SAXSdb — 9f6f

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9f6f
沉积日期 deposition_date	2024-05-01
结构标题 title	Human DNA polymerase epsilon bound to DNA and PCNA (closed conformation)
关键词 keywords	DNA, polymerase, epsilon, PCNA, leading strand, human, replication, replisome, proofreading; REPLICATION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.18 Å
零角强度 I(0) i0	887333000.00
分子量 molecular_weight	234470.0 kDa
排除体积 excluded_volume	288870 Å³
包络体积 envelope_volume	433690 Å³
水化壳体积 shell_volume	81562 Å³
包络直径 envelope_diameter	140.7 Å
壳层 Rg shell_rg	50.36 Å
包络 Rg envelope_rg	41.78 Å
形状 Rg shape_rg	43.19 Å
总 Rg total_rg	43.46 Å
总原子数 total_atoms	16376
残基数 n_residues	1969
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	135.8 Å
Rg (实空间) rg_real	43.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.89 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.8730e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5910e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	887500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8943
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	52.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.181
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.517
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	136200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.935; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.836

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
分子量 formula_weight	138137.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7,3.1.11.-
突变 mutation	D275A E277A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	16376

MSLRSGGRRRADPGADGEASRDDGATSSVSALKRLERSQWTDKMDLRFGFERLKEPGEKTGWLINMHPTEILDEDKRLGSAVDYYFIQDDGSRFKVALPYKPYFYIATRKGCEREVSSFLSKKFQGKIAKVETVPKEDLDLPNHLVGLKRNYIRLSFHTVEDLVKVRKEISPAVKKNREQDHASDAYTALLSSVLQRGGVITDEEETSKKIADQLDNIVDMREYDVPYHIRLSIDLKIHVAHWYNVRYRGNAFPVEITRRDDLVERPDPVVLAFAIATTKLPLKFPDAETDQIMMISYMIDGQGYLITNREIVSEDIEDFEFTPKPEYEGPFCVFNEPDEAHLIQRWFEHVQETKPTIMVTYNGDFFDWPFVEARAAVHGLSMQQEIGFQKDSQGEYKAPQCIHMDCLRWVKRDSYLPVGSHNLKAAAKAKLGYDPVELDPEDMCRMATEQPQTLATYSVSDAVATYYLYMKYVHPFIFALCTIIPMEPDEVLRKGSGTLCEALLMVQAFHANIIFPNKQEQEFNKLTDDGHVLDSETYVGGHVEALESGVFRSDIPCRFRMNPAAFDFLLQRVEKTLRHALEEEEKVPVEQVTNFEEVCDEIKSKLASLKDVPSRIECPLIYHLDVGAMYPNIILTNRLQPSAMVDEATCAACDFNKPGANCQRKMAWQWRGEFMPASRSEYHRIQHQLESEKFPPLFPEGPARAFHELSREEQAKYEKRRLADYCRKAYKKIHITKVEERLTTICQRENSFYVDTVRAFRDRRYEFKGLHKVWKKKLSAAVEVGDAAEVKRCKNMEVLYDSLQLAHKCILNSFYGYVMRKGARWYSMEMAGIVCFTGANIITQARELIEQIGRPLELDTDGIWCVLPNSFPENFVFKTTNVKKPKVTISYPGAMLNIMVKEGFTNDQYQELAEPSSLTYVTRSENSIFFEVDGPYLAMILPASKEEGKKLKKRYAVFNEDGSLAELKGFEVKRRGELQLIKIFQSSVFEAFLKGSTLEEVYGSVAKVADYWLDVLYSKAANMPDSELFELISENRSMSRKLEDYGEQKSTSISTAKRLAEFLGDQMVKDAGLSCRYIISRKPEGSPVTERAIPLAIFQAEPTVRKHFLRKWLKSSSLQDFDIRAILDWDYYIERLGSAIQKIITIPAALQQVKNPVPRVKHPDWLHKKLLEKNDVYKQKKISELFTLEGRRQVTMAEA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	Proliferating cell nuclear antigen
分子量 formula_weight	28795.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,D

MFEARLVQGSILKKVLEALKDLINEACWDISSSGVNLQSMDSSHVSLVQLTLRSEGFDTYRCDRNLAMGVNLTSMSKILKCAGNEDIITLRAEDNADTLALVFEAPNQEKVSDYEMKLMDLDVEQLGIPEQEYSCVVKMPSGEFARICRDLSHIGDAVVISCAKDGVKFSASGELGNGNIKLSQTSNVDKEEEAVTIEMNEPVQLTFALRYLNFFTKATPLSSTVTLSMSADVPLVVEYKIADMGHLKYYLAPKIEDEEGS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	DNA nascent strand
分子量 formula_weight	7074.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	P

CCTTCCACTTCCCAACCCTCACCA

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	synthetic construct

Entity 4 polymer

描述 description	DNA template strand
分子量 formula_weight	12033.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

AAGGCTGAACGAATTGGTGAGGGTTGGGAAGTGGAAGG

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	synthetic construct

Entity 5 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	;2',3'-dideoxyadenosine triphosphate ;
分子量 formula_weight	475.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.75 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	92356

fit	/app/data/saxs_computation/f6/9f6f/9f6f.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f6/9f6f/9f6f.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f6/9f6f/9f6f.dat

Human DNA polymerase epsilon bound to DNA and PCNA (closed conformation)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)