9hng

Structure of A16/G9 (G9 mutant - H44Y) of Vaccinia virus in complex with VHH D07

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 137.6 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hng
沉积日期 deposition_date	2024-12-10
结构标题 title	Structure of A16/G9 (G9 mutant - H44Y) of Vaccinia virus in complex with VHH D07
关键词 keywords	poxvirus, viral fusion, vaccinia virus, mpox virus, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.86 Å
零角强度 I(0) i0	98916300.00
分子量 molecular_weight	77358.0 kDa
排除体积 excluded_volume	95627 Å³
包络体积 envelope_volume	128890 Å³
水化壳体积 shell_volume	31095 Å³
包络直径 envelope_diameter	146.1 Å
壳层 Rg shell_rg	38.33 Å
包络 Rg envelope_rg	40.51 Å
形状 Rg shape_rg	39.89 Å
总 Rg total_rg	39.67 Å
总原子数 total_atoms	5429
残基数 n_residues	674
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	137.6 Å
Rg (实空间) rg_real	39.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.97 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.8920e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0100e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	98860000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6855
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.714
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.190
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7820000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.420; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.245; Smooth: 0.403

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Virion membrane protein OPG143
分子量 formula_weight	40941.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5512

MKLCILLAVVAFVGLSLGRSAAAVTLNRIKIAPGIADIRDKYMELGFNYPEYNRAVKFAEESYTYYYETSPGEIKPKFCLIDGMSIDHCSSFIVPEFAKQYVLIHGEPCSSFKFRPGSLIYYQNEVTPEYIKDLKHATDYIASGQRCHFIKKDYLLGDSDSVAKCCSKTNTKHCPKIFNNNYKTEHCDDFMTGFCRNDPGNPNCLEWLRAKRKPAMSTYSDICSKHMDARYCSEFIRIIRPDYFTFGDTALYVFCNDHKGNRNCWCANYPKSNSGDKYLGPRVCWLHECTDESRDRKWLYYNQDVQRTRCKYVGGSGLVPRGSGGSGGSHHHHHHHHGGSGTGGLNDIFEAQKIEWHE

来源 Source

来源生物 organism	Vaccinia virus Western Reserve
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	696871
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

Entity 2 polymer

描述 description	Entry-fusion complex protein OPG094
分子量 formula_weight	37442.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MKLCILLAVVAFVGLSLGAGGVSVELPKRDPPPGVPTDEMLLNVDKMHDVIAPAKLLEYVYIGPLAKDKEDKVKKRYPEFRLVNTGPGGLSALLRQSYAGTAPNCCRTFQRTHYWKKDGKISDKYEEGAVLESCWPDVHDTGKCDVDLFDWCQGDTFDRNICHQWIGSAFNRSNRAVEGQQSLINLYNKMQTLCSKDASVPICESFLHHLRAHNTEDSKEMIDYILRQQSADFKQKYMRCSYPTRDKLEESLKYAEPRECWDPECSNANVNFLLTRNYNNLGLCNIVRGSGLVPRGSLEDDDDKAGWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Vaccinia virus Western Reserve
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	696871
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

Entity 3 polymer

描述 description	VHH D07
分子量 formula_weight	16965.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J000

MGEVQLQASGGGLVQPGGSLRLSCAASGIVFSNNRMSWYRQAPGKQREVVATITSGGATDYQDSVEGRFTISRDMAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYFCNARRDNFATAIYWGQGTQVTVSSLEHHHHHHHHGSGLVPRGSGLNDIFEAQKIEWHE

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	83

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	46.102 Å
晶胞边长 b length_b	147.467 Å
晶胞边长 c length_c	183.367 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	39.090 Å
R 因子 r_factor	0.2170
R_work r_work	0.2154
R_free r_free	0.2471

fit	/app/data/saxs_computation/hn/9hng/9hng.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hn/9hng/9hng.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hn/9hng/9hng.dat

Structure of A16/G9 (G9 mutant - H44Y) of Vaccinia virus in complex with VHH D07

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)