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9gd7

DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to DNA polymerase Lambda and DNA ligase 4/XRCC4

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 239.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA ligase 4

Homo sapiens

UniProt P49917

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物数一致 链 E； UniProt 1–911 未记录 X-ray repair cross-complementing protein 5 × 1 （P13010） Protein PAXX × 1 （Q9BUH6） DNA repair protein XRCC4 × 2 （Q13426） DNA-dependent protein kinase catalytic subunit × 1 （P78527） X-ray repair cross-complementing protein 6 × 1 （P12956） DNA × 1 DNA × 1 DNA polymerase lambda × 1 （Q9UGP5） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.25 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9GD7 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1IK9 CRYSTAL STRUCTURE OF A XRCC4-DNA LIGASE IV COMPLEX 提交 2001-05-03 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 748–784（37 aa） 片段：LINKER CONNECTING BRCT DOMAINS, RESIDUES 748-784
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；PEG6000, MES, xylitol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.30 Å R-free 0.266
2E2W Solution structure of the first BRCT domain of human DNA ligase IV 提交 2006-11-17 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 654–759（106 aa） 片段：BRCT domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成 1.23mM uniformly 13C and 15N labelled protein; 20mM TrisHCl, 100mM NaCl, 1mM DTT, 0.02% NaN3, 10% D2O, 90% H2O | 10% D2O, 90% H2O
分辨率未提供
3II6 Structure of human Xrcc4 in complex with the tandem BRCT domains of DNA LigaseIV. 提交 2009-07-31 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 X 654–911（258 aa） 片段：C-Terminal tandem BRCT domains, residues 654-911
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；100mM Sodium/Potassium phosphate, 15% PEG 8000 MME, 200mM Sodium chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.280
3II6 Structure of human Xrcc4 in complex with the tandem BRCT domains of DNA LigaseIV. 提交 2009-07-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 Y 654–911（258 aa） 片段：C-Terminal tandem BRCT domains, residues 654-911
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；100mM Sodium/Potassium phosphate, 15% PEG 8000 MME, 200mM Sodium chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.280
3VNN Crystal Structure of a sub-domain of the nucleotidyltransferase (adenylation) domain of human DNA ligase IV 提交 2012-01-17 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 268–406（139 aa） 片段：A sub-domain of the nucleotidyltransferase (adenylation) domain, UNP residues 268-405
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；7.5% PEG 6000, 100mM MES, 0.01mg/ml papain, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.90 Å R-free 0.305
3W1B Crystal Structure of Human DNA ligase IV-Artemis Complex (Mercury Derivative) 提交 2012-11-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–609（609 aa） 片段：Catalytic region, UNP residues 1-609
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 10 HG MERCURY (II) ION × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；2M ammonium sulfate, 10mM YCl, 100mM MES, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.40 Å R-free 0.225
3W1G Crystal Structure of Human DNA ligase IV-Artemis Complex (Native) 提交 2012-11-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–609（609 aa） 片段：Catalytic region, UNP residues 1-609
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；2M ammonium sulfate, 10mM YCl, 100mM MES, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.55 Å R-free 0.234
3W5O Crystal Structure of Human DNA ligase IV 提交 2013-02-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–609（609 aa） 片段：catalytic region, UNP residues 1-609
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 13 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；291 K；2M ammonium sulfate, 10mM YCl, 100mM MES, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.84 Å R-free 0.245
3W5O Crystal Structure of Human DNA ligase IV 提交 2013-02-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–609（609 aa） 片段：catalytic region, UNP residues 1-609
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 11 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；291 K；2M ammonium sulfate, 10mM YCl, 100mM MES, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.84 Å R-free 0.245
4HTO Crystal structure of the DBD domain of human DNA ligase IV Apo form 提交 2012-11-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–240（240 aa） 片段：DNA binding domain
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；16 % PEG 3350, 200 mM (NH4)3PO4, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；16 % PEG 3350, 200 mM (NH4)3SO4, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.81 Å R-free 0.259
4HTP Crystal structure of the DBD domain of human DNA ligase IV bound to Artemis peptide 提交 2012-11-01 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–240（240 aa） 片段：DNA binding domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；18% PEG 1000, 200 mM Tris-HCl pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.25 Å R-free 0.249
4HTP Crystal structure of the DBD domain of human DNA ligase IV bound to Artemis peptide 提交 2012-11-01 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–240（240 aa） 片段：DNA binding domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；18% PEG 1000, 200 mM Tris-HCl pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.25 Å R-free 0.249
6BKF Lysyl-adenylate form of human LigIV catalytic domain with bound DNA substrate in open conformation 提交 2017-11-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–620（620 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；76.5mM HEPES pH 7.5, 15.3% PEG 4K, 7.65% isopropanol, 13.5% glycerol, 10mM MgCl2
分辨率 3.25 Å R-free 0.316
6BKG Human LigIV catalytic domain with bound DNA-adenylate intermediate in closed conformation 提交 2017-11-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–620（620 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；78.2mM HEPES pH 7.5, 15.64% PEG4000, 7.82% isopropanol, 13.8% glycerol
分辨率 2.40 Å R-free 0.245
7D9K DNA binding domain of human DNA Ligase IV - Wild type 提交 2020-10-13 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–240（240 aa） 片段：DNA binding domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277.15 K；0.1 M Tris pH 8.0, 20 % SOKALAN CP 42, 5% Methanol
分辨率 2.90 Å R-free 0.299
7D9Y DNA binding domain of human DNA Ligase IV mutant - A3V 提交 2020-10-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–240（240 aa）
突变：A3V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277.15 K；0.125 M Tris pH 8.0, 20 % SOKALAN CP 42, 7.5% Methanol
分辨率 2.76 Å R-free 0.276
7LSY NHEJ Short-range synaptic complex 提交 2021-02-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：heptadecameric
链 X 1–911（911 aa）
链 Y 1–911（911 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.40 Å
7LT3 NHEJ Long-range synaptic complex 提交 2021-02-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 X 1–911（911 aa）
链 Y 1–911（911 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
7NFC Cryo-EM structure of NHEJ super-complex (dimer) 提交 2021-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 M 1–911（911 aa）
链 P 1–911（911 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.14 Å
7NFE Cryo-EM structure of NHEJ super-complex (monomer) 提交 2021-02-06 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 J 1–911（911 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.29 Å
8BH3 DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to PAXX 提交 2022-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 I 1–911（911 aa）
链 R 1–911（911 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.55 Å
8BHV DNA-PK XLF mediated dimer bound to PAXX 提交 2022-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 M 1–911（911 aa）
链 P 1–911（911 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.51 Å
8BHY DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to PAXX and XLF 提交 2022-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 I 1–911（911 aa）
链 R 1–911（911 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.33 Å
8BOT Cryo-EM structure of NHEJ supercomplex(trimer) 提交 2022-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：25-meric
链 M 1–911（911 aa）
链 P 1–911（911 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.76 Å
8EZA NHEJ Long-range complex with PAXX 提交 2022-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：22-meric
链 X 1–911（911 aa）
链 Y 1–911（911 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.39 Å
8EZB NHEJ Long-range complex with ATP 提交 2022-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 X 1–911（911 aa）
链 Y 1–911（911 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.90 Å
9CQ3 The gap-filling complex with Pol mu engaged in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 F 1–911（911 aa）
链 f 1–911（911 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9CQ6 The ligation complex in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 F 1–911（911 aa）
链 f 1–911（911 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9CQC The ligation complex like in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 F 1–911（911 aa）
链 f 1–911（911 aa）
未记录 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9IAX DNA-PK, LX4, XLF - Catalytic domain of L4 提交 2025-02-11 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 K 1–911（911 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.97 Å
9N81 A gap-filling complex with Pol mu engaged in the NHEJ Pathway 提交 2025-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 F 1–911（911 aa）
链 f 1–911（911 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9N82 The ligation (AMP-Lys) complex in the NHEJ pathway 提交 2025-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 F 1–911（911 aa）
链 f 1–911（911 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9N83 The ligation complex in the NHEJ pathway 提交 2025-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 F 1–911（911 aa）
链 f 1–911（911 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å

共 30 个其他 PDB 条目、33 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DNLI4_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 E； PDB构建体 1–911； UniProt 1–911

