9gbi

Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana PSI-LHCI wild-type

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 171.1 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gbi
沉积日期 deposition_date	2024-07-31
结构标题 title	Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana PSI-LHCI wild-type
关键词 keywords	PSI-LHCI, Arabidopsis thaliana, light harvesting, far-red absorption, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	53.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	52.28 Å
零角强度 I(0) i0	2175360000.00
分子量 molecular_weight	504990.0 kDa
排除体积 excluded_volume	673340 Å³
包络体积 envelope_volume	853230 Å³
水化壳体积 shell_volume	128500 Å³
包络直径 envelope_diameter	176.8 Å
壳层 Rg shell_rg	60.18 Å
包络 Rg envelope_rg	52.13 Å
形状 Rg shape_rg	52.31 Å
总 Rg total_rg	52.40 Å
总原子数 total_atoms	36064
残基数 n_residues	3230
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	171.1 Å
Rg (实空间) rg_real	52.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.04 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1750e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0920e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	53.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2176000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6445
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	62.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.217
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.372
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	231000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.873; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.007; Positv: 1.000; Valcen: 0.954; Smooth: 0.779

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (28)

Entity 1 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic
分子量 formula_weight	22522.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	36064

AGNVGRIRMAAHWMPGEPRPAYLDGSAPGDFGFDPLGLGEVPANLERYKESELIHCRWAMLAVPGILVPEALGYGNWVKAQEWAALPGGQATYLGNPVPWGTLPTILAIEFLAIAFVEHQRSMEKDPEKKKYPGGAFDPLGYSKDPKKLEELKVKEIKNGRLALLAFVGFCVQQSAYPGTGPLENLATHLADPWHNNIGDIVIPFN

Entity 2 polymer

描述 description	Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 2, chloroplastic
分子量 formula_weight	23448.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

RAVAADPDRPIWFPGSTPPEWLDGSLPGDFGFDPLGLSSDPDSLKWNVQAEIVHCRWAMLGAAGIFIPEFLTKIGILNTPSWYTAGEQEYFTDKTTLFVVELILIGWAEGRRWADIIKPGSVNTDPVFPNNKLTGTDVGYPGGLWFDPLGWGSGSPAKLKELRTKEIKNGRLAMLAVMGAWFQHIYTGTGPIDNLFAHLADPGHATIFAAFTPK

Entity 3 polymer

描述 description	Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 3-1, chloroplastic
分子量 formula_weight	25234.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

KAAATPPVKQGANRPLWFASSQSLSYLDGSLPGDYGFDPLGLSDPEGTGGFIEPRWLAYGEIINGRFAMLGAAGAIAPEILGKAGLIPAETALPWFQTGVIPPAGTYTYWADNYTLFVLEMALMGFAEHRRLQDWYNPGSMGKQYFLGLEKGLAGSGNPAYPGGPFFNPLGFGKDEKSLKELKLKEVKNGRLAMLAILGYFIQGLVTGVGPYQNLLDHLADPVNNNVLTSLKFH

Entity 4 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein 4, chloroplastic
分子量 formula_weight	22274.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4

KKGEWLPGLASPDYLTGSLAGDNGFDPLGLAEDPENLKWFVQAELVNGRWAMLGVAGMLLPEVFTKIGIINVPEWYDAGKEQYFASSSTLFVIEFILFHYVEIRRWQDIKNPGSVNQDPIFKQYSLPKGEVGYPGGIFNPLNFAPTQEAKEKELANGRLAMLAFLGFVVQHNVTGKGPFENLLQHLSDPWHNTIVQTFN

