9hvm

In-cell Structure of Pyrenoid Rubisco

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 144.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hvm
沉积日期 deposition_date	2024-12-30
结构标题 title	In-cell Structure of Pyrenoid Rubisco
关键词 keywords	chloroplast, pyrenoid, cryo-ET, cryo-FIB, subtomogram averaging, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.44 Å
零角强度 I(0) i0	4104960000.00
分子量 molecular_weight	537800.0 kDa
排除体积 excluded_volume	672020 Å³
包络体积 envelope_volume	854480 Å³
水化壳体积 shell_volume	135570 Å³
包络直径 envelope_diameter	138.2 Å
壳层 Rg shell_rg	60.97 Å
包络 Rg envelope_rg	46.93 Å
形状 Rg shape_rg	47.44 Å
总 Rg total_rg	47.78 Å
总原子数 total_atoms	37816
残基数 n_residues	4808
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	144.8 Å
Rg (实空间) rg_real	47.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1050e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.0700e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4108000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8891
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	65.8 Å
偏度 Skewness skewness	-0.036
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.587
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3333000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.895; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.936; Smooth: 0.933

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
分子量 formula_weight	51924.0 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.39
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K,M,O
原子数 atom_count	37816

TKAGAGFKAGVKDYRLTYYTPDYVVRDTDILAAFRMTPQLGVPPEECGAAVAAESSTGTWTTVWTDGLTSLDRYKGRCYDIEPVPGEDNQYIAYVAYPIDLFEEGSVTNMFTSIVGNVFGFKALRALRLEDLRIPPAYVKTFVGPPHGIQVERDKLNKYGRGLLGCTIKPKLGLSAKNYGRAVYECLRGGLDFTKDDENVNSQPFMRWRDRFLFVAEAIYKAQAETGEVKGHYLNATAGTCEEMMKRAVCAKELGVPIIMHDYLTGGFTANTSLAIYCRDNGLLLHIHRAMHAVIDRQRNHGIHFRVLAKALRMSGGDHLHSGTVVGKLEGEREVTLGFVDLMRDDYVEKDRSRGIYFTQDWCSMPGVMPVASGGIHVWHMPALVEIFGDDACLQFGGGTLGHPWGNAPGAAANRVALEACTQARNEGRDLAREGGDVIRSACKWSPELAAACEVWKEIKFEFDTIDKL

Entity 2 polymer

描述 description	Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 1
分子量 formula_weight	15386.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L,N,P

MMVWTPVNNKMFETFSYLPPLTDEQIAAQVDYIVANGWIPCLEFAEADKAYVSNESAIRFGSVSCLYYDNRYWTMWKLPMFGCRDPMQVLREIVACTKAFPDAYVRLVAFDNQKQVQIMGFLVQRPKTARDF

来源 Source

来源生物 organism	Chlamydomonas reinhardtii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3055
宿主生物 host_organism	Chlamydomonas reinhardtii

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	8.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	17713

fit	/app/data/saxs_computation/hv/9hvm/9hvm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hv/9hvm/9hvm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hv/9hvm/9hvm.dat

In-cell Structure of Pyrenoid Rubisco

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)