X-ray repair cross-complementing protein 5

Homo sapiens

UniProt P13010

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物数一致 链 L； UniProt 1–732 未记录 DNA ligase 4 × 1 （P49917） Protein PAXX × 1 （Q9BUH6） DNA repair protein XRCC4 × 2 （Q13426） DNA-dependent protein kinase catalytic subunit × 1 （P78527） X-ray repair cross-complementing protein 6 × 1 （P12956） DNA × 1 DNA × 1 DNA polymerase lambda × 1 （Q9UGP5） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.25 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9GD7 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1JEQ Crystal Structure of the Ku Heterodimer 提交 2001-06-18 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 0–564（565 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；14% PEG 4000, 900 mM sarcosine, 140 mM magnesium chloride, 100 mM Tris-HCl (pH 8.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.70 Å R-free 0.283
1JEY Crystal Structure of the Ku heterodimer bound to DNA 提交 2001-06-19 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 0–564（565 aa） 片段：residues 1-565
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；26% polyethylene glycol 350 monomethyl ether, 50 mM Tris-HCL pH 8.0, 5 mM magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.50 Å R-free 0.280
1Q2Z The 3D solution structure of the C-terminal region of Ku86 提交 2003-07-28 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 591–708（118 aa） 片段：Ku86CTR (591-709)
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 ambient
NMR测量条件 pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 ambient
NMR样品组成 1mM U-15N; 20mM Phosphate; 100mM NaCl; 1mM NaN3 | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1mM U-13C,15N; 20mM Phosphate; 100mM NaCl; 1mM NaN3 | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1mM U-15N; 20mM Phosphate; 100mM NaCl; 1mM NaN3; 5% n-octyl-penta(ethylene glycol):octanol 0.96:1 | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
1RW2 Three-dimensional structure of Ku80 CTD 提交 2003-12-15 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 565–709（145 aa） 片段：Ku80 C-terminal Domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM phosphate buffer；压力 1
NMR样品组成 Approximately 1 mM N-15/C-13 labeled protein in 100 mM phosphate buffer, pH 6.0, and 5 mM DTT | 100% D2O
NMR样品组成 Approximately 1 mM N-15/C-13 labeled protein in 100 mM phosphate buffer, pH 6.0, and 5 mM DTT | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 Approximately 1 mM N-15 labeled protein in 100 mM phosphate buffer, pH 6.0, an | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3RZ9 Mouse importin alpha-Ku80 NLS peptide complex 提交 2011-05-11 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 559–571（13 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；Sodium Citrate, DTT, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.29 Å R-free 0.218
5Y3R Cryo-EM structure of Human DNA-PK Holoenzyme 提交 2017-07-29 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 6–541（536 aa） 片段：UNP residues 6-541
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å
6ERF Complex of APLF factor and Ku heterodimer bound to DNA 提交 2017-10-18 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 2–555（554 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bris Tris propane 13% PEG 3350 150 mM Na nirate
分辨率 3.01 Å R-free 0.227
6ERF Complex of APLF factor and Ku heterodimer bound to DNA 提交 2017-10-18 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 D 2–555（554 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bris Tris propane 13% PEG 3350 150 mM Na nirate
分辨率 3.01 Å R-free 0.227
6ERF Complex of APLF factor and Ku heterodimer bound to DNA 提交 2017-10-18 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 F 2–555（554 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bris Tris propane 13% PEG 3350 150 mM Na nirate
分辨率 3.01 Å R-free 0.227
6ERF Complex of APLF factor and Ku heterodimer bound to DNA 提交 2017-10-18 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 H 2–555（554 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bris Tris propane 13% PEG 3350 150 mM Na nirate
分辨率 3.01 Å R-free 0.227
6ERG Complex of XLF and heterodimer Ku bound to DNA 提交 2017-10-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 2–555（554 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；18% PEG 3350, 150 mM Na sulfate , 100 mM Bis-Tris-Propane
分辨率 2.90 Å R-free 0.244
6ERG Complex of XLF and heterodimer Ku bound to DNA 提交 2017-10-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 E 2–555（554 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；18% PEG 3350, 150 mM Na sulfate , 100 mM Bis-Tris-Propane
分辨率 2.90 Å R-free 0.244
6ERH Complex of XLF and heterodimer Ku bound to DNA 提交 2017-10-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 2–555（554 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；18% PEG 3350, 150 mM sodium sulfate, and 100 mM Bis-Tris-Propane
分辨率 2.80 Å R-free 0.252
6ERH Complex of XLF and heterodimer Ku bound to DNA 提交 2017-10-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 D 2–555（554 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；18% PEG 3350, 150 mM sodium sulfate, and 100 mM Bis-Tris-Propane
分辨率 2.80 Å R-free 0.252
6ZH6 Cryo-EM structure of DNA-PKcs:Ku80ct194 提交 2020-06-21 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 541–732（192 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.93 Å
6ZHA Cryo-EM structure of DNA-PK monomer 提交 2020-06-21 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 C 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.91 Å
6ZHE Cryo-EM structure of DNA-PK dimer 提交 2020-06-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric
链 C 1–732（732 aa）
链 H 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.24 Å
7AXZ Ku70/80 complex apo form 提交 2020-11-10 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7K0Y Cryo-EM structure of activated-form DNA-PK (complex VI) 提交 2020-09-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric
链 C 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
7K17 Re-refined crystal structure of DNA-dependent protein kinase catalytic subunit complexed with Ku80 C-terminal helix 提交 2020-09-07 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 541–732（192 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris, 200 mM NaCl, 30% glycerol, 10 mM EDTA, 18% PEG 8000
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris, 200 mM NaCl, 30% glycerol, 10 mM EDTA, 8% PEG 8000
分辨率 4.30 Å R-free 0.335
7K17 Re-refined crystal structure of DNA-dependent protein kinase catalytic subunit complexed with Ku80 C-terminal helix 提交 2020-09-07 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 541–732（192 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris, 200 mM NaCl, 30% glycerol, 10 mM EDTA, 18% PEG 8000
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris, 200 mM NaCl, 30% glycerol, 10 mM EDTA, 8% PEG 8000
分辨率 4.30 Å R-free 0.335
7K1J CryoEM structure of inactivated-form DNA-PK (Complex III) 提交 2020-09-07 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric
链 C 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
7K1K CryoEM structure of inactivated-form DNA-PK (Complex IV) 提交 2020-09-07 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric
链 C 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
7K1N CryoEM structure of inactivated-form DNA-PK (Complex V) 提交 2020-09-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric
链 C 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
7LSY NHEJ Short-range synaptic complex 提交 2021-02-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：heptadecameric
链 B 1–732（732 aa）
链 K 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.40 Å
7LT3 NHEJ Long-range synaptic complex 提交 2021-02-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 B 1–732（732 aa）
链 K 1–732（732 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
7NFC Cryo-EM structure of NHEJ super-complex (dimer) 提交 2021-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 C 1–732（732 aa）
链 H 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.14 Å
7NFE Cryo-EM structure of NHEJ super-complex (monomer) 提交 2021-02-06 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.29 Å
7SGL DNA-PK complex of DNA end processing 提交 2021-10-06 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 C 1–732（732 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7SU3 CryoEM structure of DNA-PK complex VII 提交 2021-11-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric
链 C 1–732（732 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7SUD CryoEM structure of DNA-PK complex VIII 提交 2021-11-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–732（732 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
7Z6O X-Ray studies of Ku70/80 reveal the binding site for IP6 提交 2022-03-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–732（732 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；24% PEG3350, 200mM Na2SO4, 100mM BTP, 5 mM b-mercaptoethanol
分辨率 3.70 Å R-free 0.271
7Z87 DNA-PK in the active state 提交 2022-03-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 C 1–732（732 aa）
未记录 1IX (~{S})-[2-chloranyl-4-fluoranyl-5-(7-morpholin-4-ylquinazolin-4-yl)phenyl]-(6-methoxypyridazin-3-yl)methanol × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.91 Å
7Z88 DNA-PK in the intermediate state 提交 2022-03-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 C 1–732（732 aa）
未记录 1IX (~{S})-[2-chloranyl-4-fluoranyl-5-(7-morpholin-4-ylquinazolin-4-yl)phenyl]-(6-methoxypyridazin-3-yl)methanol × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å
7ZT6 Cryo-EM structure of Ku 70/80 bound to inositol hexakisphosphate 提交 2022-05-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–732（732 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
7ZVT CryoEM structure of Ku heterodimer bound to DNA 提交 2022-05-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–732（732 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.74 Å
7ZWA CryoEM structure of Ku heterodimer bound to DNA and PAXX 提交 2022-05-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–732（732 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7ZYG CryoEM structure of Ku heterodimer bound to DNA, PAXX and XLF 提交 2022-05-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–732（732 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.68 Å
8AG4 Vaccinia C16 protein bound to Ku70/Ku80 提交 2022-07-19 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.46 Å
8AG5 Vaccinia C16 protein bound to Ku70/Ku80 提交 2022-07-19 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.47 Å
8ASC Ku70/80 binds to the Ku-binding motif of PAXX 提交 2022-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：octadecameric
链 B 2–555（554 aa）
链 F 2–555（554 aa）
链 L 2–555（554 aa）
链 P 2–555（554 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；290 K；12% PEG- 3350; 0.1 M Bis-Tris Propane pH 8.5; 0.3 M Ammonium Sulfate
分辨率 2.95 Å R-free 0.298
8BH3 DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to PAXX 提交 2022-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 C 1–732（732 aa）
链 L 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.55 Å
8BHV DNA-PK XLF mediated dimer bound to PAXX 提交 2022-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 b 1–732（732 aa）
链 j 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.51 Å
8BHY DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to PAXX and XLF 提交 2022-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 C 1–732（732 aa）
链 L 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.33 Å
8BOT Cryo-EM structure of NHEJ supercomplex(trimer) 提交 2022-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：25-meric
链 C 1–732（732 aa）
链 H 1–732（732 aa）
链 U 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.76 Å
8EZA NHEJ Long-range complex with PAXX 提交 2022-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：22-meric
链 B 1–732（732 aa）
链 K 1–732（732 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.39 Å
8EZB NHEJ Long-range complex with ATP 提交 2022-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 B 1–732（732 aa）
链 K 1–732（732 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.90 Å
8RD4 Telomeric RAP1:DNA-PK complex 提交 2023-12-07 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 F 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.58 Å
9CQ3 The gap-filling complex with Pol mu engaged in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 B 1–732（732 aa）
链 b 1–732（732 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9CQ6 The ligation complex in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 B 1–732（732 aa）
链 b 1–732（732 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9CQC The ligation complex like in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 B 1–732（732 aa）
链 b 1–732（732 aa）
未记录 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9G9L DNA-PK + Polymerase lambda 提交 2024-07-25 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric
链 C 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.63 Å
9GYF Ku70/80 with PAXX peptide mutation K193R 提交 2024-10-02 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–732（732 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9HZG Ku70/80 bound to WRN-exo 提交 2025-01-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–732（732 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å
9I04 Ku70/80, DNA bound to Polymerase Mu 提交 2025-01-14 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 5–536（532 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.05 Å
9IAX DNA-PK, LX4, XLF - Catalytic domain of L4 提交 2025-02-11 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.97 Å
9IGW Ku70/80 bound to 147 bp nucleosome 提交 2025-02-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 L 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.32 Å
9IGX Ku70/80 bound to 153 bp nucleosome 提交 2025-02-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 L 6–545（540 aa）
链 N 6–545（540 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.56 Å
9IOL Cryo-EM structure of the complex of DNA, Ku70/80, and laXLF. 提交 2024-07-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–732（732 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 2OP (2S)-2-HYDROXYPROPANOIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.46 Å
9N81 A gap-filling complex with Pol mu engaged in the NHEJ Pathway 提交 2025-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 B 1–732（732 aa）
链 b 1–732（732 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9N82 The ligation (AMP-Lys) complex in the NHEJ pathway 提交 2025-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 B 1–732（732 aa）
链 b 1–732（732 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9N83 The ligation complex in the NHEJ pathway 提交 2025-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 B 1–732（732 aa）
链 b 1–732（732 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9Q80 Ku70/80 with Ku70 linker and SAP domain bound to a 153 bp H2AX nucleosome 提交 2025-02-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 L 1–732（732 aa）
链 N 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.39 Å
9Q8X Ku70/80 bound to a 153 bp H2AX nucleosome 提交 2025-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 L 1–732（732 aa）
链 N 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
9Q9F DNA-PK bound to a 153 bp H2AX nucleosome model 1 提交 2025-02-26 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric
链 L 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.54 Å
9QCR DNA-PK bound to 153 bp H2AX nucleosome model 2 提交 2025-03-05 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric
链 L 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.37 Å
9QCS Ku80 mediated DNA-PK dimer bound to 153 bp H2AX nucleosome 提交 2025-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：26-meric
链 L 1–732（732 aa）
链 N 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.38 Å
9QMS DNA-PK bound to 153 bp H2AX nucleosome with ATPyS 提交 2025-03-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：30-meric
链 L 1–732（732 aa）
链 N 1–732（732 aa）
链 l 1–732（732 aa）
链 n 1–732（732 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.00 Å

共 62 个其他 PDB 条目、68 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 XRCC5_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 L； PDB构建体 1–732； UniProt 1–732

Protein PAXX

Homo sapiens

UniProt Q9BUH6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物数一致 链 M； UniProt 1–204 未记录 DNA ligase 4 × 1 （P49917） X-ray repair cross-complementing protein 5 × 1 （P13010） DNA repair protein XRCC4 × 2 （Q13426） DNA-dependent protein kinase catalytic subunit × 1 （P78527） X-ray repair cross-complementing protein 6 × 1 （P12956） DNA × 1 DNA × 1 DNA polymerase lambda × 1 （Q9UGP5） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.25 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9GD7 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3WTD Structure of PAXX 提交 2014-04-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–166（166 aa） 片段：N-terminal domain, UNP RESIDUES 1-166
链 B 1–166（166 aa） 片段：N-terminal domain, UNP RESIDUES 1-166
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；1.5M ammonium sulfate, 12%(v/v) glycerol, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.35 Å R-free 0.229
3WTF Structure of PAXX 提交 2014-04-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–204（204 aa）
链 B 1–204（204 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；1M sodium malonate, 1% (v/v) 1,4-Dioxane, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.45 Å R-free 0.268
4WJA Crystal Structure of PAXX 提交 2014-09-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–145（145 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-145
链 B 1–145（145 aa） 片段：UNP RESIDUES 1-145
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；2.24M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5
分辨率 2.60 Å R-free 0.267
7ZWA CryoEM structure of Ku heterodimer bound to DNA and PAXX 提交 2022-05-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 C 1–204（204 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7ZYG CryoEM structure of Ku heterodimer bound to DNA, PAXX and XLF 提交 2022-05-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 C 1–204（204 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.68 Å
8ASC Ku70/80 binds to the Ku-binding motif of PAXX 提交 2022-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：octadecameric
链 J 177–204（28 aa）
链 T 177–204（28 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；290 K；12% PEG- 3350; 0.1 M Bis-Tris Propane pH 8.5; 0.3 M Ammonium Sulfate
分辨率 2.95 Å R-free 0.298
8BH3 DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to PAXX 提交 2022-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 D 1–204（204 aa）
链 M 1–204（204 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.55 Å
8BHV DNA-PK XLF mediated dimer bound to PAXX 提交 2022-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 c 1–204（204 aa）
链 i 1–204（204 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.51 Å
8BHY DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to PAXX and XLF 提交 2022-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 D 1–204（204 aa）
链 M 1–204（204 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.33 Å
8EZA NHEJ Long-range complex with PAXX 提交 2022-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：22-meric
链 S 1–204（204 aa）
链 T 1–204（204 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.39 Å
8EZB NHEJ Long-range complex with ATP 提交 2022-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 S 1–204（204 aa）
链 T 1–204（204 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.90 Å
9CQ3 The gap-filling complex with Pol mu engaged in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 G 1–204（204 aa）
链 H 1–204（204 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9CQ6 The ligation complex in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 G 1–204（204 aa）
链 H 1–204（204 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9CQC The ligation complex like in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 G 1–204（204 aa）
链 H 1–204（204 aa）
未记录 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9G9L DNA-PK + Polymerase lambda 提交 2024-07-25 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric
链 M 1–204（204 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.63 Å
9GYF Ku70/80 with PAXX peptide mutation K193R 提交 2024-10-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 C 180–202（23 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9N81 A gap-filling complex with Pol mu engaged in the NHEJ Pathway 提交 2025-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 G 1–204（204 aa）
链 H 1–204（204 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9N82 The ligation (AMP-Lys) complex in the NHEJ pathway 提交 2025-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 G 1–204（204 aa）
链 H 1–204（204 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9N83 The ligation complex in the NHEJ pathway 提交 2025-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 G 1–204（204 aa）
链 H 1–204（204 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å

共 19 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PAXX_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 M； PDB构建体 1–204； UniProt 1–204

