nt)

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 161.4 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gag-Pol polyprotein

Moloney murine leukemia virus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 2 DNA 3 RNA 1 PDB 声明：hexameric（6）与全部聚合物数一致	链 E； UniProt 660–1155	突变：D200N, D209N, T306K, W313F, T330P, D335N	RNA (137-MER) × 1 DNA (51-MER) × 1 ;DNA (5'-D(PTPGPAPTPGPGPCPAPGPAPGPTPAPCPTPAP*G)-3') ; × 1 DNA (62-MER) × 1 CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1 × 1 （Q99ZW2）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8YGJ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2N3K Human Brd4 ET domain in complex with MLV Integrase C-term 提交 2015-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1719–1735（17 aa）片段：MLV integrase C-terminal EBM (UNP residues 1719-1735)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.25；压力 ambient NMR样品组成 0.4-0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Brd4 ET, 0.4-0.8 mM MLV IN EBM, 20 mM [U-2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.002 v/v sodium azide, 0.5 mM DSS, 2 mM [U-2H] DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.4-0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Brd4 ET, 0.4-0.8 mM MLV IN EBM, 20 mM [U-2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.002 v/v sodium azide, 0.5 mM DSS, 2 mM [U-2H] DTT, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.4-0.8 mM [U-99% 15N] Brd4 ET, 0.4-0.8 mM MLV IN EBM, 20 mM [U-2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.002 v/v sodium azide, 0.5 mM DSS, 2 mM [U-2H] DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.4-0.8 mM [U-99% 15N] Brd4 ET, 20 mM [U-2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.002 v/v sodium azide, 0.5 mM DSS, 2 mM [U-2H] DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM MLV IN EBM, 0.5 mM DSS, 0.002 v/v sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
7JYZ Solution NMR structure and dynamics of human Brd3 ET in complex with MLV IN CTD 提交 2020-09-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1659–1738（80 aa）片段：C-terminal domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1 NMR测量条件 pH 7.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1 NMR样品组成 0.25 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Brd3 ET, 0.25 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MLV-IN-CTD, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.25 mM [U-15N] Brd3 ET, 0.25 mM [U-15N] MLV-IN-CTD, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
7UYN Crystal structure of B-form alien DNA 5'-CTTBPPBBSSZZSAAG in a host-guest complex with the N-terminal fragment of Moloney murine leukemia virus reverse transcriptase 提交 2022-05-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 683–937（255 aa）片段：N-terminal fragment (UNP residues 683-937)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.05 M ADA, pH 6.5, 9% PEG4000	分辨率 1.65 Å R-free 0.246
7UYO Crystal structure of B-form alien DNA 5'-CTTSSPBZPSZBBAAG in a host-guest complex with the N-terminal fragment of Moloney murine leukemia virus reverse transcriptase 提交 2022-05-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 683–937（255 aa）片段：N-terminal fragment (UNP residues 683-937)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.05 M ADA, pH 6.5, 9% PEG4000	分辨率 1.65 Å R-free 0.257
7UYP Crystal structure of B-form alien DNA 5'-CTTZZPBSBSZPPAAG in a host-guest complex with the N-terminal fragment of Moloney murine leukemia virus reverse transcriptase 提交 2022-05-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 683–937（255 aa）片段：N-terminal fragment (UNP residues 683-937)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.05 M ADA, pH 6.5, 9% PEG4000	分辨率 1.50 Å R-free 0.234
8CS0 Crystal structure of alien DNA CTSZZPBSBSZPPBAG in a host-guest complex with the N-terminal fragment of Moloney murine leukemia virus reverse transcriptase 提交 2022-05-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 683–937（255 aa）片段：N-terminal fragment (UNP residues 683-937)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.05 M ADA, pH 6.5, 9% PEG4000	分辨率 1.65 Å R-free 0.243
8DW1 Crystal structure of a host-guest complex with 5'-CTTAGTTATAACTAAG-3' 提交 2022-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 683–937（255 aa）片段：N-terminal fragment (UNP residues 683-937)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；5 mM magnesium acetate, 50 mM ADA, pH 6.5, 9% PEG4000	分辨率 1.85 Å R-free 0.238
8DW8 Host-guest structure of BLMA2 partially bound to 5'-ATTAGTTATAACTAAT-3' 提交 2022-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 683–937（255 aa）片段：N-terminal fragment (UNP residues 683-937)	未记录	BLM BLEOMYCIN A2 × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Crystals of the host-guest complex were obtained in 5 mM magnesium acetate, 50 mM ADA, pH 6.5, 9% PEG4000. To obtain complexes with BLM, crystals were soaked in well solutions containing 0.1 mM BLM followed by stabilization in 9% PEG4000, 5 mM magnesium acetate, 100 mM HEPES pH 8.0, 20% ethylene glycol, 0.25 mM BLM until unit cell changes correlating with binding of BLM were detected.	分辨率 2.58 Å R-free 0.276
8DWM Host-guest complex of bleomycin A2 fully bound to CTTAGTTATAACTAAG 提交 2022-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 683–937（255 aa）片段：N-terminal fragment (UNP residues 683-937)	未记录	3CO COBALT (III) ION × 2 BLM BLEOMYCIN A2 × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Crystals of the host-guest complex were grown in 5 mM magnesium acetate, 0.05 M ADA pH 6.5, 9% PEG4000. To obtain complexes with BLM, crystals were soaked in well solutions containing 0.1 mM BLM followed by stabilization in 9% PEG4000, 5 mM magnesium acetate, 100 mM HEPES, pH 8.0, 20% ethylene glycol, 0.25 mM BLM until unit cell changes correlating with binding of BLM were detected.	分辨率 2.99 Å R-free 0.297
8WUS SpCas9-MMLV RT-pegRNA-target DNA complex (termination) 提交 2023-10-21	结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 E 660–1155（496 aa）	突变：D200N, D209N, T306K, W313F, T330P, D335N	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8WUT SpCas9-MMLV RT-pegRNA-target DNA complex (initiation) 提交 2023-10-21	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 E 660–1155（496 aa）	突变：D200N, D249N, T306K, W313F, T330P, D335N	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8WUV SpCas9-MMLV RT-pegRNA-target DNA complex (elongation 16-nt) 提交 2023-10-21	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 E 660–1155（496 aa）	突变：D200N, D249N, T306K, W313F, T330P, D335N	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	Q8UN00_MLVMO
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–496； UniProt 660–1155

CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1

Streptococcus pyogenes serotype M1

UniProt Q99ZW2

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 2 DNA 3 RNA 1 PDB 声明：hexameric（6）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 2–1368	突变：H10A, H840A	RNA (137-MER) × 1 DNA (51-MER) × 1 ;DNA (5'-D(PTPGPAPTPGPGPCPAPGPAPGPTPAPCPTPAP*G)-3') ; × 1 Gag-Pol polyprotein × 1 （Q8UN00） DNA (62-MER) × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8YGJ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4CMP Crystal structure of S. pyogenes Cas9 提交 2014-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1368（1368 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS PH 8.5, 0.3 M LITHIUM SULFATE, 15% PEG 3350	分辨率 2.62 Å R-free 0.286
4CMP Crystal structure of S. pyogenes Cas9 提交 2014-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–1368（1368 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS PH 8.5, 0.3 M LITHIUM SULFATE, 15% PEG 3350	分辨率 2.62 Å R-free 0.286
4CMQ Crystal structure of Mn-bound S.pyogenes Cas9 提交 2014-01-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1368（1368 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 7 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS 8.5, 0.3 M LITHIUM SULFATE, 15% PEG 3350 SOAKED IN MOTHER LIQUOR SUPPLEMENTED WITH 20 MM MNCL2	分辨率 3.09 Å R-free 0.277
4CMQ Crystal structure of Mn-bound S.pyogenes Cas9 提交 2014-01-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–1368（1368 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 6 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS 8.5, 0.3 M LITHIUM SULFATE, 15% PEG 3350 SOAKED IN MOTHER LIQUOR SUPPLEMENTED WITH 20 MM MNCL2	分辨率 3.09 Å R-free 0.277
4OO8 Crystal structure of Streptococcus pyogenes Cas9 in complex with guide RNA and target DNA 提交 2014-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1368（1368 aa）	突变：D10A/C80L/H840A/C574E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；12% PEG 3350, 100mM Tris-HCl, 200mM ammonium acetate, 150mM NaCl, 100mM NDSB-256, pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.254
4OO8 Crystal structure of Streptococcus pyogenes Cas9 in complex with guide RNA and target DNA 提交 2014-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 1–1368（1368 aa）	突变：D10A/C80L/H840A/C574E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；12% PEG 3350, 100mM Tris-HCl, 200mM ammonium acetate, 150mM NaCl, 100mM NDSB-256, pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.254
4UN3 Crystal structure of Cas9 bound to PAM-containing DNA target 提交 2014-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-ACETATE PH 8.5, 0.3 M KSCN, 15% (W/V) PEG 3350	分辨率 2.59 Å R-free 0.252
4UN4 Crystal structure of Cas9 bound to PAM-containing DNA target with mismatches at positions 1-2 提交 2014-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-ACETATE, PH 8.5, 0.3 M KSCN, 15% (W/V) PEG 3350	分辨率 2.37 Å R-free 0.248
4UN5 Crystal structure of Cas9 bound to PAM-containing DNA target containing mismatches at positions 1-3 提交 2014-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-ACETATE PH 8.5, 0.3 M KSCN, 15% PEG (W/V) 3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.246
5B2R Crystal structure of the Streptococcus pyogenes Cas9 VQR variant in complex with sgRNA and target DNA (TGA PAM) 提交 2016-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：D10A, C80L, C574E, H840A, D1135V, R1335Q, T1337R	K POTASSIUM ION × 11 MG MAGNESIUM ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；15-17% PEG 3350, 0.4 M KSCN, 0.1 M Tris-acetate	分辨率 2.00 Å R-free 0.230
5B2S Crystal structure of the Streptococcus pyogenes Cas9 EQR variant in complex with sgRNA and target DNA (TGAG PAM) 提交 2016-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：D10A, C80L, C574E, H840A, D1135E, R1335Q, T1337R	K POTASSIUM ION × 11 MG MAGNESIUM ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；15-17% PEG 3350, 0.4 M KSCN, 0.1 M Tris-acetate	分辨率 2.20 Å R-free 0.231
5B2T Crystal structure of the Streptococcus pyogenes Cas9 VRER variant in complex with sgRNA and target DNA (TGCG PAM) 提交 2016-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：D10A, C80L, C574E, H840A, D1135V, G1218R, R1335E, T1337R	K POTASSIUM ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；15-17% PEG 3350, 0.4 M KSCN, 0.1 M Tris-acetate	分辨率 2.20 Å R-free 0.223
5F9R Crystal structure of catalytically-active Streptococcus pyogenes CRISPR-Cas9 in complex with single-guided RNA and double-stranded DNA primed for target DNA cleavage 提交 2015-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.8 M ammonium sulfate, 100 mM Tris-HCl pH8.0 and 10 mM EDTA	分辨率 3.40 Å R-free 0.299
5FQ5 Crystal structure of Cas9-sgRNA-DNA complex solved by native SAD phasing 提交 2015-12-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 13	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS-ACETATE PH 8.5, 0.3 M KSCN, 15% PEG (W/V) 3350	分辨率 2.14 Å R-free 0.225
5FW1 Crystal structure of SpyCas9 variant VQR bound to sgRNA and TGAG PAM target DNA 提交 2016-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：YES	K POTASSIUM ION × 13 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS PH 8.5, 0.3 M KSCN, 15% (W/V) PEG 3400	分辨率 2.50 Å R-free 0.254
5FW2 Crystal structure of SpCas9 variant EQR bound to sgRNA and TGAG PAM target DNA 提交 2016-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS PH 8.5 0.3M KSCN 15% (W/V) PEG 3400	分辨率 2.68 Å R-free 0.231
5FW3 Crystal structure of SpCas9 variant VRER bound to sgRNA and TGCG PAM target DNA 提交 2016-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M TRIS PH 8.5 0.3M KSCN 15% (W/V) PEG 3400	分辨率 2.70 Å R-free 0.242
5VW1 Crystal structure of SpyCas9-sgRNA-AcrIIA4 ternary complex 提交 2017-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1368（1368 aa）	突变：D10A/H840A	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.2；293 K；0.1 M HEPES (pH 7.5), and 15% PEG3350 (v/v)	分辨率 2.60 Å R-free 0.226
5XBL Structure of nuclease in complex with associated protein 提交 2017-03-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1368（1368 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris-HCl, pH 6.5, 0.2 M MgCl2 and 14% (w/v) Polyethylene glycol (PEG) 4000	分辨率 3.05 Å R-free 0.277
