9b9f

Zebrafish Betaglycan Orphan Domain (zfBGo) in complex with TGF-B3 and extracellular domains of TGFBRI and TGFBRII

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 193.6 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transforming growth factor beta-3

Homo sapiens

UniProt P10600

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 301–412 链 B; UniProt 301–412 突变:R325E,Y390A,R394E Transforming growth factor beta receptor type-1 × 1 (P36897) Transforming growth factor beta receptor type-2 × 1 (P37173) Transforming growth factor beta receptor type-3 × 1 (A0A0H3UK16) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;0.2 M lithium sulfate, 0.1 M tris pH 8.5, 30 %(w/v) polyethylene glycol 4000 分辨率 3.00 Å R-free 0.278
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 301–412 链 G; UniProt 301–412 突变:R325E,Y390A,R394E Transforming growth factor beta receptor type-1 × 1 (P36897) Transforming growth factor beta receptor type-2 × 1 (P37173) Transforming growth factor beta receptor type-3 × 1 (A0A0H3UK16) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;0.2 M lithium sulfate, 0.1 M tris pH 8.5, 30 %(w/v) polyethylene glycol 4000 分辨率 3.00 Å R-free 0.278

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TGFB3_HUMAN
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–112; UniProt 301–412 作者链 F; PDB构建体 1–112; UniProt 301–412 作者链 B; PDB构建体 1–112; UniProt 301–412 作者链 G; PDB构建体 1–112; UniProt 301–412

Transforming growth factor beta receptor type-1

Homo sapiens

UniProt P36897

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 31–115 未记录 Transforming growth factor beta-3 × 1 (P10600) Transforming growth factor beta-3 triple mutant × 1 (P10600) Transforming growth factor beta receptor type-2 × 1 (P37173) Transforming growth factor beta receptor type-3 × 1 (A0A0H3UK16) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;0.2 M lithium sulfate, 0.1 M tris pH 8.5, 30 %(w/v) polyethylene glycol 4000 分辨率 3.00 Å R-free 0.278
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 31–115 未记录 Transforming growth factor beta-3 × 1 (P10600) Transforming growth factor beta-3 triple mutant × 1 (P10600) Transforming growth factor beta receptor type-2 × 1 (P37173) Transforming growth factor beta receptor type-3 × 1 (A0A0H3UK16) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;0.2 M lithium sulfate, 0.1 M tris pH 8.5, 30 %(w/v) polyethylene glycol 4000 分辨率 3.00 Å R-free 0.278

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 44 个其他 PDB 条目、62 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TGFR1_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 3–87; UniProt 31–115 作者链 H; PDB构建体 3–87; UniProt 31–115

Transforming growth factor beta receptor type-2

Homo sapiens

UniProt P37173

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 42–153 未记录 Transforming growth factor beta-3 × 1 (P10600) Transforming growth factor beta-3 triple mutant × 1 (P10600) Transforming growth factor beta receptor type-1 × 1 (P36897) Transforming growth factor beta receptor type-3 × 1 (A0A0H3UK16) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;0.2 M lithium sulfate, 0.1 M tris pH 8.5, 30 %(w/v) polyethylene glycol 4000 分辨率 3.00 Å R-free 0.278
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 42–153 未记录 Transforming growth factor beta-3 × 1 (P10600) Transforming growth factor beta-3 triple mutant × 1 (P10600) Transforming growth factor beta receptor type-1 × 1 (P36897) Transforming growth factor beta receptor type-3 × 1 (A0A0H3UK16) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;0.2 M lithium sulfate, 0.1 M tris pH 8.5, 30 %(w/v) polyethylene glycol 4000 分辨率 3.00 Å R-free 0.278

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 21 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TGFR2_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 2–113; UniProt 42–153 作者链 I; PDB构建体 2–113; UniProt 42–153

Transforming growth factor beta receptor type-3

Danio rerio

UniProt A0A0H3UK16

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 29–359 突变:C150G,C277G Transforming growth factor beta-3 × 1 (P10600) Transforming growth factor beta-3 triple mutant × 1 (P10600) Transforming growth factor beta receptor type-1 × 1 (P36897) Transforming growth factor beta receptor type-2 × 1 (P37173) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;0.2 M lithium sulfate, 0.1 M tris pH 8.5, 30 %(w/v) polyethylene glycol 4000 分辨率 3.00 Å R-free 0.278
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 29–359 突变:C150G,C277G Transforming growth factor beta-3 × 1 (P10600) Transforming growth factor beta-3 triple mutant × 1 (P10600) Transforming growth factor beta receptor type-1 × 1 (P36897) Transforming growth factor beta receptor type-2 × 1 (P37173) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;0.2 M lithium sulfate, 0.1 M tris pH 8.5, 30 %(w/v) polyethylene glycol 4000 分辨率 3.00 Å R-free 0.278

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A0H3UK16_DANRE
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 2–332; UniProt 29–359 作者链 J; PDB构建体 2–332; UniProt 29–359

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9b9f

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9b9f
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9b9f
沉积日期 deposition_date2024-04-02
最后修订 last_revision2025-03-12
结构标题 titleZebrafish Betaglycan Orphan Domain (zfBGo) in complex with TGF-B3 and extracellular domains of TGFBRI and TGFBRII
关键词 keywordsComplex, Betaglycan, TGFBR3, TGFb, TGFBR1, TGFBR2, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier54.20
回转半径 Rg (电子) rg_electron55.97
零角强度 I(0) i0374588000.00
分子量 molecular_weight158320.0 kDa
排除体积 excluded_volume197250 ų
包络体积 envelope_volume294240 ų
水化壳体积 shell_volume50008 ų
包络直径 envelope_diameter208.3
壳层 Rg shell_rg48.27
包络 Rg envelope_rg55.68
形状 Rg shape_rg56.11
总 Rg total_rg55.21
总原子数 total_atoms11078
残基数 n_residues1408
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax193.6
Rg (实空间) rg_real55.14
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.75
I(0) (实空间) i0_real3.7460e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.9570e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal53.41
I(0) (倒空间) i0_reciprocal373700000.0000
解质量估计 total_estimate0.6874
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary40.0
偏度 Skewness skewness0.671
峰度 Kurtosis kurtosis-0.302
角度范围 angular_range— – 0.1450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha23200000.0000
实空间数据点数 n_real_points30
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.341; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.417; Smooth: 0.493

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)