DNA repair protein XRCC4

Homo sapiens

UniProt Q13426

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物数一致 链 P； UniProt 1–336 链 Q； UniProt 1–336 未记录 DNA ligase 4 × 1 （P49917） X-ray repair cross-complementing protein 5 × 1 （P13010） Protein PAXX × 1 （Q9BUH6） DNA-dependent protein kinase catalytic subunit × 1 （P78527） X-ray repair cross-complementing protein 6 × 1 （P12956） DNA × 1 DNA × 1 DNA polymerase lambda × 1 （Q9UGP5） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.25 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9GD7 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1FU1 CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN XRCC4 提交 2000-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–203（203 aa） 片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-203
链 B 1–203（203 aa） 片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-203
突变：T135I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：T135I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ACY ACETIC ACID × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；Ammonium sulphate, magnesium acetate, DTT, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.70 Å R-free 0.263
1FU1 CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN XRCC4 提交 2000-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–203（203 aa） 片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-203
链 B 1–203（203 aa） 片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-203
突变：T135I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：T135I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ACY ACETIC ACID × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；Ammonium sulphate, magnesium acetate, DTT, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.70 Å R-free 0.263
1IK9 CRYSTAL STRUCTURE OF A XRCC4-DNA LIGASE IV COMPLEX 提交 2001-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–213（213 aa） 片段：XRCC4 FRAGMENT, RESIDUES 1-213
链 B 1–213（213 aa） 片段：XRCC4 FRAGMENT, RESIDUES 1-213
突变：C93A,C128A,C130A,C165A 突变：C93A,C128A,C130A,C165A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；PEG6000, MES, xylitol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.30 Å R-free 0.266
3II6 Structure of human Xrcc4 in complex with the tandem BRCT domains of DNA LigaseIV. 提交 2009-07-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–203（203 aa） 片段：residues 1-203
链 B 1–203（203 aa） 片段：residues 1-203
突变：A60E, I134T 突变：A60E, I134T 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；100mM Sodium/Potassium phosphate, 15% PEG 8000 MME, 200mM Sodium chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.280
3II6 Structure of human Xrcc4 in complex with the tandem BRCT domains of DNA LigaseIV. 提交 2009-07-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–203（203 aa） 片段：residues 1-203
链 D 1–203（203 aa） 片段：residues 1-203
突变：A60E, I134T 突变：A60E, I134T CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；100mM Sodium/Potassium phosphate, 15% PEG 8000 MME, 200mM Sodium chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.280
3MUD Structure of the Tropomyosin Overlap Complex from Chicken Smooth Muscle 提交 2010-05-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–137（136 aa）
链 B 2–137（136 aa）
突变：I134T, L249N,I134T 突变：I134T, L249N,I134T EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；18% MePEG 2000, 100 mM Bis-Tris, 120 mM MgSO4 , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.250
3Q4F Crystal structure of xrcc4/xlf-cernunnos complex 提交 2010-12-23 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 G 1–157（157 aa） 片段：unp residues 1-157
链 H 1–157（157 aa） 片段：unp residues 1-157
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；9% v/v MPD, 50 mM MgSO4, 0.1 M Na Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 5.50 Å R-free 0.309
3Q4F Crystal structure of xrcc4/xlf-cernunnos complex 提交 2010-12-23 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–157（157 aa） 片段：unp residues 1-157
链 D 1–157（157 aa） 片段：unp residues 1-157
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；9% v/v MPD, 50 mM MgSO4, 0.1 M Na Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 5.50 Å R-free 0.309
3RWR Crystal structure of the human XRCC4-XLF complex 提交 2011-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–157（157 aa） 片段：unp residues 1-157
链 B 1–157（157 aa） 片段：unp residues 1-157
链 F 1–157（157 aa） 片段：unp residues 1-157
链 G 1–157（157 aa） 片段：unp residues 1-157
未记录 TBR HEXATANTALUM DODECABROMIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；1.8M Ammonium citrate, pH 8.0, 20 mM Barium chloride dihydrate, 400 mM sodium thiocyanate, 0.5 mM tantalum bromide, 60% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.94 Å R-free 0.326
3SR2 Crystal Structure of Human XLF-XRCC4 Complex 提交 2011-07-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–140（140 aa）
链 B 1–140（140 aa）
链 E 1–140（140 aa）
链 F 1–140（140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；303.15 K；protein combined with equal volumes of 100 mM HEPES, pH 7.8, 13% (w/v) PEG 3350, 300 mM NaCl, 2 mM ADP, 7 mM NaF and 3 mM BeCl) and then dehydrated over 1000 ul of 19% PEG 3350, 300 mM NaCl, 100 mM HEPES, pH7.8 under argon., vapor diffusion, temperature 303.15K
分辨率 3.97 Å R-free 0.369
3SR2 Crystal Structure of Human XLF-XRCC4 Complex 提交 2011-07-06 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–140（140 aa）
链 B 1–140（140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；303.15 K；protein combined with equal volumes of 100 mM HEPES, pH 7.8, 13% (w/v) PEG 3350, 300 mM NaCl, 2 mM ADP, 7 mM NaF and 3 mM BeCl) and then dehydrated over 1000 ul of 19% PEG 3350, 300 mM NaCl, 100 mM HEPES, pH7.8 under argon., vapor diffusion, temperature 303.15K
分辨率 3.97 Å R-free 0.369
3SR2 Crystal Structure of Human XLF-XRCC4 Complex 提交 2011-07-06 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1–140（140 aa）
链 F 1–140（140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；303.15 K；protein combined with equal volumes of 100 mM HEPES, pH 7.8, 13% (w/v) PEG 3350, 300 mM NaCl, 2 mM ADP, 7 mM NaF and 3 mM BeCl) and then dehydrated over 1000 ul of 19% PEG 3350, 300 mM NaCl, 100 mM HEPES, pH7.8 under argon., vapor diffusion, temperature 303.15K
分辨率 3.97 Å R-free 0.369
3W03 XLF-XRCC4 complex 提交 2012-10-17 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–164（164 aa） 片段：UNP residues 1-164
链 D 1–164（164 aa） 片段：UNP residues 1-164
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1M Tris pH7.5, 2M Sodium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 8.49 Å R-free 0.360
4XA4 Crystal Structure of the coiled-coil surrounding Skip 3 of MYH7 提交 2014-12-12 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–147（146 aa） 片段：UNP Q13426 residues 2-147,UNP P12883 residues 1551-1609
链 B 2–147（146 aa） 片段：UNP Q13426 residues 2-147,UNP P12883 residues 1551-1609
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；30% (w/v) polyethylene glycol 1500, 250 mM tetramethylammonium chloride, 100 mM 3-[4-(2-Hydroxyethyl)-1-piperazinyl]propanesulfonic acid (HEPPS)
分辨率 2.33 Å R-free 0.274
5CHX Crystal Structure of amino acids 1590-1657 of MYH7 提交 2015-07-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–143（142 aa） 片段：UNP Q13426 residues 2-143, UNP P12833 1590-1657
链 B 2–143（142 aa） 片段：UNP Q13426 residues 2-143, UNP P12833 1590-1657
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；16% (w/v) MEPEG 2000, 250 mM potassium nitrate, 100 mM 3-(N-morpholino)propanesulfonic acid (MOPS)
分辨率 2.30 Å R-free 0.265
5CHX Crystal Structure of amino acids 1590-1657 of MYH7 提交 2015-07-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–143（142 aa） 片段：UNP Q13426 residues 2-143, UNP P12833 1590-1657
链 B 2–143（142 aa） 片段：UNP Q13426 residues 2-143, UNP P12833 1590-1657
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；16% (w/v) MEPEG 2000, 250 mM potassium nitrate, 100 mM 3-(N-morpholino)propanesulfonic acid (MOPS)
分辨率 2.30 Å R-free 0.265
5CJ0 Crystal Structure of Amino Acids 1631-1692 of MYH7 提交 2015-07-13 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–142（141 aa） 片段：UNP Q13426 residues 2-142, UNP P12883 residues 1631-1692
链 B 2–142（141 aa） 片段：UNP Q13426 residues 2-142, UNP P12883 residues 1631-1692
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；14% (w/v) MEPEG 5000, 200 mM glycine, 100 mM bistrispropane pH 7.0.
分辨率 2.30 Å R-free 0.238
5CJ4 Crystal Structure of Amino Acids 1562-1622 of MYH7 提交 2015-07-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–144（143 aa） 片段：UNP Q13426 residues 2-144, UNP P12883 1562-1622
链 B 2–144（143 aa） 片段：UNP Q13426 residues 2-144, UNP P12883 1562-1622
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；23% (w/v) PEG 4000, 500 mM NaCl, 100 mM triethanolamine pH 8.0.
分辨率 3.10 Å R-free 0.280
5CJ4 Crystal Structure of Amino Acids 1562-1622 of MYH7 提交 2015-07-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 2–144（143 aa） 片段：UNP Q13426 residues 2-144, UNP P12883 1562-1622
链 D 2–144（143 aa） 片段：UNP Q13426 residues 2-144, UNP P12883 1562-1622
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；23% (w/v) PEG 4000, 500 mM NaCl, 100 mM triethanolamine pH 8.0.
分辨率 3.10 Å R-free 0.280
5WJ7 Crystal Structure of Amino Acids 1733-1797 of Human Beta Cardiac Myosin Fused to Xrcc4 提交 2017-07-21 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–132（131 aa） 片段：UNP Q13426 residues 2-132, UNP P12883 residues 1733-1797
链 B 2–132（131 aa） 片段：UNP Q13426 residues 2-132, UNP P12883 residues 1733-1797
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；16% (w/v) Methyl-Ether PEG 5K, 300 mM glycine, 100 mM triethanolamine pH 7.5
分辨率 2.50 Å R-free 0.249
5WLZ Crystal Structure of Amino Acids 1677-1758 of Human Beta Cardiac Myosin Fused to Xrcc4 提交 2017-07-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–132（131 aa） 片段：UNP Q13426 residues 2-132, UNP P12883 residues 1677-1758
链 B 2–132（131 aa） 片段：UNP Q13426 residues 2-132, UNP P12883 residues 1677-1758
链 C 2–132（131 aa） 片段：UNP Q13426 residues 2-132, UNP P12883 residues 1677-1758
链 D 2–132（131 aa） 片段：UNP Q13426 residues 2-132, UNP P12883 residues 1677-1758
突变：E29K, E51K, D57A, D58T, E62N, C93R, E98K,C128D, C132A 突变：E29K, E51K, D57A, D58T, E62N, C93R, E98K,C128D, C132A 突变：E29K, E51K, D57A, D58T, E62N, C93R, E98K,C128D, C132A 突变：E29K, E51K, D57A, D58T, E62N, C93R, E98K,C128D, C132A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；8-10% methyl-ether polyethylene glycol (MEPEG) 5K, 300 mM glycine, bis-tris propane pH 7.0, 1.5-3.0% (w/v) jeffamine M-600
分辨率 3.50 Å R-free 0.249
6ABO human XRCC4 and IFFO1 complex 提交 2018-07-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–213（213 aa） 片段：UNP residues 1-213
未记录 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1M Sodium cacodylate pH6.0, 50mM Calcium acetate, 20-25% MPD, 1M Ammonium sulfate
分辨率 2.65 Å R-free 0.273
7LSY NHEJ Short-range synaptic complex 提交 2021-02-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：heptadecameric
链 F 1–336（336 aa）
链 G 1–336（336 aa）
链 O 1–336（336 aa）
链 P 1–336（336 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.40 Å
7LT3 NHEJ Long-range synaptic complex 提交 2021-02-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 F 1–336（336 aa）
链 G 1–336（336 aa）
链 O 1–336（336 aa）
链 P 1–336（336 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
7M3P Xrcc4-Spc110p(164-207) fusion 提交 2021-03-18 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–132（131 aa）
链 B 2–132（131 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；13% PEG3350 and 0.2 M magnesium formate
分辨率 2.00 Å R-free 0.247
7NFC Cryo-EM structure of NHEJ super-complex (dimer) 提交 2021-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 K 1–336（336 aa）
链 L 1–336（336 aa）
链 N 1–336（336 aa）
链 O 1–336（336 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.14 Å
7NFE Cryo-EM structure of NHEJ super-complex (monomer) 提交 2021-02-06 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 H 1–336（336 aa）
链 I 1–336（336 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.29 Å
8BH3 DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to PAXX 提交 2022-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 G 1–336（336 aa）
链 H 1–336（336 aa）
链 P 1–336（336 aa）
链 Q 1–336（336 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.55 Å
8BHV DNA-PK XLF mediated dimer bound to PAXX 提交 2022-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 K 1–336（336 aa）
链 L 1–336（336 aa）
链 N 1–336（336 aa）
链 O 1–336（336 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.51 Å
8BHY DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to PAXX and XLF 提交 2022-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 G 1–336（336 aa）
链 H 1–336（336 aa）
链 P 1–336（336 aa）
链 Q 1–336（336 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.33 Å
8BOT Cryo-EM structure of NHEJ supercomplex(trimer) 提交 2022-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：25-meric
链 K 1–336（336 aa）
链 L 1–336（336 aa）
链 N 1–336（336 aa）
链 O 1–336（336 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.76 Å
8EZA NHEJ Long-range complex with PAXX 提交 2022-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：22-meric
链 F 1–336（336 aa）
链 G 1–336（336 aa）
链 O 1–336（336 aa）
链 P 1–336（336 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.39 Å
8EZB NHEJ Long-range complex with ATP 提交 2022-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 F 1–336（336 aa）
链 G 1–336（336 aa）
链 O 1–336（336 aa）
链 P 1–336（336 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.90 Å
9CQ3 The gap-filling complex with Pol mu engaged in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 D 1–336（336 aa）
链 E 1–336（336 aa）
链 d 1–336（336 aa）
链 e 1–336（336 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9CQ6 The ligation complex in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 D 1–336（336 aa）
链 E 1–336（336 aa）
链 d 1–336（336 aa）
链 e 1–336（336 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9CQC The ligation complex like in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 D 1–336（336 aa）
链 E 1–336（336 aa）
链 d 1–336（336 aa）
链 e 1–336（336 aa）
未记录 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9IAX DNA-PK, LX4, XLF - Catalytic domain of L4 提交 2025-02-11 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 G 1–336（336 aa）
链 H 1–336（336 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.97 Å
9N81 A gap-filling complex with Pol mu engaged in the NHEJ Pathway 提交 2025-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 D 1–336（336 aa）
链 E 1–336（336 aa）
链 d 1–336（336 aa）
链 e 1–336（336 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9N82 The ligation (AMP-Lys) complex in the NHEJ pathway 提交 2025-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 D 1–336（336 aa）
链 E 1–336（336 aa）
链 d 1–336（336 aa）
链 e 1–336（336 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9N83 The ligation complex in the NHEJ pathway 提交 2025-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 D 1–336（336 aa）
链 E 1–336（336 aa）
链 d 1–336（336 aa）
链 e 1–336（336 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å

