SAXSdb — 9f6k

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase epsilon catalytic subunit A

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–1200	未记录	DNA nascent strand × 1 DNA template strand × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9F6K	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5VBN Crystal Structure of human DNA polymerase epsilon B-subunit in complex with C-terminal domain of catalytic subunit 提交 2017-03-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2142–2286（145 aa）片段：UNP residues 2142-2286	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；50 mM sodium citrate, pH5.6, 0.70 M ammonium sulfate and 2 mM TCEP	分辨率 2.35 Å R-free 0.264
5VBN Crystal Structure of human DNA polymerase epsilon B-subunit in complex with C-terminal domain of catalytic subunit 提交 2017-03-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 2142–2286（145 aa）片段：UNP residues 2142-2286	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；50 mM sodium citrate, pH5.6, 0.70 M ammonium sulfate and 2 mM TCEP	分辨率 2.35 Å R-free 0.264
7PFO Core human replisome 提交 2021-08-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric	链 B 1–2286（2286 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 3 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 SO4 SULFATE ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7PLO H. sapiens replisome-CUL2/LRR1 complex 提交 2021-09-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric	链 B 1–2286（2286 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 3 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 SO4 SULFATE ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9B8S Human polymerase epsilon bound to PCNA and DNA in the nucleotide exchange state 提交 2024-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–2286（2286 aa）	突变：D275A, E277A	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.01 Å
9F6D Human DNA polymerase epsilon bound to DNA and PCNA (open conformation) 提交 2024-05-01	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–1200（1200 aa）	突变：D275A E277A	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 DDS 2',3'-dideoxyadenosine triphosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9F6E Human DNA polymerase epsilon bound to DNA and PCNA (ajar conformation) 提交 2024-05-01	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–1200（1200 aa）	突变：D275A E277A	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 DDS 2',3'-dideoxyadenosine triphosphate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.74 Å
9F6F Human DNA polymerase epsilon bound to DNA and PCNA (closed conformation) 提交 2024-05-01	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–1200（1200 aa）	突变：D275A E277A	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 DDS 2',3'-dideoxyadenosine triphosphate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.75 Å
9F6I Human DNA Polymerase epsilon bound to T-C mismatched DNA (Post-Insertion state) 提交 2024-05-01	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1200（1200 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 DDS 2',3'-dideoxyadenosine triphosphate × 1 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9F6J Human DNA Polymerase epsilon bound to T-C mismatched DNA (Polymerase Arrest state) 提交 2024-05-01	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1200（1200 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
9F6L Human DNA Polymerase epsilon bound to T-C mismatched DNA (Mismatch Excision state) 提交 2024-05-01	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1200（1200 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
9NE6 Human polymerase epsilon bound to PCNA and DNA with an in-situ-generated mismatch in the mismatch-editing state 提交 2025-02-19	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–1200（1200 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.11 Å
9NE7 Human polymerase epsilon bound to PCNA and DNA with an in-situ-generated mismatch in the Pol-backtracking state 提交 2025-02-19	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–1200（1200 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.53 Å
9NE8 Human polymerase epsilon bound to PCNA and DNA with an in-situ-generated mismatch in the mismatch-locking state 提交 2025-02-19	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–1200（1200 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9NE9 Human polymerase epsilon bound to PCNA and DNA with a pre-existing mismatch in the blocked conformation I 提交 2025-02-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 27–1198（1172 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.88 Å
9NEA Human polymerase epsilon bound to PCNA and DNA with a pre-existing mismatch in the blocked conformation II 提交 2025-02-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–2286（2286 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.81 Å
9SRI Human DNA polymerase epsilon bound to DNA blunt end 提交 2025-09-24	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–1200（1200 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

共 16 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPOE1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1200； UniProt 1–1200

