SAXSdb — 9ejj

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein kinase BTK

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 382–659	突变：L390G, Y551E, Y617P	A1BIZ 4-{4-amino-1-[(3R)-1-(cyclopropanecarbonyl)piperidin-3-yl]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-yl}-N-[4-(trifluoromethoxy)pyridin-2-yl]benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1M NaCitrate pH 5.5, 18% PEG3350	分辨率 2.03 Å R-free 0.242
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 382–659	突变：L390G, Y551E, Y617P	A1BIZ 4-{4-amino-1-[(3R)-1-(cyclopropanecarbonyl)piperidin-3-yl]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-yl}-N-[4-(trifluoromethoxy)pyridin-2-yl]benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1M NaCitrate pH 5.5, 18% PEG3350	分辨率 2.03 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9EJJ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4XI2 Crystal Structure of an auto-inhibited form of Bruton's Tryrosine Kinase 提交 2015-01-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 214–659（446 aa）片段：UNP residues 214-659	未记录	AU GOLD ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；Mix purified dimer protein at 5 mg/ml in 25 mM TRIS.Cl, pH 8.5, 10 mM NaCl, 5 mM DTT with an equal volume of the precipitant solution, 100 mM TRIS.Cl, pH 8.5, 200 mM Na.acetate, 7.5 % PEG 4,000, then suspend over 1 ml of precipitant solution. Wedge shaped crystals grew to approximately 0.1 mm on a side after a period of two weeks. Crystals were frozen by first transferring them, in four sequential steps, to a solution of 100 mM TRIS.Cl, pH 8.5, 200 mM Na.acetate, 15 % PEG 4,000. This was followed by transfer in six sequential steps to a solution containing 100 mM TRIS.Cl, pH 8.5, 200 mM Na.acetate, 15 % PEG 4,000, 30% glucose	分辨率 2.60 Å R-free 0.248
8FD9 Structure of BTK kinase domain with the second-generation inhibitor acalabrutinib 提交 2022-12-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 396–659（264 aa）	突变：K430R, L542M S543T, V555T, R562K, S564A, P565S, Y617P	XQQ 4-[(4S)-8-amino-3-{(2S)-1-[(2E)-but-2-enoyl]pyrrolidin-2-yl}imidazo[1,5-a]pyrazin-1-yl]-N-(pyridin-2-yl)benzamide × 1 BR BROMIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；277 K；20% PEG 3350, 0.1M Bis-tris propane, pH 6.5 and 0.2M sodium bromide	分辨率 1.70 Å R-free 0.228
8FF0 Structure of BTK kinase domain with the second-generation inhibitor tirabrutinib 提交 2022-12-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 396–659（264 aa）	突变：K430R, L542M S543T, V555T, R562K, S564A, P565S, Y617P	7GB 6-azanyl-9-[(3~{R})-1-[(~{E})-but-2-enoyl]pyrrolidin-3-yl]-7-(4-phenoxyphenyl)purin-8-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；16% PEG 8000 and 0.1M sodium citrate	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
8GMB Crystal structure of the full-length Bruton's tyrosine kinase (PH-TH domain not visible) 提交 2023-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–659（659 aa）	突变：E298A, K300A, E301A, A384P, S386P, T387P, A388P, L390F, K430R, L542M S543T, V555T, R562K, S564A, P565S, Y617P	9AJ 2-[3'-(hydroxymethyl)-1-methyl-5-({5-[(2S)-2-methyl-4-(oxetan-3-yl)piperazin-1-yl]pyridin-2-yl}amino)-6-oxo[1,6-dihydro[3,4'-bipyridine]]-2'-yl]-7,7-dimethyl-3,4,7,8-tetrahydro-2H-cyclopenta[4,5]pyrrolo[1,2-a]pyrazin-1(6H)-one × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；277.15 K；20% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris Propane, 0.2M potassium thiocyanate	分辨率 3.40 Å R-free 0.289
8S93 Crystal structure of the PH-TH/kinase complex of Bruton's tyrosine kinase 提交 2023-03-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–171（171 aa）片段：PHTH domain residues 1-171 and Kinase domain residues 396-659 链 A 396–659（264 aa）片段：PHTH domain residues 1-171 and Kinase domain residues 396-659	突变：Q91A, I92A, I94A, I95A, K430R, L542M S543T, V555T, R562K, S564A, P565S, Y617P 突变：Q91A, I92A, I94A, I95A, K430R, L542M S543T, V555T, R562K, S564A, P565S, Y617P	9AJ 2-[3'-(hydroxymethyl)-1-methyl-5-({5-[(2S)-2-methyl-4-(oxetan-3-yl)piperazin-1-yl]pyridin-2-yl}amino)-6-oxo[1,6-dihydro[3,4'-bipyridine]]-2'-yl]-7,7-dimethyl-3,4,7,8-tetrahydro-2H-cyclopenta[4,5]pyrrolo[1,2-a]pyrazin-1(6H)-one × 1 ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；277 K；20%PEG3350, 0.1M Bis-Tris, pH5.6, 0.2M magnesium chloride	分辨率 2.10 Å R-free 0.246
8S9F Crystal structure of the kinase domain of Bruton's Tyrosine Kinase bound to dasatinib 提交 2023-03-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 382–659（278 aa）链 B 382–659（278 aa）	突变：L390G, Y551E, Y617P 突变：L390G, Y551E, Y617P	1N1 N-(2-CHLORO-6-METHYLPHENYL)-2-({6-[4-(2-HYDROXYETHYL)PIPERAZIN-1-YL]-2-METHYLPYRIMIDIN-4-YL}AMINO)-1,3-THIAZOLE-5-CARBOXAMIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；42% PEG200, 0.1M HEPES	分辨率 2.60 Å R-free 0.284
