← 返回搜索
9ejs

Bruton's tyrosine kinase with mutations in the activation loop in complex with compound PTI52

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 98.8 Å Quality: EXCELLENT
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein kinase BTK

Mus musculus

UniProt P35991

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 396–659 突变：K430R, L542M, S543T, V555T, R562K, S564A, P565S A1BI0 4-{4-amino-1-[(3R)-1-(cyclopropanecarbonyl)piperidin-3-yl]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-yl}-N-(4-cyclopropylpyridin-2-yl)benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 16% w/v Polyethylene glycol 8,000 分辨率 2.26 Å R-free 0.246
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 396–659 突变：K430R, L542M, S543T, V555T, R562K, S564A, P565S A1BI0 4-{4-amino-1-[(3R)-1-(cyclopropanecarbonyl)piperidin-3-yl]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-yl}-N-(4-cyclopropylpyridin-2-yl)benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 16% w/v Polyethylene glycol 8,000 分辨率 2.26 Å R-free 0.246
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 396–659 突变：K430R, L542M, S543T, V555T, R562K, S564A, P565S A1BI0 4-{4-amino-1-[(3R)-1-(cyclopropanecarbonyl)piperidin-3-yl]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-yl}-N-(4-cyclopropylpyridin-2-yl)benzamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 16% w/v Polyethylene glycol 8,000 分辨率 2.26 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9EJS Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4XI2 Crystal Structure of an auto-inhibited form of Bruton's Tryrosine Kinase 提交 2015-01-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 214–659（446 aa） 片段：UNP residues 214-659
未记录 AU GOLD ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；Mix purified dimer protein at 5 mg/ml in 25 mM TRIS.Cl, pH 8.5, 10 mM NaCl, 5 mM DTT with an equal volume of the precipitant solution, 100 mM TRIS.Cl, pH 8.5, 200 mM Na.acetate, 7.5 % PEG 4,000, then suspend over 1 ml of precipitant solution. Wedge shaped crystals grew to approximately 0.1 mm on a side after a period of two weeks. Crystals were frozen by first transferring them, in four sequential steps, to a solution of 100 mM TRIS.Cl, pH 8.5, 200 mM Na.acetate, 15 % PEG 4,000. This was followed by transfer in six sequential steps to a solution containing 100 mM TRIS.Cl, pH 8.5, 200 mM Na.acetate, 15 % PEG 4,000, 30% glucose
分辨率 2.60 Å R-free 0.248
8FD9 Structure of BTK kinase domain with the second-generation inhibitor acalabrutinib 提交 2022-12-02 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 396–659（264 aa）
突变：K430R, L542M S543T, V555T, R562K, S564A, P565S, Y617P XQQ 4-[(4S)-8-amino-3-{(2S)-1-[(2E)-but-2-enoyl]pyrrolidin-2-yl}imidazo[1,5-a]pyrazin-1-yl]-N-(pyridin-2-yl)benzamide × 1 BR BROMIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；277 K；20% PEG 3350, 0.1M Bis-tris propane, pH 6.5 and 0.2M sodium bromide
分辨率 1.70 Å R-free 0.228
8FF0 Structure of BTK kinase domain with the second-generation inhibitor tirabrutinib 提交 2022-12-07 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 396–659（264 aa）
突变：K430R, L542M S543T, V555T, R562K, S564A, P565S, Y617P 7GB 6-azanyl-9-[(3~{R})-1-[(~{E})-but-2-enoyl]pyrrolidin-3-yl]-7-(4-phenoxyphenyl)purin-8-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；16% PEG 8000 and 0.1M sodium citrate
分辨率 2.60 Å R-free 0.267
8GMB Crystal structure of the full-length Bruton's tyrosine kinase (PH-TH domain not visible) 提交 2023-03-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–659（659 aa）
突变：E298A, K300A, E301A, A384P, S386P, T387P, A388P, L390F, K430R, L542M S543T, V555T, R562K, S564A, P565S, Y617P 9AJ 2-[3'-(hydroxymethyl)-1-methyl-5-({5-[(2S)-2-methyl-4-(oxetan-3-yl)piperazin-1-yl]pyridin-2-yl}amino)-6-oxo[1,6-dihydro[3,4'-bipyridine]]-2'-yl]-7,7-dimethyl-3,4,7,8-tetrahydro-2H-cyclopenta[4,5]pyrrolo[1,2-a]pyrazin-1(6H)-one × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；277.15 K；20% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris Propane, 0.2M potassium thiocyanate
分辨率 3.40 Å R-free 0.289
8S93 Crystal structure of the PH-TH/kinase complex of Bruton's tyrosine kinase 提交 2023-03-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–171（171 aa） 片段：PHTH domain residues 1-171 and Kinase domain residues 396-659
链 A 396–659（264 aa） 片段：PHTH domain residues 1-171 and Kinase domain residues 396-659