共 33 个其他 PDB 条目、40 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 XRCC4_HUMAN
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 P； PDB构建体 1–336； UniProt 1–336 作者链 Q； PDB构建体 1–336； UniProt 1–336

DNA-dependent protein kinase catalytic subunit

物种未注明

UniProt P78527

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物数一致 链 S； UniProt 1–4128 未记录 DNA ligase 4 × 1 （P49917） X-ray repair cross-complementing protein 5 × 1 （P13010） Protein PAXX × 1 （Q9BUH6） DNA repair protein XRCC4 × 2 （Q13426） X-ray repair cross-complementing protein 6 × 1 （P12956） DNA × 1 DNA × 1 DNA polymerase lambda × 1 （Q9UGP5） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.25 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9GD7 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5LUQ Crystal Structure of Human DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit (DNA-PKcs) 提交 2016-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–2575（2574 aa）
链 A 2774–4127（1354 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris, 200 mM NaCl, 30% glycerol, 10 mM EDTA, 18% PEG 8000
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris, 200 mM NaCl, 30% glycerol, 10 mM EDTA, 8% PEG 8000
分辨率 4.30 Å R-free 0.437
5LUQ Crystal Structure of Human DNA-dependent Protein Kinase Catalytic Subunit (DNA-PKcs) 提交 2016-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–2575（2574 aa）
链 B 2774–4127（1354 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris, 200 mM NaCl, 30% glycerol, 10 mM EDTA, 18% PEG 8000
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris, 200 mM NaCl, 30% glycerol, 10 mM EDTA, 8% PEG 8000
分辨率 4.30 Å R-free 0.437
5W1R Cryo-EM structure of DNAPKcs 提交 2017-06-04 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
5Y3R Cryo-EM structure of Human DNA-PK Holoenzyme 提交 2017-07-29 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 C 10–4128（4119 aa） 片段：UNP residues 10-4128
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å
6ZFP Cryo-EM structure of DNA-PKcs (State 2) 提交 2020-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.24 Å
6ZH2 Cryo-EM structure of DNA-PKcs (State 1) 提交 2020-06-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.92 Å
6ZH4 Cryo-EM structure of DNA-PKcs (State 3) 提交 2020-06-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.62 Å
6ZH6 Cryo-EM structure of DNA-PKcs:Ku80ct194 提交 2020-06-21 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.93 Å
6ZH8 Cryo-EM structure of DNA-PKcs:DNA 提交 2020-06-21 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.14 Å
6ZHA Cryo-EM structure of DNA-PK monomer 提交 2020-06-21 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.91 Å
6ZHE Cryo-EM structure of DNA-PK dimer 提交 2020-06-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric
链 A 1–4128（4128 aa）
链 F 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.24 Å
7K0Y Cryo-EM structure of activated-form DNA-PK (complex VI) 提交 2020-09-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
7K10 CryoEM structure of activated-form FATKIN domain of DNA-PK 提交 2020-09-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7K11 CryoEM structure of inactivated-form FATKIN domain of DNA-PK 提交 2020-09-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.21 Å
7K19 CryoEM structure of DNA-PK catalytic subunit complexed with DNA (Complex I) 提交 2020-09-07 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
7K1B CryoEM structure of DNA-PK catalytic subunit complexed with DNA (Complex II) 提交 2020-09-07 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
7K1J CryoEM structure of inactivated-form DNA-PK (Complex III) 提交 2020-09-07 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
7K1K CryoEM structure of inactivated-form DNA-PK (Complex IV) 提交 2020-09-07 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
7K1N CryoEM structure of inactivated-form DNA-PK (Complex V) 提交 2020-09-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
7LT3 NHEJ Long-range synaptic complex 提交 2021-02-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 C 1–4128（4128 aa）
链 L 1–4128（4128 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
7NFC Cryo-EM structure of NHEJ super-complex (dimer) 提交 2021-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 A 1–4128（4128 aa）
链 F 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.14 Å
7NFE Cryo-EM structure of NHEJ super-complex (monomer) 提交 2021-02-06 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.29 Å
7OTM Cryo-EM structure of DNA-PKcs in complex with NU7441 提交 2021-06-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 2R4 8-(dibenzo[b,d]thiophen-4-yl)-2-(morpholin-4-yl)-4H-chromen-4-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å
7OTP DNA-PKcs in complex with ATPgammaS-Mg 提交 2021-06-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7OTV DNA-PKcs in complex with wortmannin 提交 2021-06-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 KWT (1S,6BR,9AS,11R,11BR)-9A,11B-DIMETHYL-1-[(METHYLOXY)METHYL]-3,6,9-TRIOXO-1,6,6B,7,8,9,9A,10,11,11B-DECAHYDRO-3H-FURO[4, 3,2-DE]INDENO[4,5-H][2]BENZOPYRAN-11-YL ACETATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.24 Å
7OTW DNA-PKcs in complex with AZD7648 提交 2021-06-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 MBW 7-methyl-2-[(7-methyl-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-6-yl)amino]-9-(oxan-4-yl)purin-8-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.99 Å
7OTY DNA-PKcs in complex with M3814 提交 2021-06-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 1IX (~{S})-[2-chloranyl-4-fluoranyl-5-(7-morpholin-4-ylquinazolin-4-yl)phenyl]-(6-methoxypyridazin-3-yl)methanol × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.96 Å
7SGL DNA-PK complex of DNA end processing 提交 2021-10-06 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–4128（4128 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7SU3 CryoEM structure of DNA-PK complex VII 提交 2021-11-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7SUD CryoEM structure of DNA-PK complex VIII 提交 2021-11-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–4128（4128 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
7TYR Cryo-EM structure of the basal state of the Artemis:DNA-PKcs complex (see COMPND 13/14) 提交 2022-02-14 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Plunge-freeze was performed using a home-made manual plunger at typical indoor humidity (Los Angeles, CA) and at room temperature.
分辨率 3.33 Å
7Z87 DNA-PK in the active state 提交 2022-03-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 1IX (~{S})-[2-chloranyl-4-fluoranyl-5-(7-morpholin-4-ylquinazolin-4-yl)phenyl]-(6-methoxypyridazin-3-yl)methanol × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.91 Å
7Z88 DNA-PK in the intermediate state 提交 2022-03-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 1IX (~{S})-[2-chloranyl-4-fluoranyl-5-(7-morpholin-4-ylquinazolin-4-yl)phenyl]-(6-methoxypyridazin-3-yl)methanol × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å
8BH3 DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to PAXX 提交 2022-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 A 1–4128（4128 aa）
链 S 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.55 Å
8BHV DNA-PK XLF mediated dimer bound to PAXX 提交 2022-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 A 1–4128（4128 aa）
链 F 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.51 Å
8BHY DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to PAXX and XLF 提交 2022-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 A 1–4128（4128 aa）
链 S 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.33 Å
8BOT Cryo-EM structure of NHEJ supercomplex(trimer) 提交 2022-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：25-meric
链 A 1–4128（4128 aa）
链 F 1–4128（4128 aa）
链 S 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.76 Å
8EZ9 Dimeric complex of DNA-PKcs 提交 2022-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–4128（4128 aa）
链 L 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.67 Å
8EZA NHEJ Long-range complex with PAXX 提交 2022-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：22-meric
链 C 1–4128（4128 aa）
链 L 1–4128（4128 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.39 Å
8EZB NHEJ Long-range complex with ATP 提交 2022-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 C 1–4128（4128 aa）
链 L 1–4128（4128 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.90 Å
8RD4 Telomeric RAP1:DNA-PK complex 提交 2023-12-07 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.58 Å
9G9L DNA-PK + Polymerase lambda 提交 2024-07-25 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.63 Å
9IAX DNA-PK, LX4, XLF - Catalytic domain of L4 提交 2025-02-11 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.97 Å
9Q9F DNA-PK bound to a 153 bp H2AX nucleosome model 1 提交 2025-02-26 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric
链 O 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.54 Å
9QCR DNA-PK bound to 153 bp H2AX nucleosome model 2 提交 2025-03-05 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric
链 O 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.37 Å
9QCS Ku80 mediated DNA-PK dimer bound to 153 bp H2AX nucleosome 提交 2025-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：26-meric
链 O 1–4128（4128 aa）
链 o 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.38 Å
9QMS DNA-PK bound to 153 bp H2AX nucleosome with ATPyS 提交 2025-03-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：30-meric
链 O 1–4128（4128 aa）
链 o 1–4128（4128 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.00 Å

共 46 个其他 PDB 条目、47 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PRKDC_HUMAN
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 S； PDB构建体 1–4128； UniProt 1–4128