5Y36 Cryo-EM structure of SpCas9-sgRNA-DNA ternary complex 提交 2017-07-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1368（1368 aa）	突变：D10A, H840A	MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM Tris-Cl (pH 7.5), 100mM KCl, 5mM MgCl2, 1mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before pluging	分辨率 5.20 Å
6AEB Crystal structure of xCas9 in complex with sgRNA and target DNA (AAG PAM) 提交 2018-08-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：D10A, A263T, R324L, S409I, E480K, E543D, M694I, H840A, E1219V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Hepes, PH 7.5, 0.2M Ammonium sulfate, 10% ispropanol, and 16% (w/v) PEG4000	分辨率 3.00 Å R-free 0.283
6AEB Crystal structure of xCas9 in complex with sgRNA and target DNA (AAG PAM) 提交 2018-08-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 F 1–1368（1368 aa）	突变：D10A, A263T, R324L, S409I, E480K, E543D, M694I, H840A, E1219V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Hepes, PH 7.5, 0.2M Ammonium sulfate, 10% ispropanol, and 16% (w/v) PEG4000	分辨率 3.00 Å R-free 0.283
6AEG Crystal structure of xCas9 in complex with sgRNA and target DNA (GAT PAM) 提交 2018-08-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：D10A, A263T, R324L, S409I, E480K, E543D, M694I, H840A, E1219V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Hepes, pH 7.5, 0.2M Ammonium sulfate, 10% ispropanol, 16% (w/v) PEG4000, 30%(v/v) (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol	分辨率 2.70 Å R-free 0.263
6AI6 Crystal structure of SpCas9-NG 提交 2018-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1368（1368 aa）	突变：N863A, L1111R, D1135V, G1218R, E1219F, A1322R, R1355V, T1357R	K POTASSIUM ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；Tris-acetate, pH 8.0, KSCN, PEG 3350	分辨率 2.70 Å R-free 0.243
6IFO Crystal structure of AcrIIA2-SpyCas9-sgRNA ternary complex 提交 2018-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1368（1368 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；0.1 M Bis-Tris, pH 6.0, 15% PEG 20000	分辨率 3.31 Å R-free 0.268
6IFO Crystal structure of AcrIIA2-SpyCas9-sgRNA ternary complex 提交 2018-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 B 1–1368（1368 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；0.1 M Bis-Tris, pH 6.0, 15% PEG 20000	分辨率 3.31 Å R-free 0.268
6K3Z Crystal structure of dCas9 in complex with sgRNA and DNA (TGA PAM) 提交 2019-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：H840A, D10A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；289 K；0.2M Ammonium phosphate dibasic, 20%(w/v) Polyethylene glycol 3,350	分辨率 3.20 Å R-free 0.276
6K4P Crystal structure of xCas9 in complex with sgRNA and DNA (TGG PAM) 提交 2019-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；289 K；0.2M Ammonium phosphate dibasic, 20%(w/v) Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.90 Å R-free 0.269
6K4Q Crystal structure of xCas9 in complex with sgRNA and DNA (CGG PAM) 提交 2019-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；289 K；0.2M Ammonium phosphate dibasic, 20%(w/v) Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.70 Å R-free 0.275
6K4S Crystal structure of xCas9 in complex with sgRNA and DNA (TGC PAM) 提交 2019-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：D10A, C80L, A262T, R324L, S409T, E480K, E543D, C574E, M694I, H840A, E1219V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；289 K；0.2 M Ammonium phosphate dibasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 3.01 Å R-free 0.285
6K4U Crystal structure of xCas9 in complex with sgRNA and DNA (TGA PAM) 提交 2019-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：D10A, A262T, R324L, S409T, E480K, E543D, M694I, H840A, E1219V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；289 K；0.2 M Ammonium phosphate dibasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 3.20 Å R-free 0.282
6K57 Crystal structure of dCas9 in complex with sgRNA and DNA (CGA PAM) 提交 2019-05-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：D10A, H840A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；289 K；0.2M Ammonium phosphate dibasic, 20%(w/v) Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.98 Å R-free 0.274
6O0X Conformational states of Cas9-sgRNA-DNA ternary complex in the presence of magnesium 提交 2019-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1368（1368 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.28 Å
6O0Y Conformational states of Cas9-sgRNA-DNA ternary complex in the presence of magnesium 提交 2019-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1368（1368 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
6O0Z Conformational states of Cas9-sgRNA-DNA ternary complex in the presence of magnesium 提交 2019-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1368（1368 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
6O56 HNH Nuclease from S. pyogenes Cas9 提交 2019-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 775–908（134 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M [imidazole and MES] pH 6.5, 25% (v/v) [2-methyl-2,4-pentanediol, PEG1000, and PEG3350], 0.3 M [diethylene glycol, triethylene glycol, tetraethylene glycol, pentaethlyene glycol]	分辨率 1.90 Å R-free 0.253
6O56 HNH Nuclease from S. pyogenes Cas9 提交 2019-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 775–908（134 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M [imidazole and MES] pH 6.5, 25% (v/v) [2-methyl-2,4-pentanediol, PEG1000, and PEG3350], 0.3 M [diethylene glycol, triethylene glycol, tetraethylene glycol, pentaethlyene glycol]	分辨率 1.90 Å R-free 0.253
7OX7 Target-bound SpCas9 complex with TRAC chimeric RNA-DNA guide 提交 2021-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：D10A, H840A	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350	分辨率 2.60 Å R-free 0.229
7OX8 Target-bound SpCas9 complex with TRAC full RNA guide 提交 2021-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：D10A, H840A	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350	分辨率 2.75 Å R-free 0.248
7OX9 Target-bound SpCas9 complex with AAVS1 all-RNA guide 提交 2021-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：D10A, H840A	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350	分辨率 2.45 Å R-free 0.233
7OXA Target-bound SpCas9 complex with AAVS1 chimeric RNA-DNA guide 提交 2021-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：D10A, H840A	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350	分辨率 2.15 Å R-free 0.226
