9gy6

Mycobacterial cytochrome bc1:aa3 with inhibitor

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 232.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gy6
沉积日期 deposition_date	2024-10-01
结构标题 title	Mycobacterial cytochrome bc1:aa3 with inhibitor
关键词 keywords	membrane protein, inhibitor complex, mycobacterium, cytochrome bc, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	63.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	63.93 Å
零角强度 I(0) i0	9295540000.00
分子量 molecular_weight	566900.0 kDa
排除体积 excluded_volume	563000 Å³
包络体积 envelope_volume	1011500 Å³
水化壳体积 shell_volume	132740 Å³
包络直径 envelope_diameter	214.2 Å
壳层 Rg shell_rg	63.09 Å
包络 Rg envelope_rg	63.21 Å
形状 Rg shape_rg	63.94 Å
总 Rg total_rg	63.90 Å
总原子数 total_atoms	43096
残基数 n_residues	5206
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	232.4 Å
Rg (实空间) rg_real	64.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.91 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.2990e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8930e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	63.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9280000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8254
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	65.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.495
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.423
角度范围 angular_range	— – 0.1250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0218
最高正则化参数 α highest_alpha	492600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	26
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.632; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.845

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (25)

Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit
分子量 formula_weight	46383.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,M
原子数 atom_count	43307

MDYRNGGRHRCGHVDRIASMSQDSPDIKGTDAPGQTGVPGQPTDAELAEMSREELVKLGGKIDGVETIFKEPRWPVPGTKAEKRTERLVAYWLMLGGLSGLALLLVFLFWPWEYQPFGSEGEFLYSLATPLYGLTFGLSILSIGIGAVLFQKKFIPEEISVQDRHDGRSPEVHRKTVAANLTDALEGSTLKRRKVIGLSLGIGLGAFGAGTLVAFIGGLIKNPWKPVVPTAEGKKAVLWTSGWTPRFKGETIYLARATGRPGESPFVKMRPEDIDAGGMETVFPWRESDGDGTTVESEHKLTEIAMGVRNPVMLIRIKPADMHRVIKRKGQESFNFGELFAYTKVCSHLGCPSSLYEQQTYRILCPCHQSQFDALEFAKPIFGPAARALAQLPITIDEDGYLVANGDFVEPVGPAFWERKS

来源 Source

来源生物 organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	246196
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit
分子量 formula_weight	60262.9 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,N

MSPDFAKLAAAQGDAIDSRYHPSAAVRRQLNKVFPTHWSFLLGEIALYSFIILLLTGVWLTLFFDPSMAHVTYDGVYQPLRGVQMSRAYETALDISFEVRGGLFVRQVHHWAALMFAASIMVHLARIFFTGAFRRPREANWVIGSLLLILAMFEGYFGYSLPDDLLSGTGIRAALSGITMGMPVIGTWLHWALFGGDFPGEILIPRLYALHILLIPGIILALIGAHLALVWFQKHTQFPGPGRTETNVVGVRVMPVFAVKSGAFFAMITGVLGLMGGLLTINPIWNLGPYKPSQVSAGSQPDFYMMWTEGLARLWPAWEFYPFGHTIPQGVWVAVGMGLVFALLIAYPFIEKKVTGDDAHHNLLQRPRDVPVRTAIGSMAIALYLLLTFACMNDIIALKFHISLNATTWIGRIGMVVLPAIVYFVAYRWAISLQRSDREVLEHGVETGIIKRLPHGAYVELHQPLGPVDEHGHPIPLEYAGAPLPKRMNKLGSGGAPGTGSFLFPDPAVEHEALTEAAHASEHKSLTALKEHQDRIHGNGETNGHH

来源 Source

来源生物 organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	246196
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

Entity 3 polymer

描述 description	Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit
分子量 formula_weight	27874.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.2.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,O

MTSKSRRRLRRRLSAGLLLLIGLAVAGGVAATLTPQPQVAVADESQSALLRTGKQLFETSCVSCHGANLQGVPDRGPSLIGTGEAAVYFQVSTGRMPAMRGEAQAPSKPPHFDESQIDALGAYVQANGGGPTVPRDDHGAVAQESLIGGDVARGGDLFRLNCASCHNFTGKGGALSSGKYAPDLGDANPAQIYTAMLTGPQNMPKFSDRQLTPDEKRDIVAYVRESAETPSYGGYGLGGFGPAPEGMAMWIIGMVAAIGVAMWIGSRA

来源 Source

来源生物 organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	246196
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

Entity 4 polymer

描述 description	Transmembrane protein
分子量 formula_weight	9531.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,P

MANTEVERHTGVDVEDVPSAEWGWSHMPIGVMHIGGLLSAAFLLVMMRGNHVGHVEDWFLIGFAAVIVALVGRNWWLRRRGWIR

来源 Source

来源生物 organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	246196
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

Entity 5 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 2
分子量 formula_weight	38077.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.9.3.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,Q

MTPRGFRVVALSIVLGGSALLLSGCSWSDALALGWPTGITPEAKLNRELWIGSVIASFAVGAIVWGLIFWTSAFHRKKATDTELPRQFGYNMPLELTLTVIPFLIISVLFYFTVVVQERMMHKDPNPEVVIDVTAFQWNWKFGYQKIAFADGSFDYDGADPERKEAMTSRPEGKDEHGIEKVGPIRGMTPEDRTYLNFDKIETLGTSSEIPVLVLPAGKRIEFVLNSADVIHGFWVPEFLFKRDVLPEPKANNSDNVFQVSEIQQTGAFVGRCTEMCGTFHAMMNFEVRVVEPNDFKAYIDQRNAGKTNAEALAAINQPPLAITTEPFESRRGELVPQASK

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来源生物 organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	246196
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

Entity 6 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 1
分子量 formula_weight	64163.0 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.9
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,R

MVAEAPPIGELEARRPFPERMGPKGNLIYKLITTTDHKLIGIMYCVVCFAFFLVGGLMALFMRTELAMPGLQFLSNEQFNQLFTMHGTVMLLFYATPIVFGFANLVLPLQIGAPDVAFPRLNALSFWLFLFGALIAIAGFITPGGAADFGWTAYSPLTDAIHSPGAGGDLWIMGLAVGGLGTILGGVNMITTVVCMRAPGMTMFRMPIFTWNILVTSILVLIAFPILTAALFGLAADRHLGAHIYDPANGGVLLWQHLFWFFGHPEVYIIALPFFGIVSEIFPVFSRKPIFGYTTLIYATLAIAALSVAVWAHHMYATGAVLLPFFSFMTFLIAVPTGIKFFNWIGTMWKGQLTFETPMLFSVGFLITFLLGGLSGVLLASPPLDFHVTDSYFVIAHFHYVLFGTIVFATYAGIYFWFPKMTGRLLDERLGKLHFWLTFIGFHTTFLVQHWLGDEGMPRRYADYLPTDGFTTLNVISTVGAFILGVSMLPFVWNVFKSWRYGEPVTVDDPWGYGNSLEWATSCPPPRHNFTELPRIRSERPAFELHYPHMVERMRAEAHVGRAHHPELETADKSS

来源 Source

来源生物 organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	246196
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

Entity 7 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase subunit 3
分子量 formula_weight	22196.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.9.3.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,S

MTSAVGTSGTAITSRVHSLNRPNMVSVGTIVWLSSELMFFAGLFAMYFTARAQAGGAWPPEPTELNLALAVPVTLVLIASSFTCQMGVFAAERGDVFGLRRWYVITFLMGLFFVLGQGYEYIHLVEHGTTIPGSAYGSVFYLATGFHGLHVIGGLVAFVLLLARTKMSKFTPAQATAAIVVSYYWHFVDIVWIALFATIYFVR

来源 Source

来源生物 organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	246196
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

Entity 8 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase polypeptide 4
分子量 formula_weight	15177.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.9.3.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,T

MHIEARLFEILTAFFALAAVVYAVLTAMFATGGVEWAGTTALVLTTGLTLITGTFFRFVARRLDTRPEDYEDAEISDGAGELGFFAPHSWWPILISLSFSTAAVGAALWLPWLIAAGVAFVITSVCGLVFEYYWGPEKH

来源 Source

来源生物 organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	246196
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

Entity 9 polymer

描述 description	Secreted protein
分子量 formula_weight	8365.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,U

MSTALTHGLIGGVPLVLFAVLALIFLTRKGPHPDTYKMSDPWTHAPILWAAEEPREHGHGGHGHDSHGVVIGGGASGKW

来源 Source

来源生物 organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	246196
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

Entity 10 polymer

描述 description	DUF5130 domain-containing protein
分子量 formula_weight	15911.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,V

MASGDIATVANAELDLPYGSALTSSGRISAVTEPGELSVHYPFPTMDLVVLDDALKYGSRAAKARFAVYIGPLGADTAATAREILANVPTPENAVLLAVSPDQRAIEVVYGADVKGRGIESAAPLGVSAAAASFKEGNLIDGLISAVRVMSAGVSPA

来源 Source

来源生物 organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	246196
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

Entity 11 polymer

描述 description	Superoxide dismutase [Cu-Zn]
分子量 formula_weight	23232.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.15.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,X

MLKPVSVAVLFATPVLALSACSPPGETASSEPGTTPAIWTGSPSPAAPSGEDHGGGHGAGAAGAGETLTAELKTADGTSVATADFQFADGFATVTIETTTPGRLTPGFHGVHIHSVGKCEANSVAPTGGAPGDFNSAGGHFQVSGHSGHPASGDLSSLQVRADGSGKLVTTTDAFTAEDLLDGAKTAIIIHEKADNFANIPPERYQQVNGAPGPDQTTMATGDAGSRVACGVISAG

来源 Source

来源生物 organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	246196
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

Entity 12 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 13 non-polymer

描述 description	;(2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate ;
分子量 formula_weight	853.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 14 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 15 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 16 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

Entity 17 non-polymer

描述 description	;6-chloranyl-2-ethyl-N-[[4-[2-(trifluoromethylsulfonyl)-2-azaspiro[3.3]heptan-6-yl]phenyl]methyl]imidazo[1,2-a]pyridine-3-carboxamide ;
分子量 formula_weight	541.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 18 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 19 non-polymer

描述 description	MENAQUINONE-9
分子量 formula_weight	785.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 20 non-polymer

描述 description	(2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate
分子量 formula_weight	718.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 21 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 22 non-polymer

描述 description	HEME-A
分子量 formula_weight	852.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 23 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 24 non-polymer

描述 description	MENAQUINONE-7
分子量 formula_weight	649.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 25 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	211

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	42000

fit	/app/data/saxs_computation/gy/9gy6/9gy6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gy/9gy6/9gy6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gy/9gy6/9gy6.dat

Mycobacterial cytochrome bc1:aa3 with inhibitor

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (25)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

Entity 14 non-polymer

Entity 15 non-polymer

Entity 16 non-polymer

Entity 17 non-polymer

Entity 18 non-polymer

Entity 19 non-polymer

Entity 20 non-polymer

Entity 21 non-polymer

Entity 22 non-polymer

Entity 23 non-polymer

Entity 24 non-polymer

Entity 25 water

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)