X-ray repair cross-complementing protein 6

Homo sapiens

UniProt P12956

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物数一致 链 T； UniProt 1–609 未记录 DNA ligase 4 × 1 （P49917） X-ray repair cross-complementing protein 5 × 1 （P13010） Protein PAXX × 1 （Q9BUH6） DNA repair protein XRCC4 × 2 （Q13426） DNA-dependent protein kinase catalytic subunit × 1 （P78527） DNA × 1 DNA × 1 DNA polymerase lambda × 1 （Q9UGP5） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.25 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9GD7 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1JEQ Crystal Structure of the Ku Heterodimer 提交 2001-06-18 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 0–608（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；14% PEG 4000, 900 mM sarcosine, 140 mM magnesium chloride, 100 mM Tris-HCl (pH 8.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.70 Å R-free 0.283
1JEY Crystal Structure of the Ku heterodimer bound to DNA 提交 2001-06-19 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 0–608（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；26% polyethylene glycol 350 monomethyl ether, 50 mM Tris-HCL pH 8.0, 5 mM magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.50 Å R-free 0.280
3RZX Mouse importin alpha-Ku70 NLS peptide complex 提交 2011-05-12 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 537–558（22 aa） 片段：Nuclear localization signal
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；Sodium Citrate, DTT, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.61 Å R-free 0.223
5Y3R Cryo-EM structure of Human DNA-PK Holoenzyme 提交 2017-07-29 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 34–534（501 aa） 片段：UNP residues 34-534
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å
6ERF Complex of APLF factor and Ku heterodimer bound to DNA 提交 2017-10-18 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–544（544 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bris Tris propane 13% PEG 3350 150 mM Na nirate
分辨率 3.01 Å R-free 0.227
6ERF Complex of APLF factor and Ku heterodimer bound to DNA 提交 2017-10-18 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 C 1–544（544 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bris Tris propane 13% PEG 3350 150 mM Na nirate
分辨率 3.01 Å R-free 0.227
6ERF Complex of APLF factor and Ku heterodimer bound to DNA 提交 2017-10-18 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 E 1–544（544 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bris Tris propane 13% PEG 3350 150 mM Na nirate
分辨率 3.01 Å R-free 0.227
6ERF Complex of APLF factor and Ku heterodimer bound to DNA 提交 2017-10-18 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 G 1–544（544 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bris Tris propane 13% PEG 3350 150 mM Na nirate
分辨率 3.01 Å R-free 0.227
6ERG Complex of XLF and heterodimer Ku bound to DNA 提交 2017-10-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–544（544 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；18% PEG 3350, 150 mM Na sulfate , 100 mM Bis-Tris-Propane
分辨率 2.90 Å R-free 0.244
6ERG Complex of XLF and heterodimer Ku bound to DNA 提交 2017-10-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 D 1–544（544 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；18% PEG 3350, 150 mM Na sulfate , 100 mM Bis-Tris-Propane
分辨率 2.90 Å R-free 0.244
6ERH Complex of XLF and heterodimer Ku bound to DNA 提交 2017-10-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–544（544 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；18% PEG 3350, 150 mM sodium sulfate, and 100 mM Bis-Tris-Propane
分辨率 2.80 Å R-free 0.252
6ERH Complex of XLF and heterodimer Ku bound to DNA 提交 2017-10-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 C 1–544（544 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；18% PEG 3350, 150 mM sodium sulfate, and 100 mM Bis-Tris-Propane
分辨率 2.80 Å R-free 0.252
6ZHA Cryo-EM structure of DNA-PK monomer 提交 2020-06-21 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.91 Å
6ZHE Cryo-EM structure of DNA-PK dimer 提交 2020-06-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric
链 B 1–609（609 aa）
链 G 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.24 Å
7AXZ Ku70/80 complex apo form 提交 2020-11-10 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7K0Y Cryo-EM structure of activated-form DNA-PK (complex VI) 提交 2020-09-06 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric
链 B 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
7K1J CryoEM structure of inactivated-form DNA-PK (Complex III) 提交 2020-09-07 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric
链 B 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
7K1K CryoEM structure of inactivated-form DNA-PK (Complex IV) 提交 2020-09-07 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric
链 B 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
7K1N CryoEM structure of inactivated-form DNA-PK (Complex V) 提交 2020-09-08 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric
链 B 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
7LSY NHEJ Short-range synaptic complex 提交 2021-02-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：heptadecameric
链 A 1–600（600 aa）
链 J 1–600（600 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.40 Å
7LT3 NHEJ Long-range synaptic complex 提交 2021-02-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 A 1–609（609 aa）
链 J 1–609（609 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
7NFC Cryo-EM structure of NHEJ super-complex (dimer) 提交 2021-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 B 1–609（609 aa）
链 G 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.14 Å
7NFE Cryo-EM structure of NHEJ super-complex (monomer) 提交 2021-02-06 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.29 Å
7SGL DNA-PK complex of DNA end processing 提交 2021-10-06 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–609（609 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7SU3 CryoEM structure of DNA-PK complex VII 提交 2021-11-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric
链 B 1–609（609 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7Z6O X-Ray studies of Ku70/80 reveal the binding site for IP6 提交 2022-03-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–609（609 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；24% PEG3350, 200mM Na2SO4, 100mM BTP, 5 mM b-mercaptoethanol
分辨率 3.70 Å R-free 0.271
7Z87 DNA-PK in the active state 提交 2022-03-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–609（609 aa）
未记录 1IX (~{S})-[2-chloranyl-4-fluoranyl-5-(7-morpholin-4-ylquinazolin-4-yl)phenyl]-(6-methoxypyridazin-3-yl)methanol × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.91 Å
7Z88 DNA-PK in the intermediate state 提交 2022-03-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–609（609 aa）
未记录 1IX (~{S})-[2-chloranyl-4-fluoranyl-5-(7-morpholin-4-ylquinazolin-4-yl)phenyl]-(6-methoxypyridazin-3-yl)methanol × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å
7ZT6 Cryo-EM structure of Ku 70/80 bound to inositol hexakisphosphate 提交 2022-05-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–609（609 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
7ZVT CryoEM structure of Ku heterodimer bound to DNA 提交 2022-05-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–609（609 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.74 Å
7ZWA CryoEM structure of Ku heterodimer bound to DNA and PAXX 提交 2022-05-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–609（609 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7ZYG CryoEM structure of Ku heterodimer bound to DNA, PAXX and XLF 提交 2022-05-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–609（609 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.68 Å
8AG4 Vaccinia C16 protein bound to Ku70/Ku80 提交 2022-07-19 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.46 Å
8AG5 Vaccinia C16 protein bound to Ku70/Ku80 提交 2022-07-19 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.47 Å
8ASC Ku70/80 binds to the Ku-binding motif of PAXX 提交 2022-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：octadecameric
链 A 1–544（544 aa）
链 E 1–544（544 aa）
链 K 1–544（544 aa）
链 O 1–544（544 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；290 K；12% PEG- 3350; 0.1 M Bis-Tris Propane pH 8.5; 0.3 M Ammonium Sulfate
分辨率 2.95 Å R-free 0.298
8BH3 DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to PAXX 提交 2022-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 B 1–609（609 aa）
链 T 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.55 Å
8BHV DNA-PK XLF mediated dimer bound to PAXX 提交 2022-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 a 1–609（609 aa）
链 h 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.51 Å
8BHY DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to PAXX and XLF 提交 2022-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 B 1–609（609 aa）
链 T 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.33 Å
8BOT Cryo-EM structure of NHEJ supercomplex(trimer) 提交 2022-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：25-meric
链 B 1–609（609 aa）
链 G 1–609（609 aa）
链 T 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.76 Å
8EZA NHEJ Long-range complex with PAXX 提交 2022-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：22-meric
链 A 1–609（609 aa）
链 J 1–609（609 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.39 Å
8EZB NHEJ Long-range complex with ATP 提交 2022-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 A 1–609（609 aa）
链 J 1–609（609 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.90 Å
8RD4 Telomeric RAP1:DNA-PK complex 提交 2023-12-07 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 E 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.58 Å
9CQ3 The gap-filling complex with Pol mu engaged in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 A 1–609（609 aa）
链 a 1–609（609 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9CQ6 The ligation complex in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 A 1–609（609 aa）
链 a 1–609（609 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9CQC The ligation complex like in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 A 1–609（609 aa）
链 a 1–609（609 aa）
未记录 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9G9L DNA-PK + Polymerase lambda 提交 2024-07-25 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric
链 B 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.63 Å
9GYF Ku70/80 with PAXX peptide mutation K193R 提交 2024-10-02 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–609（609 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9HZG Ku70/80 bound to WRN-exo 提交 2025-01-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–609（609 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å
9I04 Ku70/80, DNA bound to Polymerase Mu 提交 2025-01-14 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 37–529（493 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.05 Å
9IAX DNA-PK, LX4, XLF - Catalytic domain of L4 提交 2025-02-11 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.97 Å
9IGW Ku70/80 bound to 147 bp nucleosome 提交 2025-02-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 K 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.32 Å
9IGX Ku70/80 bound to 153 bp nucleosome 提交 2025-02-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 K 34–534（501 aa）
链 M 34–534（501 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.56 Å
9IOL Cryo-EM structure of the complex of DNA, Ku70/80, and laXLF. 提交 2024-07-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 B 1–609（609 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 2OP (2S)-2-HYDROXYPROPANOIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.46 Å
9N81 A gap-filling complex with Pol mu engaged in the NHEJ Pathway 提交 2025-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric
链 A 1–609（609 aa）
链 a 1–609（609 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9N82 The ligation (AMP-Lys) complex in the NHEJ pathway 提交 2025-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 A 1–609（609 aa）
链 a 1–609（609 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9N83 The ligation complex in the NHEJ pathway 提交 2025-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric
链 A 1–609（609 aa）
链 a 1–609（609 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9Q80 Ku70/80 with Ku70 linker and SAP domain bound to a 153 bp H2AX nucleosome 提交 2025-02-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 K 1–609（609 aa）
链 M 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.39 Å
9Q8X Ku70/80 bound to a 153 bp H2AX nucleosome 提交 2025-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 K 1–609（609 aa）
链 M 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
9Q9F DNA-PK bound to a 153 bp H2AX nucleosome model 1 提交 2025-02-26 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric
链 K 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.54 Å
9QCR DNA-PK bound to 153 bp H2AX nucleosome model 2 提交 2025-03-05 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric
链 K 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.37 Å
9QCS Ku80 mediated DNA-PK dimer bound to 153 bp H2AX nucleosome 提交 2025-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：26-meric
链 K 1–609（609 aa）
链 M 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.38 Å
9QMS DNA-PK bound to 153 bp H2AX nucleosome with ATPyS 提交 2025-03-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：30-meric
链 K 1–609（609 aa）
链 M 1–609（609 aa）
链 k 1–609（609 aa）
链 m 1–609（609 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.00 Å

共 57 个其他 PDB 条目、62 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 XRCC6_HUMAN
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 T； PDB构建体 1–609； UniProt 1–609

