9f0h

cryo-EM structure of carboxysomal mini-shell icosahedral assembly from co-expression of CsoS1C, CsoS4A, and CsoS2-C (T = 9)

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 108.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9f0h
沉积日期 deposition_date	2024-04-16
最后修订 last_revision	2024-12-11
结构标题 title	cryo-EM structure of carboxysomal mini-shell icosahedral assembly from co-expression of CsoS1C, CsoS4A, and CsoS2-C (T = 9)
关键词 keywords	Carboxysome, mini-shell, Halothiobacillus neopolitanus, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.12 Å
零角强度 I(0) i0	147473000.00
分子量 molecular_weight	95489.0 kDa
排除体积 excluded_volume	119130 Å³
包络体积 envelope_volume	149730 Å³
水化壳体积 shell_volume	38282 Å³
包络直径 envelope_diameter	117.1 Å
壳层 Rg shell_rg	39.33 Å
包络 Rg envelope_rg	33.28 Å
形状 Rg shape_rg	33.11 Å
总 Rg total_rg	33.60 Å
总原子数 total_atoms	6691
残基数 n_residues	932
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	108.0 Å
Rg (实空间) rg_real	33.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.98 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4750e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5080e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	147500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8947
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.333
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.530
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	36770000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.929; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.942; Smooth: 0.899

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Carboxysome shell vertex protein CsoS4A
分子量 formula_weight	8900.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4
原子数 atom_count	6848

MKIMQVEKTLVSTNRIADMGHKPLLVVWEKPGAPRQVAVDAIGCIPGDWVLCVGSSAAREAAGSKSYPSDLTIIGIIDQWNGE

来源 Source

来源生物 organism	Halothiobacillus neapolitanus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	927
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BW25113

Entity 2 polymer

描述 description	Carboxysome shell protein CsoS1C
分子量 formula_weight	9930.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,H,J

MAAVTGIALGMIETRGLVPAIEAADAMTKAAEVRLVGRQFVGGGYVTVLVRGETGAVNAAVRAGADACERVGDGLVAAHIIARVHSEVENILPKAPEA

来源 Source

来源生物 organism	Halothiobacillus neapolitanus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	927
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BW25113

Entity 3 polymer

描述 description	Carboxysome assembly protein CsoS2B
分子量 formula_weight	29358.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X,Z

MPFCTSTPEPEAQSTEQSLTCEGQIISGTSVDASDLVTGNEIGEQQLISGDAYVGAQQTGCLPTSPRFNQTGNVQSMGFKNTNQPEQNFAPGEVMPTDFSIQTPARSAQNRITGNDIAPSGRITGPGMLATGLITGTPEFRHAARELVGSPQPMAMAMANRNKAAQAPVVQPEVVATQEKPELVCAPRSDQMDRVSGEGKERCHITGDDWSVNKHITGTAGQWASGRNPSMRGNARVVETSAFANRNVPKPEKPGSKITGSSGNDTQGSLITYSGGARG

来源 Source

来源生物 organism	Halothiobacillus neapolitanus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	927
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BW25113

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	157

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	131477

fit	/app/data/saxs_computation/f0/9f0h/9f0h.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f0/9f0h/9f0h.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f0/9f0h/9f0h.dat

cryo-EM structure of carboxysomal mini-shell icosahedral assembly from co-expression of CsoS1C, CsoS4A, and CsoS2-C (T = 9)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)