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9c4t

menin mutant M327I in complex with MLL peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 84.8 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Menin

Homo sapiens

UniProt O00255

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–459 链 A； UniProt 537–593 突变：M327I Histone-lysine N-methyltransferase 2A × 1 （Q03164） SO4 SULFATE ION × 2 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 PG0 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；285 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% (w/v) PEG-3,350 分辨率 1.46 Å R-free 0.184

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9C4T Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3U84 Crystal Structure of Human Menin 提交 2011-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–459（458 aa）
链 A 520–610（91 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；1.4 M sodium acetate, pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K
分辨率 2.50 Å R-free 0.235
3U84 Crystal Structure of Human Menin 提交 2011-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–459（458 aa）
链 B 520–610（91 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；1.4 M sodium acetate, pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K
分辨率 2.50 Å R-free 0.235
3U84 Crystal Structure of Human Menin 提交 2011-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–459（458 aa）
链 A 520–610（91 aa）
链 B 2–459（458 aa）
链 B 520–610（91 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；1.4 M sodium acetate, pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K
分辨率 2.50 Å R-free 0.235
3U85 Crystal structure of human menin in complex with MLL1 提交 2011-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–459（458 aa）
链 A 520–610（91 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；2.3 M NaCl, pH 7.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.258
3U85 Crystal structure of human menin in complex with MLL1 提交 2011-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–459（458 aa）
链 A 520–610（91 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；2.3 M NaCl, pH 7.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.258
3U86 Crystal structure of human menin in complex with JunD 提交 2011-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–459（458 aa）
链 A 520–610（91 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；2.3 M NaCl, pH 7.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K
分辨率 2.84 Å R-free 0.245
3U88 Crystal structure of human menin in complex with MLL1 and LEDGF 提交 2011-10-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 2–459（458 aa）
链 A 520–610（91 aa）
未记录 CHD CHOLIC ACID × 1 GGB L-CANAVANINE × 4 0BR (4beta,8alpha,9R)-6'-methoxy-10,11-dihydrocinchonan-9-ol × 1 GLV GLYOXYLIC ACID × 4 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；277 K；1.6 M ammonium sulfate, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.233
3U88 Crystal structure of human menin in complex with MLL1 and LEDGF 提交 2011-10-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 2–459（458 aa）
链 B 520–610（91 aa）
未记录 CHD CHOLIC ACID × 1 GGB L-CANAVANINE × 1 0BR (4beta,8alpha,9R)-6'-methoxy-10,11-dihydrocinchonan-9-ol × 1 GLV GLYOXYLIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；277 K；1.6 M ammonium sulfate, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.233
4GPQ Structural insights into inhibition of the bivalent menin-MLL interaction by small molecules in leukemia 提交 2012-08-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–593（593 aa）
突变：A541t PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 25% w/v PEG 3,350. This solution was mixed 1:1 with 2.5mg/mL protein in 50mM Tris-HCl (pH 8.0), 50mM NaCl, and 1mM TCEP. Prior to data collection, crystals were transferred into a cryo-solution containing 20% PEG550 MME and flash-frozen in liquid nitrogen, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 1.46 Å R-free 0.176
4GQ3 Human menin with bound inhibitor MI-2 提交 2012-08-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–593（593 aa）
突变：A541t 0RO 4-[4-(5,5-dimethyl-4,5-dihydro-1,3-thiazol-2-yl)piperazin-1-yl]-6-propylthieno[2,3-d]pyrimidine × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 5 SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；283 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 25% w/v PEG 3,350. This solution was mixed 1:1 with 2.5mg/mL protein in 50mM Tris-HCl (pH 8.0), 50mM NaCl, and 1mM TCEP. Prior to data collection, crystals were transferred into a cryo-solution containing 20% PEG550 MME and flash-frozen in liquid nitrogen, 200 mM 0RO, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
分辨率 1.56 Å R-free 0.214
4GQ4 Human menin with bound inhibitor MI-2-2 提交 2012-08-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–593（593 aa）
突变：a541t 0RT 4-[4-(5,5-dimethyl-4,5-dihydro-1,3-thiazol-2-yl)piperazin-1-yl]-6-(2,2,2-trifluoroethyl)thieno[2,3-d]pyrimidine × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 5 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 4 PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 25% w/v PEG 3,350. This solution was mixed 1:1 with 2.5mg/mL protein in 50mM Tris-HCl (pH 8.0), NBm1 peptide, 50mM NaCl, and 1mM TCEP. Prior to data collection, crystals were transferred into a cryo-solution containing 20% PEG550 MME and flash-frozen in liquid nitrogen, 200 mM 0RT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 1.27 Å R-free 0.182
4GQ6 Human menin in complex with MLL peptide 提交 2012-08-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–593（593 aa）
突变：a541t SO4 SULFATE ION × 3 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；283 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 25% w/v PEG 3,350. This solution was mixed 1:1 with 2.5mg/mL protein in 50mM Tris-HCl (pH 8.0), NBm1 peptide, 50mM NaCl, and 1mM TCEP. Prior to data collection, crystals were transferred into a cryo-solution containing 20% PEG550 MME and flash-frozen in liquid nitrogen, 1:1 molar ratio with MBM1 peptide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
分辨率 1.55 Å R-free 0.189
4I80 Crystal structure of human menin in complex with a high-affinity macrocyclic peptidomimetics 提交 2012-12-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–459（458 aa）
链 A 520–610（91 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；277 K；2.3 M NaCl, pH 7.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K
分辨率 3.10 Å R-free 0.245
4OG3 Human menin with bound inhibitor MIV-3R 提交 2014-01-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–593（593 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 2S6 4-(3-{4-[(R)-cyclopentyl(hydroxy)phenylmethyl]piperidin-1-yl}propoxy)benzonitrile × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；283 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES and 25% w/v PEG 3,350. This solution was mixed 1:1 with 2.5mg/mL protein in 50mM Tris-HCl, 50mM NaCl, and 1mM TCEP. Prior to data collection, crystals were transferred into a cryo-solution containing 20% PEG550 MME and flash-frozen in liquid nitrogen, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
分辨率 2.01 Å R-free 0.208
4OG4 Human menin with bound inhibitor MIV-3S 提交 2014-01-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–593（593 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 2VK 4-(3-{4-[(S)-cyclopentyl(hydroxy)phenylmethyl]piperidin-1-yl}propoxy)benzonitrile × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 TBF TERT-BUTYL FORMATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；283 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 25% w/v PEG 3,350. This solution was mixed 1:1 with 2.5mg/mL protein in 50mM Tris-HCl (pH 8.0), 50mM NaCl, and 1mM TCEP. Prior to data collection, crystals were transferred into a cryo-solution containing 20% PEG550 MME and flash-frozen in liquid nitrogen, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
分辨率 1.45 Å R-free 0.189
4OG5 Human menin with bound inhibitor MIV-5 提交 2014-01-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–593（593 aa）
未记录 2S7 4-(3-{4-[(S)-cyclopentyl(hydroxy)pyridin-2-ylmethyl]piperidin-1-yl}propoxy)benzonitrile × 1 SO4 SULFATE ION × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 TBF TERT-BUTYL FORMATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；283 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 25% w/v PEG 3,350. This solution was mixed 1:1 with 2.5mg/mL protein in 50mM Tris-HCl (pH 8.0), 50mM NaCl, and 1mM TCEP. Prior to data collection, crystals were transferred into a cryo-solution containing 20% PEG550 MME and flash-frozen in liquid nitrogen, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
分辨率 1.63 Å R-free 0.194
4OG6 Human menin with bound inhibitor MIV-4 提交 2014-01-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–593（593 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 2S9 4-(3-{4-[(R)-cyclopentyl(3-fluorophenyl)hydroxymethyl]piperidin-1-yl}propoxy)benzonitrile × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；283 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 25% w/v PEG 3,350. This solution was mixed 1:1 with 2.5mg/mL protein in 50mM Tris-HCl (pH 8.0), 50mM NaCl, and 1mM TCEP. Prior to data collection, crystals were transferred into a cryo-solution containing 20% PEG550 MME and flash-frozen in liquid nitrogen, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
