9cnx

CryoEM structure of BAM in complex with the PTB1 closed-state inhibitor (in DDM detergent)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 136.3 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer membrane protein assembly factor BamA

Escherichia coli

UniProt P0A940

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–810 未记录 Outer membrane protein assembly factor BamB × 1 (P77774) Outer membrane protein assembly factor BamC × 1 (W8SZY2) Outer membrane protein assembly factor BamD × 1 (C3SYV7) Outer membrane protein assembly factor BamE × 1 (A0A366UU94) Circular peptide × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.55 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 64 个其他 PDB 条目、69 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BAMA_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–810; UniProt 1–810

Outer membrane protein assembly factor BamB

Escherichia coli

UniProt P77774

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–392 未记录 Outer membrane protein assembly factor BamA × 1 (P0A940) Outer membrane protein assembly factor BamC × 1 (W8SZY2) Outer membrane protein assembly factor BamD × 1 (C3SYV7) Outer membrane protein assembly factor BamE × 1 (A0A366UU94) Circular peptide × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.55 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 63 个其他 PDB 条目、63 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BAMB_ECOLI
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–392; UniProt 1–392

Outer membrane protein assembly factor BamC

Escherichia coli

UniProt W8SZY2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–344 未记录 Outer membrane protein assembly factor BamA × 1 (P0A940) Outer membrane protein assembly factor BamB × 1 (P77774) Outer membrane protein assembly factor BamD × 1 (C3SYV7) Outer membrane protein assembly factor BamE × 1 (A0A366UU94) Circular peptide × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.55 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 22 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 W8SZY2_ECOLX
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–344; UniProt 1–344

Outer membrane protein assembly factor BamD

Escherichia coli

UniProt C3SYV7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–245 未记录 Outer membrane protein assembly factor BamA × 1 (P0A940) Outer membrane protein assembly factor BamB × 1 (P77774) Outer membrane protein assembly factor BamC × 1 (W8SZY2) Outer membrane protein assembly factor BamE × 1 (A0A366UU94) Circular peptide × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.55 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C3SYV7_ECOLX
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–245; UniProt 1–245

Outer membrane protein assembly factor BamE

Escherichia coli

UniProt A0A366UU94

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–113 未记录 Outer membrane protein assembly factor BamA × 1 (P0A940) Outer membrane protein assembly factor BamB × 1 (P77774) Outer membrane protein assembly factor BamC × 1 (W8SZY2) Outer membrane protein assembly factor BamD × 1 (C3SYV7) Circular peptide × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.55 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A366UU94_ECOLX
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–113; UniProt 1–113

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9cnx

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9cnx
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9cnx
沉积日期 deposition_date2024-07-15
最后修订 last_revision2024-12-25
结构标题 titleCryoEM structure of BAM in complex with the PTB1 closed-state inhibitor (in DDM detergent)
关键词 keywordsprotein structure, circular peptide, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier44.02
回转半径 Rg (电子) rg_electron43.55
零角强度 I(0) i0411720000.00
分子量 molecular_weight164070.0 kDa
排除体积 excluded_volume204240 ų
包络体积 envelope_volume309240 ų
水化壳体积 shell_volume59756 ų
包络直径 envelope_diameter143.3
壳层 Rg shell_rg48.69
包络 Rg envelope_rg41.56
形状 Rg shape_rg43.54
总 Rg total_rg43.81
总原子数 total_atoms11582
残基数 n_residues1477
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax136.3
Rg (实空间) rg_real43.79
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.04
I(0) (实空间) i0_real4.1170e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.4040e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal44.02
I(0) (倒空间) i0_reciprocal411800000.0000
解质量估计 total_estimate0.6685
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary68.1
偏度 Skewness skewness-0.013
峰度 Kurtosis kurtosis-0.678
角度范围 angular_range— – 0.1800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha47740000.0000
实空间数据点数 n_real_points37
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.897; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.032; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.901

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)