Entity 5 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
分子量 formula_weight	83180.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MIIRSPEPEVKILVDRDPIKTSFEEWAKPGHFSRTIAKGPDTTTWIWNLHADAHDFDSHTSDLEEISRKVFSAHFGQLSIIFLWLSGMYFHGARFSNYEAWLSDPTHIGPSAQVVWSIVGQEILNGDVGGGFRGIQITSGFFQIWRASGITSELQLYCTAIGGLVFAALMLFAGWFHYHKAAPKLAWFQDVESMLNHHLAGLLGLGSLSWAGHQVHVSLPINQFLNAGVDPKEIPLPHEFILNRDLLAQLYPSFAEGATPFFTLNWSKYAEFLTFRGGLDPVTGGLWLTDIAHHHLAIAILFLIAGHMYRTNWGIGHGIKDILEAHKGPFTGQGHKGLYEILTTSWHAQLSINLAMLGSLTIVVAHHMYSMPPYPYLATDYGTQLSLFTHHMWIGGFLIVGAAAHAAIFMVRDYDPTTRYNDLLDRVLRHRDAIISHLNWVCIFLGFHSFGLYIHNDTMSALGRPQDMFSDTAIQLQPVFAQWIQNTHALAPGTTAPGATTSTSLTWGGGDLVAVGGKVALLPIPLGTADFLVHHIHAFTIHVTVLILLKGVLFARSSRLIPDKANLGFRFPCDGPGRGGTCQVSAWDHVFLGLFWMYNAISVVIFHFSWKMQSDVWGSISDQGVVTHITGGNFAQSSITINGWLRDFLWAQASQVIQSYGSSLSAYGLFFLGAHFVWAFSLMFLFSGRGYWQELIESIVWAHNKLKVAPATQPRALSIVQGRAVGVTHYLLGGIATTWAFFLARIIAVG

Entity 6 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
分子量 formula_weight	82448.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MALRFPRFSQGLAQDPTTRRIWFGIATAHDFENHDDITEERLYQNIFASHFGQLAIIFLWTSGNLFHVAWQGNFEAWVQDPLHVRPIAHAIWDPHFGQPAVEAFTRGGALGPVNIAYSGVYQWWYTIGLRTNGDLYTGALFLLFLSAISLIAGWLHLQPKWKPSVSWFKNAESRLNHHLSGLFGVSSLAWTGHLVHVAIPGSRGEYVRWNNFLGVLPHPQGLGPLFTGQWNLYAQNPDSSSHLFGTSQGTGTAILTLLGGFHPQTQSLWLTDIAHHHLAIAILFLVAGHMYRTNFGIGHSIKDLLEAHIPPGGRLGRGHRGLYDTINNSIHFQLGLALASLGVITSLVAQHMYSLPAYAFIAQDFTTQAALYTHHQYIAGFIMTGAFAHGAIFFIRDYNPEQNEDNVLARMLDHKEAIISHLSWASLFLGFHTLGLYVHNDVMLAFGTPEKQILIEPIFAQWIQSAHGKTSYGFDVLLSSTNSPAFNAGRSIWLPGWLNAINENSNSLFLTIGPGDFLVHHAIALGLHTTTLILVKGALDARGSKLMPDKKDFGYSFPCDGPGRGGTCDISAWDAFYLAVFWMLNTIGWVTFYWHWKHITLWQGNVSQFNESSTYLMGWLRDYLWLNSSQLINGYNPFGMNSLSVWAWMFLFGHLVWATGFMFLISWRGYWQELIETLAWAHERTPLANLIRWRDKPVALSIVQARLVGLAHFSVGYIFTYAAFLIASTSGKFG

Entity 7 polymer

描述 description	Photosystem I iron-sulfur center
分子量 formula_weight	9049.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSHSVKIYDTCIGCTQCVRACPTDVLEMIPWDGCKAKQIASAPRTEDCVGCKRCESACPTDFLSVRVYLWHETTRSMGLAY

Entity 8 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit II-2, chloroplastic
分子量 formula_weight	17684.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

EKTESSSAAPAVKEAPVGFTPPQLDPNTPSPIFAGSTGGLLRKAQVEEFYVITWNSPKEQIFEMPTGGAAIMREGPNLLKLARKEQCLALGTRLRSKYKITYQFYRVFPNGEVQYLHPKDGVYPEKANPGREGVGLNMRSIGKNVSPIEVKFTGKQSYDL