分辨率 1.49 Å R-free 0.188
4OG7 Human menin with bound inhibitor MIV-7 提交 2014-01-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–593（593 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 2SE 4-(3-{4-[(S)-cyclopentyl(hydroxy)pyridin-2-ylmethyl]piperidin-1-yl}propoxy)benzenesulfonamide × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；283 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 25% w/v PEG 3,350. This solution was mixed 1:1 with 2.5mg/mL protein in 50mM Tris-HCl (pH 8.0), 50mM NaCl, and 1mM TCEP. Prior to data collection, crystals were transferred into a cryo-solution containing 20% PEG550 MME and flash-frozen in liquid nitrogen, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
分辨率 2.08 Å R-free 0.222
4OG8 Human menin with bound inhibitor MIV-6R 提交 2014-01-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–593（593 aa）
未记录 TBF TERT-BUTYL FORMATE × 2 2SF 4-(3-{4-[(R)-amino(cyclopentyl)phenylmethyl]piperidin-1-yl}propoxy)benzonitrile × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 SO4 SULFATE ION × 3 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 PGA 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；283 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 25% w/v PEG 3,350. This solution was mixed 1:1 with 2.5mg/mL protein in 50mM Tris-HCl (pH 8.0), 50mM NaCl, and 1mM TCEP. Prior to data collection, crystals were transferred into a cryo-solution containing 20% PEG550 MME and flash-frozen in liquid nitrogen, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
分辨率 1.53 Å R-free 0.176
4X5Y Menin in complex with MI-503 提交 2014-12-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–459（459 aa） 片段：unp residues 1-459; unp residues 537-593
链 A 537–593（57 aa） 片段：unp residues 1-459; unp residues 537-593
突变：A541T 突变：A541T 3XW 4-methyl-1-(1H-pyrazol-4-ylmethyl)-5-[(4-{[6-(2,2,2-trifluoroethyl)thieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl]amino}piperidin-1-yl)methyl]-1H-indole-2-carbonitrile × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 SO4 SULFATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；283 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES and 25% w/v PEG 3,350. This solution was mixed 1:1 with 2.5mg/mL protein in 50mM Tris-HCl, 50mM NaCl, and 1mM TCEP. Prior to data collection, crystals were transferred into a cryo-solution containing 20% PEG550 MME and flash-frozen in liquid nitrogen
分辨率 1.59 Å R-free 0.205
4X5Z menin in complex with MI-136 提交 2014-12-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–459（459 aa） 片段：unp residues 1-459; unp residues 537-593
链 A 537–593（57 aa） 片段：unp residues 1-459; unp residues 537-593
突变：A541T 突变：A541T SO4 SULFATE ION × 4 3XY 5-[(4-{[6-(2,2,2-trifluoroethyl)thieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl]amino}piperidin-1-yl)methyl]-1H-indole-2-carbonitrile × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；283 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES and 25% w/v PEG 3,350. This solution was mixed 1:1 with 2.5mg/mL protein in 50mM Tris-HCl, 50mM NaCl, and 1mM TCEP. Prior to data collection, crystals were transferred into a cryo-solution containing 20% PEG550 MME and flash-frozen in liquid nitrogen
分辨率 1.86 Å R-free 0.208
5DB0 Menin in complex with MI-352 提交 2015-08-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–459（459 aa） 片段：UNP residues 1-459, 537-593
链 A 537–593（57 aa） 片段：UNP residues 1-459, 537-593
突变：A541T 突变：A541T PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 SO4 SULFATE ION × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 58P 1-[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]-5-[(4-{[6-(2,2,2-trifluoroethyl)thieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl]amino}piperidin-1-yl)methyl]-1 H-indole-2-carbonitrile × 1 6E6 1-[(2R)-2,3-dihydroxypropyl]-5-[(4-{[6-(2,2,2-trifluoroethyl)thieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl]amino}piperidin-1-yl)methyl]-1H-indole-2-carbonitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；283 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 25% w/v PEG 3,350. This solution was mixed 1:1 with 2.5mg/mL protein in 50mM Tris-HCl (pH 8.0), 50mM NaCl, and 1mM TCEP. Prior to data collection, crystals were transferred into a cryo-solution containing 20% PEG550 MME and flash-frozen in liquid nitrogen, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
分辨率 1.50 Å R-free 0.185
5DB1 Menin in complex with MI-336 提交 2015-08-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–459（459 aa） 片段：UNP residues 1-489, 537-593
链 A 537–593（57 aa） 片段：UNP residues 1-489, 537-593
突变：A541T 突变：A541T 58O 6-methoxy-5-[(4-{[6-(2,2,2-trifluoroethyl)thieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl]amino}piperidin-1-yl)methyl]-1H-indole-2-carbonitrile × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 SO4 SULFATE ION × 5 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；283 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 25% w/v PEG 3,350. This solution was mixed 1:1 with 2.5mg/mL protein in 50mM Tris-HCl (pH 8.0), 50mM NaCl, and 1mM TCEP. Prior to data collection, crystals were transferred into a cryo-solution containing 20% PEG550 MME and flash-frozen in liquid nitrogen, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
分辨率 1.86 Å R-free 0.197
5DB2 Menin in complex with MI-389 提交 2015-08-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–459（459 aa） 片段：UNP residues 1-459, 537-593
链 A 537–593（57 aa） 片段：UNP residues 1-459, 537-593
突变：A541T 突变：A541T 58R 2-{2-cyano-5-[(4-{[6-(2,2,2-trifluoroethyl)thieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl]amino}piperidin-1-yl)methyl]-1H-indol-1-yl}aceta mide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 SO4 SULFATE ION × 5 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；283 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 25% w/v PEG 3,350. This solution was mixed 1:1 with 2.5mg/mL protein in 50mM Tris-HCl (pH 8.0), 50mM NaCl, and 1mM TCEP. Prior to data collection, crystals were transferred into a cryo-solution containing 20% PEG550 MME and flash-frozen in liquid nitrogen, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
分辨率 1.54 Å R-free 0.188
5DB3 Menin in complex with MI-574 提交 2015-08-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–459（459 aa） 片段：UNP residues 1-459, 537-593
链 A 537–593（57 aa） 片段：UNP residues 1-459, 537-593
突变：A541T 突变：A541T DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 SO4 SULFATE ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 58Q 6-methoxy-4-methyl-1-(1H-pyrazol-4-ylmethyl)-5-[(4-{[6-(2,2,2-trifluoroethyl)thieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl]amino}piperidin-1-yl)methyl]-1H-indole-2-carbonitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；283 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES and 25% w/v PEG 3,350. This solution was mixed 1:1 with 2.5mg/mL protein in 50mM Tris-HCl, 50mM NaCl, and 1mM TCEP. Prior to data collection, crystals were transferred into a cryo-solution containing 20% PEG550 MME and flash-frozen in liquid nitrogen
分辨率 1.71 Å R-free 0.194
5DD9 Menin in complex with MI-326 提交 2015-08-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–459（459 aa） 片段：UNP residues 1-459, 537-593
链 A 537–593（57 aa） 片段：UNP residues 1-459, 537-593
突变：A541T 突变：A541T 59K 4-[4-(5-methyl-1,3,4-thiadiazol-2-yl)piperazin-1-yl]-6-(2,2,2-trifluoroethyl)thieno[2,3-d]pyrimidine × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 5 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；283 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 25% w/v PEG 3,350. This solution was mixed 1:1 with 2.5mg/mL protein in 50mM Tris-HCl (pH 8.0), 50mM NaCl, and 1mM TCEP. Prior to data collection, crystals were transferred into a cryo-solution containing 20% PEG550 MME and flash-frozen in liquid nitrogen, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
分辨率 1.62 Å R-free 0.195
5DDA Menin in complex with MI-333 提交 2015-08-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–459（459 aa） 片段：UNP residues 1-459, 537-593
链 A 537–593（57 aa） 片段：UNP residues 1-459, 537-593
突变：A541T 突变：A541T 59M 4-{4-[5-(fluoromethyl)-1,3,4-thiadiazol-2-yl]piperazin-1-yl}-6-(2,2,2-trifluoroethyl)thieno[2,3-d]pyrimidine × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES and 25% w/v PEG 3,350. This solution was mixed 1:1 with 2.5mg/mL protein in 50mM Tris-HCl, 50mM NaCl, and 1mM TCEP. Prior to data collection, crystals were transferred into a cryo-solution containing 20% PEG550 MME and flash-frozen in liquid nitrogen
分辨率 1.83 Å R-free 0.211
5DDB Menin in complex with MI-319 提交 2015-08-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–459（459 aa） 片段：UNP residues 1-459, 537-593
链 A 537–593（57 aa） 片段：UNP residues 1-459, 537-593
突变：A541T 突变：A541T 59Q 4-{4-[5-(difluoromethyl)-1,3,4-thiadiazol-2-yl]piperazin-1-yl}-6-(2,2,2-trifluoroethyl)thieno[2,3-d]pyrimidine × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 5 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；283 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES and 25% w/v PEG 3,350. This solution was mixed 1:1 with 2.5mg/mL protein in 50mM Tris-HCl, 50mM NaCl, and 1mM TCEP. Prior to data collection, crystals were transferred into a cryo-solution containing 20% PEG550 MME and flash-frozen in liquid nitrogen