7QQO SpCas9 bound to AAVS1 off-target1 DNA substrate 提交 2022-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：D10A, H840A	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350	分辨率 3.00 Å R-free 0.247
7QQP SpCas9 bound to AAVS1 off-target3 DNA substrate 提交 2022-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：D10A, H840A	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 10 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350	分辨率 2.60 Å R-free 0.225
7QQQ SpCas9 bound to AAVS1 off-target4 DNA substrate 提交 2022-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：D10A, H840A	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 13 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350	分辨率 2.65 Å R-free 0.235
7QQR SpCas9 bound to AAVS1 off-target5 DNA substrate 提交 2022-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：D10A, H840A	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 13 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350	分辨率 2.75 Å R-free 0.231
7QQS SpCas9 bound to FANCF on-target DNA substrate 提交 2022-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：D10A, H840A	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.229
7QQT SpCas9 bound to FANCF off-target1 DNA substrate 提交 2022-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：D10A, H840A	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350	分辨率 2.50 Å R-free 0.238
7QQU SpCas9 bound to FANCF off-target2 DNA substrate 提交 2022-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：D10A, H840A	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 13	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350	分辨率 2.45 Å R-free 0.231
7QQV SpCas9 bound to FANCF off-target3 DNA substrate 提交 2022-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：D10A, H840A	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350	分辨率 2.25 Å R-free 0.230
7QQW SpCas9 bound to FANCF off-target4 DNA substrate 提交 2022-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：D10A, H840A	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350	分辨率 3.10 Å R-free 0.234
7QQX SpCas9 bound to FANCF off-target5 DNA substrate 提交 2022-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：D10A, H840A	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.216
7QQZ SpCas9 bound to FANCF off-target7 DNA substrate 提交 2022-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：D10A, H840A	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350	分辨率 2.25 Å R-free 0.247
7QR0 SpCas9 bound to TRAC off-target1 DNA substrate 提交 2022-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：D10A, H840A	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 17	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.224
7QR1 SpCas9 bound to TRAC off-target2 DNA substrate 提交 2022-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：D10A, H840A	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350	分辨率 2.60 Å R-free 0.231
7QR5 SpCas9 bound to FANCF off-target6 DNA substrate 提交 2022-01-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：D10A, H840A	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 11 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350	分辨率 3.30 Å R-free 0.254
7QR7 SpCas9 bound to AAVS1 off-target2 DNA substrate 提交 2022-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：D10, H840A	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 13	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350	分辨率 3.00 Å R-free 0.245
7QR8 SpCas9 bound to PTPRC off-target1 DNA substrate 提交 2022-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：D10A, H840A	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350	分辨率 2.75 Å R-free 0.250
7S36 Cas9:sgRNA:DNA (S. pyogenes) with 0 RNA:DNA base pairs, closed-protein/bent-DNA conformation 提交 2021-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 P 1–1368（1368 aa）	突变：T1337C	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7S37 Cas9:sgRNA (S. pyogenes) in the open-protein conformation 提交 2021-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 P 1–1368（1368 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7S38 Cas9:sgRNA:DNA (S. pyogenes) forming a 3-base-pair R-loop 提交 2021-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 P 1–1368（1368 aa）	突变：T1337C	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7S3H Cas9:sgRNA:DNA (S. pyogenes) with 0 RNA:DNA base pairs, open-protein/linear-DNA conformation 提交 2021-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 P 1–1368（1368 aa）	突变：T1337C	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å
7S4U Cryo-EM structure of Cas9 in complex with 12-14MM DNA substrate, 5 minute time-point 提交 2021-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1368（1368 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.56 Å
7S4V Cas9 bound to 12-14MM DNA, 60 min time-point, kinked conformation 提交 2021-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1368（1368 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.28 Å
7S4X Cas9:gRNA in complex with 18-20MM DNA, 1 minute time-point, kinked active conformation 提交 2021-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1368（1368 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.76 Å
7V59 Cryo-EM structure of spyCas9-sgRNA-DNA dimer 提交 2021-08-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 B 3–1364（1362 aa）链 E 3–1364（1362 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.26 Å
7VK9 Crystal structure of xCas9 P411T 提交 2021-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1368（1368 aa）	突变：P411T,R324L,S409I,E480K,A262T,E543D,M694I,E1219V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Sodium Cacodylate pH 7.0, 1M Sodium citrate tribasic dehydrate	分辨率 2.90 Å R-free 0.234
7Z4C SpCas9 bound to 6 nucleotide complementary DNA substrate 提交 2022-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：D10, H840	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.87 Å
7Z4D Crystal structure of SpCas9 bound to a 10 nucleotide complementary DNA substrate 提交 2022-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：D10A, H840A	K POTASSIUM ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.8-1.2M ammonium formate, 12-14% PEG4000	分辨率 3.10 Å R-free 0.276