DNA polymerase lambda

Homo sapiens

UniProt Q9UGP5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 1–575 未记录 DNA ligase 4 × 1 （P49917） X-ray repair cross-complementing protein 5 × 1 （P13010） Protein PAXX × 1 （Q9BUH6） DNA repair protein XRCC4 × 2 （Q13426） DNA-dependent protein kinase catalytic subunit × 1 （P78527） X-ray repair cross-complementing protein 6 × 1 （P12956） DNA × 1 DNA × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.25 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9GD7 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1NZP Solution Structure of the Lyase Domain of Human DNA Polymerase Lambda 提交 2003-02-19 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 242–327（86 aa） 片段：POLYMERASE LAMBDA LYASE DOMAIN(RESIDUES 242 - 327)
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）5mM Tris, 100mM NaCl, 5mM NaN3；压力 ambient
NMR样品组成 2mM pol lambda 8 kDa domain U-15N,13C; 5mM Tris-d11; 100mM NaCl; 1mM DTT; 5mM NaN3 | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
1RZT Crystal structure of DNA polymerase lambda complexed with a two nucleotide gap DNA molecule 提交 2003-12-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 245–575（331 aa） 片段：catalytic domain of polymerase lambda
突变：residues 245-575 NA SODIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；279 K；cacodylate, sodium acetate, PEG8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
分辨率 2.10 Å R-free 0.260
1RZT Crystal structure of DNA polymerase lambda complexed with a two nucleotide gap DNA molecule 提交 2003-12-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 E 245–575（331 aa） 片段：catalytic domain of polymerase lambda
突变：residues 245-575 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；279 K；cacodylate, sodium acetate, PEG8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
分辨率 2.10 Å R-free 0.260
1RZT Crystal structure of DNA polymerase lambda complexed with a two nucleotide gap DNA molecule 提交 2003-12-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 I 245–575（331 aa） 片段：catalytic domain of polymerase lambda
突变：residues 245-575 NA SODIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；279 K；cacodylate, sodium acetate, PEG8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
分辨率 2.10 Å R-free 0.260
1RZT Crystal structure of DNA polymerase lambda complexed with a two nucleotide gap DNA molecule 提交 2003-12-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 M 245–575（331 aa） 片段：catalytic domain of polymerase lambda
突变：residues 245-575 NA SODIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；279 K；cacodylate, sodium acetate, PEG8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
分辨率 2.10 Å R-free 0.260
1XSL Crystal Structure of human DNA polymerase lambda in complex with a one nucleotide DNA gap 提交 2004-10-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa） 片段：39 kDa catalytic C-terminal domain
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 CAC CACODYLATE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；MPD, Cacodylate, sodium chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.30 Å R-free 0.252
1XSL Crystal Structure of human DNA polymerase lambda in complex with a one nucleotide DNA gap 提交 2004-10-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 E 242–575（334 aa） 片段：39 kDa catalytic C-terminal domain
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；MPD, Cacodylate, sodium chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.30 Å R-free 0.252
1XSL Crystal Structure of human DNA polymerase lambda in complex with a one nucleotide DNA gap 提交 2004-10-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 I 242–575（334 aa） 片段：39 kDa catalytic C-terminal domain
未记录 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；MPD, Cacodylate, sodium chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.30 Å R-free 0.252
1XSL Crystal Structure of human DNA polymerase lambda in complex with a one nucleotide DNA gap 提交 2004-10-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 M 242–575（334 aa） 片段：39 kDa catalytic C-terminal domain
未记录 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；MPD, Cacodylate, sodium chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.30 Å R-free 0.252
1XSN Crystal Structure of human DNA polymerase lambda in complex with a one nucleotide DNA gap and ddTTP 提交 2004-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa） 片段：39 kDa catalytic C-terminal domain
突变：C543A EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；Sodium Citrate, 2-propanol, sodium chloride, cacodylate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.95 Å R-free 0.255
1XSP Crystal Structure of human DNA polymerase lambda in complex with nicked DNA and pyrophosphate 提交 2004-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa） 片段：39 kDa catalytic C-terminal domain
突变：C543A NA SODIUM ION × 4 PPV PYROPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；2-propanol, sodium citrate, sodium chloride, cacodylate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.20 Å R-free 0.242
2BCQ DNA polymerase lambda in complex with a DNA duplex containing an unpaired Dtmp 提交 2005-10-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 PPV PYROPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；Sodium citrate, sodium cacodylate, 2-propanol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.65 Å R-free 0.230
2BCR DNA polymerase lambda in complex with a DNA duplex containing an unpaired Damp 提交 2005-10-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 3 PPV PYROPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；Sodium citrate, sodium cacodylate, 2-propanol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.75 Å R-free 0.231
2BCS DNA polymerase lambda in complex with a DNA duplex containing an unpaired Dcmp 提交 2005-10-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 PPV PYROPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；Sodium citrate, sodium cacodylate, 2-propanol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.20 Å R-free 0.241
2BCU DNA polymerase lambda in complex with a DNA duplex containing an unpaired Damp and a T:T mismatch 提交 2005-10-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 3 PPV PYROPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；Sodium citrate, sodium cacodylate, 2-propanol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.20 Å R-free 0.247
2BCV DNA polymerase lambda in complex with Dttp and a DNA duplex containing an unpaired Dtmp 提交 2005-10-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 3 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；Sodium citrate, sodium cacodylate, 2-propanol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.00 Å R-free 0.232
2GWS Crystal Structure of human DNA Polymerase lambda with a G/G mismatch in the primer terminus 提交 2006-05-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 3 CAC CACODYLATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；6% MPD, 50 mM Na Cacodylate, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.253
2GWS Crystal Structure of human DNA Polymerase lambda with a G/G mismatch in the primer terminus 提交 2006-05-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 E 242–575（334 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 CAC CACODYLATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；6% MPD, 50 mM Na Cacodylate, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.253
2GWS Crystal Structure of human DNA Polymerase lambda with a G/G mismatch in the primer terminus 提交 2006-05-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 I 242–575（334 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 CAC CACODYLATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；6% MPD, 50 mM Na Cacodylate, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.253
2GWS Crystal Structure of human DNA Polymerase lambda with a G/G mismatch in the primer terminus 提交 2006-05-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 M 242–575（334 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；6% MPD, 50 mM Na Cacodylate, 100 mM NaCl, 50 mM MgCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.253
2JW5 Polymerase Lambda BRCT domain 提交 2007-10-05 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 34–135（102 aa） 片段：BRCT domain (residues 34-135)
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.5；283 K；离子强度（mmCIF原始值）0.075；压力 ambient
NMR样品组成 10 uM DSS, 25 mM TRIS, 75 mM sodium chloride, 1 mM [U-2H] DTT, 0.2 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 10 uM DSS, 25 mM TRIS, 75 mM sodium chloride, 1 mM [U-2H] DTT, 0.2 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2PFN Na in the active site of DNA Polymerase lambda 提交 2007-04-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa）
突变：C543A NA SODIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；278 K；10-20% 2-propanol, 0.2 M sodium citrate and 0.1M sodium cacodylate , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
分辨率 1.90 Å R-free 0.232
2PFO DNA Polymerase lambda in complex with DNA and dUPNPP 提交 2007-04-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa）
突变：C543A MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 NA SODIUM ION × 4 DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；278 K；10-20% 2-propanol, 0.2 M sodium citrate and 0.1M sodium cacodylate , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
分辨率 2.00 Å R-free 0.242
2PFP DNA Polymerase lambda in complex with DNA and dCTP 提交 2007-04-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa）
突变：C543A NA SODIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；278 K；10-20% 2-propanol, 0.2 M sodium citrate and 0.1M sodium cacodylate , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
分辨率 2.10 Å R-free 0.245
2PFQ Manganese promotes catalysis in a DNA polymerase lambda-DNA crystal 提交 2007-04-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa）
突变：C543A MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 PPV PYROPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；278 K；10-20% 2-propanol, 0.2 M sodium citrate and 0.1M sodium cacodylate , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
分辨率 2.10 Å R-free 0.287
3C5F Structure of a binary complex of the R517A Pol lambda mutant 提交 2008-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa） 片段：DNA binding region
突变：R517A NA SODIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2M ammonium acetate, 100 mM Hepes, pH 7 and 10% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.25 Å R-free 0.263
3C5F Structure of a binary complex of the R517A Pol lambda mutant 提交 2008-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 242–575（334 aa） 片段：DNA binding region
突变：R517A NA SODIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2M ammonium acetate, 100 mM Hepes, pH 7 and 10% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.25 Å R-free 0.263
3C5G Structure of a ternary complex of the R517K Pol lambda mutant 提交 2008-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa） 片段：DNA binding region
突变：R517K MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 4 D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.1M KCl, 10 mM MgCl2, 50 mM Tris-HCl, pH 8.5 and 30% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.20 Å R-free 0.236
3C5G Structure of a ternary complex of the R517K Pol lambda mutant 提交 2008-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 242–575（334 aa） 片段：DNA binding region
突变：R517K MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 4 D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.1M KCl, 10 mM MgCl2, 50 mM Tris-HCl, pH 8.5 and 30% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.20 Å R-free 0.236
3HW8 ternary complex of DNA polymerase lambda of a two nucleotide gapped DNA substrate with a C in the scrunch site 提交 2009-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa） 片段：UNP residues 242-575, 39 kDa catalytic domain
突变：C543A MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 4 D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；2M sodium formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.95 Å R-free 0.233
3HWT Ternary complex of DNA polymerase lambda bound to a two nucleotide gapped DNA substrate with a scrunched dA 提交 2009-06-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa） 片段：UNP residues 242-575
突变：C543A D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；19% 2-propanol, ).1 M Na Cacodylate, pH 5.5, Na Citrate 0.2M, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.95 Å R-free 0.261
3HX0 ternary complex of L277A, H511A, R514 mutant pol lambda bound to a 2 nucleotide gapped DNA substrate with a scrunched dA 提交 2009-06-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa） 片段：UNP residues 242-575, Catalytic domain
突变：L277A, H511A, R514A ,C543A D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；5% 2-propanol, 25mM ammonium acetate, 15mM magnesium acetate, 100mM cacodylic acid., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.268
3HX0 ternary complex of L277A, H511A, R514 mutant pol lambda bound to a 2 nucleotide gapped DNA substrate with a scrunched dA 提交 2009-06-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 F 242–575（334 aa） 片段：UNP residues 242-575, Catalytic domain
突变：L277A, H511A, R514A ,C543A D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；5% 2-propanol, 25mM ammonium acetate, 15mM magnesium acetate, 100mM cacodylic acid., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.268
3HX0 ternary complex of L277A, H511A, R514 mutant pol lambda bound to a 2 nucleotide gapped DNA substrate with a scrunched dA 提交 2009-06-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 K 242–575（334 aa） 片段：UNP residues 242-575, Catalytic domain
突变：L277A, H511A, R514A ,C543A D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；5% 2-propanol, 25mM ammonium acetate, 15mM magnesium acetate, 100mM cacodylic acid., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.268
3HX0 ternary complex of L277A, H511A, R514 mutant pol lambda bound to a 2 nucleotide gapped DNA substrate with a scrunched dA 提交 2009-06-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 P 242–575（334 aa） 片段：UNP residues 242-575, Catalytic domain
突变：L277A, H511A, R514A ,C543A D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；5% 2-propanol, 25mM ammonium acetate, 15mM magnesium acetate, 100mM cacodylic acid., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.268
3MDA DNA polymerase lambda in complex with araC 提交 2010-03-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 252–575（324 aa）
未记录 PPV PYROPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 hanging drop；pH 5.5；277 K；2-propanol, pH 5.5, hanging drop, temperature 277K
分辨率 2.03 Å R-free 0.259
3MDC DNA polymerase lambda in complex with dFdCTP 提交 2010-03-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 252–575（324 aa）
未记录 GTF 2'-deoxy-2',2'-difluorocytidine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) × 1 NA SODIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 hanging drop；pH 5.5；277 K；2-propanol, pH 5.5, hanging drop, temperature 277K
分辨率 2.00 Å R-free 0.266
3MGH Binary complex of a DNA polymerase lambda loop mutant 提交 2010-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–462（221 aa） 片段：Loop mutant of DNA polymerase lambda
链 A 472–575（104 aa） 片段：Loop mutant of DNA polymerase lambda
突变：SQEENGQQQ to KGET 突变：SQEENGQQQ to KGET NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 hanging drop；pH 6.5；277 K；2-propanol, pH 6.5, hanging drop, temperature 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.261
3MGH Binary complex of a DNA polymerase lambda loop mutant 提交 2010-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 C 242–462（221 aa） 片段：Loop mutant of DNA polymerase lambda
链 C 472–575（104 aa） 片段：Loop mutant of DNA polymerase lambda
突变：SQEENGQQQ to KGET 突变：SQEENGQQQ to KGET NA SODIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 hanging drop；pH 6.5；277 K；2-propanol, pH 6.5, hanging drop, temperature 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.261
3MGI Ternary complex of a DNA polymerase lambda loop mutant 提交 2010-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–462（221 aa） 片段：Loop mutant of DNA polymerase lambda
链 A 472–575（104 aa） 片段：Loop mutant of DNA polymerase lambda
突变：SQEENGQQQ to KGET 突变：SQEENGQQQ to KGET D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 hanging drop；pH 5.5；277 K；2-propanol, pH 5.5, hanging drop, temperature 277K
分辨率 2.60 Å R-free 0.270
3PML crystal structure of a polymerase lambda variant with a dGTP analog opposite a templating T 提交 2010-11-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa） 片段：UNP residues 242-575
未记录 1GC 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]guanosine × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；.1M NaCl, 0.1M Hepes pH 7.5 and 10%PEG4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.60 Å R-free 0.271
3PML crystal structure of a polymerase lambda variant with a dGTP analog opposite a templating T 提交 2010-11-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 242–575（334 aa） 片段：UNP residues 242-575
未记录 1GC 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]guanosine × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；.1M NaCl, 0.1M Hepes pH 7.5 and 10%PEG4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.60 Å R-free 0.271
3PMN ternary crystal structure of polymerase lambda variant with a GT mispair at the primer terminus with Mn2+ in the active site 提交 2010-11-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa） 片段：UNP residues 242-575
未记录 1GC 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]guanosine × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 3 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；2M formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.20 Å R-free 0.243
3PNC Ternary crystal structure of a polymerase lambda variant with a GT mispair at the primer terminus and sodium at catalytic metal site 提交 2010-11-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa） 片段：UNP residues 242-575
未记录 1GC 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]guanosine × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 3 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；277 K；2M formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.00 Å R-free 0.236
3UPQ Crystal structure of the pre-catalytic ternary complex of polymerase lambda with an rATP analog opposite a templating T. 提交 2011-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa） 片段：Loop mutant of DNA polymerase lambda
突变：SQEENGQQQ to KGET ZAN 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 MN MANGANESE (II) ION × 3 NA SODIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100mM Na HEPES pH 7.5, 1.0M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.95 Å R-free 0.244
3UQ0 Crystal structure of the post-catalytic product complex of polymerase lambda with an rAMP at the primer terminus. 提交 2011-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa） 片段：Loop mutant of DNA polymerase lambda
突变：SQEENGQQQ to KGET NA SODIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100mM Na HEPES pH 7.5, 1.0M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.14 Å R-free 0.239
3UQ2 Crystal structure of the post-catalytic product complex of polymerase lambda with an rCMP inserted opposite a templating G and dAMP inserted opposite a templating T at the primer terminus. 提交 2011-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa） 片段：Loop mutant of DNA polymerase lambda
突变：SQEENGQQQ to KGET PPV PYROPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；170mM ammonium acetate, 85mM sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 25.5% (w/v) PEG4000, 15% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.25 Å R-free 0.254
4FO6 Crystal structure of the pre-catalytic ternary complex of polymerase lambda with a dATP analog opposite a templating T and an rCMP at the primer terminus. 提交 2012-06-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：hexameric
链 A 242–575（334 aa） 片段：Loop mutant of DNA polymerase lambda
突变：SQEENGQQQ to KGET MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 F2A 2'-deoxy-5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]adenosine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；50mM MES pH 6.5, 9%(v/v) PEG400, 100mM KCL, 10mM MGCL2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.01 Å R-free 0.231
4K4G Ternary crystal structures of human DNA POLYMERASE LAMBDA IN COMPLEX WITH DNA AND L-DCTP. 提交 2013-04-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 245–575（331 aa）
未记录 1S0 4-amino-1-{2-deoxy-5-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-L-erythro-pentofuranosyl}pyrimidin-2(1H)-one × 1 CA CALCIUM ION × 6 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 4% PEG 8000 , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.15 Å R-free 0.250
4K4G Ternary crystal structures of human DNA POLYMERASE LAMBDA IN COMPLEX WITH DNA AND L-DCTP. 提交 2013-04-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 E 245–575（331 aa）
未记录 1S0 4-amino-1-{2-deoxy-5-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-L-erythro-pentofuranosyl}pyrimidin-2(1H)-one × 1 CA CALCIUM ION × 6 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 4% PEG 8000 , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.15 Å R-free 0.250
4K4G Ternary crystal structures of human DNA POLYMERASE LAMBDA IN COMPLEX WITH DNA AND L-DCTP. 提交 2013-04-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 I 245–575（331 aa）
未记录 1S0 4-amino-1-{2-deoxy-5-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-L-erythro-pentofuranosyl}pyrimidin-2(1H)-one × 1 CA CALCIUM ION × 6 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 4% PEG 8000 , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.15 Å R-free 0.250
4K4G Ternary crystal structures of human DNA POLYMERASE LAMBDA IN COMPLEX WITH DNA AND L-DCTP. 提交 2013-04-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 M 245–575（331 aa）
未记录 1S0 4-amino-1-{2-deoxy-5-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-L-erythro-pentofuranosyl}pyrimidin-2(1H)-one × 1 CA CALCIUM ION × 4 ACT ACETATE ION × 1 CAC CACODYLATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 4% PEG 8000 , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.15 Å R-free 0.250
4K4H Ternary crystal structures of a human DNA POLYMERASE LAMBDA IN COMPLEX WITH DNA AND (-)3TC-TP. 提交 2013-04-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 245–575（331 aa）
未记录 1RZ Lamivudine Triphosphate × 1 CA CALCIUM ION × 7 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 4% PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.10 Å R-free 0.260
4K4H Ternary crystal structures of a human DNA POLYMERASE LAMBDA IN COMPLEX WITH DNA AND (-)3TC-TP. 提交 2013-04-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 E 245–575（331 aa）
未记录 1RZ Lamivudine Triphosphate × 1 CA CALCIUM ION × 5 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 4% PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.10 Å R-free 0.260
4K4H Ternary crystal structures of a human DNA POLYMERASE LAMBDA IN COMPLEX WITH DNA AND (-)3TC-TP. 提交 2013-04-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 I 245–575（331 aa）
未记录 1RZ Lamivudine Triphosphate × 1 CA CALCIUM ION × 5 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 4% PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.10 Å R-free 0.260
4K4H Ternary crystal structures of a human DNA POLYMERASE LAMBDA IN COMPLEX WITH DNA AND (-)3TC-TP. 提交 2013-04-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 M 245–575（331 aa）
未记录 1RZ Lamivudine Triphosphate × 1 CA CALCIUM ION × 6 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 4% PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.10 Å R-free 0.260
4K4I Ternary crystal structures of a human DNA POLYMERASE LAMBDA IN COMPLEX WITH DNA AND (-)FTC-TP. 提交 2013-04-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 245–575（331 aa）
未记录 1RY [[(2R,5S)-5-(4-azanyl-5-fluoranyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-1,3-oxathiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 CA CALCIUM ION × 7 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 4% PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.25 Å R-free 0.274
4K4I Ternary crystal structures of a human DNA POLYMERASE LAMBDA IN COMPLEX WITH DNA AND (-)FTC-TP. 提交 2013-04-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 E 245–575（331 aa）
未记录 1RY [[(2R,5S)-5-(4-azanyl-5-fluoranyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-1,3-oxathiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 CA CALCIUM ION × 6 ACT ACETATE ION × 2 CAC CACODYLATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 4% PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.25 Å R-free 0.274
4K4I Ternary crystal structures of a human DNA POLYMERASE LAMBDA IN COMPLEX WITH DNA AND (-)FTC-TP. 提交 2013-04-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 I 245–575（331 aa）
未记录 1RY [[(2R,5S)-5-(4-azanyl-5-fluoranyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-1,3-oxathiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 CA CALCIUM ION × 5 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 4% PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.25 Å R-free 0.274
4K4I Ternary crystal structures of a human DNA POLYMERASE LAMBDA IN COMPLEX WITH DNA AND (-)FTC-TP. 提交 2013-04-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 M 245–575（331 aa）
未记录 1RY [[(2R,5S)-5-(4-azanyl-5-fluoranyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-1,3-oxathiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 CA CALCIUM ION × 5 ACT ACETATE ION × 1 CAC CACODYLATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 4% PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.25 Å R-free 0.274
4X5V Crystal structure of the post-catalytic nick complex of DNA polymerase lambda with a templating A and incorporated 8-oxo-dGMP 提交 2014-12-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 251–575（325 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CIT CITRIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0.1 M sodium citrate pH 5.6 and 1 M ammonium phosphate monobasic
分辨率 2.15 Å R-free 0.245
