8zua

The complex structure of MPXV M1R and neutralizing antibody A138

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 172.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8zua
沉积日期 deposition_date	2024-06-08
最后修订 last_revision	2025-04-02
结构标题 title	The complex structure of MPXV M1R and neutralizing antibody A138
关键词 keywords	complex, antigen, antibody, ANTIVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM, ANTIVIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; ANTIVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.19 Å
零角强度 I(0) i0	943626000.00
分子量 molecular_weight	249670.0 kDa
排除体积 excluded_volume	310310 Å³
包络体积 envelope_volume	464800 Å³
水化壳体积 shell_volume	79302 Å³
包络直径 envelope_diameter	176.9 Å
壳层 Rg shell_rg	53.68 Å
包络 Rg envelope_rg	47.55 Å
形状 Rg shape_rg	49.15 Å
总 Rg total_rg	49.47 Å
总原子数 total_atoms	17537
残基数 n_residues	2334
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	172.7 Å
Rg (实空间) rg_real	49.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.04 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.4360e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9630e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	943800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8674
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	64.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.258
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.283
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	52240000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.770; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.963

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	A138 heavy chain
分子量 formula_weight	23227.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,E,J
原子数 atom_count	17537

QVQLLESGGGLVKPGGSLRLSCAASGFTFRDYYMSWIREAPGKGLEWVASISRSGTTIYYADSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDEASSNYAFDYWGQGTPVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Entry-fusion complex associated protein OPG095
分子量 formula_weight	20153.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,C,H,K

MGAAASIQTTVNTLSERISSKLEQEANASAQTKCDIEIGNFYIRQNHGCNITVKNMCSADADAQLDAVLSAATETYSGLTPEQKAYVPAMFTAALNIQTSVNTVVRDFENYVKQTCNSSAVVDNKLKIQNVIIDECYGAPGSPTNMEFINTGSSKGNCAIKALMQLTTKATTQIAPRQVAGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Monkeypox virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10244
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 3 polymer

描述 description	A138 light chain
分子量 formula_weight	23055.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,D,I,L

IQLTQSPSSVSASVGDGVTITCRASQPIGTWVAWYQQKPGKAPKLLISGASSLQSGLPSRFSGRKSGTDFTLTISSLQPDDSATYFCQQTNTFPLTFGQGTRLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	82.390 Å
晶胞边长 b length_b	136.678 Å
晶胞边长 c length_c	123.769 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.55 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.490 Å
最低分辨率 resolution_low	46.670 Å
R 因子 r_factor	0.2394
R_work r_work	0.2371
R_free r_free	0.2861

fit	/app/data/saxs_computation/zu/8zua/8zua.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zu/8zua/8zua.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zu/8zua/8zua.dat

The complex structure of MPXV M1R and neutralizing antibody A138

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)