8z9l

Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD bound to Rhinolophus affinis ACE2

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 228.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8z9l
沉积日期 deposition_date	2024-04-23
结构标题 title	Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD bound to Rhinolophus affinis ACE2
关键词 keywords	SARS-CoV-2 RBD, Rhinolophus affinis ACE2, VIRAL PROTEIN-HYDROLASE complex; VIRAL PROTEIN/HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	65.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	65.06 Å
零角强度 I(0) i0	1894560000.00
分子量 molecular_weight	367750.0 kDa
排除体积 excluded_volume	459030 Å³
包络体积 envelope_volume	745530 Å³
水化壳体积 shell_volume	95471 Å³
包络直径 envelope_diameter	221.1 Å
壳层 Rg shell_rg	68.52 Å
包络 Rg envelope_rg	61.89 Å
形状 Rg shape_rg	65.03 Å
总 Rg total_rg	65.21 Å
总原子数 total_atoms	25939
残基数 n_residues	3168
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	228.5 Å
Rg (实空间) rg_real	65.06 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8950e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2250e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	64.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1894000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8573
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	85.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.218
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.505
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	71920000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.784; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.800

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Angiotensin-converting enzyme
分子量 formula_weight	69607.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,I,O,U
原子数 atom_count	25939

PSTTEDRAKIFLDNFNHEAEDLSYQSSLASWEYNTNISDENVQKMDEAGAKWSAFYEEQSKLAKNYPLEEIQTVPVKLQLQILQQSGSPVLSEDKSKRLNSILNAMSTIYSTGKVCKPNNPQECFLLEPGLDNIMGTSKDYNERLWAWEGWRAEVGKQLRPLYEEYVALKNEMARGYHYEDYGDYWRRDYETEESSGSGYSRDQLMKDVDRIFTEIKPLYEHLHAYVRTKLMDTYPFHISPTGCLPAHLLGDMWGRFWTNLYPLTVPFGQKPNIDVTDAMVNQGWDANRIFKEAEKFFVSVGLPNMTEGFWNNSMLTEPGDGRKVVCHPTAWDLGKGDFRIKMCTKVTMEDFLTAHHEMGHIQYDMAYATQPYLLRNGANEGFHEAVGEVMSLSVATPKHLKTMGLLSPDFLEDNETEINFLLKQALNIVGTLPFTYMLEKWRWMVFRGEIPKEEWMKKWWEMKRDLVGVVEPVPHDETYCDPASLFHVANDYSFIRYYTRTIFEFQFHEALCRIAQHDGPLHKCDISNSTDAGKKLHQMLSVGKSQPWTVTLKDIVDSRNMDVGPLLRYFEPLYTWLQEKNRKSYVGWNTDWSPYAD

来源 Source

来源生物 organism	Rhinolophus affinis
通用名 common_name	intermediate horseshoe bat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	59477
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	Spike protein S1
分子量 formula_weight	22108.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,L,R,X

PTNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPH

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 3 branched

描述 description	alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	367.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	63.736 Å
晶胞边长 b length_b	129.479 Å
晶胞边长 c length_c	563.525 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.598 Å
最低分辨率 resolution_low	38.013 Å
R 因子 r_factor	0.2436
R_work r_work	0.2419
R_free r_free	0.2767

fit	/app/data/saxs_computation/z9/8z9l/8z9l.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z9/8z9l/8z9l.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z9/8z9l/8z9l.dat

Crystal structure of SARS-CoV-2 RBD bound to Rhinolophus affinis ACE2

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 branched

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)