9lf8

Structure of MPXV M1R and mMM1-16 Fab complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 150.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lf8
沉积日期 deposition_date	2025-01-08
结构标题 title	Structure of MPXV M1R and mMM1-16 Fab complex
关键词 keywords	MPXV, neutralizing antibody, poxvirus, M1R, VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.86 Å
零角强度 I(0) i0	887587000.00
分子量 molecular_weight	242020.0 kDa
排除体积 excluded_volume	301170 Å³
包络体积 envelope_volume	432850 Å³
水化壳体积 shell_volume	78187 Å³
包络直径 envelope_diameter	154.2 Å
壳层 Rg shell_rg	50.94 Å
包络 Rg envelope_rg	44.75 Å
形状 Rg shape_rg	45.82 Å
总 Rg total_rg	46.19 Å
总原子数 total_atoms	17006
残基数 n_residues	2247
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	150.6 Å
Rg (实空间) rg_real	46.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.13 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.8760e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5610e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	887800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8925
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	62.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.117
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.526
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	70190000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.903; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.912

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	mMM1-16 Fab light chain
分子量 formula_weight	23551.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,C,L,J
原子数 atom_count	17006

DIQMTQSPASLSASVGETVTITCRTSGNIHNYLAWYQQKQGRSPQLLVNNAKTLADGVPSRFSGSGSGTQYSLKINSLQPEDIGSYYCQHFWITPYTFGGGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGECS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Entry-fusion complex associated protein OPG095
分子量 formula_weight	19306.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R,S,Q,T

MGAAASIQTTVNTLSERISSKLEQEANASAQTKCDIEIGNFYIRQNHGCNITVKNMCSADADAQLDAVLSAATETYSGLTPEQKAYVPAMFTAALNIQTSVNTVVRDFENYVKQTCNSSAVVDNKLKIQNVIIDECYGAPGSPTNLEFINTGSSKGNCAIKALMQLTTKATTQIAPRQVAG

来源 Source

来源生物 organism	Monkeypox virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10244
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	mMM1-16 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	23922.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,D,H,O

QIQLQQSGAELARPGASVKLSCKASGYTFITYWIQWVKQRPGQGLEWIGAIYPGDGDTRYTQKFKAKATLTADKSSSTAYMQLSTLTSEDSAVYFCAKGDTYPAAMDYWGQGTSVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKT

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	177.378 Å
晶胞边长 b length_b	177.378 Å
晶胞边长 c length_c	90.100 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43
空间群编号 int_tables_number	78
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	44.340 Å
R 因子 r_factor	0.2051
R_work r_work	0.2016
R_free r_free	0.2742

fit	/app/data/saxs_computation/lf/9lf8/9lf8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lf/9lf8/9lf8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lf/9lf8/9lf8.dat

Structure of MPXV M1R and mMM1-16 Fab complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)