分辨率 1.54 Å R-free 0.210
5DDC Menin in complex with MI-2-3 提交 2015-08-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–459（459 aa） 片段：UNP residues 1-459, 537-593
链 A 542–598（57 aa） 片段：UNP residues 1-459, 537-593
突变：A541T 突变：A541T 59V 6-(2,2,2-trifluoroethyl)-4-{4-[5-(trifluoromethyl)-1,3,4-thiadiazol-2-yl]piperazin-1-yl}thieno[2,3-d]pyrimidine × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；283 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES and 25% w/v PEG 3,350. This solution was mixed 1:1 with 2.5mg/mL protein in 50mM Tris-HCl, 50mM NaCl, and 1mM TCEP. Prior to data collection, crystals were transferred into a cryo-solution containing 20% PEG550 MME and flash-frozen in liquid nitrogen
分辨率 1.62 Å R-free 0.194
5DDD menin in complex with MI-836 提交 2015-08-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–459（459 aa） 片段：UNP residues 1-459, 537-593
链 A 537–593（57 aa） 片段：UNP residues 1-459, 537-593
未记录 59X 4-[4-(5,5-dimethyl-4,5-dihydro-1,3-thiazol-2-yl)piperazin-1-yl]-6-(2-fluoroethyl)thieno[2,3-d]pyrimidine × 1 SO4 SULFATE ION × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；283 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES and 25% w/v PEG 3,350. This solution was mixed 1:1 with 2.5mg/mL protein in 50mM Tris-HCl, 50mM NaCl, and 1mM TCEP. Prior to data collection, crystals were transferred into a cryo-solution containing 20% PEG550 MME and flash-frozen in liquid nitrogen
分辨率 2.14 Å R-free 0.248
5DDE Menin in complex with MI-859 提交 2015-08-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–459（459 aa） 片段：UNP residues 1-459, 537-593
链 A 537–593（57 aa） 片段：UNP residues 1-459, 537-593
突变：A541T 突变：A541T 5A0 6-(2,2-difluoroethyl)-4-[4-(5,5-dimethyl-4,5-dihydro-1,3-thiazol-2-yl)piperazin-1-yl]thieno[2,3-d]pyrimidine × 2 SO4 SULFATE ION × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；283 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES and 25% w/v PEG 3,350. This solution was mixed 1:1 with 2.5mg/mL protein in 50mM Tris-HCl, 50mM NaCl, and 1mM TCEP. Prior to data collection, crystals were transferred into a cryo-solution containing 20% PEG550 MME and flash-frozen in liquid nitrogen
分辨率 1.78 Å R-free 0.199
5DDF Menin in complex with MI-273 提交 2015-08-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–459（459 aa） 片段：UNP residues 1-459, 537-593
链 A 537–593（57 aa） 片段：UNP residues 1-459, 537-593
突变：A541T 突变：A541T 5A1 4-[4-(5,5-dimethyl-4,5-dihydro-1,3-thiazol-2-yl)piperazin-1-yl]-6-(pentafluoroethyl)thieno[2,3-d]pyrimidine × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；283 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES and 25% w/v PEG 3,350. This solution was mixed 1:1 with 2.5mg/mL protein in 50mM Tris-HCl, 50mM NaCl, and 1mM TCEP. Prior to data collection, crystals were transferred into a cryo-solution containing 20% PEG550 MME and flash-frozen in liquid nitrogen
分辨率 1.66 Å R-free 0.188
6B41 Menin bound to M-525 提交 2017-09-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–610（609 aa）
未记录 CJV methyl {(1S,2R)-2-[(S)-cyano[1-({1-[4-({1-[4-(dimethylamino)butanoyl]azetidin-3-yl}sulfonyl)phenyl]azetidin-3-yl}methyl)piperidin-4-yl](3-fluorophenyl)methyl]cyclopentyl}carbamate × 1 7PR praseodymium triacetate × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；1.96 M NaCl, 89 mM Bis-Tris pH 6.8, 0.178 M MgCl2 and 10.7 mM Pr Acetate
分辨率 2.61 Å R-free 0.252
6BXH Menin in complex with MI-853 提交 2017-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–459（459 aa）
未记录 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EE7 1-{2-[4-(fluoroacetyl)piperazin-1-yl]ethyl}-4-methyl-5-[(4-{[6-(2,2,2-trifluoroethyl)thieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl]amino}piperidin-1-yl)methyl]-1H-indole-2-carbonitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；283 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES and 25% w/v PEG 3,350. This solution was mixed 1:1 with 2.5mg/mL protein in 50mM Tris-HCl, 50mM NaCl, and 1mM TCEP. Prior to data collection, crystals were transferred into a cryo-solution containing 20% PEG550 MME and flash-frozen in liquid nitrogen
分辨率 2.44 Å R-free 0.255
6BY8 Menin in complex with MI-1482 提交 2017-12-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–53（53 aa）
链 A 74–386（313 aa）
链 A 404–464（61 aa）
链 A 537–593（57 aa）
未记录 FNV 4-methyl-1-{[(2R)-5-oxomorpholin-2-yl]methyl}-5-[(4-{[6-(2,2,2-trifluoroethyl)thieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl]amino}piperidin-1-yl)methyl]-1H-indole-2-carbonitrile × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；283 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES and 25% w/v PEG 3,350. This solution was mixed 1:1 with 2.5mg/mL protein in 50mM Tris-HCl, 50mM NaCl, and 1mM TCEP. Prior to data collection, crystals were transferred into a cryo-solution containing 20% PEG550 MME and flash-frozen in liquid nitrogen
分辨率 1.90 Å R-free 0.188
6E1A Menin bound to M-89 提交 2018-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–610（609 aa）
未记录 HL7 (1S,2R)-2-[(4S)-2-methyl-4-{1-[(1-{4-[(pyridin-4-yl)sulfonyl]phenyl}azetidin-3-yl)methyl]piperidin-4-yl}-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-4-yl]cyclopentyl methylcarbamate × 1 7PR praseodymium triacetate × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；2.0 M sodium chloride, 90.9 M Bis-Tris pH 6.5, 0.182 M Magnesium chloride, 9 mM Praseodymium Acetate
分辨率 3.10 Å R-free 0.235
6O5I Menin in complex with MI-3454 提交 2019-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–53（53 aa）
链 A 74–386（313 aa）
链 A 399–459（61 aa）
链 A 537–593（57 aa）
未记录 LMY ~{N}-[3-[[2-cyano-4-methyl-5-[[4-[[2-(methylamino)-6-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethyl]thieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl]amino]piperidin-1-yl]methyl]indol-1-yl]methyl]-1-bicyclo[1.1.1]pentanyl]methanamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 SO4 SULFATE ION × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% (w/v) PEG-3,350.
分辨率 1.24 Å R-free 0.164
6PKC Inhibition of Human Menin by VTP-50469 提交 2019-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–457（456 aa）
链 A 552–583（32 aa）
突变：A5T 突变：A5T OP4 5-fluoro-2-({4-[7-({trans-4-[(methylsulfonyl)amino]cyclohexyl}methyl)-2,7-diazaspiro[3.5]nonan-2-yl]pyrimidin-5-yl}oxy)-N,N-di(propan-2-yl)benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；14%(w/v) PEG3350 0.2M Potassium thiocyanate 0.1M MES pH=6.0 15%(v/v) Ethylene glycol
分辨率 1.90 Å R-free 0.206
6PKC Inhibition of Human Menin by VTP-50469 提交 2019-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–457（456 aa）
链 B 552–583（32 aa）
突变：A5T 突变：A5T OP4 5-fluoro-2-({4-[7-({trans-4-[(methylsulfonyl)amino]cyclohexyl}methyl)-2,7-diazaspiro[3.5]nonan-2-yl]pyrimidin-5-yl}oxy)-N,N-di(propan-2-yl)benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；14%(w/v) PEG3350 0.2M Potassium thiocyanate 0.1M MES pH=6.0 15%(v/v) Ethylene glycol
分辨率 1.90 Å R-free 0.206
6WNH Menin bound to inhibitor M-808 提交 2020-04-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–610（609 aa）
未记录 7MM methyl [(1S,2R)-2-{(1S)-2-(azetidin-1-yl)-1-(3-fluorophenyl)-1-[1-({1-[4-({1-[4-(piperidin-1-yl)butanoyl]azetidin-3-yl}sulfonyl)phenyl]azetidin-3-yl}methyl)piperidin-4-yl]ethyl}cyclopentyl]carbamate × 1 7PR praseodymium triacetate × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；277 K；1.96 M NaCl, 89 mM Bis-Tris pH 6.8, 0.178 M MgCl2 and 10.7 mM Pr Acetate
分辨率 2.10 Å R-free 0.228
7M4T Menin bound to M-1121 提交 2021-03-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–459（458 aa）
链 A 525–615（91 aa）
未记录 YQV methyl {(1S,2R)-2-[(1S)-2-(azetidin-1-yl)-1-(3-fluorophenyl)-1-{1-[(3-methoxy-1-{4-[(1S,4S)-5-propanoyl-2,5-diazabicyclo[2.2.1]heptane-2-sulfonyl]phenyl}azetidin-3-yl)methyl]piperidin-4-yl}ethyl]cyclopentyl}carbamate × 1 7PR praseodymium triacetate × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；2.0 M NaCl, 90.9 M Bis-Tris pH 6.5, 0.182 M MgCl2, 10 mM Pr Acetate
分辨率 2.74 Å R-free 0.215
7OA9 Crystal structure of Human Menin in complex with Fragment 21 提交 2021-04-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–584（584 aa）
未记录 V6K (~{E})-2-cyano-3-(4-hydroxyphenyl)-~{N}-(2-morpholin-4-ylethyl)prop-2-enamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；12% PEG 3350 14% Glycerol
分辨率 2.10 Å R-free 0.235
8GPN Human menin in complex with H3K79Me2 nucleosome 提交 2022-08-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 K 1–610（610 aa）
突变：N-terminal Ser from cleavage of purification tag 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8IG0 Crystal structure of menin in complex with DS-1594b 提交 2023-02-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–610（610 aa）
链 B 1–610（610 aa）
未记录 7IX (1R,2S,4R)-4-[[4-(5,6-dimethoxypyridazin-3-yl)phenyl]methylamino]-2-[methyl-[6-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethyl]thieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl]amino]cyclopentan-1-ol × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；283 K；0.1 M Na Cacodylate HCl, pH 6.4/ 1.5 M NaOAc/ 20 mM BaCl2. Complex crystal was prepared with soaking method.