突变：Q91A, I92A, I94A, I95A, K430R, L542M S543T, V555T, R562K, S564A, P565S, Y617P 突变：Q91A, I92A, I94A, I95A, K430R, L542M S543T, V555T, R562K, S564A, P565S, Y617P 9AJ 2-[3'-(hydroxymethyl)-1-methyl-5-({5-[(2S)-2-methyl-4-(oxetan-3-yl)piperazin-1-yl]pyridin-2-yl}amino)-6-oxo[1,6-dihydro[3,4'-bipyridine]]-2'-yl]-7,7-dimethyl-3,4,7,8-tetrahydro-2H-cyclopenta[4,5]pyrrolo[1,2-a]pyrazin-1(6H)-one × 1 ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；277 K；20%PEG3350, 0.1M Bis-Tris, pH5.6, 0.2M magnesium chloride
分辨率 2.10 Å R-free 0.246
8S9F Crystal structure of the kinase domain of Bruton's Tyrosine Kinase bound to dasatinib 提交 2023-03-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 382–659（278 aa）
链 B 382–659（278 aa）
突变：L390G, Y551E, Y617P 突变：L390G, Y551E, Y617P 1N1 N-(2-CHLORO-6-METHYLPHENYL)-2-({6-[4-(2-HYDROXYETHYL)PIPERAZIN-1-YL]-2-METHYLPYRIMIDIN-4-YL}AMINO)-1,3-THIAZOLE-5-CARBOXAMIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；42% PEG200, 0.1M HEPES
分辨率 2.60 Å R-free 0.284
9EJJ Bruton's tyrosine kinase in complex with compound PTI55 提交 2024-11-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 382–659（278 aa）
突变：L390G, Y551E, Y617P A1BIZ 4-{4-amino-1-[(3R)-1-(cyclopropanecarbonyl)piperidin-3-yl]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-yl}-N-[4-(trifluoromethoxy)pyridin-2-yl]benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1M NaCitrate pH 5.5, 18% PEG3350
分辨率 2.03 Å R-free 0.242
9EJJ Bruton's tyrosine kinase in complex with compound PTI55 提交 2024-11-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 382–659（278 aa）
突变：L390G, Y551E, Y617P A1BIZ 4-{4-amino-1-[(3R)-1-(cyclopropanecarbonyl)piperidin-3-yl]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-yl}-N-[4-(trifluoromethoxy)pyridin-2-yl]benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1M NaCitrate pH 5.5, 18% PEG3350
分辨率 2.03 Å R-free 0.242
9EJR Bruton's tyrosine kinase in complex with compound PTI52 提交 2024-11-28 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 382–659（278 aa）
突变：L390G, Y551E, Y617P A1BI0 4-{4-amino-1-[(3R)-1-(cyclopropanecarbonyl)piperidin-3-yl]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-yl}-N-(4-cyclopropylpyridin-2-yl)benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1M NaCitrate pH 5.5, 18% PEG3350
分辨率 2.10 Å R-free 0.295
9EJR Bruton's tyrosine kinase in complex with compound PTI52 提交 2024-11-28 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 382–659（278 aa）
突变：L390G, Y551E, Y617P A1BI0 4-{4-amino-1-[(3R)-1-(cyclopropanecarbonyl)piperidin-3-yl]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-yl}-N-(4-cyclopropylpyridin-2-yl)benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1M NaCitrate pH 5.5, 18% PEG3350
分辨率 2.10 Å R-free 0.295
9EJX Bruton's tyrosine kinase with mutations in the activation loop in complex with compound PTI42 提交 2024-11-29 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 396–659（264 aa）
突变：K430R, L542M, S543T, V555T, R562K, S564A, P565S,Y617P A1BI1 {(3R)-3-[4-amino-3-(4-phenoxyphenyl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-1-yl]piperidin-1-yl}(cyclopropyl)methanone × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 18% w/v Polyethylene glycol 8,000
分辨率 2.86 Å R-free 0.296
9ME2 Bruton's tyrosine kinase with mutations in the activation loop in complex with compound A110162 提交 2024-12-05 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 396–659（264 aa）
突变：K430R, L542M, S543T, V555T, R562K, S564A, P565S,Y617P A1BKW 3-(4-phenoxyphenyl)-1-[(3S)-piperidin-3-yl]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 18% w/v Polyethylene glycol 8,000
分辨率 3.38 Å R-free 0.286
9ME3 Bruton's tyrosine kinase with mutations in the activation loop in complex with compound P301390 提交 2024-12-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 396–659（264 aa）
突变：K430R, L542M, S543T, V555T, R562K, S564A, P565S,Y617P A1BJE 3-(4-phenoxyphenyl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 18% w/v Polyethylene glycol 8,000
分辨率 3.05 Å R-free 0.288
9ZLJ Crystal structure of BTK kinase domain bound to compound YS1 提交 2025-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 382–659（278 aa）
突变：Y617P A1C20 N-{(1r,4r)-4-[2-(4-chlorophenoxy)acetamido]cyclohexyl}-N-[2-(4-methyl-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)ethyl]propanamide × 1 IMD IMIDAZOLE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；15-25% PEG3350, 0.1M imidazole
分辨率 1.60 Å R-free 0.218
9ZLM Crystal structure of BTK kinase domain bound to compound YS2 提交 2025-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 382–659（278 aa）
突变：Y617P A1C2Z N-[4-(3-{2-oxo-2-[3-(phenoxymethyl)azetidin-1-yl]acetamido}phenyl)oxan-4-yl]propanamide × 1 IMD IMIDAZOLE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；15-25% PEG3350, 0.1M imidazole
分辨率 1.27 Å R-free 0.212