9EJR Bruton's tyrosine kinase in complex with compound PTI52 提交 2024-11-28	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 382–659（278 aa）	突变：L390G, Y551E, Y617P	A1BI0 4-{4-amino-1-[(3R)-1-(cyclopropanecarbonyl)piperidin-3-yl]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-yl}-N-(4-cyclopropylpyridin-2-yl)benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1M NaCitrate pH 5.5, 18% PEG3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.295
9EJR Bruton's tyrosine kinase in complex with compound PTI52 提交 2024-11-28	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 382–659（278 aa）	突变：L390G, Y551E, Y617P	A1BI0 4-{4-amino-1-[(3R)-1-(cyclopropanecarbonyl)piperidin-3-yl]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-yl}-N-(4-cyclopropylpyridin-2-yl)benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1M NaCitrate pH 5.5, 18% PEG3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.295
9EJS Bruton's tyrosine kinase with mutations in the activation loop in complex with compound PTI52 提交 2024-11-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 396–659（264 aa）	突变：K430R, L542M, S543T, V555T, R562K, S564A, P565S	A1BI0 4-{4-amino-1-[(3R)-1-(cyclopropanecarbonyl)piperidin-3-yl]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-yl}-N-(4-cyclopropylpyridin-2-yl)benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 16% w/v Polyethylene glycol 8,000	分辨率 2.26 Å R-free 0.246
9EJS Bruton's tyrosine kinase with mutations in the activation loop in complex with compound PTI52 提交 2024-11-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 396–659（264 aa）	突变：K430R, L542M, S543T, V555T, R562K, S564A, P565S	A1BI0 4-{4-amino-1-[(3R)-1-(cyclopropanecarbonyl)piperidin-3-yl]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-yl}-N-(4-cyclopropylpyridin-2-yl)benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 16% w/v Polyethylene glycol 8,000	分辨率 2.26 Å R-free 0.246
9EJS Bruton's tyrosine kinase with mutations in the activation loop in complex with compound PTI52 提交 2024-11-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 396–659（264 aa）	突变：K430R, L542M, S543T, V555T, R562K, S564A, P565S	A1BI0 4-{4-amino-1-[(3R)-1-(cyclopropanecarbonyl)piperidin-3-yl]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-yl}-N-(4-cyclopropylpyridin-2-yl)benzamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 16% w/v Polyethylene glycol 8,000	分辨率 2.26 Å R-free 0.246
9EJX Bruton's tyrosine kinase with mutations in the activation loop in complex with compound PTI42 提交 2024-11-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 396–659（264 aa）	突变：K430R, L542M, S543T, V555T, R562K, S564A, P565S,Y617P	A1BI1 {(3R)-3-[4-amino-3-(4-phenoxyphenyl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-1-yl]piperidin-1-yl}(cyclopropyl)methanone × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 18% w/v Polyethylene glycol 8,000	分辨率 2.86 Å R-free 0.296
9ME2 Bruton's tyrosine kinase with mutations in the activation loop in complex with compound A110162 提交 2024-12-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 396–659（264 aa）	突变：K430R, L542M, S543T, V555T, R562K, S564A, P565S,Y617P	A1BKW 3-(4-phenoxyphenyl)-1-[(3S)-piperidin-3-yl]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 18% w/v Polyethylene glycol 8,000	分辨率 3.38 Å R-free 0.286
9ME3 Bruton's tyrosine kinase with mutations in the activation loop in complex with compound P301390 提交 2024-12-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 396–659（264 aa）	突变：K430R, L542M, S543T, V555T, R562K, S564A, P565S,Y617P	A1BJE 3-(4-phenoxyphenyl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 18% w/v Polyethylene glycol 8,000	分辨率 3.05 Å R-free 0.288
9ZLJ Crystal structure of BTK kinase domain bound to compound YS1 提交 2025-12-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 382–659（278 aa）	突变：Y617P	A1C20 N-{(1r,4r)-4-[2-(4-chlorophenoxy)acetamido]cyclohexyl}-N-[2-(4-methyl-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)ethyl]propanamide × 1 IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；15-25% PEG3350, 0.1M imidazole	分辨率 1.60 Å R-free 0.218
9ZLM Crystal structure of BTK kinase domain bound to compound YS2 提交 2025-12-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 382–659（278 aa）	突变：Y617P	A1C2Z N-[4-(3-{2-oxo-2-[3-(phenoxymethyl)azetidin-1-yl]acetamido}phenyl)oxan-4-yl]propanamide × 1 IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；15-25% PEG3350, 0.1M imidazole	分辨率 1.27 Å R-free 0.212