分辨率 2.60 Å R-free 0.266
8IG0 Crystal structure of menin in complex with DS-1594b 提交 2023-02-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–610（610 aa）
链 D 1–610（610 aa）
未记录 7IX (1R,2S,4R)-4-[[4-(5,6-dimethoxypyridazin-3-yl)phenyl]methylamino]-2-[methyl-[6-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethyl]thieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl]amino]cyclopentan-1-ol × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；283 K；0.1 M Na Cacodylate HCl, pH 6.4/ 1.5 M NaOAc/ 20 mM BaCl2. Complex crystal was prepared with soaking method.
分辨率 2.60 Å R-free 0.266
8VA5 Menin mutant - T349M in complex with Ziftomenib (KO-539) 提交 2023-12-11 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–459（459 aa）
链 A 537–593（57 aa）
突变：T349M 突变：T349M K5O Ziftomenib × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；285 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% (w/v) PEG-3,350
分辨率 1.30 Å R-free 0.186
8VA6 Menin in complex with Ziftomenib (KO-539) 提交 2023-12-11 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–459（459 aa）
链 A 537–593（57 aa）
未记录 K5O Ziftomenib × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 SO4 SULFATE ION × 3 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% (w/v) PEG-3,350
分辨率 1.57 Å R-free 0.193
9C4S Menin mutant G331R in complex with MLL peptide 提交 2024-06-05 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–459（459 aa）
链 A 537–593（57 aa）
突变：G331R 突变：G331R SO4 SULFATE ION × 3 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 PG0 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；285 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% (w/v) PEG-3,350
分辨率 1.54 Å R-free 0.202
9C4U Menin mutant T349M in complex with MLL peptide 提交 2024-06-05 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–459（459 aa）
链 A 537–593（57 aa）
突变：T349M 突变：T349M PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 PG0 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；285 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% (w/v) PEG-3,350
分辨率 1.57 Å R-free 0.197
9C4V Menin mutant G331D in complex with MLL peptide 提交 2024-06-05 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–459（459 aa）
链 A 537–593（57 aa）
突变：G331D 突变：G331D SO4 SULFATE ION × 3 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 PG0 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；285 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% (w/v) PEG-3,350
分辨率 1.47 Å R-free 0.188
9C4W Menin mutant - G331R 提交 2024-06-05 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–459（459 aa）
链 A 537–593（57 aa）
突变：G331R 突变：G331R PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；285 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% (w/v) PEG-3,350
分辨率 1.40 Å R-free 0.181
9C4X Menin mutant - M327I 提交 2024-06-05 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–459（459 aa）
链 A 537–593（57 aa）
突变：M327I 突变：M327I PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；285 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% (w/v) PEG-3,350
分辨率 1.58 Å R-free 0.194
9C4Y Menin mutant - T349M 提交 2024-06-05 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–459（459 aa）
链 A 537–593（57 aa）
突变：T349M 突变：T349M EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；285 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% (w/v) PEG-3,350
分辨率 1.31 Å R-free 0.183
9C4Z Menin mutant - G331D 提交 2024-06-05 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–459（459 aa）
链 A 537–593（57 aa）
突变：G331D 突变：G331D PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；285 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% (w/v) PEG-3,350
分辨率 1.40 Å R-free 0.190
9C92 Crystal structure of menin in complex with inhibitor compound 15 提交 2024-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–457（456 aa）
链 A 552–583（32 aa）
突变：A5T 突变：A5T A1AVE N-ethyl-5-fluoro-2-[(5-{7-[(1-methylcyclopropyl)methyl]-2,7-diazaspiro[3.5]nonan-2-yl}-1,2,4-triazin-6-yl)oxy]-N-(propan-2-yl)benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG 3350, 0.1M HEPES pH6.9, 0.2M Na Thiocyanate, 1% Tacsimate, 4% Isopropanol
分辨率 1.90 Å R-free 0.244
9C92 Crystal structure of menin in complex with inhibitor compound 15 提交 2024-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–457（456 aa）
链 B 552–583（32 aa）
突变：A5T 突变：A5T A1AVE N-ethyl-5-fluoro-2-[(5-{7-[(1-methylcyclopropyl)methyl]-2,7-diazaspiro[3.5]nonan-2-yl}-1,2,4-triazin-6-yl)oxy]-N-(propan-2-yl)benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG 3350, 0.1M HEPES pH6.9, 0.2M Na Thiocyanate, 1% Tacsimate, 4% Isopropanol
分辨率 1.90 Å R-free 0.244
9C93 Crystal structure of menin in complex with inhibitor compound 26 提交 2024-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–457（456 aa）
链 A 552–583（32 aa）
突变：A5T 突变：A5T A1AVF (1R,5R)-2-({5-fluoro-2-[(5-{7-[(1-methylcyclopropyl)methyl]-2,7-diazaspiro[3.5]nonan-2-yl}-1,2,4-triazin-6-yl)oxy]phenyl}methyl)-2-azabicyclo[3.1.0]hexan-3-one × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；18% PEG 3350, 0.1M HEPES pH6.9, 0.2M K Thiocyanate, 4% Isopropanol, 1% Tacsimate
分辨率 1.85 Å R-free 0.225
9C93 Crystal structure of menin in complex with inhibitor compound 26 提交 2024-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–457（456 aa）
链 B 552–583（32 aa）
突变：A5T 突变：A5T A1AVF (1R,5R)-2-({5-fluoro-2-[(5-{7-[(1-methylcyclopropyl)methyl]-2,7-diazaspiro[3.5]nonan-2-yl}-1,2,4-triazin-6-yl)oxy]phenyl}methyl)-2-azabicyclo[3.1.0]hexan-3-one × 1 K POTASSIUM ION × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；18% PEG 3350, 0.1M HEPES pH6.9, 0.2M K Thiocyanate, 4% Isopropanol, 1% Tacsimate
分辨率 1.85 Å R-free 0.225
9C94 Crystal structure of menin in complex with inhibitor compound 20 提交 2024-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–457（456 aa）
链 A 552–583（32 aa）
突变：A5T 突变：A5T A1AVG {5-fluoro-2-[(5-{7-[(1-methylcyclopropyl)methyl]-2,7-diazaspiro[3.5]nonan-2-yl}-1,2,4-triazin-6-yl)oxy]phenyl}[(1R,5S)-3-oxa-8-azabicyclo[3.2.1]octan-8-yl]methanone × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22% PEG 3350, 0.1M HEPES pH6.9, 0.2M Na Thiocyanate, 4% Isopropanol, 1% Tacsimate
分辨率 1.98 Å R-free 0.212
9C94 Crystal structure of menin in complex with inhibitor compound 20 提交 2024-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–457（456 aa）
链 B 552–583（32 aa）
突变：A5T 突变：A5T A1AVG {5-fluoro-2-[(5-{7-[(1-methylcyclopropyl)methyl]-2,7-diazaspiro[3.5]nonan-2-yl}-1,2,4-triazin-6-yl)oxy]phenyl}[(1R,5S)-3-oxa-8-azabicyclo[3.2.1]octan-8-yl]methanone × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22% PEG 3350, 0.1M HEPES pH6.9, 0.2M Na Thiocyanate, 4% Isopropanol, 1% Tacsimate
分辨率 1.98 Å R-free 0.212
9WKU Wild-type Menin complexed with JNJ-75276617 提交 2025-09-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–457（456 aa）
链 A 551–583（33 aa）
未记录 9N6 N-ethyl-5-fluoro-2-{[5-(2-{(3R)-6-[(2-methoxyethyl)(methyl)amino]-2-methylhexan-3-yl}-2,6-diazaspiro[3.4]octan-6-yl)-1,2,4-triazin-6-yl]oxy}-N-(propan-2-yl)benzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；22%(w/v) PEG3350, 0.2M MAGNESIUM NITRATE, 0.1 M HEPES PH=7.8, 20%(v/v) ETHYLENE GLYCOL, PH7.8
分辨率 1.90 Å R-free 0.204
9WKU Wild-type Menin complexed with JNJ-75276617 提交 2025-09-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–457（456 aa）
链 B 551–583（33 aa）
未记录 9N6 N-ethyl-5-fluoro-2-{[5-(2-{(3R)-6-[(2-methoxyethyl)(methyl)amino]-2-methylhexan-3-yl}-2,6-diazaspiro[3.4]octan-6-yl)-1,2,4-triazin-6-yl]oxy}-N-(propan-2-yl)benzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；22%(w/v) PEG3350, 0.2M MAGNESIUM NITRATE, 0.1 M HEPES PH=7.8, 20%(v/v) ETHYLENE GLYCOL, PH7.8
分辨率 1.90 Å R-free 0.204
9WKV [M322I] Menin complexed with JNJ-75276617 提交 2025-09-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–457（456 aa）
链 A 551–583（33 aa）
未记录 9N6 N-ethyl-5-fluoro-2-{[5-(2-{(3R)-6-[(2-methoxyethyl)(methyl)amino]-2-methylhexan-3-yl}-2,6-diazaspiro[3.4]octan-6-yl)-1,2,4-triazin-6-yl]oxy}-N-(propan-2-yl)benzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；18%(w/v) PEG3350, 0.2 M POTASIUM THIOCYANATE, 0.1M MES PH=6.2, 20%(v/v) ETHYLENE GLYCOL, PH 6.2
分辨率 1.80 Å R-free 0.198
9WKV [M322I] Menin complexed with JNJ-75276617 提交 2025-09-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–457（456 aa）
链 B 551–583（33 aa）
未记录 9N6 N-ethyl-5-fluoro-2-{[5-(2-{(3R)-6-[(2-methoxyethyl)(methyl)amino]-2-methylhexan-3-yl}-2,6-diazaspiro[3.4]octan-6-yl)-1,2,4-triazin-6-yl]oxy}-N-(propan-2-yl)benzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；18%(w/v) PEG3350, 0.2 M POTASIUM THIOCYANATE, 0.1M MES PH=6.2, 20%(v/v) ETHYLENE GLYCOL, PH 6.2
分辨率 1.80 Å R-free 0.198
9WKW Wild-type Menin complexed with DS-1594 提交 2025-09-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–457（456 aa）
链 A 551–583（33 aa）
