9db2

Class Ia ribonucleotide reductase with mechanism-based inhibitor N3CDP

Method: ELECTRON MICROSCOPY

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

暂无 SAXS 图

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

暂无 P(r) 图

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9db2
沉积日期 deposition_date	2024-08-23
结构标题 title	Class Ia ribonucleotide reductase with mechanism-based inhibitor N3CDP
关键词 keywords	ribonucleotide reductase, class Ia, mechanistic inhibition, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

该条目暂无 SAXS 数据。

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

该条目暂无 P(r) 分析数据。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha
分子量 formula_weight	85877.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.17.4.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	18751

MNQNLLVTKRDGSTERINLDKIHRVLDWAAEGLHNVSISQVELRSHIQFYDGIKTSDIHETIIKAAADLISRDAPDYQYLAARLAIFHLRKKAYGQFEPPALYDHVVKMVEMGKYDNHLLEDYTEEEFKQMDTFIDHDRDMTFSYAAVKQLEGKYLVQNRVTGEIYESAQFLYILVAACLFSNYPRETRLQYVKRFYDAVSTFKISLPTPIMSGVRTPTRQFSSCVLIECGDSLDSINATSSAIVKYVSQRAGIGINAGRIRALGSPIRGGEAFHTGCIPFYKHFQTAVKSCSQGGVRGGAATLFYPMWHLEVESLLVLKNNRGVEGNRVRHMDYGVQINKLMYTRLLKGEDITLFSPSDVPGLYDAFFADQEEFERLYTKYEKDDSIRKQRVKAVELFSLMMQERASTGRIYIQNVDHCNTHSPFDPAIAPVRQSNLCLEIALPTKPLNDVNDENGEIALCTLSAFNLGAINNLDELEELAILAVRALDALLDYQDYPIPAAKRGAMGRRTLGIGVINFAYYLAKHGKRYSDGSANNLTHKTFEAIQYYLLKASNELAKEQGACPWFNETTYAKGILPIDTYKKDLDTIANEPLHYDWEALRESIKTHGLRNSTLSALMPSETSSQISNATNGIEPPRGYVSIKASKDGILRQVVPDYEHLHDAYELLWEMPGNDGYLQLVGIMQKFIDQSISANTNYDPSRFPSGKVPMQQLLKDLLTAYKFGVKTLYYQNTRDGAEDAQDDLVPSIQDDGCESGACKI

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit beta
分子量 formula_weight	43558.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.17.4.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MAYTTFSQTKNDQLKEPMFFGQPVNVARYDQQKYDIFEKLIEKQLSFFWRPEEVDVSRDRIDYQALPEHEKHIFISNLKYQTLLDSIQGRSPNVALLPLISIPELETWVETWAFSETIHSRSYTHIIRNIVNDPSVVFDDIVTNEQIQKRAEGISSYYDELIEMTSYWHLLGEGTHTVNGKTVTVSLRELKKKLYLCLMSVNALEAIRFYVSFACSFAFAERELMEGNAKIIRLIARDEALHLTGTQHMLNLLRSGADDPEMAEIAEECKQECYDLFVQAAQQEKDWADYLFRDGSMIGLNKDILCQYVEYITNIRMQAVGLDLPFQTRSNPIPWINTWLVSDNVQVAPQEVEVSSYLVGQIDSEVDTDDLSNFQL

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	;2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE ;
分子量 formula_weight	491.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 non-polymer

描述 description	UNKNOWN LIGAND
分子量 formula_weight	214.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	4-amino-1-{(3xi)-3-C-amino-2-deoxy-5-O-[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]-beta-D-threo-pentofuranosyl}pyrimidin-2(1H)-one
分子量 formula_weight	402.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	MU-OXO-DIIRON
分子量 formula_weight	127.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	624

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	440549

Class Ia ribonucleotide reductase with mechanism-based inhibitor N3CDP

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (0)