7Z4D Crystal structure of SpCas9 bound to a 10 nucleotide complementary DNA substrate 提交 2022-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–1368（1368 aa）	突变：D10A, H840A	K POTASSIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.8-1.2M ammonium formate, 12-14% PEG4000	分辨率 3.10 Å R-free 0.276
7Z4E SpCas9 bound to 8-nucleotide complementary DNA substrate 提交 2022-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：D10A, H840A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.14 Å
7Z4G SpCas9 bound to 12-nucleotide complementary DNA substrate 提交 2022-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：D10A, H840A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.64 Å
7Z4H SpCas9 bound to 14-nucleotide complementary DNA substrate 提交 2022-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：D10A, H840A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.49 Å
7Z4I SpCas9 bound to 16-nucleotide complementary DNA substrate 提交 2022-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：D10A, H840A	K POTASSIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.12 Å
7Z4J SpCas9 bound to 18-nucleotide complementary DNA substrate in the catalytic state 提交 2022-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 B 1–1368（1368 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.99 Å
7Z4K SpCas9 bound to 10-nucleotide complementary DNA substrate 提交 2022-03-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：D10A, H840A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.81 Å
7Z4L SpCas9 bound to 18-nucleotide complementary DNA substrate in the checkpoint state 提交 2022-03-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.54 Å
7ZO1 SpCas9 bound to CD34 off-target9 DNA substrate 提交 2022-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：D10A, H840A	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris-acetate pH 8.5, 0.3-0.5 M KSCN, 17-19% PEG3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.250
8FZT SpCas9 with dual-guide RNA and target DNA 提交 2023-01-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 E 1–1368（1368 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.03 Å
8G1I SpCas9 with sgRNA and target DNA 提交 2023-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1368（1368 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.12 Å
8KAG Crystal structure of SpyCas9 in complex with sgRNA and target RNA 提交 2023-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：A10D,A840H	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；1.7 M Ammonium citrate tribasic, 0.1 M HEPES pH 7.0	分辨率 3.88 Å R-free 0.320
8KAH Crystal structure of SpyCas9-crRNA-tracrRNA complex bound to 18nt target DNA 提交 2023-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：A10D,A840H	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；1.0 M Sodium chloride, 0.1 M Sodium citrate pH 6.0, 13.25% PEG4000	分辨率 3.36 Å R-free 0.255
8KAH Crystal structure of SpyCas9-crRNA-tracrRNA complex bound to 18nt target DNA 提交 2023-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 F 1–1368（1368 aa）	突变：A10D,A840H	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；1.0 M Sodium chloride, 0.1 M Sodium citrate pH 6.0, 13.25% PEG4000	分辨率 3.36 Å R-free 0.255
8KAI Crystal structure of SpyCas9-crRNA-tracrRNA complex bound to 17nt target DNA 提交 2023-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 B 1–1368（1368 aa）	突变：A10D,A840H	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；1.0 M Sodium chloride, 0.1 M Sodium citrate pH 6.0, 13% PEG4000	分辨率 3.49 Å R-free 0.294
8KAI Crystal structure of SpyCas9-crRNA-tracrRNA complex bound to 17nt target DNA 提交 2023-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 F 1–1368（1368 aa）	突变：A10D,A840H	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；1.0 M Sodium chloride, 0.1 M Sodium citrate pH 6.0, 13% PEG4000	分辨率 3.49 Å R-free 0.294
8KAJ Crystal structure of SpyCas9-crRNA-tracrRNA complex bound to 16nt target DNA 提交 2023-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 B 1–1368（1368 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；1.0 M Sodium chloride, 0.1 M Sodium citrate pH 6.0, 12.75% PEG4000	分辨率 3.42 Å R-free 0.246
8KAJ Crystal structure of SpyCas9-crRNA-tracrRNA complex bound to 16nt target DNA 提交 2023-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 F 1–1368（1368 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；1.0 M Sodium chloride, 0.1 M Sodium citrate pH 6.0, 12.75% PEG4000	分辨率 3.42 Å R-free 0.246
8KAK Crystal structure of SpyCas9 in complex with sgRNA and 18nt target DNA 提交 2023-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.15 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.0, 14.75% PEG4000	分辨率 3.60 Å R-free 0.297
8KAK Crystal structure of SpyCas9 in complex with sgRNA and 18nt target DNA 提交 2023-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 F 1–1368（1368 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.15 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.0, 14.75% PEG4000	分辨率 3.60 Å R-free 0.297
8KAL Crystal structure of SpyCas9 in complex with sgRNA and 17nt target DNA 提交 2023-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.0, 12.625% PEG8000	分辨率 3.16 Å R-free 0.288
8KAL Crystal structure of SpyCas9 in complex with sgRNA and 17nt target DNA 提交 2023-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 G 1–1368（1368 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.0, 12.625% PEG8000	分辨率 3.16 Å R-free 0.288
8KAM Crystal structure of SpyCas9 in complex with sgRNA and 16nt target DNA 提交 2023-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1368（1368 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.15 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.0, 14.75% PEG4000	分辨率 3.91 Å R-free 0.290
8SCA Rec3 Domain from S. pyogenes Cas9 提交 2023-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 497–713（217 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 0.2 M sodium chloride, 25% PEG3350	分辨率 1.67 Å R-free 0.209
8SPQ SpRY-Cas9:gRNA complex targeting TGG PAM DNA 提交 2023-05-03	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 A 2–1368（1367 aa）	突变：A61R,L1111R,D1135L,S1136W,G1218K,E1219Q,N1317R,A1322R R1333P,R1335Q,T1337R	MG MAGNESIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.26 Å