未记录 7IX (1R,2S,4R)-4-[[4-(5,6-dimethoxypyridazin-3-yl)phenyl]methylamino]-2-[methyl-[6-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethyl]thieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl]amino]cyclopentan-1-ol × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；22%(w/v) PEG3350, 0.2M MAGNESIUM NITRATE, 0.1 M HEPES PH=7.8, 20%(v/v) ETHYLENE GLYCOL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K
分辨率 1.63 Å R-free 0.176
9WKW Wild-type Menin complexed with DS-1594 提交 2025-09-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–457（456 aa）
链 B 551–583（33 aa）
未记录 7IX (1R,2S,4R)-4-[[4-(5,6-dimethoxypyridazin-3-yl)phenyl]methylamino]-2-[methyl-[6-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethyl]thieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl]amino]cyclopentan-1-ol × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 NA SODIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；22%(w/v) PEG3350, 0.2M MAGNESIUM NITRATE, 0.1 M HEPES PH=7.8, 20%(v/v) ETHYLENE GLYCOL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K
分辨率 1.63 Å R-free 0.176
9WKX [M322I] Menin complexed with DS-1594 提交 2025-09-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–457（456 aa）
链 A 551–583（33 aa）
未记录 7IX (1R,2S,4R)-4-[[4-(5,6-dimethoxypyridazin-3-yl)phenyl]methylamino]-2-[methyl-[6-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethyl]thieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl]amino]cyclopentan-1-ol × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；19%(w/v) PEG3350, 0.2 M POTASIUM THIOCYANATE, 0.1 M MES PH=6.3, 20%(v/v) ETHYLENE GLYCOL, PH 6.5
分辨率 2.25 Å R-free 0.239
9WKX [M322I] Menin complexed with DS-1594 提交 2025-09-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–457（456 aa）
链 B 551–583（33 aa）
未记录 7IX (1R,2S,4R)-4-[[4-(5,6-dimethoxypyridazin-3-yl)phenyl]methylamino]-2-[methyl-[6-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethyl]thieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl]amino]cyclopentan-1-ol × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；19%(w/v) PEG3350, 0.2 M POTASIUM THIOCYANATE, 0.1 M MES PH=6.3, 20%(v/v) ETHYLENE GLYCOL, PH 6.5
分辨率 2.25 Å R-free 0.239
9WN9 Wild-type Menin complexed with DSP-5336 提交 2025-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–457（456 aa）
链 A 551–583（33 aa）
未记录 2IZ 5-fluoro-2-[(4-{7-[(1S,3S,4R)-5-methylidene-2-azabicyclo[2.2.2]octane-3-carbonyl]-2,7-diazaspiro[3.5]nonan-2-yl}pyrimidin-5-yl)oxy]-N,N-di(propan-2-yl)benzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；18%(w/v) PEG3350, 0.2M POTASIUM THIOCYANATE, 0.1 M MES PH=6.0, 20%(v/v) ETHYLENE GLYCOL, PH 6.0
分辨率 1.50 Å R-free 0.214
9WN9 Wild-type Menin complexed with DSP-5336 提交 2025-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–457（456 aa）
链 B 551–583（33 aa）
未记录 2IZ 5-fluoro-2-[(4-{7-[(1S,3S,4R)-5-methylidene-2-azabicyclo[2.2.2]octane-3-carbonyl]-2,7-diazaspiro[3.5]nonan-2-yl}pyrimidin-5-yl)oxy]-N,N-di(propan-2-yl)benzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；18%(w/v) PEG3350, 0.2M POTASIUM THIOCYANATE, 0.1 M MES PH=6.0, 20%(v/v) ETHYLENE GLYCOL, PH 6.0
分辨率 1.50 Å R-free 0.214
9WNA [M322I] Menin complexed with DSP-5336 提交 2025-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–457（456 aa）
链 A 551–583（33 aa）
未记录 2IZ 5-fluoro-2-[(4-{7-[(1S,3S,4R)-5-methylidene-2-azabicyclo[2.2.2]octane-3-carbonyl]-2,7-diazaspiro[3.5]nonan-2-yl}pyrimidin-5-yl)oxy]-N,N-di(propan-2-yl)benzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；18%(w/v) PEG3350, 0.2M POTASIUM THIOCYANATE, 0.1M MES PH=6.0, 20%(v/v) ETHYLENE GLYCOL, PH 6.0
分辨率 2.00 Å R-free 0.212
9WNA [M322I] Menin complexed with DSP-5336 提交 2025-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–457（456 aa）
链 B 551–583（33 aa）
未记录 2IZ 5-fluoro-2-[(4-{7-[(1S,3S,4R)-5-methylidene-2-azabicyclo[2.2.2]octane-3-carbonyl]-2,7-diazaspiro[3.5]nonan-2-yl}pyrimidin-5-yl)oxy]-N,N-di(propan-2-yl)benzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；18%(w/v) PEG3350, 0.2M POTASIUM THIOCYANATE, 0.1M MES PH=6.0, 20%(v/v) ETHYLENE GLYCOL, PH 6.0
分辨率 2.00 Å R-free 0.212
9WNI Wild-type Menin complexed with KO-539 提交 2025-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–457（456 aa）
链 A 551–583（33 aa）
未记录 K5O Ziftomenib × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；24%(w/v) PEG3350, 0.2M MAGNESIUM NITRATE, 0.1M HEPES PH=7.8, 20%(v/v) ETHYLENE GLYCOL, PH7.8
分辨率 2.40 Å R-free 0.275
9WNI Wild-type Menin complexed with KO-539 提交 2025-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–457（456 aa）
链 B 551–583（33 aa）
未记录 K5O Ziftomenib × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；24%(w/v) PEG3350, 0.2M MAGNESIUM NITRATE, 0.1M HEPES PH=7.8, 20%(v/v) ETHYLENE GLYCOL, PH7.8
分辨率 2.40 Å R-free 0.275
9WNJ [M322I] Menin complexed with KO-539 提交 2025-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–457（456 aa）
链 A 551–583（33 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 K5O Ziftomenib × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；19%(w/v) PEG3350, 0.2M POTASIUM THIOCYANATE, 0.1M MES PH=6.2, 20%(v/v) ETHYLENE GLYCOL, PH 6.2
分辨率 2.00 Å R-free 0.207
9WNJ [M322I] Menin complexed with KO-539 提交 2025-09-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–457（456 aa）
链 B 551–583（33 aa）
未记录 K5O Ziftomenib × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；19%(w/v) PEG3350, 0.2M POTASIUM THIOCYANATE, 0.1M MES PH=6.2, 20%(v/v) ETHYLENE GLYCOL, PH 6.2
分辨率 2.00 Å R-free 0.207
9Z4X MENIN IN COMPLEX WITH JNJ-75276617 (Bleximenib) 提交 2025-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–610（609 aa）
未记录 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1 9N6 N-ethyl-5-fluoro-2-{[5-(2-{(3R)-6-[(2-methoxyethyl)(methyl)amino]-2-methylhexan-3-yl}-2,6-diazaspiro[3.4]octan-6-yl)-1,2,4-triazin-6-yl]oxy}-N-(propan-2-yl)benzamide × 1 NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；100 mM Tris pH 6.75 , 5 M NaCl , 0.2 M MgCl2
分辨率 2.95 Å R-free 0.297
9Z4X MENIN IN COMPLEX WITH JNJ-75276617 (Bleximenib) 提交 2025-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–610（609 aa）
未记录 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1 9N6 N-ethyl-5-fluoro-2-{[5-(2-{(3R)-6-[(2-methoxyethyl)(methyl)amino]-2-methylhexan-3-yl}-2,6-diazaspiro[3.4]octan-6-yl)-1,2,4-triazin-6-yl]oxy}-N-(propan-2-yl)benzamide × 1 NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；100 mM Tris pH 6.75 , 5 M NaCl , 0.2 M MgCl2
分辨率 2.95 Å R-free 0.297
9Z4X MENIN IN COMPLEX WITH JNJ-75276617 (Bleximenib) 提交 2025-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 2–610（609 aa）
未记录 9N6 N-ethyl-5-fluoro-2-{[5-(2-{(3R)-6-[(2-methoxyethyl)(methyl)amino]-2-methylhexan-3-yl}-2,6-diazaspiro[3.4]octan-6-yl)-1,2,4-triazin-6-yl]oxy}-N-(propan-2-yl)benzamide × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；100 mM Tris pH 6.75 , 5 M NaCl , 0.2 M MgCl2
分辨率 2.95 Å R-free 0.297
9Z4X MENIN IN COMPLEX WITH JNJ-75276617 (Bleximenib) 提交 2025-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 2–610（609 aa）
未记录 9N6 N-ethyl-5-fluoro-2-{[5-(2-{(3R)-6-[(2-methoxyethyl)(methyl)amino]-2-methylhexan-3-yl}-2,6-diazaspiro[3.4]octan-6-yl)-1,2,4-triazin-6-yl]oxy}-N-(propan-2-yl)benzamide × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；100 mM Tris pH 6.75 , 5 M NaCl , 0.2 M MgCl2
分辨率 2.95 Å R-free 0.297

共 60 个其他 PDB 条目、80 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MEN1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 6–432； UniProt 1–459 作者链 A； PDB构建体 433–489； UniProt 537–593

Histone-lysine N-methyltransferase 2A

物种未注明

UniProt Q03164

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 4–15 突变：C5A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） Menin × 1 （O00255） SO4 SULFATE ION × 2 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 PG0 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；285 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% (w/v) PEG-3,350 分辨率 1.46 Å R-free 0.184

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9C4T Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2AGH Structural basis for cooperative transcription factor binding to the CBP coactivator 提交 2005-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 2839–2869（31 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；298 K；压力 1
NMR样品组成 0.5-0.8 mM 15N,13C-labeled protein (e.g. CBP) + 3 fold excess of unlabeled binding partners (MYB + MLL), 20 mM Tris-d3-acetate, 50 mM NaCl, 0.2% sodium azide, 10% D2O | 20 mM Tris-d3-acetate, 50 mM NaCl, 0.2% sodium azide, 10% D2O
NMR样品组成 13C,15N-MYB + UNLABELED CBP & MYB, 20 mM Tris-d3-acetate, 50 mM NaCl, 0.2% sodium azide, 10% D2O | 20 mM Tris-d3-acetate, 50 mM NaCl, 0.2% sodium azide, 10% D2O
NMR样品组成 13C,15N-MLL + UNLABELED CBP & MLL, 20 mM Tris-d3-acetate, 50 mM NaCl, 0.2% sodium azide, 10% D2O | 20 mM Tris-d3-acetate, 50 mM NaCl, 0.2% sodium azide, 10% D2O
