9cyy

Cryo-EM structure of MRV virion

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 289.6 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Inner capsid protein sigma-2

物种未注明

UniProt P03525

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 29 PDB 声明:29-meric(29) 与蛋白拷贝数一致 链 0; UniProt 1–418 链 C; UniProt 1–418 未记录 Outer capsid protein mu-1 × 6 (P11078) Outer capsid protein sigma-3 × 3 (P03527) Outer capsid protein lambda-2 × 1 (P11079) Lambda 1 × 15 (F1ARN3) Mu2 × 1 (Q6EDZ8) RNA-directed RNA polymerase × 1 (A0A0B5CSU4) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4;Phosphate-buffered saline cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SIGM2_REOVD
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 0; PDB构建体 1–418; UniProt 1–418 作者链 C; PDB构建体 1–418; UniProt 1–418

Outer capsid protein mu-1

物种未注明

UniProt P11078

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 29 PDB 声明:29-meric(29) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–708 链 B; UniProt 1–708 链 D; UniProt 1–708 链 E; UniProt 1–708 链 F; UniProt 1–708 链 H; UniProt 1–708 未记录 Inner capsid protein sigma-2 × 2 (P03525) Outer capsid protein sigma-3 × 3 (P03527) Outer capsid protein lambda-2 × 1 (P11079) Lambda 1 × 15 (F1ARN3) Mu2 × 1 (Q6EDZ8) RNA-directed RNA polymerase × 1 (A0A0B5CSU4) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4;Phosphate-buffered saline cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MU1_REOVD
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–708; UniProt 1–708 作者链 B; PDB构建体 1–708; UniProt 1–708 作者链 D; PDB构建体 1–708; UniProt 1–708 作者链 E; PDB构建体 1–708; UniProt 1–708 作者链 F; PDB构建体 1–708; UniProt 1–708 作者链 H; PDB构建体 1–708; UniProt 1–708

Outer capsid protein sigma-3

物种未注明

UniProt P03527

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 29 PDB 声明:29-meric(29) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–365 链 I; UniProt 1–365 链 L; UniProt 1–365 未记录 Inner capsid protein sigma-2 × 2 (P03525) Outer capsid protein mu-1 × 6 (P11078) Outer capsid protein lambda-2 × 1 (P11079) Lambda 1 × 15 (F1ARN3) Mu2 × 1 (Q6EDZ8) RNA-directed RNA polymerase × 1 (A0A0B5CSU4) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4;Phosphate-buffered saline cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SIGM3_REOVD
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–365; UniProt 1–365 作者链 I; PDB构建体 1–365; UniProt 1–365 作者链 L; PDB构建体 1–365; UniProt 1–365

Outer capsid protein lambda-2

物种未注明

UniProt P11079

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 29 PDB 声明:29-meric(29) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 1–1289 未记录 Inner capsid protein sigma-2 × 2 (P03525) Outer capsid protein mu-1 × 6 (P11078) Outer capsid protein sigma-3 × 3 (P03527) Lambda 1 × 15 (F1ARN3) Mu2 × 1 (Q6EDZ8) RNA-directed RNA polymerase × 1 (A0A0B5CSU4) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4;Phosphate-buffered saline cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LMBD2_REOVD
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 J; PDB构建体 1–1289; UniProt 1–1289