8SQH SpRY-Cas9:gRNA complex targeting TTC PAM DNA 提交 2023-05-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 A 2–1368（1367 aa）	突变：A61R, L1111R, D1135L, S1136W, G1218K, E1219Q, N1317R, A1322R, R1333P, R1335Q, T1337R	MG MAGNESIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.69 Å
8SRS SpRY-Cas9:gRNA complex targeting TAC PAM DNA 提交 2023-05-06	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 A 2–1368（1367 aa）	突变：A61R,L1111R,D1135L,S1136W,G1218K,E1219Q,N1317R,A1322R R1333P,R1335Q,T1337R	MG MAGNESIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.79 Å
8T6O SpRY-Cas9:gRNA complex targeting TAC PAM DNA with 0 bp R-loop 提交 2023-06-16	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–1368（1367 aa）	突变：A61R,L1111R,D1135L,S1136W,G1218K,E1219Q,N1317R,A1322R R1333P,R1335Q,T1337R	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8T6P SpRY-Cas9:gRNA complex targeting TAC PAM DNA with 2 bp R-loop 提交 2023-06-16	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–1368（1367 aa）	突变：A61R, L1111R, D1135L, S1136W, G1218K, E1219Q, N1317R, A1322R, R1333P, R1335Q, T1337R	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.15 Å
8T6S SpRY-Cas9:gRNA complex targeting TAC PAM DNA with 10 bp R-loop 提交 2023-06-18	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–1368（1367 aa）	突变：A61R, L1111R, D1135L, S1136W, G1218K, E1219Q, N1317R, A1322R, R1333P, R1335Q, T1337R	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.28 Å
8T6T SpRY-Cas9:gRNA complex targeting TAC PAM DNA with 13 bp R-loop 提交 2023-06-18	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–1368（1367 aa）	突变：A61R, L1111R, D1135L, S1136W, G1218K, E1219Q, N1317R, A1322R, R1333P, R1335Q, T1337R	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.04 Å
8T6X SpRY-Cas9:gRNA complex targeting TAC PAM DNA with 18 bp R-loop 提交 2023-06-19	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–1368（1367 aa）	突变：A61R, L1111R, D1135L, S1136W, G1218K, E1219Q, N1317R, A1322R, R1333P, R1335Q, T1337R	MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.08 Å
8T6Y SpRY-Cas9:gRNA complex bound to non-target DNA with 1 bp R-loop 提交 2023-06-19	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–1368（1367 aa）	突变：A61R, L1111R, D1135L, S1136W, G1218K, E1219Q, N1317R, A1322R, R1333P, R1335Q, T1337R	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.88 Å
8T76 SpRY-Cas9:gRNA complex targeting TAC PAM DNA with 3 bp R-loop 提交 2023-06-19	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–1368（1367 aa）	突变：A61R, L1111R, D1135L, S1136W, G1218K, E1219Q, N1317R, A1322R, R1333P, R1335Q, T1337R	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.42 Å
8T77 SpRY-Cas9:gRNA complex bound to non-target DNA with 6 bp R-loop 提交 2023-06-19	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–1368（1367 aa）	突变：A61R, L1111R, D1135L, S1136W, G1218K, E1219Q, N1317R, A1322R, R1333P, R1335Q, T1337R	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.25 Å
8T78 SpRY-Cas9:gRNA complex bound to non-target DNA with 8 bp R-loop 提交 2023-06-19	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–1368（1367 aa）	突变：A61R, L1111R, D1135L, S1136W, G1218K, E1219Q, N1317R, A1322R, R1333P, R1335Q, T1337R	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.02 Å
8T79 SpRY-Cas9:gRNA complex bound to non-target DNA with 10 bp R-loop 提交 2023-06-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 3–1366（1364 aa）	突变：A61R, L1111R, D1135L, S1136W, G1218K, E1219Q, N1317R, A1322R, R1333P, R1335Q, T1337R	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.04 Å
8T7S SpRYmer bound to NAC PAM DNA 提交 2023-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：heptameric	链 A 2–1368（1367 aa）链 G 2–1368（1367 aa）	突变：A61R, L1111R, D1135L, S1136W, G1218K, E1219Q, N1317R, A1322R, R1333P, R1335Q, T1337R 突变：A61R, L1111R, D1135L, S1136W, G1218K, E1219Q, N1317R, A1322R, R1333P, R1335Q, T1337R	MG MAGNESIUM ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.01 Å
8TZZ SpG Cas9 with NGC PAM DNA target 提交 2023-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 A 2–1367（1366 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.56 Å
8U3Y SpG Cas9 with NGG PAM DNA target 提交 2023-09-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 A 3–1366（1364 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8WUS SpCas9-MMLV RT-pegRNA-target DNA complex (termination) 提交 2023-10-21	结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 2–1368（1367 aa）	突变：H10A, H840A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8WUT SpCas9-MMLV RT-pegRNA-target DNA complex (initiation) 提交 2023-10-21	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 2–1368（1367 aa）	突变：D10A, H840A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8WUU SpCas9-pegRNA-target DNA complex (pre-initiation) 提交 2023-10-21	突变/修饰不同聚集状态不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 A 2–1368（1367 aa）	突变：D10A, H840A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8WUV SpCas9-MMLV RT-pegRNA-target DNA complex (elongation 16-nt) 提交 2023-10-21	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 2–1368（1367 aa）	突变：D10A, H840A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8YE6 Cryo-EM structure of Cas9-sgRNA-A32 complex 提交 2024-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1368（1368 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 2.95 Å
8YE9 Cryo-EM structure of Cas9-sgRNA-A25 complex 提交 2024-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1368（1368 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.43 Å
8YNY Structure of Cas9-sgRNA ribonucleoprotein bound to nucleosome 提交 2024-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：13-meric	链 X 1–1368（1368 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.52 Å
9B2K SpCas9 with dual-guide RNA in open conformation 提交 2024-03-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 P 1–1368（1368 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.67 Å
9C9P Cas9 ternary complex, 14-nt sgRNA, State I (linear) 提交 2024-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1368（1368 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9CGU Cas9 ternary complex, 14-nt sgRNA, State II (kinked) 提交 2024-07-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1368（1368 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9EAK SpCas9 with 17-bp R-loop containing 2 terminal mismatches (State I - pre-activation) 提交 2024-11-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1368（1368 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.76 Å