分辨率未提供
2J2S Solution structure of the nonmethyl-CpG-binding CXXC domain of the leukaemia-associated MLL histone methyltransferase 提交 2006-08-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1143–1214（72 aa） 片段：RESIDUES 1146-1214
突变：YES ZN ZINC ION × 2 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；290 K
NMR样品组成 90% WATER, 10% D2O
分辨率未提供
2JYI Solution structure of MLL CXXC domain 提交 2007-12-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1147–1203（57 aa） 片段：CXXC domain
未记录 ZN ZINC ION × 2 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.3；压力 ambient
NMR测量条件 pH 7.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.3；压力 ambient
NMR测量条件 pH 7.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.3；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] CXXC, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] CXXC, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] CXXC, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
2KKF Solution structure of MLL CXXC domain in complex with palindromic CPG DNA 提交 2009-06-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1147–1203（57 aa） 片段：CXXC DOMAIN: UNP RESIDUES 1147-1203
未记录 ZN ZINC ION × 2 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）25；压力 Ambient
NMR样品组成 1 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] CXXC domain-1, 1 mM DNA (5'-D(*DCP*DCP*DCP*DTP*DGP*DCP*DGP*DCP*DAP*DGP*DGP*DG)-3')-2, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] CXXC domain-3, 1 mM DNA (5'-D(*DCP*DCP*DCP*DTP*DGP*DCP*DGP*DCP*DAP*DGP*DGP*DG)-3')-4, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] CXXC domain-5, 1 mM DNA (5'-D(*DCP*DCP*DCP*DTP*DGP*DCP*DGP*DCP*DAP*DGP*DGP*DG)-3')-6, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-98% 15N] CXXC domain-7, 1 mM DNA (5'-D(*DCP*DCP*DCP*DTP*DGP*DCP*DGP*DCP*DAP*DGP*DGP*DG)-3')-8, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2KU7 Solution structure of MLL1 PHD3-Cyp33 RRM chimeric protein 提交 2010-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1585–1628（44 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298.2 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient
NMR样品组成 0.3-0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MLL PHD3-Cyp33 RRM, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.4 mM DSS, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
分辨率未提供
2KYU The solution structure of the PHD3 finger of MLL 提交 2010-06-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1564–1628（65 aa） 片段：PHD3 finger (UNP residues 1564-1628)
未记录 ZN ZINC ION × 2 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.9；303 K
NMR样品组成 1 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] PHD3, 100 uM ZINC ION, 25 mM potassium phosphate, 3 mM DTT, 50 mM sodium chloride, 1 mM sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
2LXS Allosteric communication in the KIX domain proceeds through dynamic re-packing of the hydrophobic core 提交 2012-08-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2840–2858（19 aa） 片段：UNP RESIDUES 2840-2858
突变：C841A 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.8；300 K；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-1, 2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_2-2, 25 mM sodium chloride-3, 50 mM potassium phosphate-4, 1 mM sodium azide-5, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2LXT Allosteric communication in the KIX domain proceeds through dynamic re-packing of the hydrophobic core 提交 2012-08-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 2840–2858（19 aa） 片段：UNP RESIDUES 2840-2858
突变：C841A 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.8；300 K；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-1, 2 mM entity_2-2, 2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_3-3, 25 mM sodium chloride-4, 50 mM potassium phosphate-5, 1 mM sodium azide-6, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2MSR Solution structure of LEDGF/p75 IBD in complex with MLL1 peptide (140-160) 提交 2014-08-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 140–160（21 aa） 片段：UNP residues 140-160
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）125；压力 ambient
NMR样品组成 0.5 mM MLL1_140, 0.5 mM [U-13C; U-15N] IBD, 25 mM HEPES, 100 mM sodium chloride, 0.05 % beta-mercaptoethanol, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
2MTN Solution structure of MLL-IBD complex 提交 2014-08-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 110–160（51 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient
NMR样品组成 50 mM potassium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2W5Y Binary Complex of the Mixed Lineage Leukaemia (MLL1) SET Domain with the cofactor product S-Adenosylhomocysteine. 提交 2008-12-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3785–3969（185 aa） 片段：METHYLTRANSFERASE DOMAIN, RESIDUES 3785-3969
未记录 ZN ZINC ION × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.8；0.1 M SODIUM CACODYLATE, PH6.5, 2 % PEG 8000, 30 % 2-METHYL-2,4-PENTANDIOL, pH 6.8
分辨率 2.00 Å R-free 0.264
2W5Z Ternary Complex of the Mixed Lineage Leukaemia (MLL1) SET Domain with the cofactor product S-Adenosylhomocysteine and histone peptide. 提交 2008-12-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 3785–3969（185 aa） 片段：METHYLTRANSFERASE DOMAIN, RESIDUES 3785-3969
未记录 ZN ZINC ION × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.8；0.1 M SODIUM CACODYLATE PH6.8, 2 % PEG 5000, 30 % 2-METHYL-2, 4-PENTANDIOL
分辨率 2.20 Å R-free 0.247
3EG6 Structure of WDR5 bound to MLL1 peptide 提交 2008-09-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 3762–3773（12 aa） 片段：MLL-1 Win motif
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；298 K；30% PEG 3350, 30 mM (NH4)2SO4, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.72 Å R-free 0.240
3LQH Crystal structure of MLL1 PHD3-Bromo in the free form 提交 2010-02-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1566–1665（100 aa） 片段：Third PHD finger and Bromodomain of MLL1
链 A 1703–1784（82 aa） 片段：Third PHD finger and Bromodomain of MLL1
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.3；293 K；0.1M Sodium acetate, 50 mM NaCl, 15% PEG3350, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.72 Å R-free 0.234
3LQI Crystal structure of MLL1 PHD3-Bromo complexed with H3(1-9)K4me2 peptide 提交 2010-02-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1566–1665（100 aa） 片段：Third PHD finger and Bromodomain of MLL1
链 A 1703–1784（82 aa） 片段：Third PHD finger and Bromodomain of MLL1
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, 0.2 M ammonium acetate, 25% PEG3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.92 Å R-free 0.241
3LQI Crystal structure of MLL1 PHD3-Bromo complexed with H3(1-9)K4me2 peptide 提交 2010-02-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1566–1665（100 aa） 片段：Third PHD finger and Bromodomain of MLL1
链 B 1703–1784（82 aa） 片段：Third PHD finger and Bromodomain of MLL1
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, 0.2 M ammonium acetate, 25% PEG3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.92 Å R-free 0.241
3LQI Crystal structure of MLL1 PHD3-Bromo complexed with H3(1-9)K4me2 peptide 提交 2010-02-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1566–1665（100 aa） 片段：Third PHD finger and Bromodomain of MLL1
链 C 1703–1784（82 aa） 片段：Third PHD finger and Bromodomain of MLL1
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, 0.2 M ammonium acetate, 25% PEG3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.92 Å R-free 0.241
3LQJ Crystal structure of MLL1 PHD3-Bromo complexed with H3(1-9)K4me3 peptide 提交 2010-02-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1566–1665（100 aa） 片段：Third PHD finger and Bromodomain of MLL1
链 A 1703–1784（82 aa） 片段：Third PHD finger and Bromodomain of MLL1
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；293 K；0.1 M Tris, 0.2 M Li2SO4, 15% PEG3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.274
3LQJ Crystal structure of MLL1 PHD3-Bromo complexed with H3(1-9)K4me3 peptide 提交 2010-02-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1566–1665（100 aa） 片段：Third PHD finger and Bromodomain of MLL1
链 B 1703–1784（82 aa） 片段：Third PHD finger and Bromodomain of MLL1
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；293 K；0.1 M Tris, 0.2 M Li2SO4, 15% PEG3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.274
3P4F Structural and biochemical insights into MLL1 core complex assembly and regulation. 提交 2010-10-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 3761–3770（10 aa） 片段：unp residues 3761-3770
突变：S3763A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；0.2 M ammonium citrate (buffered with hydrochloric acid/sodium hydroxide to pH 7.0) and 18% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.35 Å R-free 0.249
3U85 Crystal structure of human menin in complex with MLL1 提交 2011-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 6–25（20 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；2.3 M NaCl, pH 7.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.258
3U85 Crystal structure of human menin in complex with MLL1 提交 2011-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 6–25（20 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；2.3 M NaCl, pH 7.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.258
3U88 Crystal structure of human menin in complex with MLL1 and LEDGF 提交 2011-10-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 M 103–153（51 aa）
未记录 CHD CHOLIC ACID × 1 GGB L-CANAVANINE × 4 0BR (4beta,8alpha,9R)-6'-methoxy-10,11-dihydrocinchonan-9-ol × 1 GLV GLYOXYLIC ACID × 4 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；277 K；1.6 M ammonium sulfate, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.233
3U88 Crystal structure of human menin in complex with MLL1 and LEDGF 提交 2011-10-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 N 103–153（51 aa）
未记录 CHD CHOLIC ACID × 1 GGB L-CANAVANINE × 1 0BR (4beta,8alpha,9R)-6'-methoxy-10,11-dihydrocinchonan-9-ol × 1 GLV GLYOXYLIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；277 K；1.6 M ammonium sulfate, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.233
4ESG X-ray structure of WDR5-MLL1 Win motif peptide binary complex 提交 2012-04-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 3755–3771（17 aa） 片段：UNP residues 3755-3771
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 hanging drop；pH 7.2；294 K；PEG3350, Ammonium Sulfate, HEPES, pH 7.2, hanging drop, temperature 294K
分辨率 1.70 Å R-free 0.193
4ESG X-ray structure of WDR5-MLL1 Win motif peptide binary complex 提交 2012-04-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 3755–3771（17 aa） 片段：UNP residues 3755-3771
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 hanging drop；pH 7.2；294 K；PEG3350, Ammonium Sulfate, HEPES, pH 7.2, hanging drop, temperature 294K
分辨率 1.70 Å R-free 0.193
4GQ6 Human menin in complex with MLL peptide 提交 2012-08-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 6–15（10 aa） 片段：unp residues 6-15
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；283 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 25% w/v PEG 3,350. This solution was mixed 1:1 with 2.5mg/mL protein in 50mM Tris-HCl (pH 8.0), NBm1 peptide, 50mM NaCl, and 1mM TCEP. Prior to data collection, crystals were transferred into a cryo-solution containing 20% PEG550 MME and flash-frozen in liquid nitrogen, 1:1 molar ratio with MBM1 peptide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K
分辨率 1.55 Å R-free 0.189
4NW3 Crystal structure of MLL CXXC domain in complex with a CpG DNA 提交 2013-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1147–1204（58 aa） 片段：CXXC zinc finger domain (UNP residues 1147-1204)
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；20% PEG3350, 0.05 M sodium tartrate, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
分辨率 2.82 Å R-free 0.266
5F5E The Crystal Structure of MLL1 SET domain with N3816I/Q3867L mutation 提交 2015-12-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3813–3969（157 aa） 片段：MLL1 SET domain (UNP RESIDUES 3813-3969)
突变：N3861I, Q3867L ZN ZINC ION × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；35% Tacsimate, pH 7.0
分辨率 1.80 Å R-free 0.236
5F6L The crystal structure of MLL1 (N3861I/Q3867L) in complex with RbBP5 and Ash2L 提交 2015-12-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 3813–3969（157 aa） 片段：UNP RESIDUES 3813-3969
突变：N3861I, Q3867L SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；277 K；200mM NaCl, 20% PEG 3350
分辨率 1.90 Å R-free 0.213
5SVH Crystal structure of the KIX domain of CBP in complex with a MLL/c-Myb chimera 提交 2016-08-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2839–2869（31 aa） 片段：;UNP Q03164 residues 2839-2869 linked to UNP P01103 residues 291-315,UNP Q03164 residues 2839-2869 linked to UNP P01103 residues 291-315 ;
未记录 GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.1 M potassium sulfate 2.3M Ammonium sulphate
分辨率 2.05 Å R-free 0.242
5SVH Crystal structure of the KIX domain of CBP in complex with a MLL/c-Myb chimera 提交 2016-08-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 B 2839–2869（31 aa） 片段：;UNP Q03164 residues 2839-2869 linked to UNP P01103 residues 291-315,UNP Q03164 residues 2839-2869 linked to UNP P01103 residues 291-315 ;
未记录 GOL GLYCEROL × 12 CL CHLORIDE ION × 42 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.1 M potassium sulfate 2.3M Ammonium sulphate
分辨率 2.05 Å R-free 0.242
5SVH Crystal structure of the KIX domain of CBP in complex with a MLL/c-Myb chimera 提交 2016-08-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 2839–2869（31 aa） 片段：;UNP Q03164 residues 2839-2869 linked to UNP P01103 residues 291-315,UNP Q03164 residues 2839-2869 linked to UNP P01103 residues 291-315 ;
未记录 GOL GLYCEROL × 4 CL CHLORIDE ION × 14 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.1 M potassium sulfate 2.3M Ammonium sulphate
分辨率 2.05 Å R-free 0.242
6EMQ Solution structure of the LEDGF/p75 IBD - MLL1 (aa 111-160) complex 提交 2017-10-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 110–160（51 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 arbitrary
NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] LEDGF/p75 IBD-MLL1, 50 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
6KIU Cryo-EM structure of human MLL1-ubNCP complex (3.2 angstrom) 提交 2019-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 K 3754–3969（216 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 LYS LYSINE × 1 GLN GLUTAMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
6KIV Cryo-EM structure of human MLL1-ubNCP complex (4.0 angstrom) 提交 2019-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 K 3754–3969（216 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6KIX Cryo-EM structure of human MLL1-NCP complex, binding mode1 提交 2019-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 K 3754–3969（216 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 LYS LYSINE × 1 GLN GLUTAMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6KIZ Cryo-EM structure of human MLL1-NCP complex, binding mode2 提交 2019-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 K 3754–3969（216 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
6PWV Cryo-EM structure of MLL1 core complex bound to the nucleosome 提交 2019-07-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 C 3762–3969（208 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.20 Å
6PWW Cryo-EM structure of MLL1 in complex with RbBP5 and WDR5 bound to the nucleosome 提交 2019-07-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 C 3762–3969（208 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
6W5I Cryo-EM structure of MLL1 in complex with RbBP5, WDR5, SET1, and ASH2L bound to the nucleosome (Class01) 提交 2020-03-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 C 3762–3969（208 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.90 Å
6W5M Cryo-EM structure of MLL1 in complex with RbBP5, WDR5, SET1, and ASH2L bound to the nucleosome (Class02) 提交 2020-03-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 C 3762–3969（208 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
6W5N Cryo-EM structure of MLL1 in complex with RbBP5, WDR5, SET1, and ASH2L bound to the nucleosome (Class05) 提交 2020-03-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 C 3762–3969（208 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.00 Å
7MBM Cryo-EM structure of MLL1-NCP (H3K4M) complex, mode01 提交 2021-04-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 C 3762–3969（208 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.76 Å
7MBN Cryo-EM structure of MLL1-NCP (H3K4M) complex, mode02 提交 2021-04-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 C 3762–3969（208 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.02 Å
7RZD CRYSTAL STRUCTURE OF HLA-B*07:02 IN COMPLEX WITH MLL(747-755) PEPTIDE 提交 2021-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 747–755（9 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；18-24%PEG4000, 0.1M SODIUM CITRATE, 20% ISOPROPANOL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 291K
分辨率 1.82 Å R-free 0.236
7RZJ CRYSTAL STRUCTURE OF HLA-B*07:02 IN COMPLEX WITH MLL(747-755) PHOSPHOPEPTIDE 提交 2021-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 747–755（9 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290 K；18-24%PEG4000, 0.1 SODIUM CITRATE, 20% ISOPROPANOL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 290K
分辨率 1.80 Å R-free 0.217