共 13 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BTK_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–265； UniProt 396–659 作者链 B； PDB构建体 2–265； UniProt 396–659 作者链 C； PDB构建体 2–265； UniProt 396–659

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9ejs

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9ejs
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9ejs
沉积日期 deposition_date2024-11-28
结构标题 titleBruton's tyrosine kinase with mutations in the activation loop in complex with compound PTI52
关键词 keywordsinhibitor, kinase, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex; TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.50 Å
零角强度 I(0) i0133303000.00
分子量 molecular_weight92747.0 kDa
排除体积 excluded_volume116320 ų
包络体积 envelope_volume143890 ų
水化壳体积 shell_volume39160 ų
包络直径 envelope_diameter101.2 Å
壳层 Rg shell_rg37.66 Å
包络 Rg envelope_rg30.08 Å
形状 Rg shape_rg30.47 Å
总 Rg total_rg31.25 Å
总原子数 total_atoms12840
残基数 n_residues793
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax98.8 Å
Rg (实空间) rg_real31.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.72 Å
I(0) (实空间) i0_real1.3330e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0310e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal133300000.0000
解质量估计 total_estimate0.9081
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks0
主峰位置 r_peak_primary— Å
偏度 Skewness skewness0.171
峰度 Kurtosis kurtosis-0.623
角度范围 angular_range— – 0.2550 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha64180000.0000
实空间数据点数 n_real_points52
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.947; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.963
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)