共 13 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BTK_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–279； UniProt 382–659 作者链 B； PDB构建体 2–279； UniProt 382–659

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ejj
沉积日期 deposition_date	2024-11-28
结构标题 title	Bruton's tyrosine kinase in complex with compound PTI55
关键词 keywords	inhibitor, kinase, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex; TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.38 Å
零角强度 I(0) i0	107684000.00
分子量 molecular_weight	55540.0 kDa
排除体积 excluded_volume	54271 Å³
包络体积 envelope_volume	88473 Å³
水化壳体积 shell_volume	29873 Å³
包络直径 envelope_diameter	82.8 Å
壳层 Rg shell_rg	31.84 Å
包络 Rg envelope_rg	24.45 Å
形状 Rg shape_rg	24.37 Å
总 Rg total_rg	25.00 Å
总原子数 total_atoms	4238
残基数 n_residues	514
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.8 Å
Rg (实空间) rg_real	25.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0770e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4950e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.06 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	107700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9026
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	78.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.254
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.431
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	26340000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.916; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.983

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tyrosine-protein kinase BTK
分子量 formula_weight	32286.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.10.2
突变 mutation	L390G, Y551E, Y617P
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4649

MKNAPSTAGGGYGSWEIDPKDLTFLKELGTGQFGVVKYGKWRGQYDVAIKMIREGSMSEDEFIEEAKVMMNLSHEKLVQLYGVCTKQRPIFIITEYMANGCLLNYLREMRHRFQTQQLLEMCKDVCEAMEYLESKQFLHRDLAARNCLVNDQGVVKVSDFGLSRYVLDDEETSSVGSKFPVRWSPPEVLMYSKFSSKSDIWAFGVLMWEIYSLGKMPYERFTNSETAEHIAQGLRLPRPHLASERVYTIMYSCWHEKADERPSFKILLSNILDVMDEES

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;4-{4-amino-1-[(3R)-1-(cyclopropanecarbonyl)piperidin-3-yl]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-yl}-N-[4-(trifluoromethoxy)pyridin-2-yl]benzamide ;
分子量 formula_weight	566.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	399

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	56.061 Å
晶胞边长 b length_b	44.660 Å
晶胞边长 c length_c	120.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.83 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.030 Å
最低分辨率 resolution_low	19.830 Å
R 因子 r_factor	0.2253
R_work r_work	0.2245
R_free r_free	0.2422

fit	/app/data/saxs_computation/ej/9ejj/9ejj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ej/9ejj/9ejj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ej/9ejj/9ejj.dat

Bruton's tyrosine kinase in complex with compound PTI55

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein kinase BTK

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction