9gy6

Mycobacterial cytochrome bc1:aa3 with inhibitor

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit

Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit × 2 （A0R052） Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit × 2 （A0R050） Transmembrane protein × 2 （A0QVH4） Cytochrome c oxidase subunit 2 × 2 （A0R057） Cytochrome c oxidase subunit 1 × 2 （A0A2U9PNL2） Cytochrome c oxidase subunit 3 × 2 （A0R049） Cytochrome c oxidase polypeptide 4 × 2 （A0R056） Secreted protein × 2 （A0R1B6） DUF5130 domain-containing protein × 2 （A0R1B5） Superoxide dismutase [Cu-Zn] × 2 （A0QQQ1） FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 ;(2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate ; × 4 PALMITIC ACID × 4 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 CARDIOLIPIN × 17 ;6-chloranyl-2-ethyl-N-[[4-[2-(trifluoromethylsulfonyl)-2-azaspiro[3.3]heptan-6-yl]phenyl]methyl]imidazo[1,2-a]pyridine-3-carboxamide ; × 2 HEME C × 4 MENAQUINONE-9 × 2 (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate × 4 COPPER (II) ION × 8 HEME-A × 4 CALCIUM ION × 2 MENAQUINONE-7 × 2 water × 19	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0R051_MYCS2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 15–421； UniProt 2–408 作者链 M； PDB构建体 15–421； UniProt 2–408

Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit

Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

UniProt A0R052

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit × 2 （A0R051） Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit × 2 （A0R050） Transmembrane protein × 2 （A0QVH4） Cytochrome c oxidase subunit 2 × 2 （A0R057） Cytochrome c oxidase subunit 1 × 2 （A0A2U9PNL2） Cytochrome c oxidase subunit 3 × 2 （A0R049） Cytochrome c oxidase polypeptide 4 × 2 （A0R056） Secreted protein × 2 （A0R1B6） DUF5130 domain-containing protein × 2 （A0R1B5） Superoxide dismutase [Cu-Zn] × 2 （A0QQQ1） FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 ;(2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate ; × 4 PALMITIC ACID × 4 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 CARDIOLIPIN × 17 ;6-chloranyl-2-ethyl-N-[[4-[2-(trifluoromethylsulfonyl)-2-azaspiro[3.3]heptan-6-yl]phenyl]methyl]imidazo[1,2-a]pyridine-3-carboxamide ; × 2 HEME C × 4 MENAQUINONE-9 × 2 (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate × 4 COPPER (II) ION × 8 HEME-A × 4 CALCIUM ION × 2 MENAQUINONE-7 × 2 water × 19	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0R052_MYCS2
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–546； UniProt 1–546 作者链 N； PDB构建体 1–546； UniProt 1–546

Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit

Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

UniProt A0R050

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit × 2 （A0R051） Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit × 2 （A0R052） Transmembrane protein × 2 （A0QVH4） Cytochrome c oxidase subunit 2 × 2 （A0R057） Cytochrome c oxidase subunit 1 × 2 （A0A2U9PNL2） Cytochrome c oxidase subunit 3 × 2 （A0R049） Cytochrome c oxidase polypeptide 4 × 2 （A0R056） Secreted protein × 2 （A0R1B6） DUF5130 domain-containing protein × 2 （A0R1B5） Superoxide dismutase [Cu-Zn] × 2 （A0QQQ1） FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 ;(2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate ; × 4 PALMITIC ACID × 4 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 CARDIOLIPIN × 17 ;6-chloranyl-2-ethyl-N-[[4-[2-(trifluoromethylsulfonyl)-2-azaspiro[3.3]heptan-6-yl]phenyl]methyl]imidazo[1,2-a]pyridine-3-carboxamide ; × 2 HEME C × 4 MENAQUINONE-9 × 2 (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate × 4 COPPER (II) ION × 8 HEME-A × 4 CALCIUM ION × 2 MENAQUINONE-7 × 2 water × 19	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0R050_MYCS2
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–268； UniProt 1–268 作者链 O； PDB构建体 1–268； UniProt 1–268