Lambda 1

物种未注明

UniProt F1ARN3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 29 PDB 声明:29-meric(29) 与蛋白拷贝数一致 链 K; UniProt 1–1275 链 M; UniProt 1–1275 链 Y; UniProt 1–1275 链 Z; UniProt 1–1275 链 a; UniProt 1–1275 链 b; UniProt 1–1275 链 c; UniProt 1–1275 链 d; UniProt 1–1275 链 e; UniProt 1–1275 链 f; UniProt 1–1275 链 g; UniProt 1–1275 链 h; UniProt 1–1275 链 i; UniProt 1–1275 链 k; UniProt 1–1275 链 m; UniProt 1–1275 未记录 Inner capsid protein sigma-2 × 2 (P03525) Outer capsid protein mu-1 × 6 (P11078) Outer capsid protein sigma-3 × 3 (P03527) Outer capsid protein lambda-2 × 1 (P11079) Mu2 × 1 (Q6EDZ8) RNA-directed RNA polymerase × 1 (A0A0B5CSU4) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4;Phosphate-buffered saline cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 F1ARN3_9REOV
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 K; PDB构建体 1–1275; UniProt 1–1275 作者链 M; PDB构建体 1–1275; UniProt 1–1275 作者链 Y; PDB构建体 1–1275; UniProt 1–1275 作者链 Z; PDB构建体 1–1275; UniProt 1–1275 作者链 a; PDB构建体 1–1275; UniProt 1–1275 作者链 b; PDB构建体 1–1275; UniProt 1–1275 作者链 c; PDB构建体 1–1275; UniProt 1–1275 作者链 d; PDB构建体 1–1275; UniProt 1–1275 作者链 e; PDB构建体 1–1275; UniProt 1–1275 作者链 f; PDB构建体 1–1275; UniProt 1–1275 作者链 g; PDB构建体 1–1275; UniProt 1–1275 作者链 h; PDB构建体 1–1275; UniProt 1–1275 作者链 i; PDB构建体 1–1275; UniProt 1–1275 作者链 k; PDB构建体 1–1275; UniProt 1–1275 作者链 m; PDB构建体 1–1275; UniProt 1–1275

Mu2

物种未注明

UniProt Q6EDZ8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 29 PDB 声明:29-meric(29) 与蛋白拷贝数一致 链 V; UniProt 1–736 未记录 Inner capsid protein sigma-2 × 2 (P03525) Outer capsid protein mu-1 × 6 (P11078) Outer capsid protein sigma-3 × 3 (P03527) Outer capsid protein lambda-2 × 1 (P11079) Lambda 1 × 15 (F1ARN3) RNA-directed RNA polymerase × 1 (A0A0B5CSU4) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4;Phosphate-buffered saline cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q6EDZ8_9REOV
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 V; PDB构建体 1–736; UniProt 1–736

RNA-directed RNA polymerase

物种未注明

UniProt A0A0B5CSU4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 29 PDB 声明:29-meric(29) 与蛋白拷贝数一致 链 W; UniProt 1–1267 未记录 Inner capsid protein sigma-2 × 2 (P03525) Outer capsid protein mu-1 × 6 (P11078) Outer capsid protein sigma-3 × 3 (P03527) Outer capsid protein lambda-2 × 1 (P11079) Lambda 1 × 15 (F1ARN3) Mu2 × 1 (Q6EDZ8) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4;Phosphate-buffered saline cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A0B5CSU4_9REOV
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 W; PDB构建体 1–1267; UniProt 1–1267

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9cyy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9cyy
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9cyy
沉积日期 deposition_date2024-08-03
最后修订 last_revision2024-12-18
结构标题 titleCryo-EM structure of MRV virion
关键词 keywordsMammalian reovirus, outer shell, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier
回转半径 Rg (电子) rg_electron109.60
零角强度 I(0) i057668900000.00
分子量 molecular_weight2069400.0 kDa
排除体积 excluded_volume2594300 ų
包络体积 envelope_volume4079300 ų
水化壳体积 shell_volume315370 ų
包络直径 envelope_diameter395.2
壳层 Rg shell_rg96.30
包络 Rg envelope_rg108.40
形状 Rg shape_rg109.70
总 Rg total_rg109.40
总原子数 total_atoms145604
残基数 n_residues18547
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax289.6
Rg (实空间) rg_real105.60
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.00
I(0) (实空间) i0_real5.5180e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0660e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal108.10
I(0) (倒空间) i0_reciprocal57270000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9029
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary124.1
偏度 Skewness skewness0.167
峰度 Kurtosis kurtosis-0.643
角度范围 angular_range— – 0.0700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.9891
最高正则化参数 α highest_alpha1442000000.0000
实空间数据点数 n_real_points15
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.002; Oscil: 0.995; Stabil: 0.972; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.839; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)