Entity 9 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IV B, chloroplastic
分子量 formula_weight	10561.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

AAEDTPPATASSDSSSTTAAAAPAKVPAAKAKPPPIGPKRGSKVKILRKESYWYKNVGSVVAVDQDPKTRYPVVVRFAKVNYANISTNNYALDEVEEVK

Entity 10 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
分子量 formula_weight	17319.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

DISGLTPCKDSKQFAKREKQQIKKLESSLKLYAPESAPALALNAQIEKTKRRFDNYGKYGLLCGSDGLPHLIVNGDQRHWGEFITPGILFLYIAGWIGWVGRSYLIAISGEKKPAMKEIIIDVPLASRIIFRGFIWPVAAYREFLNGDLIAKDV

Entity 11 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic
分子量 formula_weight	11000.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

ELSPSIVISLSTGLSLFLGRFVFFNFQRENVAKQGLPEQNGKTHFEAGDDRAKEYVSLLKSNDPIGFNIVDVLAWGSIGHIVAYYILATSSNGYDPSFFG

Entity 12 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit VI-1, chloroplastic
分子量 formula_weight	10366.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

KYGDKSVYFDLEDLGNTTGQWDVYGSDAPSPYNPLQSKFFETFAAPFTKRGLLLKFLILGGGSLLTYVSATSTGEVLPIKRGPQEPPKLGPRGKL

Entity 13 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit VIII
分子量 formula_weight	4137.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MTTFNNLPSIFVPLVGLVFPAIAMASLFLHIQKNKIF

Entity 14 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IX
分子量 formula_weight	5022.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MRDLKTYLSVAPVISTLWFAALAGLLIEINRLFPDALIFPFFSF

Entity 15 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic
分子量 formula_weight	17982.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

AVKSDKTTFQVVQPINGDPFIGSLETPVTSSPLIAWYLSNLPGYRTAVNPLLRGVEVGLAHGFFLVGPFVKAGPLRNTAYAGSAGSLAAAGLVVILSMCLTIYGISSFKEGEPSIAPSLTLTGRKKQPDQLQTADGWAKFTGGFFFGGISGVTWAYFLLYVLDLPYFVK

Entity 16 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic
分子量 formula_weight	8468.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

DFIGSSTNLIMVTSTTLMLFAGRFGLAPSANRKATAGLRLEARDSGLQTGDPAGFTLADTLACGTVGHIIGVGVVLGLKNIGAI

Entity 17 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit N, chloroplastic
分子量 formula_weight	9720.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

GVIDEYLERSKTNKELNDKKRLATSGANFARAFTVQFGSCKFPENFTGCQDLAKQKKVPFISEDIALECEGKDKYKCGSNVFWKW

Entity 18 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL B
分子量 formula_weight	907.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 19 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	143

Entity 20 non-polymer

描述 description	(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
分子量 formula_weight	568.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 21 non-polymer

描述 description	;(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL ;
分子量 formula_weight	600.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 22 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 23 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	28

Entity 24 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 25 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 26 non-polymer

描述 description	PHYLLOQUINONE
分子量 formula_weight	450.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 27 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 28 non-polymer

描述 description	DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.13 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	54155

fit	/app/data/saxs_computation/gb/9gbi/9gbi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gb/9gbi/9gbi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gb/9gbi/9gbi.dat

Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana PSI-LHCI wild-type

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (28)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

Entity 15 polymer

聚合体 Polymer

Entity 16 polymer

聚合体 Polymer

Entity 17 polymer

聚合体 Polymer

Entity 18 non-polymer

Entity 19 non-polymer

Entity 20 non-polymer

Entity 21 non-polymer

Entity 22 non-polymer

Entity 23 non-polymer

Entity 24 non-polymer

Entity 25 non-polymer

Entity 26 non-polymer

Entity 27 non-polymer

Entity 28 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)