4XA5 Crystal structure of the pre-catalytic ternary complex of DNA polymerase lambda with a templating A and an incoming 8-oxo-dGTP 提交 2014-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 251–575（325 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 8DG 8-OXO-2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0.1 M sodium cacodylate trihydrate pH 7.4 and 1.9 M sodium acetate trihydrate
分辨率 1.90 Å R-free 0.227
4XQ8 Human DNA polymerase lambda- MgdATP binary complex and complex with 6 paired DNA 提交 2015-01-19 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 242–575（334 aa） 片段：UNP residues 242-575
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；0.1 M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1 M HEPES-Sodium, 0.1 M Potassium Sodium Tartrate
分辨率 2.80 Å R-free 0.240
4XQ8 Human DNA polymerase lambda- MgdATP binary complex and complex with 6 paired DNA 提交 2015-01-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 242–575（334 aa） 片段：UNP residues 242-575
未记录 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；0.1 M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1 M HEPES-Sodium, 0.1 M Potassium Sodium Tartrate
分辨率 2.80 Å R-free 0.240
4XRH Human DNA polymerase lambda- MgdTTP binary and complex with 6 paired DNA 提交 2015-01-21 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 242–575（334 aa） 片段：UNP residues 242-575
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate
分辨率 3.00 Å R-free 0.251
4XRH Human DNA polymerase lambda- MgdTTP binary and complex with 6 paired DNA 提交 2015-01-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 242–575（334 aa） 片段：UNP residues 242-575
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate
分辨率 3.00 Å R-free 0.251
4XUS Crystal structure of the pre-catalytic ternary complex of DNA polymerase lambda with a templating A and an incoming dTTP 提交 2015-01-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 251–575（325 aa） 片段：UNP residues 251-575
未记录 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 DOC 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0.1 M sodium acetate trihydrate 2.0 M sodium formate
分辨率 2.40 Å R-free 0.236
5CA7 Human DNA polymerase lambda- MgdGTP binary and complex with 6 paired DNA 提交 2015-06-29 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 242–575（334 aa） 片段：UNP residues 242-575
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate
分辨率 2.52 Å R-free 0.246
5CA7 Human DNA polymerase lambda- MgdGTP binary and complex with 6 paired DNA 提交 2015-06-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 242–575（334 aa） 片段：UNP residues 242-575
未记录 DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate
分辨率 2.52 Å R-free 0.246
5CB1 Apo enzyme of human Polymerase lambda 提交 2015-06-30 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 250–575（326 aa） 片段：UNP residues 250-575
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M HEPES, 3.0M Sodium Chloride
分辨率 3.30 Å R-free 0.264
5CB1 Apo enzyme of human Polymerase lambda 提交 2015-06-30 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 250–575（326 aa） 片段：UNP residues 250-575
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M HEPES, 3.0M Sodium Chloride
分辨率 3.30 Å R-free 0.264
5CHG Human DNA polymerase lambda L431A mutant- MgdGTP binary and complex with 6 paired DNA 提交 2015-07-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 242–575（334 aa） 片段：UNP residues 242-575
突变：L431A MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate
分辨率 2.90 Å R-free 0.247
5CHG Human DNA polymerase lambda L431A mutant- MgdGTP binary and complex with 6 paired DNA 提交 2015-07-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 242–575（334 aa） 片段：UNP residues 242-575
突变：L431A MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate
分辨率 2.90 Å R-free 0.247
5CJ7 Human DNA polymerase lambda L431A mutant- MgdTTP binary and complex with 6 paired DNA 提交 2015-07-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 242–575（334 aa） 片段：UNP residues 242-575
突变：L431A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate
分辨率 2.90 Å R-free 0.258
5CJ7 Human DNA polymerase lambda L431A mutant- MgdTTP binary and complex with 6 paired DNA 提交 2015-07-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 242–575（334 aa） 片段：UNP residues 242-575
突变：L431A MG MAGNESIUM ION × 1 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate
分辨率 2.90 Å R-free 0.258
5CP2 Human DNA polymerase lambda L431A mutant- Apoenzyme and complex with 6 paired DNA 提交 2015-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 242–575（334 aa） 片段：UNP residues 242-575
突变：L431A SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate
分辨率 2.36 Å R-free 0.238
5CP2 Human DNA polymerase lambda L431A mutant- Apoenzyme and complex with 6 paired DNA 提交 2015-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 242–575（334 aa） 片段：UNP residues 242-575
突变：L431A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate
分辨率 2.36 Å R-free 0.238
5CR0 Human DNA polymerase lambda L431A mutant- MgdCTP binary and complex with 6 paired DNA 提交 2015-07-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 242–575（334 aa） 片段：UNP residues 242-575
突变：L431A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate
分辨率 2.75 Å R-free 0.281
5CR0 Human DNA polymerase lambda L431A mutant- MgdCTP binary and complex with 6 paired DNA 提交 2015-07-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 242–575（334 aa） 片段：UNP residues 242-575
突变：L431A MG MAGNESIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate
分辨率 2.75 Å R-free 0.281
5CWR Crystal Structure of human DNA polymerase lambda L431A mutant in complex with a one nucleotide DNA gap and dCTP 提交 2015-07-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 250–575（326 aa） 片段：UNP residues 250-575
突变：L431A DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.15 M Potassium Bromide, 30% Polyethylene Glycol Monomethyl ether 2000
分辨率 2.50 Å R-free 0.234
5CWR Crystal Structure of human DNA polymerase lambda L431A mutant in complex with a one nucleotide DNA gap and dCTP 提交 2015-07-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 250–575（326 aa） 片段：UNP residues 250-575
突变：L431A DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.15 M Potassium Bromide, 30% Polyethylene Glycol Monomethyl ether 2000
分辨率 2.50 Å R-free 0.234
5DDM Human DNA polymerase lambda- Apoenzyme and complex with 6 paired DNA 提交 2015-08-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 242–575（334 aa） 片段：UNP residues 242-575
未记录 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate
分辨率 2.80 Å R-free 0.239
5DDM Human DNA polymerase lambda- Apoenzyme and complex with 6 paired DNA 提交 2015-08-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 242–575（334 aa） 片段：UNP residues 242-575
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M HEPES-Sodium, 0.1M Potassium Sodium Tartrate
分辨率 2.80 Å R-free 0.239
5DDY Binary complex of human Polymerase lambda with dCTP 提交 2015-08-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 242–575（334 aa） 片段：UNP residues 242-575
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M HEPES, 3.0M Sodium Chloride
分辨率 3.36 Å R-free 0.297
5DDY Binary complex of human Polymerase lambda with dCTP 提交 2015-08-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 242–575（334 aa） 片段：UNP residues 242-575
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M HEPES, 3.0M Sodium Chloride
分辨率 3.36 Å R-free 0.297
5DDY Binary complex of human Polymerase lambda with dCTP 提交 2015-08-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 242–575（334 aa） 片段：UNP residues 242-575
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M HEPES, 3.0M Sodium Chloride
分辨率 3.36 Å R-free 0.297
5DDY Binary complex of human Polymerase lambda with dCTP 提交 2015-08-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 G 242–575（334 aa） 片段：UNP residues 242-575
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M HEPES, 3.0M Sodium Chloride
分辨率 3.36 Å R-free 0.297
5DKW Ternary crystal structure of polymerase lambda with a GA mispair at the primer terminus with Ca2+ in the active 提交 2015-09-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 249–575（327 aa） 片段：UNP residues 249-575
未记录 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, 30%(v/v) Jeffamine ED-2100 Reagent
分辨率 2.69 Å R-free 0.233
5DKW Ternary crystal structure of polymerase lambda with a GA mispair at the primer terminus with Ca2+ in the active 提交 2015-09-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 249–575（327 aa） 片段：UNP residues 249-575
未记录 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, 30%(v/v) Jeffamine ED-2100 Reagent
分辨率 2.69 Å R-free 0.233
5III Crystal structure of the pre-catalytic ternary complex of DNA polymerase lambda with a templating 8-oxo-dG and an incoming dATP 提交 2016-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa）
未记录 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 1.80 Å R-free 0.225
5IIJ Crystal structure of the pre-catalytic ternary complex of DNA polymerase lambda with a templating 8-oxo-dG and an incoming dCTP 提交 2016-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa）
未记录 DCT 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH 7.0 and 1.0 M sodium acetate trihydrate
分辨率 1.72 Å R-free 0.224
5IIK Crystal structure of the post-catalytic nick complex of DNA polymerase lambda with a templating 8-oxo-dG and incorporated dC 提交 2016-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa）
未记录 CIT CITRIC ACID × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate pH 4.8, and 2-7% PEG 4000
分辨率 1.98 Å R-free 0.238
5IIL Crystal structure of the post-catalytic nick complex of DNA polymerase lambda with a templating 8-oxo-dG and incorporated dA 提交 2016-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa）
未记录 CIT CITRIC ACID × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate pH 4.8, and 3-5% PEG 4000
分辨率 1.96 Å R-free 0.217
5IIM Crystal structure of the pre-catalytic ternary extension complex of DNA polymerase lambda with an 8-oxo-dG:dA base-pair 提交 2016-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa）
未记录 DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate pH 4.8, and 3-5% PEG 4000
分辨率 1.94 Å R-free 0.216
5IIN Crystal structure of the pre-catalytic ternary extension complex of DNA polymerase lambda with an 8-oxo-dG:dC base-pair 提交 2016-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa）
未记录 DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate pH 4.8, and 3-5% PEG 4000
分辨率 2.15 Å R-free 0.231
5IIO Crystal structure of the DNA polymerase lambda binary complex 提交 2016-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0.1 M KCl, 0.01 M CaCl2, 0.05 M HEPES pH 7.0, and 10% PEG 400
分辨率 2.08 Å R-free 0.235
5IIO Crystal structure of the DNA polymerase lambda binary complex 提交 2016-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 E 242–575（334 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0.1 M KCl, 0.01 M CaCl2, 0.05 M HEPES pH 7.0, and 10% PEG 400
分辨率 2.08 Å R-free 0.235
5IIO Crystal structure of the DNA polymerase lambda binary complex 提交 2016-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 I 242–575（334 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0.1 M KCl, 0.01 M CaCl2, 0.05 M HEPES pH 7.0, and 10% PEG 400
分辨率 2.08 Å R-free 0.235
5IIO Crystal structure of the DNA polymerase lambda binary complex 提交 2016-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 M 242–575（334 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0.1 M KCl, 0.01 M CaCl2, 0.05 M HEPES pH 7.0, and 10% PEG 400
分辨率 2.08 Å R-free 0.235
5W4G Importin binding to NLS peptide of DNA polymerase lambda 提交 2017-06-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 4–32（29 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Bis Tris Propane 1.4 M Ammonium Sulfate
分辨率 2.04 Å R-free 0.200
7M07 Pre-catalytic ternary complex of DNA Polymerase Lambda with bound 1-nt gapped SSB substrate and incoming dUMPNPP 提交 2021-03-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 234–575（342 aa）
未记录 DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 5 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；37.5mM Na cacodylate pH 6.5, 150mM KCl, 75mM magnesium acetate, 7.5% (w/v) PEG 8000
分辨率 1.57 Å R-free 0.188
7M08 Post-catalytic nicked complex of DNA Polymerase Lambda with bound 1-nt gapped SSB substrate and incoming dUMPNPP 提交 2021-03-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 234–575（342 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；37.5mM Na cacodylate pH 6.5, 150mM KCl, 75mM magnesium acetate, 7.5% (w/v) PEG8000
分辨率 1.70 Å R-free 0.209
7M09 Pre-catalytic quaternary complex of DNA Polymerase Lambda with blunt-ended DSB substrate and incoming dUMPNPP 提交 2021-03-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric
链 A 234–575（342 aa）
未记录 DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；80mM Na cacodylate pH 6.5, 0.16mM calcium acetate, 14.4% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) glycerol
分辨率 1.65 Å R-free 0.186
7M0A Incomplete in crystallo incorporation by DNA Polymerase Lambda bound to blunt-ended DSB substrate and incoming dTTP 提交 2021-03-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric
链 A 234–575（342 aa）
未记录 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 PPV PYROPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；80mM Na cacodylate pH 6.5, 0.16M calcium acetate, 14.4% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) glycerol
分辨率 1.83 Å R-free 0.193
7M0B Pre-catalytic quaternary complex of DNA Polymerase Lambda with bound mismatched DSB and incoming dUMPNPP 提交 2021-03-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric
链 A 234–575（342 aa）
未记录 DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 4 SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；76.5mM Na cacodylate pH 6.5, 0.153M ammonium sulfate, 22.95% (w/v) PEG8000, 13.5% (v/v) glycerol, 0.2M NDSB-201
分辨率 2.00 Å R-free 0.200
7M0C Post-catalytic nicked complex of DNA Polymerase Lambda with bound mismatched DSB substrate 提交 2021-03-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric
链 A 234–575（342 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 PPV PYROPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；76.5mM Na cacodylate pH 6.5, 0.153M ammonium sulfate, 22.95% (w/v) PEG 8000, 13.5% (v/v) glycerol, 0.2M NDSB-201
分辨率 2.65 Å R-free 0.229
7M0D Pre-catalytic quaternary complex of DNA Polymerase Lambda with bound complementary DSB substrate and incoming dUMPNPP 提交 2021-03-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric
链 A 234–575（342 aa）
未记录 DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 3 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 CIT CITRIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.192M tri-potassium citrate, 18.8% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.80 Å R-free 0.189
7M0D Pre-catalytic quaternary complex of DNA Polymerase Lambda with bound complementary DSB substrate and incoming dUMPNPP 提交 2021-03-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric
链 B 234–575（342 aa）
未记录 DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 3 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 CIT CITRIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 FMT FORMIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.192M tri-potassium citrate, 18.8% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.80 Å R-free 0.189
7M0E Pre-catalytic synaptic complex of DNA Polymerase Lambda with gapped DSB substrate and incoming dUMPNPP 提交 2021-03-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 232–575（344 aa）
未记录 DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.138M sodium sulfate, 20% (w/v) PEG 3350
分辨率 2.25 Å R-free 0.222
7M0E Pre-catalytic synaptic complex of DNA Polymerase Lambda with gapped DSB substrate and incoming dUMPNPP 提交 2021-03-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 232–575（344 aa）
未记录 DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.138M sodium sulfate, 20% (w/v) PEG 3350
分辨率 2.25 Å R-free 0.222
7M0E Pre-catalytic synaptic complex of DNA Polymerase Lambda with gapped DSB substrate and incoming dUMPNPP 提交 2021-03-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 C 232–575（344 aa）
未记录 DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.138M sodium sulfate, 20% (w/v) PEG 3350
分辨率 2.25 Å R-free 0.222
7M0E Pre-catalytic synaptic complex of DNA Polymerase Lambda with gapped DSB substrate and incoming dUMPNPP 提交 2021-03-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 D 232–575（344 aa）
未记录 DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.138M sodium sulfate, 20% (w/v) PEG 3350
分辨率 2.25 Å R-free 0.222
7M43 DNA Polymerase Lambda, TTP:At Ca2+ Ground State Ternary Complex 提交 2021-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa）
突变：Loop1, C543A CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 5 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
分辨率 1.98 Å R-free 0.231
7M44 DNA Polymerase Lambda, TTP:At Mg2+ Reaction State Ternary Complex, 90 sec 提交 2021-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa）
突变：loop1, C543A TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 3 PPV PYROPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
分辨率 1.90 Å R-free 0.226
7M45 DNA Polymerase Lambda, TTP:At Mg2+ Reaction State Ternary Complex, 120 sec 提交 2021-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa）
突变：loop1, C543A PPV PYROPHOSPHATE × 1 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SRT S,R MESO-TARTARIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
分辨率 1.89 Å R-free 0.242
7M46 DNA Polymerase Lambda, TTP:At Mg2+ Product State Ternary Complex, 5 min 提交 2021-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa）
突变：loop1, C543A MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PPV PYROPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
分辨率 1.92 Å R-free 0.216
7M47 DNA Polymerase Lambda, TTP:At Mg2+ Product State Ternary Complex, 60 min 提交 2021-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa）
突变：loop1, C543A SRT S,R MESO-TARTARIC ACID × 1 NA SODIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 PPV PYROPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
分辨率 1.65 Å R-free 0.208
7M48 DNA Polymerase Lambda, TTP:At Mg2+ Product State Ternary Complex, 960 min 提交 2021-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa）
突变：loop1, C543A NA SODIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 OXL OXALATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
分辨率 1.93 Å R-free 0.220
7M49 DNA Polymerase Lambda, TTP:At Mn2+ Reaction State Ternary Complex, 5 min 提交 2021-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa）
突变：loop1, C543A NA SODIUM ION × 3 MN MANGANESE (II) ION × 4 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 PPV PYROPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
分辨率 1.60 Å R-free 0.216
7M4A DNA Polymerase Lambda, TTP:At Mn2+ Product State Ternary Complex, 20 min 提交 2021-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa）
突变：loop1, C543A PPV PYROPHOSPHATE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 4 NA SODIUM ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
分辨率 1.87 Å R-free 0.220
7M4B DNA Polymerase Lambda, TTP:At Mn2+ Product State Ternary Complex, 60 min 提交 2021-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa）
突变：loop1, C543A MN MANGANESE (II) ION × 4 NA SODIUM ION × 3 PPV PYROPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
分辨率 1.66 Å R-free 0.202
7M4C DNA Polymerase Lambda, TTP:At Mn2+ Product State Ternary Complex, 960 min 提交 2021-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa）
突变：C543A PPV PYROPHOSPHATE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 3 NA SODIUM ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
分辨率 1.95 Å R-free 0.214
7M4D DNA Polymerase Lambda, dCTP:At Ca2+ Ground State Ternary Complex 提交 2021-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa）
突变：C543A CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
分辨率 1.82 Å R-free 0.254
7M4E DNA Polymerase Lambda, dCTP:At Mg2+ Reaction State Ternary Complex, 120 min 提交 2021-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa）
突变：C543A PPV PYROPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 2 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
分辨率 1.90 Å R-free 0.233
7M4F DNA Polymerase Lambda, dCTP:At Mg2+ Product State Ternary Complex, 300 min 提交 2021-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa）
突变：C543A NA SODIUM ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 PPV PYROPHOSPHATE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
分辨率 1.95 Å R-free 0.241
7M4G DNA Polymerase Lambda, dCTP:At Mg2+ Product State Ternary Complex, 960 min 提交 2021-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa）
突变：C543A NA SODIUM ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
分辨率 1.88 Å R-free 0.239
7M4H DNA Polymerase Lambda, dCTP:At Mn2+ Reaction State Ternary Complex, 225 min 提交 2021-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa）
突变：C543A MN MANGANESE (II) ION × 3 NA SODIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PPV PYROPHOSPHATE × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
分辨率 1.92 Å R-free 0.228
7M4I DNA Polymerase Lambda, dCTP:At Mn2+ Product State Ternary Complex, 420 min 提交 2021-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa）
突变：C543A MN MANGANESE (II) ION × 3 NA SODIUM ION × 3 PPV PYROPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
分辨率 2.00 Å R-free 0.247
7M4J DNA Polymerase Lambda, dCTP:At Mn2+ Product State Ternary Complex, 960 min 提交 2021-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa）
突变：C543A MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
分辨率 2.38 Å R-free 0.261
7M4K DNA Polymerase Lambda, TTPaS:At Ca2+ Ground State Ternary Complex 提交 2021-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa）
突变：C543A CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 YQS [[(2~{R},3~{S},5~{R})-5-[5-methyl-2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-sulfanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
分辨率 1.72 Å R-free 0.227
7M4L DNA Polymerase Lambda, TTPaS:At Mn2+ Product State Ternary Complex, 60 min 提交 2021-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–575（334 aa）
突变：C543A MN MANGANESE (II) ION × 3 NA SODIUM ION × 2 PPV PYROPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
分辨率 1.70 Å R-free 0.215
7UN7 DNA Polymerase lambda in complex with a 1nt microhomology substrate 提交 2022-04-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric
链 A 242–575（334 aa）
突变：C543A TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；80-95mM BICINE pH 8.3, 0.3M Na-K Tartrate, 18-22.5% PolyPure PEG
分辨率 2.04 Å R-free 0.247
8U0O Synaptic complex of human DNA polymerase Lambda DL variant engaged on a DNA double-strand break containing an unpaired 3' primer terminus 提交 2023-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 234–575（342 aa）
突变：Ser463-Gln471 deletion and replacement with KGET NA SODIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；0.1 M ADA pH 6.5, 1 M ammonium phosphate dibasic
分辨率 2.05 Å R-free 0.259
8U0P Synaptic complex of human DNA polymerase Lambda DL variant engaged on a noncomplementary DNA double-strand break 提交 2023-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 234–464（231 aa）
链 A 472–575（104 aa）
突变：Glu465-Gln471 deletion and replacement with single glycine 突变：Glu465-Gln471 deletion and replacement with single glycine MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 4 SO4 SULFATE ION × 1 DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；85 mM Na cacodylate pH 6.5, 0.17 M ammonium sulfate, 25.5 % (w/v) PEG 8000, 15% (v/v) glycerol
分辨率 1.90 Å R-free 0.193
9EWB DNA Polymerase Lambda I493R, TTP:At Ca2+ Ground State Ternary Complex 提交 2024-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–462（221 aa）
链 A 472–575（104 aa）
突变：I493R 突变：I493R CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；20 mM bicine pH 7,5, 300 mM Na-K tartrate, 22,5% PEG Smear high
分辨率 2.32 Å R-free 0.225
9EWC DNA Polymerase Lambda I493R 528-530 NEY, TTP:At Ca2+ Ground State Ternary Complex 提交 2024-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–462（221 aa）
链 A 472–575（104 aa）
突变：I493R,[528-530] NEY 突变：I493R,[528-530] NEY NA SODIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；20 mM bicine pH 7.5 300 mM Na-K tartrate 20% PEG 1000
分辨率 3.67 Å R-free 0.293
9EWC DNA Polymerase Lambda I493R 528-530 NEY, TTP:At Ca2+ Ground State Ternary Complex 提交 2024-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 C 242–462（221 aa）
链 C 472–575（104 aa）
突变：I493R,[528-530] NEY 突变：I493R,[528-530] NEY NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；20 mM bicine pH 7.5 300 mM Na-K tartrate 20% PEG 1000
分辨率 3.67 Å R-free 0.293
9EWD DNA Polymerase Lambda I493K E529D, TMP:At Ca2+ Ground State Ternary Complex 提交 2024-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–462（221 aa）
链 A 472–575（104 aa）
未记录 TMP THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 GOL GLYCEROL × 1 K POTASSIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；20 mM bicine pH7.5 300 mM Na-K tartrate 20% PEG 20K
分辨率 2.12 Å R-free 0.245
9EWE DNA Polymerase Lambda I493K, E529D, Ca2+ Ground State Ternary Complex 提交 2024-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–462（221 aa）
链 A 472–575（104 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；20 mM bicine pH7.5 300 mM Na-K tartrate 14% PEG 10K
分辨率 3.04 Å R-free 0.279
9EWG DNA Polymerase Lambda I493K, TTP:At Ca2+ Ground State Ternary Complex 提交 2024-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 242–462（221 aa）
链 A 472–575（104 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 TMP THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；20 mM bicine pH7.5 300 mM Na-K tartrate 17.5% PEG 20K 10 mM praseodyme acetate
分辨率 2.00 Å R-free 0.252
9G9L DNA-PK + Polymerase lambda 提交 2024-07-25 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric
链 F 1–575（575 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.63 Å
9NPU Pre-catalytic ternary complex of DNA Polymerase Lambda with bound 1-nt gapped SSB substrate containing template ribonucleotide opposite primer terminus, and incoming dUMPNPP 提交 2025-03-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 234–575（342 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 DUP 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；68 mM Na cacodylate pH 6.5, 20.4% (w/v) PEG8000, 136 mM ammonium sulfate, 12% (v/v) glycerol
分辨率 1.63 Å R-free 0.199

