9hls

Structure of A16/G9 (vaccinia virus) in complex with VHH D07, VHH B01 and VHH C05

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 160.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hls
沉积日期 deposition_date	2024-12-05
结构标题 title	Structure of A16/G9 (vaccinia virus) in complex with VHH D07, VHH B01 and VHH C05
关键词 keywords	poxvirus, viral fusion, vaccinia virus, mpox virus, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.84 Å
零角强度 I(0) i0	658717000.00
分子量 molecular_weight	204170.0 kDa
排除体积 excluded_volume	251910 Å³
包络体积 envelope_volume	353800 Å³
水化壳体积 shell_volume	64436 Å³
包络直径 envelope_diameter	169.5 Å
壳层 Rg shell_rg	48.79 Å
包络 Rg envelope_rg	47.64 Å
形状 Rg shape_rg	47.85 Å
总 Rg total_rg	47.86 Å
总原子数 total_atoms	14320
残基数 n_residues	1803
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	160.0 Å
Rg (实空间) rg_real	47.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.5870e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2920e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	658700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8817
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	53.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.242
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.499
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	27530000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.894; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.780

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Virion membrane protein OPG143
分子量 formula_weight	40941.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F
原子数 atom_count	14326

MKLCILLAVVAFVGLSLGRSAAAVTLNRIKIAPGIADIRDKYMELGFNYPEYNRAVKFAEESYTYYYETSPGEIKPKFCLIDGMSIDHCSSFIVPEFAKQYVLIHGEPCSSFKFRPGSLIYYQNEVTPEYIKDLKHATDYIASGQRCHFIKKDYLLGDSDSVAKCCSKTNTKHCPKIFNNNYKTEHCDDFMTGFCRNDPGNPNCLEWLRAKRKPAMSTYSDICSKHMDARYCSEFIRIIRPDYFTFGDTALYVFCNDHKGNRNCWCANYPKSNSGDKYLGPRVCWLHECTDESRDRKWLYYNQDVQRTRCKYVGGSGLVPRGSGGSGGSHHHHHHHHGGSGTGGLNDIFEAQKIEWHE

来源 Source

来源生物 organism	Vaccinia virus Western Reserve
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	696871
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

Entity 2 polymer

描述 description	Entry-fusion complex protein OPG094
分子量 formula_weight	37432.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,G

MKLCILLAVVAFVGLSLGAGGVSVELPKRDPPPGVPTDEMLLNVDKMHDVIAPAKLLEYVHIGPLAKDKEDKVKKRYPEFRLVNTGPGGLSALLRQSYAGTAPNCCRTFQRTHYWKKDGKISDKYEEGAVLESCWPDVHDTGKCDVDLFDWCQGDTFDRNICHQWIGSAFNRADRTVEGQQSLINLYNKMQTLCSKDASVPICESFLHHLRAHNTEDSKEMIDYILRQQSADFKQKYMRCSYPTRDKLEESLKYAEPRECWDPECSNANVNFLLTRNYNNLGLCNIVRGSGLVPRGSLEDDDDKAGWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Vaccinia virus Western Reserve
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	696871
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

Entity 3 polymer

描述 description	VHH D07
分子量 formula_weight	16965.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,H

MGEVQLQASGGGLVQPGGSLRLSCAASGIVFSNNRMSWYRQAPGKQREVVATITSGGATDYQDSVEGRFTISRDMAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYFCNARRDNFATAIYWGQGTQVTVSSLEHHHHHHHHGSGLVPRGSGLNDIFEAQKIEWHE

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	VHH B01
分子量 formula_weight	17044.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,I

MGEVQLAESGGGLVEPGGSLRLSCAASGRIFSINYMGWGRQAPGKQRELVATITSGGSTNYVDSVKGRFTISRDNAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCNANIRSTPWSSEDSWGQGTQVTVSSLEHHHHHHHHGSGLVPRGSGLNDIFEAQKIEWHE

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 polymer

描述 description	VHH C05
分子量 formula_weight	17163.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,E

MGDVQLVESGGGLVQAGGSLGLSCAASGTIFAVNTMGWYRQAPGKQREMVATSSYYGRTNYADSAKGRFTISRDNAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCNYERVAFGSARETYWGQGTQVTVSSLEHHHHHHHHGSGLVPRGSGLNDIFEAQKIEWHE

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 6 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 7 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	150.435 Å
晶胞边长 b length_b	194.282 Å
晶胞边长 c length_c	94.866 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.26 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	39.720 Å
R 因子 r_factor	0.2394
R_work r_work	0.2367
R_free r_free	0.2923

fit	/app/data/saxs_computation/hl/9hls/9hls.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hl/9hls/9hls.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hl/9hls/9hls.dat

Structure of A16/G9 (vaccinia virus) in complex with VHH D07, VHH B01 and VHH C05

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)