9j7y

the complex structure of MPXV M1R and nanobody M1R-01

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 72.4 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9j7y
沉积日期 deposition_date	2024-08-20
结构标题 title	the complex structure of MPXV M1R and nanobody M1R-01
关键词 keywords	MPXV, nanobody, complex, VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.65 Å
零角强度 I(0) i0	18859300.00
分子量 molecular_weight	31893.0 kDa
排除体积 excluded_volume	39464 Å³
包络体积 envelope_volume	45314 Å³
水化壳体积 shell_volume	19698 Å³
包络直径 envelope_diameter	74.1 Å
壳层 Rg shell_rg	25.82 Å
包络 Rg envelope_rg	19.92 Å
形状 Rg shape_rg	19.63 Å
总 Rg total_rg	20.54 Å
总原子数 total_atoms	2238
残基数 n_residues	295
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	72.4 Å
Rg (实空间) rg_real	20.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8860e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7430e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	18860000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6384
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	25.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.390
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.142
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4039000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.722; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.387; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Entry-fusion complex associated protein OPG095
分子量 formula_weight	20624.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G
原子数 atom_count	2238

MDMGAAASIQTTVNTLSERISSKLEQEANASAQTKCDIEIGNFYIRQNHGCNITVKNMCSADADAQLDAVLSAATETYSGLTPEQKAYVPAMFTAALNIQTSVNTVVRDFENYVKQTCNSSAVVDNKLKIQNVIIDECYGAPGSPTNLEFINTGSSKGNCAIKALMQLTTKATTQIAPRQVAGLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Monkeypox virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10244
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 polymer

描述 description	nanobody M1R-01
分子量 formula_weight	13619.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLVESGGGLVQAGGSLRLSCAASGFIFHNFDMGWYRQAPGKEREFVAAISDNGRSTYYADSVKGRFTISRDNAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCAVAWLSIPDLAEWYDYWGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	61.270 Å
晶胞边长 b length_b	61.270 Å
晶胞边长 c length_c	167.499 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.590 Å
最低分辨率 resolution_low	26.860 Å
R 因子 r_factor	0.2280
R_work r_work	0.2256
R_free r_free	0.2704

fit	/app/data/saxs_computation/j7/9j7y/9j7y.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j7/9j7y/9j7y.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j7/9j7y/9j7y.dat

the complex structure of MPXV M1R and nanobody M1R-01

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)