共 95 个其他 PDB 条目、142 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DPOLL_HUMAN
Isoform —
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–575； UniProt 1–575

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9gd7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9gd7
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9gd7
沉积日期 deposition_date2024-08-05
结构标题 titleDNA-PK Ku80 mediated dimer bound to DNA polymerase Lambda and DNA ligase 4/XRCC4
关键词 keywordsKinase, complex, DNA-binding, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier67.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron67.06 Å
零角强度 I(0) i04819480000.00
分子量 molecular_weight593990.0 kDa
排除体积 excluded_volume746460 ų
包络体积 envelope_volume1170200 ų
水化壳体积 shell_volume145790 ų
包络直径 envelope_diameter230.3 Å
壳层 Rg shell_rg67.39 Å
包络 Rg envelope_rg65.59 Å
形状 Rg shape_rg67.08 Å
总 Rg total_rg67.00 Å
总原子数 total_atoms41717
残基数 n_residues5208
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax239.6 Å
Rg (实空间) rg_real67.08 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.26 Å
I(0) (实空间) i0_real4.8200e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0020e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal67.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4819000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8589
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary72.9 Å
偏度 Skewness skewness0.325
峰度 Kurtosis kurtosis-0.378
角度范围 angular_range— – 0.1150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0018
最高正则化参数 α highest_alpha449400000.0000
实空间数据点数 n_real_points24
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.788; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.798
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)