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9f6k
沉积日期 deposition_date	2024-05-01
结构标题 title	Human DNA Polymerase epsilon bound to T-C mismatched DNA (Frayed Substrate state)
关键词 keywords	DNA, polymerase, epsilon, PCNA, leading strand, human, replication, replisome, proofreading; REPLICATION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.23 Å
零角强度 I(0) i0	310542000.00
分子量 molecular_weight	137560.0 kDa
排除体积 excluded_volume	170370 Å³
包络体积 envelope_volume	250460 Å³
水化壳体积 shell_volume	57756 Å³
包络直径 envelope_diameter	111.6 Å
壳层 Rg shell_rg	43.27 Å
包络 Rg envelope_rg	34.23 Å
形状 Rg shape_rg	35.23 Å
总 Rg total_rg	35.84 Å
总原子数 total_atoms	9637
残基数 n_residues	1144
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	108.2 Å
Rg (实空间) rg_real	35.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1050e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6450e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	310600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9031
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	49.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.019
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.560
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	40770000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.941; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.946

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
分子量 formula_weight	138239.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7,3.1.11.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9637

MSLRSGGRRRADPGADGEASRDDGATSSVSALKRLERSQWTDKMDLRFGFERLKEPGEKTGWLINMHPTEILDEDKRLGSAVDYYFIQDDGSRFKVALPYKPYFYIATRKGCEREVSSFLSKKFQGKIAKVETVPKEDLDLPNHLVGLKRNYIRLSFHTVEDLVKVRKEISPAVKKNREQDHASDAYTALLSSVLQRGGVITDEEETSKKIADQLDNIVDMREYDVPYHIRLSIDLKIHVAHWYNVRYRGNAFPVEITRRDDLVERPDPVVLAFDIETTKLPLKFPDAETDQIMMISYMIDGQGYLITNREIVSEDIEDFEFTPKPEYEGPFCVFNEPDEAHLIQRWFEHVQETKPTIMVTYNGDFFDWPFVEARAAVHGLSMQQEIGFQKDSQGEYKAPQCIHMDCLRWVKRDSYLPVGSHNLKAAAKAKLGYDPVELDPEDMCRMATEQPQTLATYSVSDAVATYYLYMKYVHPFIFALCTIIPMEPDEVLRKGSGTLCEALLMVQAFHANIIFPNKQEQEFNKLTDDGHVLDSETYVGGHVEALESGVFRSDIPCRFRMNPAAFDFLLQRVEKTLRHALEEEEKVPVEQVTNFEEVCDEIKSKLASLKDVPSRIECPLIYHLDVGAMYPNIILTNRLQPSAMVDEATCAACDFNKPGANCQRKMAWQWRGEFMPASRSEYHRIQHQLESEKFPPLFPEGPARAFHELSREEQAKYEKRRLADYCRKAYKKIHITKVEERLTTICQRENSFYVDTVRAFRDRRYEFKGLHKVWKKKLSAAVEVGDAAEVKRCKNMEVLYDSLQLAHKCILNSFYGYVMRKGARWYSMEMAGIVCFTGANIITQARELIEQIGRPLELDTDGIWCVLPNSFPENFVFKTTNVKKPKVTISYPGAMLNIMVKEGFTNDQYQELAEPSSLTYVTRSENSIFFEVDGPYLAMILPASKEEGKKLKKRYAVFNEDGSLAELKGFEVKRRGELQLIKIFQSSVFEAFLKGSTLEEVYGSVAKVADYWLDVLYSKAANMPDSELFELISENRSMSRKLEDYGEQKSTSISTAKRLAEFLGDQMVKDAGLSCRYIISRKPEGSPVTERAIPLAIFQAEPTVRKHFLRKWLKSSSLQDFDIRAILDWDYYIERLGSAIQKIITIPAALQQVKNPVPRVKHPDWLHKKLLEKNDVYKQKKISELFTLEGRRQVTMAEA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA nascent strand
分子量 formula_weight	9489.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	P

TTTTTTTTATCTGAAGTTCGAATCCTGGATC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA template strand
分子量 formula_weight	9458.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

TTTTTTTTATCCAGGATTCGAACTTCAGATC

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	4.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	43921

fit	/app/data/saxs_computation/f6/9f6k/9f6k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f6/9f6k/9f6k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f6/9f6k/9f6k.dat

Human DNA Polymerase epsilon bound to T-C mismatched DNA (Frayed Substrate state)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase epsilon catalytic subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)