9EAL SpCas9 with 17-bp R-loop containing 2 terminal mismatches (State II - precleavage) 提交 2024-11-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1368（1368 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.83 Å
9ED9 SpCas9 with 17-bp R-loop containing 2 terminal mismatches (State III - checkpoint) 提交 2024-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1368（1368 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.95 Å
9EDA SpCas9 with 17-bp R-loop containing 2 terminal mismatches (State IV - product) 提交 2024-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1368（1368 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.88 Å
9EDB SpCas9 with 17-bp R-loop containing 2 terminal mismatches (State V - dissociated) 提交 2024-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1368（1368 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9H4J dCas9 bound to on-target EMX1-1 (-)SC DNA minicircle 提交 2024-10-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1368（1368 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9H4K dCas9 bound to off-target 1 EMX1-1 (-)SC DNA minicircle 提交 2024-10-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1368（1368 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
9H4L dCas9 bound to off-target 2 EMX1-1 (-)SC DNA minicircle 提交 2024-10-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–1366（1365 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
9H4M wtCas9 bound to off-target 1 EMX1-1 (-)SC DNA minicircle 提交 2024-10-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1368（1368 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
9JL1 SpCas9 with mini-gRNA conformation 提交 2024-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1368（1368 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9JL2 Classical conformation for the spCas9 with gRNA and target DNA complex 提交 2024-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1368（1368 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9JL4 Apo-spCas9 conformation 提交 2024-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1368（1368 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
9K4C SuperFi Cas9 - 22nt sgRNA - DNA ternary complex 提交 2024-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1368（1368 aa）	突变：Y1010D, Y1013D, Y1016D, V1018D, R1019D, Q1027D, K1031D	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.84 Å
9K4D SuperFi Cas9 - 20nt sgRNA - DNA ternary complex 提交 2024-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1368（1368 aa）	突变：Y1010D, Y1013D, Y1016D, V1018D, R1019D, Q1027D, K1031D	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.53 Å
9K4E SuperFi Cas9 - mismatch 22nt sgRNA - DNA ternary complex class1 提交 2024-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1368（1368 aa）	突变：Y1010D, Y1013D, Y1016D, V1018D, R1019D, Q1027D, K1031D	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9K4F SuperFi Cas9 - mismatch 22nt sgRNA - DNA ternary complex class2 提交 2024-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1368（1368 aa）	突变：Y1010D, Y1013D, Y1016D, V1018D, R1019D, Q1027D, K1031D	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.27 Å
9K4H SuperFi Cas9 - mismatch 22nt sgRNA - DNA ternary complex class3 提交 2024-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1368（1368 aa）	突变：Y1010D, Y1013D, Y1016D, V1018D, R1019D, Q1027D, K1031D	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.36 Å
9KJ6 Crystal Structure of SpCas9 ternary complex, amino acids (1242-1263) replaced with Gly-Ser linker 提交 2024-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1241（1241 aa）链 A 1264–1368（105 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295.15 K；0.07 M HEPES (pH 7.5), 0.18 M potassium acetate, 14% (v/v) PEG 3350	分辨率 3.59 Å R-free 0.271
9LKJ Structure of Cas9-sgRNA-A27 提交 2025-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 C 1–1368（1368 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 2.68 Å
9W7Q SuperFi Cas9 - 20nt sgRNA - DNA ternary complex Class A 提交 2025-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1368（1368 aa）	突变：Y1010D, Y1013D, Y1016D, V1018D, R1019D, Q1027D, K1031D	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.79 Å
9W7T SuperFi Cas9 - 20nt sgRNA - DNA ternary complex Class B 提交 2025-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1368（1368 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.91 Å
9W7U SuperFi Cas9 - 20nt sgRNA - DNA ternary complex Class C 提交 2025-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1368（1368 aa）	突变：Y1010D, Y1013D, Y1016D, V1018D, R1019D, Q1027D, K1031D	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.83 Å
9W7V SuperFi Cas9 - 20nt sgRNA - DNA ternary complex Class D 提交 2025-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1368（1368 aa）	突变：Y1010D, Y1013D, Y1016D, V1018D, R1019D, Q1027D, K1031D	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.81 Å
9W9D SuperFi Cas9 - 22nt sgRNA - DNA ternary complex 提交 2025-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1368（1368 aa）	突变：Y1010D, Y1013D, Y1016D, V1018D, R1019D, Q1027D, K1031D	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
9WA9 SuperFi Cas9 - 22nt sgRNA - DNA ternary complex Class B 提交 2025-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1368（1368 aa）	突变：Y1010D, Y1013D, Y1016D, V1018D, R1019D, Q1027D, K1031D	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.12 Å
9WAA SuperFi Cas9 - 22nt sgRNA - DNA ternary complex Class C 提交 2025-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1368（1368 aa）	突变：Y1010D, Y1013D, Y1016D, V1018D, R1019D, Q1027D, K1031D	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.17 Å
9WAW SuperFi Cas9 - 20nt sgRNA - DNA ternary complex Class E 提交 2025-08-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1368（1368 aa）	突变：Y1010D, Y1013D, Y1016D, V1018D, R1019D, Q1027D, K1031D	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.95 Å
9ZQ6 Structure of SpyCas9 in complex with the anti-CRISPR protein AcrIIA26 提交 2025-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1368（1368 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.98 Å