Transmembrane protein

Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

UniProt A0QVH4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit × 2 （A0R051） Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit × 2 （A0R052） Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit × 2 （A0R050） Cytochrome c oxidase subunit 2 × 2 （A0R057） Cytochrome c oxidase subunit 1 × 2 （A0A2U9PNL2） Cytochrome c oxidase subunit 3 × 2 （A0R049） Cytochrome c oxidase polypeptide 4 × 2 （A0R056） Secreted protein × 2 （A0R1B6） DUF5130 domain-containing protein × 2 （A0R1B5） Superoxide dismutase [Cu-Zn] × 2 （A0QQQ1） FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 ;(2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate ; × 4 PALMITIC ACID × 4 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 CARDIOLIPIN × 17 ;6-chloranyl-2-ethyl-N-[[4-[2-(trifluoromethylsulfonyl)-2-azaspiro[3.3]heptan-6-yl]phenyl]methyl]imidazo[1,2-a]pyridine-3-carboxamide ; × 2 HEME C × 4 MENAQUINONE-9 × 2 (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate × 4 COPPER (II) ION × 8 HEME-A × 4 CALCIUM ION × 2 MENAQUINONE-7 × 2 water × 19	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0QVH4_MYCS2
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–84； UniProt 1–84 作者链 P； PDB构建体 1–84； UniProt 1–84

Cytochrome c oxidase subunit 2

Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

UniProt A0R057

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit × 2 （A0R051） Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit × 2 （A0R052） Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit × 2 （A0R050） Transmembrane protein × 2 （A0QVH4） Cytochrome c oxidase subunit 1 × 2 （A0A2U9PNL2） Cytochrome c oxidase subunit 3 × 2 （A0R049） Cytochrome c oxidase polypeptide 4 × 2 （A0R056） Secreted protein × 2 （A0R1B6） DUF5130 domain-containing protein × 2 （A0R1B5） Superoxide dismutase [Cu-Zn] × 2 （A0QQQ1） FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 ;(2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate ; × 4 PALMITIC ACID × 4 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 CARDIOLIPIN × 17 ;6-chloranyl-2-ethyl-N-[[4-[2-(trifluoromethylsulfonyl)-2-azaspiro[3.3]heptan-6-yl]phenyl]methyl]imidazo[1,2-a]pyridine-3-carboxamide ; × 2 HEME C × 4 MENAQUINONE-9 × 2 (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate × 4 COPPER (II) ION × 8 HEME-A × 4 CALCIUM ION × 2 MENAQUINONE-7 × 2 water × 19	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0R057_MYCS2
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341 作者链 Q； PDB构建体 1–341； UniProt 1–341

Cytochrome c oxidase subunit 1

Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

UniProt A0A2U9PNL2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit × 2 （A0R051） Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit × 2 （A0R052） Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit × 2 （A0R050） Transmembrane protein × 2 （A0QVH4） Cytochrome c oxidase subunit 2 × 2 （A0R057） Cytochrome c oxidase subunit 3 × 2 （A0R049） Cytochrome c oxidase polypeptide 4 × 2 （A0R056） Secreted protein × 2 （A0R1B6） DUF5130 domain-containing protein × 2 （A0R1B5） Superoxide dismutase [Cu-Zn] × 2 （A0QQQ1） FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 ;(2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate ; × 4 PALMITIC ACID × 4 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 CARDIOLIPIN × 17 ;6-chloranyl-2-ethyl-N-[[4-[2-(trifluoromethylsulfonyl)-2-azaspiro[3.3]heptan-6-yl]phenyl]methyl]imidazo[1,2-a]pyridine-3-carboxamide ; × 2 HEME C × 4 MENAQUINONE-9 × 2 (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate × 4 COPPER (II) ION × 8 HEME-A × 4 CALCIUM ION × 2 MENAQUINONE-7 × 2 water × 19	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0A2U9PNL2_MYCSE
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 21–575； UniProt 1–555 作者链 R； PDB构建体 21–575； UniProt 1–555

Cytochrome c oxidase subunit 3

Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

UniProt A0R049

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit × 2 （A0R051） Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit × 2 （A0R052） Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit × 2 （A0R050） Transmembrane protein × 2 （A0QVH4） Cytochrome c oxidase subunit 2 × 2 （A0R057） Cytochrome c oxidase subunit 1 × 2 （A0A2U9PNL2） Cytochrome c oxidase polypeptide 4 × 2 （A0R056） Secreted protein × 2 （A0R1B6） DUF5130 domain-containing protein × 2 （A0R1B5） Superoxide dismutase [Cu-Zn] × 2 （A0QQQ1） FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 ;(2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate ; × 4 PALMITIC ACID × 4 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 CARDIOLIPIN × 17 ;6-chloranyl-2-ethyl-N-[[4-[2-(trifluoromethylsulfonyl)-2-azaspiro[3.3]heptan-6-yl]phenyl]methyl]imidazo[1,2-a]pyridine-3-carboxamide ; × 2 HEME C × 4 MENAQUINONE-9 × 2 (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate × 4 COPPER (II) ION × 8 HEME-A × 4 CALCIUM ION × 2 MENAQUINONE-7 × 2 water × 19	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0R049_MYCS2
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–203； UniProt 1–203 作者链 S； PDB构建体 1–203； UniProt 1–203

Cytochrome c oxidase polypeptide 4

Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

UniProt A0R056

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit × 2 （A0R051） Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit × 2 （A0R052） Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit × 2 （A0R050） Transmembrane protein × 2 （A0QVH4） Cytochrome c oxidase subunit 2 × 2 （A0R057） Cytochrome c oxidase subunit 1 × 2 （A0A2U9PNL2） Cytochrome c oxidase subunit 3 × 2 （A0R049） Secreted protein × 2 （A0R1B6） DUF5130 domain-containing protein × 2 （A0R1B5） Superoxide dismutase [Cu-Zn] × 2 （A0QQQ1） FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 ;(2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate ; × 4 PALMITIC ACID × 4 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 CARDIOLIPIN × 17 ;6-chloranyl-2-ethyl-N-[[4-[2-(trifluoromethylsulfonyl)-2-azaspiro[3.3]heptan-6-yl]phenyl]methyl]imidazo[1,2-a]pyridine-3-carboxamide ; × 2 HEME C × 4 MENAQUINONE-9 × 2 (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate × 4 COPPER (II) ION × 8 HEME-A × 4 CALCIUM ION × 2 MENAQUINONE-7 × 2 water × 19	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0R056_MYCS2
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–139； UniProt 1–139 作者链 T； PDB构建体 1–139； UniProt 1–139

Secreted protein

Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

UniProt A0R1B6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit × 2 （A0R051） Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit × 2 （A0R052） Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit × 2 （A0R050） Transmembrane protein × 2 （A0QVH4） Cytochrome c oxidase subunit 2 × 2 （A0R057） Cytochrome c oxidase subunit 1 × 2 （A0A2U9PNL2） Cytochrome c oxidase subunit 3 × 2 （A0R049） Cytochrome c oxidase polypeptide 4 × 2 （A0R056） DUF5130 domain-containing protein × 2 （A0R1B5） Superoxide dismutase [Cu-Zn] × 2 （A0QQQ1） FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 ;(2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate ; × 4 PALMITIC ACID × 4 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 CARDIOLIPIN × 17 ;6-chloranyl-2-ethyl-N-[[4-[2-(trifluoromethylsulfonyl)-2-azaspiro[3.3]heptan-6-yl]phenyl]methyl]imidazo[1,2-a]pyridine-3-carboxamide ; × 2 HEME C × 4 MENAQUINONE-9 × 2 (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate × 4 COPPER (II) ION × 8 HEME-A × 4 CALCIUM ION × 2 MENAQUINONE-7 × 2 water × 19	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0R1B6_MYCS2
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–79； UniProt 1–79 作者链 U； PDB构建体 1–79； UniProt 1–79

DUF5130 domain-containing protein

Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

UniProt A0R1B5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit × 2 （A0R051） Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit × 2 （A0R052） Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit × 2 （A0R050） Transmembrane protein × 2 （A0QVH4） Cytochrome c oxidase subunit 2 × 2 （A0R057） Cytochrome c oxidase subunit 1 × 2 （A0A2U9PNL2） Cytochrome c oxidase subunit 3 × 2 （A0R049） Cytochrome c oxidase polypeptide 4 × 2 （A0R056） Secreted protein × 2 （A0R1B6） Superoxide dismutase [Cu-Zn] × 2 （A0QQQ1） FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 ;(2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate ; × 4 PALMITIC ACID × 4 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 CARDIOLIPIN × 17 ;6-chloranyl-2-ethyl-N-[[4-[2-(trifluoromethylsulfonyl)-2-azaspiro[3.3]heptan-6-yl]phenyl]methyl]imidazo[1,2-a]pyridine-3-carboxamide ; × 2 HEME C × 4 MENAQUINONE-9 × 2 (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate × 4 COPPER (II) ION × 8 HEME-A × 4 CALCIUM ION × 2 MENAQUINONE-7 × 2 water × 19	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Y4692_MYCS2
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–157； UniProt 1–157 作者链 V； PDB构建体 1–157； UniProt 1–157

Superoxide dismutase [Cu-Zn]

Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

UniProt A0QQQ1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit × 2 （A0R051） Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit × 2 （A0R052） Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit × 2 （A0R050） Transmembrane protein × 2 （A0QVH4） Cytochrome c oxidase subunit 2 × 2 （A0R057） Cytochrome c oxidase subunit 1 × 2 （A0A2U9PNL2） Cytochrome c oxidase subunit 3 × 2 （A0R049） Cytochrome c oxidase polypeptide 4 × 2 （A0R056） Secreted protein × 2 （A0R1B6） DUF5130 domain-containing protein × 2 （A0R1B5） FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 ;(2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate ; × 4 PALMITIC ACID × 4 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 CARDIOLIPIN × 17 ;6-chloranyl-2-ethyl-N-[[4-[2-(trifluoromethylsulfonyl)-2-azaspiro[3.3]heptan-6-yl]phenyl]methyl]imidazo[1,2-a]pyridine-3-carboxamide ; × 2 HEME C × 4 MENAQUINONE-9 × 2 (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate × 4 COPPER (II) ION × 8 HEME-A × 4 CALCIUM ION × 2 MENAQUINONE-7 × 2 water × 19	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0QQQ1_MYCS2
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–236； UniProt 1–236 作者链 X； PDB构建体 1–236； UniProt 1–236

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gy6
沉积日期 deposition_date	2024-10-01
结构标题 title	Mycobacterial cytochrome bc1:aa3 with inhibitor
关键词 keywords	membrane protein, inhibitor complex, mycobacterium, cytochrome bc, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9gy6__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9gy6__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9gy6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	63.91 Å
Rg（电子密度）	63.89 Å
总 Rg	63.66 Å
原子数	43096
残基数	5206
排除体积	785460 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9gy6__assembly_1__model_1`	22-meric （22）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (25)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit
分子量 formula_weight	46383.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,M
原子数 atom_count	43307

MDYRNGGRHRCGHVDRIASMSQDSPDIKGTDAPGQTGVPGQPTDAELAEMSREELVKLGGKIDGVETIFKEPRWPVPGTKAEKRTERLVAYWLMLGGLSGLALLLVFLFWPWEYQPFGSEGEFLYSLATPLYGLTFGLSILSIGIGAVLFQKKFIPEEISVQDRHDGRSPEVHRKTVAANLTDALEGSTLKRRKVIGLSLGIGLGAFGAGTLVAFIGGLIKNPWKPVVPTAEGKKAVLWTSGWTPRFKGETIYLARATGRPGESPFVKMRPEDIDAGGMETVFPWRESDGDGTTVESEHKLTEIAMGVRNPVMLIRIKPADMHRVIKRKGQESFNFGELFAYTKVCSHLGCPSSLYEQQTYRILCPCHQSQFDALEFAKPIFGPAARALAQLPITIDEDGYLVANGDFVEPVGPAFWERKS

来源 Source

来源生物 organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	246196
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit
分子量 formula_weight	60262.9 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,N

MSPDFAKLAAAQGDAIDSRYHPSAAVRRQLNKVFPTHWSFLLGEIALYSFIILLLTGVWLTLFFDPSMAHVTYDGVYQPLRGVQMSRAYETALDISFEVRGGLFVRQVHHWAALMFAASIMVHLARIFFTGAFRRPREANWVIGSLLLILAMFEGYFGYSLPDDLLSGTGIRAALSGITMGMPVIGTWLHWALFGGDFPGEILIPRLYALHILLIPGIILALIGAHLALVWFQKHTQFPGPGRTETNVVGVRVMPVFAVKSGAFFAMITGVLGLMGGLLTINPIWNLGPYKPSQVSAGSQPDFYMMWTEGLARLWPAWEFYPFGHTIPQGVWVAVGMGLVFALLIAYPFIEKKVTGDDAHHNLLQRPRDVPVRTAIGSMAIALYLLLTFACMNDIIALKFHISLNATTWIGRIGMVVLPAIVYFVAYRWAISLQRSDREVLEHGVETGIIKRLPHGAYVELHQPLGPVDEHGHPIPLEYAGAPLPKRMNKLGSGGAPGTGSFLFPDPAVEHEALTEAAHASEHKSLTALKEHQDRIHGNGETNGHH

来源 Source

来源生物 organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	246196
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit
分子量 formula_weight	27874.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.2.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,O

MTSKSRRRLRRRLSAGLLLLIGLAVAGGVAATLTPQPQVAVADESQSALLRTGKQLFETSCVSCHGANLQGVPDRGPSLIGTGEAAVYFQVSTGRMPAMRGEAQAPSKPPHFDESQIDALGAYVQANGGGPTVPRDDHGAVAQESLIGGDVARGGDLFRLNCASCHNFTGKGGALSSGKYAPDLGDANPAQIYTAMLTGPQNMPKFSDRQLTPDEKRDIVAYVRESAETPSYGGYGLGGFGPAPEGMAMWIIGMVAAIGVAMWIGSRA

来源 Source

来源生物 organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	246196
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Transmembrane protein
分子量 formula_weight	9531.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,P

MANTEVERHTGVDVEDVPSAEWGWSHMPIGVMHIGGLLSAAFLLVMMRGNHVGHVEDWFLIGFAAVIVALVGRNWWLRRRGWIR

来源 Source

来源生物 organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	246196
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 2
分子量 formula_weight	38077.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.9.3.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,Q

MTPRGFRVVALSIVLGGSALLLSGCSWSDALALGWPTGITPEAKLNRELWIGSVIASFAVGAIVWGLIFWTSAFHRKKATDTELPRQFGYNMPLELTLTVIPFLIISVLFYFTVVVQERMMHKDPNPEVVIDVTAFQWNWKFGYQKIAFADGSFDYDGADPERKEAMTSRPEGKDEHGIEKVGPIRGMTPEDRTYLNFDKIETLGTSSEIPVLVLPAGKRIEFVLNSADVIHGFWVPEFLFKRDVLPEPKANNSDNVFQVSEIQQTGAFVGRCTEMCGTFHAMMNFEVRVVEPNDFKAYIDQRNAGKTNAEALAAINQPPLAITTEPFESRRGELVPQASK

来源 Source

来源生物 organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	246196
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 1
分子量 formula_weight	64163.0 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.9
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,R

MVAEAPPIGELEARRPFPERMGPKGNLIYKLITTTDHKLIGIMYCVVCFAFFLVGGLMALFMRTELAMPGLQFLSNEQFNQLFTMHGTVMLLFYATPIVFGFANLVLPLQIGAPDVAFPRLNALSFWLFLFGALIAIAGFITPGGAADFGWTAYSPLTDAIHSPGAGGDLWIMGLAVGGLGTILGGVNMITTVVCMRAPGMTMFRMPIFTWNILVTSILVLIAFPILTAALFGLAADRHLGAHIYDPANGGVLLWQHLFWFFGHPEVYIIALPFFGIVSEIFPVFSRKPIFGYTTLIYATLAIAALSVAVWAHHMYATGAVLLPFFSFMTFLIAVPTGIKFFNWIGTMWKGQLTFETPMLFSVGFLITFLLGGLSGVLLASPPLDFHVTDSYFVIAHFHYVLFGTIVFATYAGIYFWFPKMTGRLLDERLGKLHFWLTFIGFHTTFLVQHWLGDEGMPRRYADYLPTDGFTTLNVISTVGAFILGVSMLPFVWNVFKSWRYGEPVTVDDPWGYGNSLEWATSCPPPRHNFTELPRIRSERPAFELHYPHMVERMRAEAHVGRAHHPELETADKSS

来源 Source

来源生物 organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	246196
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 3
分子量 formula_weight	22196.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.9.3.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,S

MTSAVGTSGTAITSRVHSLNRPNMVSVGTIVWLSSELMFFAGLFAMYFTARAQAGGAWPPEPTELNLALAVPVTLVLIASSFTCQMGVFAAERGDVFGLRRWYVITFLMGLFFVLGQGYEYIHLVEHGTTIPGSAYGSVFYLATGFHGLHVIGGLVAFVLLLARTKMSKFTPAQATAAIVVSYYWHFVDIVWIALFATIYFVR

来源 Source

来源生物 organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	246196
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase polypeptide 4
分子量 formula_weight	15177.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.9.3.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,T

MHIEARLFEILTAFFALAAVVYAVLTAMFATGGVEWAGTTALVLTTGLTLITGTFFRFVARRLDTRPEDYEDAEISDGAGELGFFAPHSWWPILISLSFSTAAVGAALWLPWLIAAGVAFVITSVCGLVFEYYWGPEKH

来源 Source

来源生物 organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	246196
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Secreted protein
分子量 formula_weight	8365.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,U

MSTALTHGLIGGVPLVLFAVLALIFLTRKGPHPDTYKMSDPWTHAPILWAAEEPREHGHGGHGHDSHGVVIGGGASGKW

来源 Source

来源生物 organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	246196
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	DUF5130 domain-containing protein
分子量 formula_weight	15911.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,V

MASGDIATVANAELDLPYGSALTSSGRISAVTEPGELSVHYPFPTMDLVVLDDALKYGSRAAKARFAVYIGPLGADTAATAREILANVPTPENAVLLAVSPDQRAIEVVYGADVKGRGIESAAPLGVSAAAASFKEGNLIDGLISAVRVMSAGVSPA

来源 Source

来源生物 organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	246196
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	Superoxide dismutase [Cu-Zn]
分子量 formula_weight	23232.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.15.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,X

MLKPVSVAVLFATPVLALSACSPPGETASSEPGTTPAIWTGSPSPAAPSGEDHGGGHGAGAAGAGETLTAELKTADGTSVATADFQFADGFATVTIETTTPGRLTPGFHGVHIHSVGKCEANSVAPTGGAPGDFNSAGGHFQVSGHSGHPASGDLSSLQVRADGSGKLVTTTDAFTAEDLLDGAKTAIIIHEKADNFANIPPERYQQVNGAPGPDQTTMATGDAGSRVACGVISAG

来源 Source

来源生物 organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	246196
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	;(2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate ;
分子量 formula_weight	853.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 15 Entity 15 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 16 Entity 16 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

实体 17 Entity 17 non-polymer

描述 description	;6-chloranyl-2-ethyl-N-[[4-[2-(trifluoromethylsulfonyl)-2-azaspiro[3.3]heptan-6-yl]phenyl]methyl]imidazo[1,2-a]pyridine-3-carboxamide ;
分子量 formula_weight	541.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 18 Entity 18 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 19 Entity 19 non-polymer

描述 description	MENAQUINONE-9
分子量 formula_weight	785.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 20 Entity 20 non-polymer

描述 description	(2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate
分子量 formula_weight	718.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 21 Entity 21 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 22 Entity 22 non-polymer

描述 description	HEME-A
分子量 formula_weight	852.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 23 Entity 23 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 24 Entity 24 non-polymer

描述 description	MENAQUINONE-7
分子量 formula_weight	649.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 25 Entity 25 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	211

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	42000

Mycobacterial cytochrome bc1:aa3 with inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Transmembrane protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome c oxidase subunit 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome c oxidase subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome c oxidase subunit 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome c oxidase polypeptide 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Secreted protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DUF5130 domain-containing protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体