7S79 STRUCTURE OF HLA-B*07:02 IN COMPLEX WITH SYNTHETIC PHOSPHONO-MLL PEPTIDE ANALOG 提交 2021-09-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 747–755（9 aa） 片段：PHOSPHONO-MLL(747-755) PEPTIDE
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GOL GLYCEROL × 4 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；290 K；18-24% PEG4000, 0.1 SODIUM CITRATE, 20% ISOPROPANOL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE
分辨率 1.53 Å R-free 0.196
7S7D STRUCTURE OF HLA-B*07:02 IN COMPLEX WITH SYNTHETIC SULFO-MLL PEPTIDE ANALOG 提交 2021-09-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 747–755（9 aa） 片段：SULFO-MLL(747-755) PEPTIDE
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；290 K；18-24% PEG4000, 0.1 SODIUM CITRATE, 20% ISOPROPANOL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE
分辨率 1.56 Å R-free 0.195
7S8A STRUCTURE OF HLA-B*07:02 IN COMPLEX WITH MLL(747-755) PHOSPHOPEPTIDE, CUBIC CRYSTAL FORM 提交 2021-09-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 747–755（9 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 12P DODECAETHYLENE GLYCOL × 1 PE8 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 ACT ACETATE ION × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；290 K；35% PEG4000, 0.1M TRIS-HCL, PH 8.5, 0.2M SODIUM ACETATE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE
分辨率 2.10 Å R-free 0.206
7S8E STRUCTURE OF HLA-B*07:02 IN COMPLEX WITH MLL(747-755) PHOSPHOPEPTIDE AND BOUND GLYCEROL 提交 2021-09-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 747–755（9 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GOL GLYCEROL × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；290 K；18-24%PEG4000, 0.1 SODIUM CITRATE, 20% ISOPROPANOL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE
分辨率 1.60 Å R-free 0.195
7S8F STRUCTURE OF HLA-B*07:02 IN COMPLEX WITH MLL(747-755) PEPTIDE AND BOUND GLYCEROL 提交 2021-09-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 747–755（9 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；290 K；18-26%PEG4000, 0.1 SODIUM CITRATE, 20% ISOPROPANOL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE
分辨率 1.80 Å R-free 0.206
7U5V Crystal structure of the Mixed Lineage Leukaemia (MLL1) SET Domain with the cofactor product S-Adenosylhomocysteine and Borealin peptide 提交 2022-03-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 3811–3969（159 aa） 片段：SET Domain
未记录 ZN ZINC ION × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；60% Tacsimate pH 7.0
分辨率 2.59 Å R-free 0.304
7W67 The crystal structure of MLL1 (N3861I/Q3867L/C3882SS)-RBBP5-ASH2L in complex with H3K4me0 peptide 提交 2021-12-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 3813–3969（157 aa）
突变：N3861I,Q3867L,C3882SS SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% w/v polyethylene glycol 3350
分辨率 2.19 Å R-free 0.222
7W6A Crystal structure of the MLL1 (N3861I/Q3867L/C3882SS)-RBBP5-ASH2L complex 提交 2021-12-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 3813–3969（157 aa）
突变：N3861I,Q3867L,C3882SS SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5 25% w/v polyethylene glycol 3350
分辨率 2.21 Å R-free 0.229
7W6I The crystal structure of MLL1 (N3861I/Q3867L/C3882SS)-RBBP5-ASH2L in complex with H3K4me1 peptide 提交 2021-12-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 3813–3969（157 aa）
突变：N3861I,Q3867L,C3882SS SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% w/v polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.56 Å R-free 0.244
7W6J The crystal structure of MLL1 (N3861I/Q3867L/C3882SS)-RBBP5-ASH2L in complex with H3K4me2 peptide 提交 2021-12-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 3813–3969（157 aa）
突变：N3861I,Q3867L,C3882SS SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% w/v polyethylene glycol 3350
分辨率 2.68 Å R-free 0.252
7ZEY Complex Cyp33-RRM : MLL1-PHD3 提交 2022-03-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1564–1627（64 aa） 片段：PHD ZINC FINGER (UNP RESIDUES 1564-1627)
未记录 ZN ZINC ION × 2 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；310.15 K；离子强度（mmCIF原始值）80；压力 AMBIENT
NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE E, 1 mM [U-100% 15N] HISTONE-LYSINE N-METHYLTRANSFERASE 2A, 40 mM sodium chloride, 40 mM sodium phosphate, 50 uM zinc chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE E, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HISTONE-LYSINE N-METHYLTRANSFERASE 2A, 40 mM sodium chloride, 40 mM sodium phosphate, 50 uM zinc chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE E, 1 mM HISTONE-LYSINE N-METHYLTRANSFERASE 2A, 40 mM sodium chloride, 40 mM sodium phosphate, 50 uM zinc chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE E, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HISTONE-LYSINE N-METHYLTRANSFERASE 2A, 40 mM sodium chloride, 40 mM sodium phosphate, 50 uM zinc chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
7ZEZ Trimolecular complex Cyp33-RRMdelta alpha : MLL1-PHD3 : H3K4me3 提交 2022-03-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1564–1627（64 aa） 片段：PHD ZINC FINGER (UNP RESIDUES 1564-1627)
未记录 ZN ZINC ION × 2 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；310.15 K；离子强度（mmCIF原始值）80；压力 AMBIENT
NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE E, 1 mM [U-100% 15N] HISTONE-LYSINE N-METHYLTRANSFERASE 2A, 1 mM HISTONE H3, 40 mM sodium chloride, 40 mM sodium phosphate, 50 uM zinc chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE E, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HISTONE-LYSINE N-METHYLTRANSFERASE 2A, 1 mM HISTONE H3, 40 mM sodium chloride, 40 mM sodium phosphate, 10 uM zinc chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE E, 1 mM HISTONE-LYSINE N-METHYLTRANSFERASE 2A, 1 mM HISTONE H3, 40 mM sodium chloride, 40 mM sodium phosphate, 10 uM zinc chloride, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 1 mM PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE E, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HISTONE-LYSINE N-METHYLTRANSFERASE 2A, 1 mM HISTONE H3, 40 mM sodium chloride, 40 mM sodium phosphate, 10 uM zinc chloride, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
9C4S Menin mutant G331R in complex with MLL peptide 提交 2024-06-05 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 4–15（12 aa）
突变：C5A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 3 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 PG0 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；285 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% (w/v) PEG-3,350
分辨率 1.54 Å R-free 0.202
9C4U Menin mutant T349M in complex with MLL peptide 提交 2024-06-05 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 4–15（12 aa）
突变：C5A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 PG0 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；285 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% (w/v) PEG-3,350
分辨率 1.57 Å R-free 0.197
9C4V Menin mutant G331D in complex with MLL peptide 提交 2024-06-05 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 4–15（12 aa）
突变：C5A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 3 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 PG0 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；285 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% (w/v) PEG-3,350
分辨率 1.47 Å R-free 0.188

共 54 个其他 PDB 条目、62 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KMT2A_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–12； UniProt 4–15

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9c4t

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9c4t
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9c4t
沉积日期 deposition_date2024-06-05
结构标题 titlemenin mutant M327I in complex with MLL peptide
关键词 keywordsProtein binding; PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.55 Å
零角强度 I(0) i046489100.00
分子量 molecular_weight53611.0 kDa
排除体积 excluded_volume67397 ų
包络体积 envelope_volume80344 ų
水化壳体积 shell_volume27581 ų
包络直径 envelope_diameter87.6 Å
壳层 Rg shell_rg31.66 Å
包络 Rg envelope_rg25.03 Å
形状 Rg shape_rg24.51 Å
总 Rg total_rg25.50 Å
总原子数 total_atoms7534
残基数 n_residues478
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax84.8 Å
Rg (实空间) rg_real25.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.60 Å
I(0) (实空间) i0_real4.6490e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.9680e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal46490000.0000
解质量估计 total_estimate0.6714
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary28.3 Å
偏度 Skewness skewness0.431
峰度 Kurtosis kurtosis-0.257
角度范围 angular_range— – 0.3150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha14470000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.810; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.120; Positv: 1.000; Valcen: 0.953; Smooth: 0.980
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)