共 134 个其他 PDB 条目、146 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAS9_STRP1
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1367； UniProt 2–1368

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ygj
沉积日期 deposition_date	2024-02-26
结构标题 title	SpCas9-MMLV RT-pegRNA-target DNA complex (elongation 28-nt)
关键词 keywords	CRISPR-Cas, RNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA COMPLEX; RNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.23 Å
零角强度 I(0) i0	1578570000.00
分子量 molecular_weight	280720.0 kDa
排除体积 excluded_volume	330810 Å³
包络体积 envelope_volume	519020 Å³
水化壳体积 shell_volume	88138 Å³
包络直径 envelope_diameter	169.4 Å
壳层 Rg shell_rg	52.39 Å
包络 Rg envelope_rg	48.92 Å
形状 Rg shape_rg	50.25 Å
总 Rg total_rg	50.25 Å
总原子数 total_atoms	19466
残基数 n_residues	2017
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	161.4 Å
Rg (实空间) rg_real	49.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.13 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5790e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9270e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1578000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8555
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	55.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.373
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.361
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	156000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.909; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.392

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RNA (137-MER)
分子量 formula_weight	44316.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	19466

GGCCGUAGUGCUUGCUCUGAGUUUUAGAGCUAGAAAUAGCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUGGAGGAAGCAGGGCAACCAAACCACAGCGUGCUCAGUCUG

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus pyogenes
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1314
宿主生物 host_organism	Teseptimavirus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA (51-MER)
分子量 formula_weight	15636.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

CTAGTACTCTGCCATCAGAGCAAGCACTACGGCCGATTGCTCTAAGTGATC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PTPGPAPTPGPGPCPAPGPAPGPTPAPCPTPAP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	5291.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

TGATGGCAGAGTACTAG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Gag-Pol polyprotein
分子量 formula_weight	55656.2 kDa
突变 mutation	D200N, D209N, T306K, W313F, T330P, D335N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

TLNIEDEYRLHETSKEPDVSLGSTWLSDFPQAWAETGGMGLAVRQAPLIIPLKATSTPVSIKQYPMSQEARLGIKPHIQRLLDQGILVPCQSPWNTPLLPVKKPGTNDYRPVQDLREVNKRVEDIHPTVPNPYNLLSGLPPSHQWYTVLDLKDAFFCLRLHPTSQPLFAFEWRDPEMGISGQLTWTRLPQGFKNSPTLFNEALHRDLADFRIQHPDLILLQYVDDLLLAATSELDCQQGTRALLQTLGNLGYRASAKKAQICQKQVKYLGYLLKEGQRWLTEARKETVMGQPTPKTPRQLREFLGKAGFCRLFIPGFAEMAAPLYPLTKPGTLFNWGPDQQKAYQEIKQALLTAPALGLPDLTKPFELFVDEKQGYAKGVLTQKLGPWRRPVAYLSKKLDPVAAGWPPCLRMVAAIAVLTKDAGKLTMGQPLVILAPHAVEALVKQPPDRWLSNARMTHYQALLLDTDRVQFGPVVALNPATLLPLPEEGLQHNCL

来源 Source

来源生物 organism	Moloney murine leukemia virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11801
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA (62-MER)
分子量 formula_weight	19013.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

GATCACTTAGAGCAATCGGCCCAGACTGAGCACGCTGTGGTTTGGTTGCCCTGCTTCCTCCA

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1
分子量 formula_weight	158457.6 kDa
突变 mutation	H10A, H840A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

DKKYSIGLAIGTNSVGWAVITDEYKVPSKKFKVLGNTDRHSIKKNLIGALLFDSGETAEATRLKRTARRRYTRRKNRICYLQEIFSNEMAKVDDSFFHRLEESFLVEEDKKHERHPIFGNIVDEVAYHEKYPTIYHLRKKLVDSTDKADLRLIYLALAHMIKFRGHFLIEGDLNPDNSDVDKLFIQLVQTYNQLFEENPINASGVDAKAILSARLSKSRRLENLIAQLPGEKKNGLFGNLIALSLGLTPNFKSNFDLAEDAKLQLSKDTYDDDLDNLLAQIGDQYADLFLAAKNLSDAILLSDILRVNTEITKAPLSASMIKRYDEHHQDLTLLKALVRQQLPEKYKEIFFDQSKNGYAGYIDGGASQEEFYKFIKPILEKMDGTEELLVKLNREDLLRKQRTFDNGSIPHQIHLGELHAILRRQEDFYPFLKDNREKIEKILTFRIPYYVGPLARGNSRFAWMTRKSEETITPWNFEEVVDKGASAQSFIERMTNFDKNLPNEKVLPKHSLLYEYFTVYNELTKVKYVTEGMRKPAFLSGEQKKAIVDLLFKTNRKVTVKQLKEDYFKKIECFDSVEISGVEDRFNASLGTYHDLLKIIKDKDFLDNEENEDILEDIVLTLTLFEDREMIEERLKTYAHLFDDKVMKQLKRRRYTGWGRLSRKLINGIRDKQSGKTILDFLKSDGFANRNFMQLIHDDSLTFKEDIQKAQVSGQGDSLHEHIANLAGSPAIKKGILQTVKVVDELVKVMGRHKPENIVIEMARENQTTQKGQKNSRERMKRIEEGIKELGSQILKEHPVENTQLQNEKLYLYYLQNGRDMYVDQELDINRLSDYDVDAIVPQSFLKDDSIDNKVLTRSDKNRGKSDNVPSEEVVKKMKNYWRQLLNAKLITQRKFDNLTKAERGGLSELDKAGFIKRQLVETRQITKHVAQILDSRMNTKYDENDKLIREVKVITLKSKLVSDFRKDFQFYKVREINNYHHAHDAYLNAVVGTALIKKYPKLESEFVYGDYKVYDVRKMIAKSEQEIGKATAKYFFYSNIMNFFKTEITLANGEIRKRPLIETNGETGEIVWDKGRDFATVRKVLSMPQVNIVKKTEVQTGGFSKESILPKRNSDKLIARKKDWDPKKYGGFDSPTVAYSVLVVAKVEKGKSKKLKSVKELLGITIMERSSFEKNPIDFLEAKGYKEVKKDLIIKLPKYSLFELENGRKRMLASAGELQKGNELALPSKYVNFLYLASHYEKLKGSPEDNEQKQLFVEQHKHYLDEIIEQISEFSKRVILADANLDKVLSAYNKHRDKPIREQAENIIHLFTLTNLGAPAAFKYFDTTIDRKRYTSTKEVLDATLIHQSITGLYETRIDLSQLGGD

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus pyogenes serotype M1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	301447
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	104057

fit	/app/data/saxs_computation/yg/8ygj/8ygj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yg/8ygj/8ygj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yg/8ygj/8ygj.dat

SpCas9-MMLV RT-pegRNA-target DNA complex (elongation 28-nt)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gag-Pol polyprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)