SAXSdb — 8sqa

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8sqa
沉积日期 deposition_date	2023-05-04
结构标题 title	The cryo-EM structure of the EcBAM/EspP(beta8-12) complex
关键词 keywords	membrane proteins, protein folding, BAM complex, outer membrane protein, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.93 Å
零角强度 I(0) i0	456364000.00
分子量 molecular_weight	172160.0 kDa
排除体积 excluded_volume	214200 Å³
包络体积 envelope_volume	320500 Å³
水化壳体积 shell_volume	63444 Å³
包络直径 envelope_diameter	140.4 Å
壳层 Rg shell_rg	47.65 Å
包络 Rg envelope_rg	40.94 Å
形状 Rg shape_rg	42.92 Å
总 Rg total_rg	43.19 Å
总原子数 total_atoms	12156
残基数 n_residues	1563
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	135.4 Å
Rg (实空间) rg_real	43.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.96 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.5640e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.4130e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	456500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8990
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	63.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.030
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.630
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	45420000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.924; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.916

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Outer membrane protein assembly factor BamA
分子量 formula_weight	88100.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	12156

VVKDIHFEGLQRVAVGAALLSMPVRTGDTVNDEDISNTIRALFATGNFEDVRVLRDGDTLLVQVKERPTIASITFSGNKSVKDDMLKQNLEASGVRVGESLDRTTIADIEKGLEDFYYSVGKYSASVKAVVTPLPRNRVDLKLVFQEGVSAEIQQINIVGNHAFTTDELISHFQLRDEVPWWNVVGDRKYQKQKLAGDLETLRSYYLDRGYARFNIDSTQVSLTPDKKGIYVTVNITEGDQYKLSGVEVSGNLAGHSAEIEQLTKIEPGELYNGTKVTKMEDDIKKLLGRYGYAYPRVQSMPEINDADKTVKLRVNVDAGNRFYVRKIRFEGNDTSKDAVLRREMRQMEGAWLGSDLVDQGKERLNRLGFFETVDTDTQRVPGSPDQVDVVYKVKERNTGSFNFGIGYGTESGVSFQAGVQQDNWLGTGYAVGINGTKNDYQTYAELSVTNPYFTVDGVSLGGRLFYNDFQADDADLSDYTNKSYGTDVTLGFPINEYNSLRAGLGYVHNSLSNMQPQVAMWRYLYSMGEHPSTSDQDNSFKTDDFTFNYGWTYNKLDRGYFPTDGSRVNLTGKVTIPGSDNEYYKVTLDTATYVPIDDDHKWVVLGRTRWGYGDGLGGKEMPFYENFYAGGSSTVRGFQSNTIGPKAVYFPHQASNYDPDYDYECATQDGAKDLCKSDDAVGGNAMAVASLEFITPTPFISDKYANSVRTSFFWDMGTVWDTNWDSSQYSGYPDYSDPSNIRMSAGIALQWMSPLGPLVFSYAQPFKKYDGDKAEQFQFNCGKTW

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Outer membrane protein assembly factor BamB
分子量 formula_weight	39779.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SLFNSEEDVVKMSPLPTVENQFTPTTAWSTSVGSGIGNFYSNLHPALADNVVYAADRAGLVKALNADDGKEIWSVSLAEKDGWFSKEPALLSGGVTVSGGHVYIGSEKAQVYALNTSDGTVAWQTKVAGEALSRPVVSDGLVLIHTSNGQLQALNEADGAVKWTVNLDMPSLSLRGESAPTTAFGAAVVGGDNGRVSAVLMEQGQMIWQQRISQATGSTEIDRLSDVDTTPVVVNGVVFALAYNGNLTALDLRSGQIMWKRELGSVNDFIVDGNRIYLVDQNDRVMALTIDGGVTLWTQSDLLHRLLTSPVLYNGNLVVGDSEGYLHWINVEDGRFVAQQKVDSSGFQTEPVAADGKLLIQAKDGTVYSITR

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	Outer membrane protein assembly factor BamC
分子量 formula_weight	34298.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

SSDSRYKRQVSGDEAYLEAAPLAELHAPAGMILPVTSGDYAIPVTNGSGAVGKALDIRPPAQPLALVSGARTQFTGDTASLLVENGRGNTLWPQVVSVLQAKNYTITQRDDAGQTLTTDWVQWNRLDEDEQYRGRYQISVKPQGYQQAVTVKLLNLEQAGKPVADAASMQRYSTEMMNVISAGLDKSATDAANAAQNRASTTMDVQSAADDTGLPMLVVRGPFNVVWQRLPAALEKVGMKVTDSTRSQGNMAVTYKPLSDSDWQELGASDPGLASGDYKLQVGDLDNRSSLQFIDPKGHTLTQSQNDALVAVFQAAFSK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	Outer membrane protein assembly factor BamD
分子量 formula_weight	25713.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

SGSKEEVPDNPPNEIYATAQQKLQDGNWRQAITQLEALDNRYPFGPYSQQVQLDLIYAYYKNADLPLAQAAIDRFIRLNPTHPNIDYVMYMRGLTNMALDDSALQGFFGVDRSDRDPQHARAAFSDFSKLVRGYPNSQYTTDATKRLVFLKDRLAKYEYSVAEYYTERGAWVAVVNRVEGMLRDYPDTQATRDALPLMENAYRQMQMNAQAEKVAKIIAANSSNT

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 polymer

描述 description	Outer membrane protein assembly factor BamE
分子量 formula_weight	10288.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

STLERVVYRPDINQGNYLTANDVSKIRVGMTQQQVAYALGTPLMSDPFGTNTWFYVFRQQPGHEGVTQQTLTLTFNSSGVLTNIDNKPALSGN

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 6 polymer

描述 description	Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Autotransporter protein EspP translocator
分子量 formula_weight	60668.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MGAKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELVKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTGSIELVSAPKDTNENVFKASKQTIGFSDVTPVITTRETDDKITWSLTGYNTVANKEATRNAAALFSVDYKAFLNEVKDKDYNPLIGRTGCDVGKSFSGKDWKVTARAGLGYQFDLLANGETVLRDASGEKRIKGEKDSRMLMSVGLNAEIRDNVRFGLEFEKSAFGKYNVDNAVNANFRYSF

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli O157
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1045010
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	92335

fit	/app/data/saxs_computation/sq/8sqa/8sqa.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sq/8sqa/8sqa.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sq/8sqa/8sqa.dat

The cryo-EM structure of the EcBAM/EspP(beta8-12) complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)